Testsuite: dof_renumbering_0{4|7}: Add alternatives

Add alternative comparison files for Cuthill McKee renumbering tests that
use boost and are version and platform dependent.

Revert "Testsuite: Disable tests for Boost's Cuthill-McKee implementation"

This reverts commit 6d2e952dcfc6097a39da36a0e5eac1f67b855d30.

Merge pull request #1472 from bangerth/fix-formula

Fix a formula.

Merge pull request #1467 from tamiko/testsuite_test_variants

Testsuite: Allow comparison against multiple output files

Documentation: Fix typos

Fix a formula.

Testsuite: fix a typo

Update news/changes.h

Testsuite: Adjust all tests to last previous change

Testsuite: Remove compiler constraints

compiler constraints are a failed concept.

They try to provide "variants" for platform dependent and compiler
dependent output by means of awkward constraints that lead to unmanageable
complex conditions. Just imagine a three variant test:

  test.compiler=Intel=false.compiler=GNU=true.output
  test.compiler=Intel=true.compiler=GNU=false.output
  test.compiler=Intel=false.compiler=GNU=false.output

Now, add two more variants (e.g. depending on an compiler version)... it is
much more natural to just have output files like those:

  test.output
  test.output.gnu
  test.output.icc

(or whatever naming convention is imposed)

Documentation: Update testsuite.html to mention multiple comparison files

Testsuite: Let the diff target depend on all comparison file variants

Testsuite: Output which variant was used for comparison

Testsuite: Allow comparison against output variants

This commit modifies run_test.sh such that it also considers all variants
of the form

  [...].output
  [...].output.[STRING]

for comparison. If a numdiff/diff against one of those variants succeeds a
test is considered succesful.

Merge pull request #1462 from cpraveen/tecplot-solutiontime

Save solution time into tecplot ascii files for animating time depend…

Merge pull request #1463 from drwells/update-bernstein-polynomial

Update bernstein polynomial

Merge pull request #1471 from tamiko/small_cleanup

Bugfix: Replace 'size_t' with 'unsigned int' where appropriate

Merge pull request #1470 from kronbichler/master

Clean up parallel::Triangulation

Fix compilation with MPI but without P4EST

Cleanup interface of parallel::Triangulation without MPI

Bugfix: Replace 'size_t' with 'unsigned int' where appropriate

A this places 'unsigned int' is more appropriate than 'size_t' because it
matches the signature of the underlying methods it deals with. 'size_t' is
only used to match std::array.

Merge pull request #1276 from shakirbsm/dev

advection residuals added and tested

Remove strand_id since it is not clear how to use it. A default strand_id of 1 will be used.

Merge pull request #1465 from drwells/update-real-to-unit-comment

Add a comment describing the real to unit logic.

Merge pull request #1466 from mrak1990/patch-2

Outdated the step-3 tutorial

Outdated tutorial step-3

Related commit: https://github.com/dealii/dealii/commit/f37ee0a6a5140a57cc6195eac2372ed149c030ad#diff-e3b138b667b4793715e99ca4fa4ac5e4

Merge pull request #1464 from drwells/update-flags-deprecation

Update UpdateFlags documentation

Add a comment describing the real to unit logic.

This explains the choices made when switching between the closed formula
and the newton iteration algorithm.

Merge pull request #1461 from QiaoLei-88/doc_interpolate_boundary_values

reword documentation of VectorTools::interpolate_boundary_values()

Update UpdateFlags documentation

The '@deprecation' attribute creates a new block, so descriptions of
deprecated features should be complete sentences.

I also added additional hover text descriptions.

Use an anonymous namespace.

This function is only called at one place in the same translation unit.

Compute powers of -1 by checking exponent parity.

Use the boost implementation of binomials.

reword documentation of interpolate_boundary_values()

Merge pull request #1449 from tamiko/fix_fpe_guard

CMake: Refactor DEAL_II_HAVE_FP_EXCEPTIONS

Merge pull request #1453 from tamiko/purge_deal.II_testdirectory

Testsuite: Remove "deal.II" category and try to find sensible alternatives

Save solution time into tecplot ascii files for animating time dependent data.

Testsuite: Move the last bits out of deal.II

Testsuite: another iteration...

Testsuite: Move matching tests from deal.II

Use newly created dofs/ and numerics/ (and lac/)

Testsuite: Move matching tests: deal.II -> fe/

Testsuite: Move matching tests: deal.II -> grid/

Merge pull request #1460 from drwells/update-flags-doc-formatting

Fix a doxygen issue with quoted italics.

Merge pull request #1457 from tamiko/cmake_workarounds

CMake: Drop /.../include/scotch from include dirs

Fix a doxygen issue with quoted italics.

Under certain circumstances Doxygen treats text surrounded by double
quotes as a verbatim environment, e.g., doxygen will convert '<i>' into
'&lt;i%gt;', which is not what we want when italicising text.

Merge pull request #1458 from bangerth/fix-test-11

Update test results.

CMake: FindTRILINOS.cmake: Drop /.../include/scotch from include dirs

scotch has the very unfortunate bad habit of containing a header file

  /usr/include/scotch/metis.h

If above directory is in our list of include directories, we will
accidentally pick up this header instead of /usr/include/metis.h

I assume it is safe to drop /usr/include/scotch/, this should be only
internally used in Trilinos...

Further, deduplicate library and include directory lists. *wow*

Also update 64-bit results.

Also update 64-bit results.

