Extensions for Trilinos support in LinearOperators.

Trilinos sparse matrices and preconditions can now we wrapped as
LinearOperators, and can be used (nearly) as naturally as the deal.II
linear algebra classes could. This means that they can be used as a
transpose_operator(), inverse_operator() and within the
schur_complement().

The core support for block operations is also there, but has not been
thoroughly tested.

Make Trilinos Solver classes compatible with LinearOperators.

This patch adds some core functionality to the Trilinos Solver that is
later necessary for them to be compatible with LinearOperators.
Specifically, this is two additional solve() functions that accept
Trilinos EpetraOperators as the input Matrix (with one accomodating
wrapped Trilinos preconditioners, and the other another EpetraOperator
as a preconditioner.).

Make Trilinos Preconditioner classes compatible with LinearOperators.

This patch adds some core functionality to the Trilinos Preconditioner
that is later necessary for them to be compatible with LinearOperators.

LinearOperators now derive from an arbitrary Payload class.

This allows their functionality to be extended to support algebra class
other than deal.II's native classes.

Merge pull request #3727 from davydden/la_parallel_vector/ghost_assertion

make an Assert in LA::distributed::Vector::compress_finish() less rigid

Merge pull request #3729 from drwells/cppcheck-1

cppcheck results 1

Mark some functions as const.

This was caught by cppcheck.

initialize some pointers to NULL.

This was caught by cppcheck.

Pass some function arguments by reference.

This was caught by cppcheck.

Avoid 'std::string::find' for performance reasons.

This was caught by cppcheck.

Move some variables into the initialization list.

This was caught by cppcheck.

Reduce the scope of some variables.

This was caught by cppcheck.

Mark some functions as static.

This was caught by cppcheck: these methods don't depend on state and may
as well be static.

Merge pull request #3720 from drwells/sort-DoFTools-functions

Sort DoFTools functions

Merge pull request #3723 from masterleinad/update_memory_consumption

Update memory_consumption_01

make an Assert in LA::distributed::Vector::compress_finish() less rigid

Otherwise p::d::SolutionTransfer::interpolate() could trigger the
Assert due to round-off errors in certain scenarious.

Merge pull request #3724 from tjhei/document_cylinder_shell

update GridGenerator:cylinder_shell documentation

update GridGenerator:cylinder_shell documentation

Update memory_consumption_01

Merge pull request #3721 from drwells/silence-unused-typedef-warnings

Silence unused typedef warnings

Silence unused typedef warnings in release mode.

There are many places in the library where we use a typedef in just
debug mode, so disable the warning in release mode.

Remove some typdefs that are only used once.

Note that, since Assert is a macro, any arguments to Assert that contain
commas must be surrounded by parentheses.

Combine the remaining DoFTools functions.

Add a doxygen category for DoFTools exceptions.

Group the DoF mapping functions together.

Group DoFTools coupling functions together.

Merge pull request #3717 from kalj/call-static-method-correctly

use conventional way of calling static method to please nvcc

Merge pull request #3719 from masterleinad/fix_nonmpi_petsc_compile

Fix compiling with non-MPI PETSc

Fix compiling with non-MPI PETSc

Merge pull request #3718 from masterleinad/fix_complex_petsc_compile

Fix compiling with complex-valued PETSc

Fix compiling with complex-valued PETSc

use conventional way of calling static method to please nvcc

Merge pull request #3716 from kalj/fix-typos

fix typos in file name

fix typos in file name

Merge pull request #3715 from drwells/fix-null-reference-warnings

Fix some null reference warnings.

Put DoFTools functions in correct sections.

Credit for these fixes goes to Jean-Paul Pelteret.

Fix some null reference warnings.

An equivalent way to do this is to use a SmartPointer instead of a
reference: this lets us initialize with something that is not undefined
behavior.

Merge pull request #3714 from bangerth/fix-tests

Fix undefined order of evaluation.

Fix undefined order of evaluation.

Within a sequence such as
  deallog << is1.n_elements() << ", " << is1.pop_front() << std::endl;
the order of calls to 'n_elements()' and 'pop_front()' is undefined. Consequently,
there are two possible correct output files.

Fix this by splitting the line into two complete statements, separated by
a semicolon (which implies a sequence point).

Merge pull request #3700 from davydden/index_set_index_within_set

add alternative IndexSet::index_within_set() which does not throw an …

extend IndexSet::index_within_set()

to return numbers::invalid_dof_index
if the global index is not a member of the index set

Merge pull request #3713 from tamiko/disable_a_clang_warning

CMake: Disable -Wundefined-var-template for clang

CMake: Disable -Wundefined-var-template for clang

This warning leads to a lot of false positives. Simply disable the
diagnostic.

Fixes #3705

Merge pull request #3689 from bangerth/make-cell-available-in-postprocessor

Make cell available in postprocessor

Add a changelog entry.

Provide the cell via DataOutRotation. Add tests.

Provide the cell via DataOutFaces. Add tests.

Provide the cell via DataOut. Add tests.

Make cells available in data-postprocessors.

