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Merge pull request #1872 from bangerth/doc-update-40

Update documentation about sparsity patterns.

Update documentation about sparsity patterns.

Merge pull request #1871 from bangerth/work-around-compiler-bug

Work around a bug in gcc 4.6.

Work around a bug in gcc 4.6.

Merge pull request #1868 from jppelteret/fix_precondition_selector

Remove errant line left over from a merge conflict.

Remove errant line left over from a merge conflict.

Merge pull request #1867 from drwells/consistent-template-type-names

Consistent template type names

Prefer PolynomialType to POLY.

Prefer StreamType to STREAM.

Prefer PreconditionerType to PRECONDITIONER.

Fix an astyle indentation issue.

Prefer SolverType to SOLVER.

More MATRIX to MatrixType

More VECTOR -> VectorType

Prefer BlockVectorType to BLOCK_VECTOR.

More MATRIX -> MatrixType

Even more VECTOR -> VectorType

More VECTOR -> VectorType

More VECTOR -> VectorType

Remove trailing blank lines

More VECTOR -> VectorType

MATRIX to MatrixType, part 1

TODO double check Range, Domain, and VECTOR

VECTOR to VectorType, part 2

VECTOR to VectorType, part 1

Merge pull request #1859 from luca-heltai/fix-diag-blop

Fixed bug in DiagonalBlockLinearOperator.

Merge pull request #1860 from bangerth/add-output-object-to-get_data

Add an output data object to FE::get_*_data().

Merge pull request #1854 from davydden/slepc_unit_tests_initial_space

Slepc unit tests and initial space

Fixed indentation.

Added test for BlockDiagonalOperator bug.

Merge pull request #1858 from luca-heltai/fix-header

Fixed header.

Added symmetric tensor to sacado_product_type.

Add an output data object to FE::get_*_data().

This allows finite elements to already fill certain output data elements
at the time the get_data() function is called, rather than having to later
figure out whether this is the first time (or not) they get into
fill_fe_*_values().

In its current form, the patch only adds that possibility to passing the
same output object to FiniteElement::get_*_data() that will later be used
when FiniteElement::fill_fe_*_values() will be called. The patch does not
actually implement any of the elements using this -- I will leave this
to a later patch addressing #1824.

Explicitly specify templates. Not specifying them would make the compiler confused about what version of block_operator to use.

Fixed header.

minor renaming of data members and variables in SLEPc solver

Merge pull request #1856 from tjhei/step-40-trilpetsc

decide between Trilinos and PETSc in step-40

decide between Trilinos and PETSc in step-40

based on a patch sent in by Kevin Drzycimski on the mailing list

Merge pull request #1855 from asartori86/symmetric_tensor_sacado

specialized scalar_product(SymmetricTensor,Tensor) with sacado

specialized scalar_product symmetric*tensor with sacado

a note in changes about SLEPc

GHEP and SHEP unit tests for SLEPc

extra options to Lanczos and GD SLEPc solvers

add set_initial_space() to SLEPc solvers

Merge pull request #1849 from bangerth/update-fill_fe_values-argument-list

Update fill fe values argument list

Merge pull request #1847 from adamkosik/master

FETools::project_dg, initialize output to zero

Document FiniteElement::fill_fe_*_values() arguments.

Add entry in news/changes.h.

Merge pull request #1852 from tamiko/do_not_run_step45

Testsuite: Bugfix: Do not run step-45

Merge pull request #1850 from bangerth/add-test

Add test.

Testsuite: Bugfix: Do not run step-45

step 45 is no longer configuration independent.

Add test.

This is a simplified test of FESystems whose base elements are again FESystems.
The test helped me debug a couple of issues, and might be of help again
at a later time. It is a simpler version of fe/shapes_system.

FETools::project_dg, initialize output to zero

Merge pull request #1846 from gassmoeller/fix-real-to-unit-zero-discriminant-again

Fix MappingQ1

Fix MappingQ1

Reshuffle the argument list of FE::fill_fe_*_values().

This brings the argument list in line with the changes made to Mapping in #1204.
In essence, it is all about sorting the list in a halfway reasonable order. No
functional changes.

The patch changes all of the derived finite element classes as well. In some cases
it changes the name of arguments to match a uniform style.

Merge pull request #1845 from bangerth/improve-loop-nesting

Improve loop nesting.

Make the same kind of changes also to FESystem.

Improve loop nesting.

We had a number of places of the form
  for (...tight loop...)
    if (constant condition)
      data update;

The compiler almost certainly can hoist the condition out of the loop,
but why make it this complicated for the compiler. I also find the code
easier to read because the loop is really only over a counting index
and does not carry any particular meaning at a level higher than the
if-statement.

