Add a changes.h entry for shifted_matrix.h fixes.

Merge pull request #1993 from drwells/shifted-matrix-bugs

Shifted matrix bugs

Add a test for the generalized shifted matrix.

Fix issues pointed out by @slazav.

This commit fixes several compilation issues with
ShiftedMatrixGeneralized. This bug has been present since
cd072f5b77 (June 2001), so it looks like this class has never worked as
advertised.

Rename MASSMatrixType to fit the usual convention.

Merge pull request #1991 from masterleinad/petsc_prec

Different matrix for preconditioner in PETSc

Fix use of different matrices for linear system and preconditioner using PETSc

Merge pull request #1988 from bangerth/avoid-deprecated-function

Avoid using a deprecated function.

Merge pull request #1989 from bangerth/adjust-active_cell_index

Use cell->active_cell_index() instead of the double-indexed loop.

Use cell->active_cell_index() instead of the double-indexed loop.

Avoid using a deprecated function.

Merge pull request #1986 from bangerth/doc-update-46

Augment some error messages that previously had no associated text at all.

Augment some error messages that previously had no associated text at all.

Merge pull request #1985 from bangerth/remove-unused-exceptions

Remove two exceptions that are not used in deal.II any more.

Remove two exceptions that are not used in deal.II any more.

Merge pull request #1980 from bangerth/doc-update-44

Update the documentation of the DoFTools::make_*_sparsity_pattern() functions.

Update the documentation of the DoFTools::make_*_sparsity_pattern() functions.

Merge pull request #1981 from bangerth/doc-update-45

Update the introduction to the concepts page.

Merge pull request #1975 from bangerth/minor-cleanups-3

Some minor cleanups.

Merge pull request #1982 from drwells/update-include-guards-3

Update some include guards to the new style.

Update the introduction to the concepts page.

Merge pull request #1972 from bangerth/doc-update-42

Update documentation in a couple of places.

Update some include guards to the new style.

These header files were added after the last check for old-style include
guards.

Merge pull request #1979 from luca-heltai/cad-edges

Fixed read IGES and STEP.

Fixed read IGES and STEP.

Merge pull request #1965 from drwells/describe-concepts

Describe concepts

Summarize the template changes in changes.h.

Fix some dead links in the preconditioners module.

Overhaul the documentation of Concepts.

Improve spacing in the preconditioners module.

Give the sparsity pattern module its own file.

There is no reason for this to be combined with the matrix header.

Reword an awkward sentence.

Merge pull request #1932 from bangerth/also-copy-edge-ids

Also copy edge boundary ids to manifold ids in copy_boundary_to_manifold_id().

Merge pull request #1977 from gassmoeller/fix_long_long_serialization

Provide serialization for long long TableEntry

Provide serialization for long long TableEntry

Merge pull request #1976 from bangerth/doc-update-43

Update documentation in a couple of places.

Update documentation in a couple of places.

Add test.

Also copy edge boundary ids to manifold ids in copy_boundary_to_manifold_id().

Merge pull request #1970 from bangerth/generalize-get_tria

Introduce Triangulation::get_triangulation()

Replace now deprecated call to get_tria() by get_triangulation().

Fix a piece of incorrect documentation.

Make a few internal variables, well, internal.

Update the list of requirements a template argument has to satisfy.

Adjust testsuite.

Deprecate (hp::)?DoFHandler::get_tria; introduce get_triangulation.

Update documentation in a couple of places.

Use the new function Triangulation::get_tria().

Add changelog entry.

Introduce a function Triangulation::get_tria().

This allows to treat DoFHandlers and Triangulations in a more generic way.

Merge pull request #1933 from gassmoeller/utilities_number_to_string

Add a Utilities::number_to_string function

Add entry to changes.h

Fix usage of int_to_string

Address some comments

Add test

Add a Utilities::number_to_string function

Merge pull request #1967 from asartori86/pdsolution-transfer

instantiate parallel::distributed::SolutionTransfer also for spacedim!=dim

Merge pull request #1959 from bangerth/fix-instantiations

Make instantiation of functions more uniform.

instantiated for dim,spacedim

Merge pull request #1964 from drwells/RELAX-to-RelaxationType

Prefer RelaxationType to RELAX or RELAXATION.

Prefer RelaxationType to RELAX or RELAXATION.

Merge pull request #1960 from bangerth/add-reference

Add reference to a preprint.

Merge pull request #1961 from jperryhouts/disable_warnings

Disable warnings caused by a bug in Debian's openmpi library.

Disable warnings caused by a bug in Debian's openmpi library.

Add reference to a preprint.

Make instantiation of functions more uniform.

Specifically, allow the script to also instantiate for parallel distributed
and shared Triangulation classes. This also allows to significantly
simplify the list of explicit instantiations for GridTools.

Merge pull request #1955 from kronbichler/master

Speedup extract_locally_relevant_dofs

Speedup extract_locally_relevant_dofs

Merge pull request #1950 from tjhei/disable_deallog_console

Disable deallog console

Merge pull request #1953 from drwells/detemplate-distribute-sparsity-pattern

Detemplate distribute sparsity pattern

Improve docs for distribute_sparsity_pattern.

Update tests to not use '<>' unnecessarily.

De-template distribute_sparsity_pattern.

Formerly, when deal.II supported several dynamic sparsity patterns,
these functions had a template argument and were instantiated for each
distinct sparsity pattern type. Each function is currently only
instantiated once (for DynamicSparsityPattern and
BlockDynamicSparsityPattern, respectively) so the template is no longer
necessary.

Merge pull request #1954 from bangerth/doc-update-41

Update documentation.

Update documentation.

We used to use @arg in a few places here we meant @param.

Merge pull request #1952 from bangerth/changelog-update

Add another entry to the changelog.

Merge pull request #1941 from drwells/SP-to-SparsityType

Prefer SparsityType to SP.

Prefer SparsityPatternType to SP and SparsityType.

This commit uses SparsityPatternType as the template concept name for
things resembling a sparsity pattern. This replaces a few other template
parameters.

Add another entry to the changelog.

extend step-3 documentation

fix broken tests

fix other tests manually

remove deallog.depth_console(0) call in tests

changelog

step-50: switch from deallog to pcout, cleanup

remove nonsense

move deallog discussion from step4 to step3

Enable it in step3 and move the discussion there to match the output
printed in the results section.

remove deallog.depth_console(0) from examples

make 0 the default for deallog.depth_console

Disable printing deallog output to the screen by default.

Merge pull request #1951 from bangerth/clean-up-changelog

Clean up a number of changelog entries.

Document a recent change.

Clean up some changelog entries.

Merge pull request #1944 from drwells/fix-parameter-handler-dos-files

Fix parameter handler dos files

Add a test for DOS-format parameter files.

This verifies that issue #1691 was fixed by commit e9244cdffe.

Modify Utilities::trim to remove all whitespace.

This fixes issue #1691, where a ParameterHandler could not read files
with DOS line endings because Utilities::trim did not discard the '\r'
characters.

Merge pull request #1948 from kronbichler/fix_scalability_distributed_tria

Fix quadratic complexity of p::d::Tria::fill_vertices_with_ghost_neighbors

Fix quadratic complexity inside p::d::Tria::fill_vertices_with_ghost_neighbors

Merge pull request #1945 from drwells/fix-bzip-check-typo

Fix a typo in a CMake check.

Fix a typo in a CMake check.

Merge pull request #1940 from bangerth/fix-test-5

Fix output file.