Merge pull request #3706 from tjhei/clang_expansion_to_defined_warn

disable clangs expansion-to-defined warning

Merge pull request #3711 from masterleinad/check_include_guards

Check for include guards

Merge pull request #3710 from tjhei/clang_warning

suppress clang warning

Merge pull request #3709 from tjhei/clang_link_error

fix clang 3.9.1 linker error

Check for include guards

suppress clang warning

fix clang 3.9.1 linker error

clang 3.9.1 complains about

undefined reference to `non-virtual thunk to
dealii::LinearAlgebra::Vector<double>::mean_value() const'

Work around it by using a different typedef for the return value.

fixes #3708

disable clangs expansion-to-defined warning

clang produces many warnings inside boost 1.62 of the following kind:

/ssd/deal-
git/bundled/boost-1.62.0/include/boost/archive/detail/iserializer.hpp:69:7:
warning: macro expansion producing 'defined' has undefined behavior
[-Wexpansion-to-defined]
#if ! DONT_USE_HAS_NEW_OPERATOR
      ^
/ssd/deal-
git/bundled/boost-1.62.0/include/boost/archive/detail/iserializer.hpp:63:12:
note: expanded from macro 'DONT_USE_HAS_NEW_OPERATOR'
        || defined(__SUNPRO_CC) && (__SUNPRO_CC < 0x590)   \
           ^

So I am adding this to DISABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS because we can not fix
boost.

Merge pull request #3703 from jppelteret/update_licence_file_02

Update licence file to mention AUTHORS file (release versions only).

Update licence file to mention AUTHORS file (release versions only).

Refers to #3701

Merge pull request #3702 from jppelteret/update_licence_file_01

Update licence file point to webpage with list of authors.

Update licence file point to webpage with list of authors.

Fixes #3701

Merge pull request #3699 from drwells/add-enum-docs

Add documentation for enumerations.

Merge pull request #3697 from davydden/incode_comments

add a few incode comments

add a few incode comments

Add documentation for enumerations.

Individual values in an enumeration will not show up in doxygen unless
they have a documentation string, so add a little description for each
enumeration value.

Merge pull request #3698 from kronbichler/master

[MatrixFree] Fix typo in documentation

Merge pull request #3695 from drwells/fix-changelog-target

Fix compilation of documentation.

Merge pull request #3693 from masterleinad/add_include_guards

Add include guards to all *.h files

[MatrixFree] Fix typo in documentation

Fix compilation of documentation.

Since c60382365dc removed changes.h, we should also update our CMake scripts to
not look for build rules that use this (nonexistant) file.

Add include guards for all header files

Merge pull request #3684 from bangerth/doc-update-80

Update CellData and SubCellData documentation.

Merge pull request #3690 from bangerth/remove-changes.h

Remove the changes.h file.

Remove the changes.h file.

This file is now automatically generated. Let's not leave a stale file sitting around.

Merge pull request #3688 from drwells/clean-up-constraintmatrix-headers

Move some headers into the .templates.h file.

Move some headers into the .templates.h file.

Merge pull request #3685 from davydden/doc/astyle_version

explicitly say we use astyle 2.04

Merge pull request #3687 from bangerth/make-IndexSet-threadsafe

Add a mutex to IndexSet and use it to make IndexSet::do_compress() thread-safe.

explicitly say we use astyle 2.04

Add a mutex to IndexSet and use it to make IndexSet::do_compress() thread-safe.

IndexSet has a number of 'mutable' member variables. The only function that modifies them is
'do_compress', which is called by 'compress', which is in turn called by all of the
'const' member functions. To make all of these 'const' member functions thread-safe, we
need to use a mutex in 'do_compress'. This patch does this.

I have verified that no other 'const' function actually modifies any of the 'mutable'
member variables, so only guarding 'do_compress' by the mutex is sufficient.

Update CellData and SubCellData documentation.

Merge pull request #3683 from bangerth/add-op-eq

Add a copy operator to Mutex so that it can be used in class with an operator=.

Merge pull request #3682 from bangerth/fix-IndexSet-nth_index_within_set

Let IndexSet::nth_index_within_set() call compress().

Add a copy operator to Mutex so that it can be used in class with an operator=.

Add test.

Let IndexSet::nth_index_within_set() call compress().

This follows the pattern of all other const functions of the class.

Merge pull request #3676 from bangerth/fix-DataOutFaces

Also check for the invalid FaceDescriptor that first_face() may return.

Merge pull request #3678 from jppelteret/fix_symm_tensor_constructor_01

Fix invalid loop range in SymmetricTensor class constructor; add test

Fix invalid loop range in SymmetricTensor class constructor; add test

Fixes #3674

Add changelog.

Add test.

Also check for the invalid FaceDescriptor that first_face() may return.

This happens if a process has no faces to deal with. The bug was reported by Justin Kauffman <jak5378@gmail.com>.

Merge pull request #3679 from masterleinad/split_changes_h

Split changes.h

Split changes.h

Fix split_summary to allow hyphens in authors' names

Merge pull request #3617 from masterleinad/recreate_changes_h

Recreate changes.h automatically

Replace bash script by CMake script and adjust files to be installed

Merge pull request #3677 from bangerth/fix-quicktest

Fix a quicktest.

Fix a quicktest.

The test assigned MPI return codes to a variable, but then did not do anything with this
variable. We may as well test for errors.

Merge pull request #3675 from davydden/diag_matrix_comp_warning

fix compiler warning in DiagonalMatrix