Remove outdated comments

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

PETScWrappers::MatrixBase implement clear_rows_columns

Merge pull request #14652 from masterleinad/workflow_tidy

Run clang-tidy in GitHub CI

Merge pull request #14678 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-init-finalize

do not finalize PETSc/SLEPc if not initalized from deal.II

Merge pull request #14674 from bangerth/ref-cell-centralize

Centralize translation between deal.II and VTK numbering for pyramids.

Merge pull request #14675 from bangerth/deprecated

Avoid a deprecated function in the last context where it is used.

Merge pull request #14661 from bangerth/test-vtu

Test output of a simplex cell with n_subdivisions=2.

Merge pull request #14671 from masterleinad/fix_kokkos_4_0_openmp

Fix OpenMP flag for Kokkos >= 4.0.00

Merge pull request #14676 from luca-heltai/stefanozampini/minor

MPI_InitFinalize: do not finalize PETSc/SLEPc if we are not responsible for it

Minor changes to examples comments

Rename functions to better reflect their functionality.

Minor code cleanups in connectivity.h.

Avoid a deprecated function in the last context where it is used.

Centralize translation between deal.II and VTK numbering for pyramids.

Merge pull request #14664 from bangerth/ref-cell-deprecate

Deprecate functions in ReferenceCell and introduce replacements.

Merge pull request #14672 from bangerth/doc-88

Augment documentation of the PETSc block sparse matrix.

Merge pull request #14673 from nlsmrg/grid-generator-fix

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in GridGenerator

Merge pull request #14670 from bangerth/contains-point

Implement ReferenceCell::contains_points() for the remaining reference cells.

Use platform independent random numbers.

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in GridGenerator

Merge pull request #14650 from masterleinad/guard_boost_intel_llvm

Merge pull request #14669 from drwells/barycentric-cleanup

Also export additional variables to dea.IIConfig.cmake

Co-authored-by: Matthias Maier <tamiko@43-1.org>

define preprocessor variables for all DEAL_II_FEATURE_*_BUNDLED_CONFIGURED CMake variables

Use a conditional to avoid accesses the compiler flags as possibly out of bounds.

Merge pull request #14663 from bangerth/assert-vtu

Make special casing in VTU output more explicit.

Merge pull request #14666 from bangerth/doc-87

Minor updates to bounding box documentation.

Merge pull request #14668 from bangerth/cleanup

Fix the name of a variable: 'ratio' instead of 'ration'.

Merge pull request #14665 from bangerth/comments

Remove comments that are no longer useful.

BarycentricPolynomials: clean up implementation.

ReferenceCell: port line_to_cell_vertices() over

Augment documentation of the PETSc block sparse matrix.

Minor updates to bounding box documentation.

Fix OpenMP flag for Kokkos >= 4.0.00

Add a changelog entry.

Add a test.

Implement ReferenceCell::contains_points() for the remaining reference cells.

Fix the name of a variable: 'ratio' instead of 'ration'.

While there, also make a variable 'const'.

Remove comments that are no longer useful.

Prefix FEATURE_*_BUNDLED_CONFIGURED with DEAL_II

Rename preprocessor variable to DEAL_II_WITH_BOOST_BUNDLED

Avoid a deprecated function.

Add a changelog entry.

Deprecate functions in ReferenceCell and introduce replacements.

Merge pull request #14662 from drwells/connectivity-orientation-class

Use TriaObjectsOrientations in connectivity.h.

Add comments ans provide fallback implementation

Guard for clang>=16 instead of IntelLLVM

Merge pull request #14660 from bangerth/array

Merge pull request #14659 from bangerth/vtu-1

Merge pull request #14654 from bangerth/array-view

Merge pull request #14658 from bangerth/vtu-2

Make special casing in VTU output more explicit.

This also allows adding an assertion for the non-special case.

Cherry-pick fix into bundled boost

Use TriaObjectsOrientations in connectivity.h.

Add comment for the commit fixing the issue

Test output of a simplex cell with n_subdivisions=2.

Use std::array instead of a C-style array.

Augment documentation of DataOutBase::Patch.

Do not write gratuitous output files into test directories.

I don't think we still need those. If someone needs to look at this test in detail
again at a future time, it's easy enough to add these lines again by hand.

Remove Jenkinsfile.tidy

Merge pull request #14653 from bangerth/ref-99

Merge pull request #14655 from bangerth/av-2

Fix some more

Merge pull request #14610 from CodyGirl/lapack-documentation

doc: add documentation for lapack library linking support

Improve grammar in error messages.

Add new test.

Provide overloads of make_array_view() for std::array.

Add a changelog entry.

Add to the documentation of ArrayView.

Get rid of a template argument on an exception.

Merge pull request #14651 from drwells/unhardcode-6s

Fix a couple complaints

Run clang-tidy in GitHub CI

Merge pull request #14649 from masterleinad/update_clang_tidy

Update clang-tidy checks for recent clang versions

un-hardcode some 6s.

This makes it clear that we want to use the maximum number of faces in 3D.

Merge pull request #14647 from drwells/remove-begin-raw

Avoid using Tensor::begin_raw() et al.

Merge pull request #14604 from drwells/refactor-orientation

Add a dedicated class for orientation information.

Guard Boost compilation error with IntelLLVM

Remove cppcoreguidelines-pro-type-cstyle-cast

Revert "Cast MPI_STATUS[ES]_IGNORE"

This reverts commit 0ef0138a68f82cbf1ce759e1b5aaa38a2519df31.

Cast MPI_STATUS[ES]_IGNORE

Update source/lac/sparsity_tools.cc

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Update clang-tidy checks for recent clang versions

Merge pull request #14594 from jppelteret/scratch_data_interfaces_01

Extend ScratchData to support hp for interfaces

Avoid using Tensor::begin_raw() et al.

These are deprecated and in several cases we have better choices anyway.

Add a dedicated class for orientation information.

Merge pull request #14646 from masterleinad/restrict_p4est_tests

Restrict some tests requiring p4est

Merge pull request #14645 from lethe-cfd/add_metis_to_docker_image

Add METIS to Docker image

Add METIS to Docker image

Merge pull request #14643 from Rombur/adolc

Fix issue when adol-c is enabled

Fix issue when adol-c is enabled

Merge pull request #14640 from tamiko/cmake_fix_kokkos_header_installation

CMake: fix kokkos header installation

Merge pull request #14638 from masterleinad/explicit_docker

Be explicit about enabled and disabled dependencies in the Docker image

Merge pull request #14639 from masterleinad/require_trilinos_12_14_1

Fixes https://github.com/dealii/dealii/issues/14637

CMake: fix kokkos header installation

Be explicit about enabled and disabled dependencies in the Docker image

Drop the requirement for Trilinos+Kokkos rom 13.2 to 12.14.1