Deprecate FEValues::transform().

I don't see the use of this function given that all the
transformations from reference to real cell should actually go
through the Mapping classes directly. The function is also not
used anywhere.

Fixes #1509. In reference to #1198.

Merge pull request #1510 from bangerth/further-FEValues-cleanups-29

Further fe values cleanups 29: update Mapping::transform()

Update documentation of Mapping::transform() functions.

Reorder the arguments to Mapping::transform().

Merge pull request #1507 from tjhei/test_fixes

Test fixes

fix compilation error

Type case to make sure the correct reinit() is picked up (not the
template). Error message:
/ssd/deal-git/tests/trilinos/trilinos_sparsity_pattern_03.cc:42:
undefined reference to `void
dealii::TrilinosWrappers::SparsityPattern::reinit<int>(dealii::IndexSet
const&, dealii::IndexSet const&, int const&, int const&, bool)'

do not elide initializer list braces

This fixes the test on intel 15.

Merge pull request #1497 from bangerth/update-step-6

Update the 'possibilities for extensions' section of step-6.

Provide a changelog entry.

Provide more links.

Update the 'possibilities for extensions' section of step-6.

This uses the code example provided by Konstantin Ladutenko.

Update step-6 results section in a few places.

Merge pull request #1506 from bangerth/fix-test-output

Adjust test output.

Adjust test output.

Merge pull request #1505 from tamiko/silence_warnings

CMake: Silence warnings on Mac with XCode prior to 6.3

Merge pull request #1504 from tamiko/fix_compilation

Fixes for commit 5ba5f99, pull request #1312

CMake: Silence warnings on Mac with XCode prior to 6.3

Testsuite: Obey naming convention

Bugfix: Fix syntax error in function.templates.h

Merge pull request #1312 from QiaoLei-88/constFunction

New class ConstantVectorFunction

Merge pull request #1494 from bangerth/squash-warning

Squash warnings.

Merge pull request #1503 from tjhei/simplify_indent_script

simplify indent script

simplify indent script

- find can filter by extension
- xargs does parallel invocation
- fair grouping improves performance

Merge pull request #1502 from tjhei/auto_indent_tests

Auto indent tests

fix indentation

auto-indent code in tests

Merge pull request #1501 from bangerth/fix-test-output

Fix test output.

Fix test output.

Merge pull request #1500 from kronbichler/master

Run astyle over testsuite.

Run astyle over testsuite.

Merge pull request #1499 from tjhei/fix_test_output

fix test output

Merge pull request #1488 from davydden/fe_nothing_dominate_part4

introduced FECollection::find_least_face_dominating_fe(const std::set…

fix test output

Merge pull request #1498 from kronbichler/master

Make test output more robust.

Make test output more robust.

Output the vertex locations for each component separately and put a space between the parenthesis and the numerical output (for numdiff).

introduced FECollection::find_least_face_dominating_fe(const std::set<unsigned int>&) const

Merge pull request #1495 from bangerth/add-tests

Add two tests.

Add tests.

Merge pull request #1484 from davydden/fe_nothing_dominate_part3

introduce a parameter to allow FE_Nothing dominate other FEs

introduce a parameter to allow FE_Nothing dominate other FEs

made other FEs to comply with the new FE_Nothing;
corrected documentation of FE_Nothing::compare_for_face_domination()

Squash warnings.

We previously had warnings about invalid array accesses for dim==1. The
function in question doesn't implement this, but is instantiated anyway.

Merge pull request #1491 from tjhei/hdiv_seminorm

Fix Hdiv_seminorm computation

do not use square of weight for Hdiv_seminorm

The interpretation of weight in integrate_difference is that it scales
the norm not the function being integrated. We therefore need to scale
the components of div u with the square root of the weight.

add changelog

add H1_seminorm to test

Merge pull request #1441 from maieneuro/jacobian_hessian

computing jacobian_2nd_derivative and jacobian_3rd_derivative in mapping classes

Merge pull request #1455 from masterleinad/branch_activate_periodicity_03

Fix Issue 1128 and enable periodicity_03

computing jacobian_2nd_derivative and jacobian_3rd_derivative in mapping classes

Fix Issue 1128 and enable periodicity_03

fix incorrect Hdiv computation

|| u ||_Hdiv
= || div u ||_L2
= sqrt( \int_\Omega (div u)^2 )
= sqrt( \int_\Omega (sum d/dx_i u_i)^2 )
and not
= sqrt( \int_\Omega (sum (d/dx_i u_i)^2) )
which was the old implementation.

remove Exception from Hdiv_seminorm

also add some comments

add test for H1div_seminorm

Merge pull request #1489 from tamiko/add_output_variants

Testsuite: Add output variants for metis and opencascade tests

Merge pull request #1487 from tjhei/readd_affinity_quicktest

Readd affinity quicktest

Testsuite: Add an output variant for opencascade/iges_write

The output format is not stable under round-off errors due to the a forced
line break with line numbering on the right side...

Testsuite: Add output variants for metis tests.