Merge pull request #1841 from bangerth/undo-parallelization

Undo parallelization

Merge pull request #1844 from bangerth/eliminate-remote-NUMA-memory-accesses

Address @kronbichler's comments for #1825.

Address @kronbichler's comments for #1825.

Merge pull request #1825 from bangerth/eliminate-remote-NUMA-memory-accesses

Rather than creating a copy-data object in build_one_patch, build it locally and move it

Re-inline a function previously broken out into its own context.

Undo parallelization in FESystem.

As explained in comments, parallelizing this sort of operation destroys
data locality in NUMA contexts.

Merge pull request #1838 from bangerth/replace-update-once-each

Replace update_once/each

Replace update_once/each by requires_update_flags() in FiniteElement.

The purpose of this patch is to align the finite element classes with the way the
mapping classes have already been converted. Specifically, there is no need for
any of the users of finite element classes to actually know whether a FE implementation
wants to treat a particular flags as update_once or update_each. This is an internal
decision. Rather, all we need to know is what flags they need overall. This is now
communicated by the new FiniteElement::requires_update_flags() function.

The update_once() and update_each() functions have been retained -- for now -- as
internal functions individual elements can implement, but they are no longer virtual.

Rather than creating a copy-data object in build_one_patch, build it locally and move it.

This avoids a bunch of rather annoying remote-NUMA-region memory write contention issues
that @kronbichler identified.

Merge pull request #1835 from bangerth/avoid-unnecessary-memory-allocation

Avoid unnecessary memory allocation.

Avoid unnecessary memory allocation.

At least in cases where we know that the output vector of one function
has the same type as the result type of the current one, we can avoid
allocating a temporary vector.

Merge pull request #1837 from tjhei/fix_examples

Fix examples

step-45 requires MPI and Trilinos

remove contract() deprecation warning in step-9

Merge pull request #1836 from tjhei/fix_tests4

fix tests

fix tests

- use std_cxx11::bind instead of std::bind
- require Trilinos if we use it
- fe/bdm_*: do not set matrix entries <1e-14 to zero (different on
different machines) and always print 0 entries
- use check_solver_within_range where needed

Merge pull request #1834 from gassmoeller/triangulation_weights_callback

Fix test output.

Fix test output.

Allow calling repartition() even when no_automatic_refinement flag is not set

Merge pull request #1832 from luca-heltai/fix-matrix-creator

Fixed bug in one version of create_laplace_matrix.

Merge pull request #1833 from drwells/add-latex-brackets

Add brackets around a LaTeX subscript.

Fixed bug in matrix creator.

Add brackets around a LaTeX subscript.

Merge pull request #1823 from bangerth/remove-first_cell-mechanism

Remove first_cell mechanism in FiniteElement

Merge pull request #1777 from drwells/class-names-as-template-arguments

Class names as template arguments

Merge pull request #1769 from jperryhouts/add_erfc

Add erfc function to FunctionParser.

Merge pull request #1828 from tjhei/fix_tests3

fix tests/multigrid/transfer_prebuilt_01

fix tests/multigrid/transfer_prebuilt_01

I forgot to remove the .release.output file (output is now identical
between release and debug mode).

Merge pull request #1827 from bangerth/add-include-guard

Add an include guard to tests/base/functions.h.

Add an include guard to tests/base/functions.h.

Not important, but found while playing with collating testcases into
one.

Added muparser erfc test.

Add erfc function to FunctionParser.

Merge pull request #1707 from gassmoeller/triangulation_weights_callback

Triangulation weights callback

Use VectorType, not InVector, as a template type.

Some functions use a template for the input and output types, but other
functions use InVector. This commit switches the second kind to use VectorType,
which is more consistent with the usage of both VectorType and InVector.

Use FEValuesType, not FEValues, in templates.

This makes things less ambiguous because 'FEValues' is a valid class
name.

Prefer QuadratureType to Quadrature in templates.

Writing something like

template<typename Quadrature>

is ambiguous because Quadrature is also a class.

Use typename BlockMatrixType in templates.

This replaces the use of 'BlockMatrix', which, while it is not a class
name, looks a lot like one.

Use SP, not SparsityPattern, as a template type.

This commit also exchanges 'SparsityPatternBase' for 'SP' for
consistency.

Remove unnecessary dealii:: qualifiers.

Use VectorType, not Vector, as a template type.

Writing something like

template<typename Vector>

is ambiguous because Vector is also a class.

Merge pull request #1826 from drwells/remove-repeated-typedef

Remove repeated typedef.