CMake: always export compile_commands.json in deal.II and user projects

Merge pull request #14462 from tamiko/ignore_clangd_files

gitignore: ignore clangd files and directories

Merge pull request #14460 from kronbichler/fix_warnings

Fix more warnings about unused variables

Merge pull request #14455 from tamiko/fix_cmake_tpetra

CMake: remove forgotten GO = statement in tpetra compatibility check

gitignore: ignore clangd files and directories

In order to use clangd it is currently necessary to add some
configuration into a .clangd file. Unfortunately, this is very situation
specific and cannot meaningfully be upstreamed. (For example, I need to
manually specify "-std=c++17" to work around the issue that gcc defaults
to c++17 and clang defaults to c++14.)

While at it also ignore the .cache directory where clangd stores its
index.

Fix one more warning

Fix warning about unused variable in release mode

CMake: remove forgotten GO = statement in tpetra compatibility check

Closes: #14372

Merge pull request #14451 from drwells/sparsity-pattern-base-cleanup

Merge pull request #14452 from tamiko/avoid_a_warning

GridGenerator: avoid a warning in release mode

GridGenerators: modernize a cell loop and use range-based for

GridGenerator: avoid a warning in release mode

Merge pull request #14365 from masterleinad/kokkos_bundled

Make Kokkos a required dependency and bundle Kokkos 3.7.00

Clean up some sparsity-related header inclusions.

Remove SPARSITY_PATTERNS from template-arguments.in

We no longer need it! Taken together, removing the templates over the sparsity
pattern type lowers the number of symbols in the debug library build from 813005
to 811893.

Merge pull request #14433 from drwells/sparsity-pattern-base-multigrid

multigrid tools: Remove template on sparsity pattern type.

Merge pull request #14392 from bangerth/cxx17

Avoid boost::optional/variant in favor of std_cxx17::variant/optional.

multigrid tools: Remove template on sparsity pattern type.

Avoid "!."

Make Kokkos a required dependency and bundle Kokkos 3.7.00

Merge pull request #14435 from masterleinad/fix_trilinos_kokkos_flags

Fix flags for Trilinos+Kokkos

Merge pull request #14441 from drwells/sparsity-base-api

SparsityPatternBase: redo add_entries() to take pairs.

Merge pull request #14445 from lethe-cfd/particles_periodicity

Fix the generation of ghost particles when there are periodic boundary conditions in a triangulation

Merge pull request #14450 from masterleinad/fix_actions_v2_E3

Bump actions/checkout from 2 to 3

Merge pull request #14448 from bangerth/vtu-6

Merge pull request #14449 from bangerth/vtu-9

Move declaration of vtu_stream to where it is used.

Bump actions/checkout from 2 to 3

Avoid boost::optional/variant in favor of std_cxx17::variant/optional.

Merge pull request #14437 from quangx/fix-step76-document

Redo SparsityPatternBase::add_entries() to use pairs.

Remove two lines that were added by mistake

Update doc/news/changes/minor/20221118Blais

Co-authored-by: Martin Kronbichler <martin.kronbichler@uni-a.de>

Fix indentation

Move declaration of vtu_stream to where it is used.

While there, also use the underlying stream rather than vtu_out where possible.

fix typos

Fix reference step 59

fix typo step-79

fix typo results.dox

step-76 doc fix

add changes from indent

Update test documentation

Merge pull request #14447 from tjhei/fix-indent-script

fix indent script

Use variable-sized std::array instead of fixed number of arguments.

Merge pull request #14446 from bangerth/vtu-5

Simplify code

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

Update include/deal.II/grid/grid_tools_cache.h

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

fix indent script

Merge pull request #14444 from bangerth/ident

Add a bit of documentation.

Merge pull request #14429 from masterleinad/cuda_build_tests

Exchange ghost uses vertices w ghost_neighbors

Add test for new periodic exchange ghost

Update source/particles/particle_handler.cc

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

Update source/particles/particle_handler.cc

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

Convert yet another function.

Simplify yet more code.

Simplify more code.

Add a bit of documentation.

Merge pull request #14424 from masterleinad/kokkos_print_backends_and_archs

Print backends and architectures for Kokkos

Print backends and architectures for Kokkos

Only pass Kokkos flags

Remove optimization flags from Trilinos flags

Fix flags for Trilinos+Kokkos

Build CUDA tests in CUDA CI

Update doc/news/changes/minor/20221118Blais

Co-authored-by: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>

Simplify some code.

Added contributor file

Fix indentation

Fianlize documentation

Merge pull request #14442 from marcfehling/vectorcopy

Use copy function internally in LA::d::Vector.

Merge pull request #14438 from bangerth/petsc

First working version

Re-introduce (now deprecated) old constructor.

Merge pull request #14436 from Rombur/cuda_ice

Update CI workflow to CUDA 11.8

Merge pull request #14421 from bangerth/vtu-3

Install boost

Add a changelog.

Simplify step-40.

Avoid the use of deprecated constructors.

Deprecate the use of PETScWrapper::Solver* constructors that take an MPI communicator.

Simplify code.

Remove the need to store the MPI communicator in PETScWrappers::SolverBase.

Provide the ability to query the communicator from PETSc precondiditioners.

Merge pull request #14434 from drwells/sparsity-pattern-base-dof-tools

Merge pull request #14439 from bangerth/comment

Fix a misspelling in a comment.

Fix a misspelling in a comment.

DoFTools: use some ranged-for loops

Update CI workflow to CUDA 11.8

DoFTools: convert some functions to use add_row_entries().

SparsityPattern: add an assertion in input data.

Merge pull request #14427 from marcfehling/reinit

Make TrilinosWrappers::MPI::Vector::reinit accept Utilities::MPI::Partitioner.

Merge pull request #14432 from drwells/sparsity-pattern-base-particles

Particles: Remove template on sparsity pattern type.

Merge pull request #14431 from drwells/sparsity-pattern-base-nonmatching

Merge pull request #14425 from Rombur/belos

Guard Belos code with macros

DoFTools: Remove template on sparsity pattern type.

Particles: Remove template on sparsity pattern type.

NonMatching: Remove template on sparsity pattern type.

This is no longer necessary since all of our SparsityPatterns inherit from
SparsityPatternBase. This file was previously the most expensive to compile in
the entire library so cutting down the number of instantiations by a factor of 4
or 6 (with Trilinos) is quite nice.

Merge pull request #14415 from tamiko/ninja_workaround

Use copy function internally in LA::d::Vector.

Merge pull request #14423 from tjhei/rename-inst-file

Make TrilinosWrappers::MPI::Vector::reinit accept Utilities::MPI::Partitioner.

Guard Belos code with macros

Merge pull request #14422 from tjhei/remove-cu-doc-stuff

Merge pull request #14420 from drwells/de-template-af-local-to-global

De template AffineConstraints::add_entries_local_to_global()

Try to use std::make_tuple() to get around compiler warnings.

rename an inst file