Those are variants for a modern 64bit GNU userland

update affinity test and error message

Report DEAL_II_NUM_THREADS and don't error out if it is set to some
value. This was the reason we removed it in 384d5c6.

Revert "Remove the test affinity.cc."

This reverts commit 384d5c60b376a25c4e7b65b1e4c5364767dd449d.

Merge pull request #1479 from tamiko/testsuite_fixes

Testsuite: Bugfix: Fix mpi tests

Merge pull request #1483 from davydden/fe_nothing_dominate_part2

allow get_most_dominating_fe_index() inside hp::DoFHandler to fail

Merge pull request #1482 from davydden/fe_nothing_dominate_part1

drop Assert in FESystem when neither FE dominate

Merge pull request #1481 from cpraveen/changes-tecplotflags

Update changes.h regarding the update to TecplotFlags in pull request…

Merge pull request #1485 from kronbichler/master

Another non-MPI fix

Another non-MPI fix

make get_most_dominating_fe_index() return invalid_unsigned_int if we can't find the most dominating fe index

made comments wider

drop Assert in FESystem when neither FE dominate

Update changes.h regarding the update to TecplotFlags in pull request #1462

Merge pull request #1480 from tamiko/testsuite_fixes_2

Testsuite: Also adjust location in disctributed_grids and mpi

Testsuite: Also adjust location in disctributed_grids and mpi

We have a small number of tests under distributed_grids/ and mpi/ that read
in external grids from deal.II/ (which is now removed).

Update those references to the new location "../grid/grid_in*".

Testsuite: Bugfix: Fix mpi tests

MPI test results and diffs are stored at a different location than the
files for ordinary tests. Fix run_test.cmake to take that into account.

Safeguard against possible further changes by checking whether we have
guessed the location correctly prior to reading the diff file. We output
the file contents (which is either empty or explains against which variant
we successfully compared) for informational reasons anyway...

Merge pull request #1475 from tamiko/fix_testsuite

Testsuite: Bugfix: Port forgotten test to new variant runs

Testsuite: Bugfix: Port forgotten test to new variant runs

Wow. How did I miss it?

Merge pull request #1473 from kronbichler/master

Fix non-MPI case

Fix non-MPI case

Merge pull request #1468 from tamiko/resurrect_tests

Ressurect tests that rely on Boost's Cuthill-McKee implementation

Testsuite: dof_renumbering_0{4|7}: Add alternatives

Add alternative comparison files for Cuthill McKee renumbering tests that
use boost and are version and platform dependent.

Revert "Testsuite: Disable tests for Boost's Cuthill-McKee implementation"

This reverts commit 6d2e952dcfc6097a39da36a0e5eac1f67b855d30.

Merge pull request #1472 from bangerth/fix-formula

Fix a formula.

Merge pull request #1467 from tamiko/testsuite_test_variants

Testsuite: Allow comparison against multiple output files

Documentation: Fix typos

Fix a formula.

Testsuite: fix a typo

Update news/changes.h

Testsuite: Adjust all tests to last previous change

Testsuite: Remove compiler constraints

compiler constraints are a failed concept.

They try to provide "variants" for platform dependent and compiler
dependent output by means of awkward constraints that lead to unmanageable
complex conditions. Just imagine a three variant test:

  test.compiler=Intel=false.compiler=GNU=true.output
  test.compiler=Intel=true.compiler=GNU=false.output
  test.compiler=Intel=false.compiler=GNU=false.output

Now, add two more variants (e.g. depending on an compiler version)... it is
much more natural to just have output files like those:

  test.output
  test.output.gnu
  test.output.icc

(or whatever naming convention is imposed)

Documentation: Update testsuite.html to mention multiple comparison files

Testsuite: Let the diff target depend on all comparison file variants

Testsuite: Output which variant was used for comparison

Testsuite: Allow comparison against output variants

This commit modifies run_test.sh such that it also considers all variants
of the form

  [...].output
  [...].output.[STRING]

for comparison. If a numdiff/diff against one of those variants succeeds a
test is considered succesful.

Merge pull request #1462 from cpraveen/tecplot-solutiontime

Save solution time into tecplot ascii files for animating time depend…

Merge pull request #1463 from drwells/update-bernstein-polynomial

Update bernstein polynomial

Merge pull request #1471 from tamiko/small_cleanup

Bugfix: Replace 'size_t' with 'unsigned int' where appropriate

Merge pull request #1470 from kronbichler/master

Clean up parallel::Triangulation

Fix compilation with MPI but without P4EST

Cleanup interface of parallel::Triangulation without MPI

Bugfix: Replace 'size_t' with 'unsigned int' where appropriate

A this places 'unsigned int' is more appropriate than 'size_t' because it
matches the signature of the underlying methods it deals with. 'size_t' is
only used to match std::array.

Merge pull request #1276 from shakirbsm/dev

advection residuals added and tested

Remove strand_id since it is not clear how to use it. A default strand_id of 1 will be used.

Merge pull request #1465 from drwells/update-real-to-unit-comment

Add a comment describing the real to unit logic.