CMake: FindPETSC.cmake: Drop /.../include/scotch from include dirs

scotch has the very unfortunate bad habit of containing a header file

  /usr/include/scotch/metis.h

If above directory is in our list of include directories, we will
accidentally pick up this header instead of /usr/include/metis.h

I assume it is safe to drop /usr/include/scotch/, this should be only
internally used in PETSc...

Update test results.

These are the test results for METIS 5.1.0 via PETSc 3.6, on linux. 32-bit.

Merge pull request #1452 from tamiko/fix_compute_active_cell_halo_laye

Testsuite: Fix deal.II/grid_tools_halo_layer* tests

Testsuite: work around a bug with <gcc-4.9

Bugfix: Test for <cfenv> header instead of <fenv.h>

We include the C++11 version <cfenv> in the testuite.

Silently, fix another test as well.

This fixes the testsuite for use in C++98/03 mode.

CMake: Refactor DEAL_II_HAVE_FP_EXCEPTIONS

 - this is a language feature, not a platform feature, so move it to
   check_01_cxx_features.cmake

 - A test that _runs_ code *_must_* be guarded with
   DEAL_II_ALLOW_PLATFORM_INTROSPECTION

 - Demote DEAL_II_HAVE_FP_EXCEPTIONS to an ordinary variable. Naming
   convetion: Variables starting with "DEAL_II_HAVE" must be ordinary
   variables, or internal, cached variables.

   Note: It is not necessary to promote DEAL_II_HAVE_FP_EXCEPTIONS to cache
   in order to override it with -DDEAL_II_HAVE_FP_EXCEPTIONS...

Merge pull request #1456 from tjhei/glossary_update

Glossary update

more glossary fixes

update mg paper in glossary

Merge pull request #1310 from tamiko/block_linear_operator_overhaul

BlockLinearOperator overhaul

add a changes.h entry

Update documentation

A BlockLinearOperator class for storing linear operator block structures

Merge pull request #1451 from tamiko/fix_tests

Various testsuite fixes

Merge pull request #1450 from QiaoLei-88/doc_interpolate_boundary_values

Reword documentation of VectorTools::project_boundary_values()

Bugfix: Fix an include in filtered_iterator.h

reword documentation of VectorTools::project_boundary_values() and add in/out specification.

Testsuite: Avoid c++11isms

Testsuite: Avoid c++11isms

Merge pull request #1447 from bangerth/doc-update-36

Fix documentation text.

Fix documentation text.

Merge pull request #1446 from tamiko/fix_compilation

Fix compilation in c++98/03 mode

Fix compilation in c++98/03 mode

">>" for closing brackets is only valid syntax in C++11, and later.

Avoid c++11'ism and fix compilation for C++98/03 mode

Merge pull request #1442 from tamiko/complex_support

Support complex number types in Function, TensorFunction

Bugfix: Use Tensor<...,Number>() instead of Tensor<...>()

Add a changes.h entry

add a test for complex support in Function, TensorFunction

Instantiate dealii::Function and dealii::TensorFunction for complex scalars

Bugfix: Use Tensor<...,Number>() instead of Point<dim>()

Refactor template definitions into tensor_function.templates.h

Refactor template definitions into function.templates.h

Refactor template definitions into function_time.templates.h

Advection residuals for boundary and face fixed

Merge pull request #1436 from tamiko/refined_version_support

Testsuite: Allow for comparison operators in feature and compiler matches

small cleanup

add a changes.h entry

Documentation: Update to reflect changes in version constraint handling

Testsuite: Allow for comparison operators in feature and compiler matches

Merge pull request #1437 from tjhei/fix_halo_layer_compilation

fix compilation error in compute_ghost_cell_halo_layer

Merge pull request #1440 from drwells/fix-doc-typos-2

Fix doc typos 2

Remove trailing whitespace in the documentation.

Update the example cmake output.

The options provided by cmake have changed slightly since this was
originally written.

Fix some typos in the documentation.

fix compilation error in compute_ghost_cell_halo_layer

Fix the following compilation error on my machine (gcc 4.6.3)

/ssd/deal-git/source/grid/grid_tools.cc:1581:103: error: no matching
function for call to ‘compute_active_cell_halo_layer(const
dealii::Triangulation<1, 1>&,
dealii::IteratorFilters::LocallyOwnedCell)’
/ssd/deal-git/source/grid/grid_tools.cc:1581:103: note: candidate is:
/ssd/deal-git/source/grid/grid_tools.cc:1540:3: note: template<class
Container> std::vector<typename Container::active_cell_iterator>
dealii::GridTools::compute_active_cell_halo_layer(const Container&,
const std::function<bool(const typename
Container::active_cell_iterator&)>&)

Merge pull request #1396 from jppelteret/halo_functions

Implementation of general cell halo layer function inside GridTools.

Merge pull request #1434 from tamiko/complexify

Testsuite: test complex number support of LinearOperator

Implementation of general cell halo layer function inside GridTools.

Added filtered iterators that work on material id and active FE index, with the
option of only extracting locally owned cells.
Introduced a GridTools function to extract the halo layer that is composed
of a subset of ghost cells (triangulation type dependent).
Multiple tests to check for output based on a general predicate and the
implemented IteratorFilters.
The output of GridTools::compute_ghost_cell_halo_layer is tested against
a distributed triangulation, ensuring that we return all of the ghost cells
on each processor.

Merge pull request #1435 from bangerth/fix-names-in-changelog

Fix names in changes.h.

Fix misspelled names.

Merge pull request #1432 from bangerth/implement-boundary-indicators-in-GridIn-1d