remove nanoflann

nanoflann is deprecated in deal.II and removed in 9.3.0-pre

Merge pull request #144 from tjhei/master-9.2.0

switch master branch to v9.2.0

switch master branch to v9.2.0

Merge pull request #141 from tjhei/petsc_slepc_update

Petsc/slepc update

Merge pull request #137 from tjhei/adolc-v2.7.2

update adol-c to 2.7.2

Merge pull request #136 from tjhei/arch_manjaro

basic working version for arch/manjaro

Merge pull request #140 from tjhei/ubuntu2004

support ubuntu 20.04

update slepc/petsc version to 3.13.x

This is required as our old version only supports Python 2.x, which is
end-of-life now.

support ubuntu 20.04

bump version number on master branch

update adol-c to 2.7.2

Merge pull request #138 from tjhei/ci_checkoutv2

CI: switch to checkout v2

CI: switch to checkout v2

this might fix occasional reference is not a tree errors.

basic working version for arch/manjaro

Merge pull request #134 from tjhei/test_petsc_on_osx

add github action to include petsc on OSX

add github action to include petsc on OSX

Merge pull request #132 from tjhei/tjhei-osx-ci

simple continuous integration using github actions

use github actions for CI

use github actions for some simple build tests:
- ubuntu 18: MPI, gcc, p4est and deal.II
- OSX minimal: clang, serial, just deal.II
- OSX parallel: gcc9, MPI, p4est and deal.II

Merge pull request #131 from tjhei/osx-support

OSX 10.14 and 10.15 support

OSX 10.14 and 10.15 support

- add platform detection
- update homebrew instructions

Merge pull request #128 from tjhei/osx-update

OSX  doc update

Merge pull request #92 from tjhei/update_trilinos_12_12

update trilinos

Merge pull request #129 from tjhei/openblas_update

update openblas to 0.3.7

disable tpetra is using MKL

update openblas to 0.3.7

this fixes compilation on intel compilers

update OSX documentation

update trilinos version

disable ifpack2 to make it compile

update to 12.14.1

fix inst

add unoffical master build

update trilinos to 12.12

- update to 12.12
- enable complex support
- require tpetra and add instantiations (fixes problems in
https://github.com/dealii/dealii/pull/7180 )
- disable boost (not needed and causes build to fail)

Merge pull request #127 from tjhei/checksum_alternatives

allow checksum alternatives to fix trilinos download

allow checksum alternatives to fix trilinos download

- allow alternative checksums to be specified
- add a second checksum for trilinos as the original file changed

Merge pull request #124 from tjhei/ubuntu19

add ubuntu19 support

Merge pull request #123 from tjhei/ubuntu_zlib

add zlib as ubuntu dependency

add ubuntu19 support

add zlib as ubuntu dependency

Merge pull request #121 from tjhei/update_petsc

update petsc

Merge pull request #120 from tjhei/update_hdf5

update hdf5 to 1.10.5

update slepc

update petsc

this old version does not compile with newer MPI 3.0:
```
/home/heister/shared-dealii/dealii-v9.1.1/tmp/build/petsc-
lite-3.7.6/src/sys/objects/init.c:412:40: error: ‘MPI_Handler_function’
undeclared
```

update hdf5 to 1.10.5

Required to link with a newer version of MPI:
/home/heister/shared-
dealii/dealii-v9.1.1/tmp/unpack/hdf5-1.10.1/testpar/t_cache.c:1222:27:
error: call to ‘MPI_Address’ declared with attribute error: MPI_Address
was removed in MPI-3.0.  Use MPI_Get_address instead.

This should go into 9.1 as well.

Merge pull request #113 from tjhei/p4est_to_2.2

update p4est to 2.2

Merge pull request #116 from tjhei/update_master

update master version

update master

Merge pull request #115 from tjhei/optimized_bash_fix

#111 and fix bash multiline on master

fix bash multiline

update p4est to 2.2

Merge pull request #111 from tjhei/native_opt

add optimization option

add optimization option

Introduce a new settings to allow native optimizations. This currently
affects PETSc and deal.II (basically setting march=native).

Merge pull request #110 from tjhei/opencascade_gmsh

gmsh: use opencascade using CASROOT, fix linking

opencascade and gmsh: export CASROOT, fix libs

- opencascade support inside gmsh is needed for deal.II.
- gmsh finds opencascade using the CASROOT env variable, so export it
when we install opencascade.
- set rpath in gmsh installation to be able to find libs
- disable petsc/slepc in gmsh (not needed)

Merge pull request #109 from tjhei/gmsh-fix

fix gmsh

fix gmsh

Merge pull request #108 from tjhei/gmsh

add Gmsh

Merge pull request #107 from tjhei/fix_path_directives

fix path directive in cmake package

add gmsh

this is a dependency starting with deal.II 9.0.

This needs to also go on the dealii-9.0 branch

fix path directive in cmake package

otherwise $PATH will be expanded in the config file

Update README.md

add VERSION

Merge pull request #106 from tjhei/opensuse_fixes2

opensuse fixes

opensuse fixes

- switch to mpich (fewer runtime warnings)
- install ld gold (avoids slow linking)

Merge pull request #105 from tjhei/fix_scalapack_dir

fix SCALAPACK_DIR

fix SCALAPACK_DIR

Update README.md

Merge pull request #102 from koecher/git-cherry-pick

git cherry-pick enhancement

Merge pull request #104 from tjhei/update-assimp

update assimp to 4.1.0

fix checksum

Merge pull request #103 from tjhei/opensuse_fixes

opensuse fixes

moves git cherry-pick to package_unpack just before package_specific_patch

opensuse fixes

- missing python2
- missing g++ (devel_C_C++ only installs cpp)
- add documentation for mpi wrappers
- trilinos also wants libmetis to work (not sure why)

Merge pull request #101 from koecher/dealii-9.0.1

switch deal.II v9.0.0 -> v9.0.1

disables exemple for DEAL_CHERRYPICKCOMMITS and adds the variable

bugfix: add missing cd .. for packing git

implements git cherry-pick for STABLE_BUILD

switch deal.II v9.0.0 -> v9.0.1

Merge pull request #96 from tjhei/openblas

add openblas

Merge pull request #98 from tjhei/opensuse15

support opensuse 15

Merge pull request #99 from tjhei/fix_numdiff_path

fix numdiff path

Merge pull request #95 from tjhei/cmake-path-fix

fix cmake path

also fix install path from source

fix numdiff path

support opensuse 15

Merge pull request #97 from tjhei/new-mirror

change mirror server url

export BLAS_LIB, fix petsc

change mirror

1. url at clemson changed
2. also add tjhei.info (which redirects to clemson for now, but allows
me to change it

add openblas

fix cmake path

cmake sets the incorrect install path if you use "once:cmake"

update assimp to 4.1.0

Merge pull request #90 from tjhei/arpack-fixes

fix arpack-ng

Merge pull request #69 from tjhei/scalapack

add export for SCALAPACK

fix arpack-ng

switch from master to building the latest release (3.6.2) and disable debian multiarch path names for the lib location. Otherwise the libs get installed into something like lib/x86_64-linux-gnu/ and deal.II can not find it.

address comment

Merge pull request #87 from koecher/p4est-zlib

p4est: corrects zlib detection for user-installed zlib

Merge pull request #88 from fvanmaele/patch-1

Update apt-get instructions for debian9.platform

Merge pull request #89 from fvanmaele/patch-3

debian 9: bug: force to have parmetis 4.0.3 installed

debian 9: bug: force to have parmetis 4.0.3 installed

Update apt-get instructions for debian9.platform

On Debian 9, `libblas3gf` and `liblapack3gf` are replaced by `libblas3` and `liblapack3`, respectively. These were previous [transitional](https://packages.debian.org/jessie/libblas3gf) [packages](https://packages.debian.org/jessie/liblapack3gf) in the previous Debian 8 release.

Also replace "ubuntu's" with "debian's" in the description.

p4est: corrects zlib detection for user-installed zlib when only ZLIB_DIR is set