Get rid of spurious links by using verbatim.

When the console output blocks are delimited as 'code' Doxygen tries to
link things that don't make sense (e.g., 'Solver' to the Solver base
class).

Despite this instances of 'step-18' must be escaped to avoid conversion
into references by the doc/doxygen/scripts/filter script.

Merge pull request #2194 from drwells/update-step-18-results

Update the results for step-18.

Merge pull request #2197 from tjhei/boost_warnings

compiler warnings and boost errors

BOOST enable_if fix for old versions

enable_if.hpp used to be in a different directory before 1.56.

more DISABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS guards

skip -pedantic if no cxx11

Update the results for step-18.

This commit updates the discussion (we no longer have to rewrite
makefiles), the timing values (happily, the program runs about 20x
faster now than when these results were recorded at some point in the
past, which most likely in 2002-2005 based on the mention of the
Athlon XP processor), and the output files from the simulation.

Merge pull request #2185 from tjhei/cmake_code_gallery_warning

fix cmake 3.3 error about code-gallery.h

Merge pull request #2191 from tjhei/fix_tria_assertion

fix eager Assertion in DoFAccessor

Merge pull request #2189 from tjhei/fix_doxygen_warning

fix doxygen warning in GridTools::get_dof_to_support_patch_map

Merge pull request #2178 from bangerth/add-authors

Add authors to the lines that list the code gallery programs.

fix eager Assertion in DoFAccessor

TriaRawIterator constructs a DoFAccessor with NULL as the Triangulation, see
include/deal.II/grid/tria_iterator.templates.h:71
so the new Assert introduced in #2179 triggers.

fix doxygen warning in GridTools::get_dof_to_support_patch_map

fix cmake 3.3 warning about code-gallery.h

cmake 3.3 will warn about CMP0058 and is unable to compile the documentation
when using Ninja:

 This project specifies custom command DEPENDS on files in the build tree
  that are not specified as the OUTPUT or BYPRODUCTS of any
  add_custom_command or add_custom_target:

   doc/doxygen/code-gallery/code-gallery.h

We have to jump through a few hoops to make this work: Generating a
dependency to a source file generated in a subdirectory CMakeLists.txt
requires a custom command attached to a custom_target. Because ADD_DEPENDENCIES
only allows custom_targets not custom_commands, we have to add another dummy.

Merge pull request #2184 from drwells/update-cmake-tutorial

Update cmake tutorial

Make the CMake tutorial more accurate.

This commit names things correctly (e.g., CMakeLists.txt, not
CMakefiles.txt).

Merge pull request #2183 from tjhei/suppress_more_warnings

suppress more warnings in external libs

suppress more warnings in external libs

this suppresses:
/ssd/libs-candi/trilinos-12.4.2-Source/include/Amesos2_Superludist_FunctionMap.hpp:285:17: warning: comparison of constant 67 with expression of type 'SLUD::DiagScale_t' is always false [-Wtautological-constant-out-of-range-compare]
      char eq = AMESOS2_SLUD_GET_EQUED(*equed);

and

/ssd/libs-candi/trilinos-12.4.2-Source/include/Tpetra_Experimental_BlockCrsMatrix_def.hpp:2826:3: warning: all paths through this function will call itself [-Winfinite-recursion]

Separate authors by commas, avoid space at the end.

Merge pull request #2179 from bangerth/doc-update-47

Doc update. Also add an assertion.

Add an assertion.

Update documentation.

Merge pull request #2181 from simonsticko/step5_release_mode

Update description in step-5 on how to switch to release mode.

Update description in step-5 on how to switch to release mode.

Add authors to the lines that list the code gallery programs.

Merge pull request #2177 from jppelteret/fix_fe_nedelec_constructor

FE_Nedelec can now be constructed for up to degree 12 in debug mode

FE_Nedelec can now be constructed for up to degree 12 in debug mode

Set a degree-dependent threshold for computing face embedding matrices.
Fixes #2176.

Merge pull request #2175 from srobertp/fix_adjust_vertices

Fix adjust vertices for GridTools::build_triangulation_from_patch()

Merge pull request #2173 from danshapero/grid-data

Factored out repeated code in InterpolatedTensorProductGridData

add new test to cover triangulations with hanging nodes so triangulations built have cells that don't pertain to patch

we only need to check the cells that have user flags set since those are the ones that correspond to the patch set.

Merge pull request #2170 from srobertp/adjust_triangle_vertices

add in support for changing vertices for

add a test associated with the perturbed vertices changes that calls GridTools::distort_random on the triangulation and then runs the same test as in tests/grid/build_triangulation_from_patch_01.cc

add code + documentation for support of vertices being perturbed to GridTools::build_triangulation_from_patches

add changelog entry for changes to GridTools::build_triangulation_from_patches to support perturbed vertices.

Factored out repeated code in interpolated grid data

InterpolatedTensorProductGridData has some repeated code for finding
the right table index for an input point when computed the value or
gradient; this has been factored out into a protected member function
and the member data have been made protected instead of private for
ease of extension.

Merge pull request #2171 from tjhei/example_updates

update graphical output in examples

Merge pull request #2172 from tjhei/fix_test

fix tests/base/function_parser_09

fix tests/base/function_parser_09

update graphical output in examples

- switch from gmv to vtu in several places
- format numbers in filenames with leading zeros
- vector output in step-20
- step-29: enable some debug output

Merge pull request #2168 from tjhei/fix_link

fix link

fix link

../mail.html is a 404 and I prefer linking to "participate" instead of
the mailing list...

Merge pull request #2161 from tjhei/step_53_warning

silence boost warnings in step-53

silence boost warnings in step-53

deprecated warning about boost_trait_def.hpp when using boost 1.60

Merge pull request #2163 from tjhei/silence_boost_warnings

silence boost warnings

silence boost warnings

Merge pull request #2156 from tjhei/require_8_5

Require 8.5

Merge pull request #2158 from tjhei/fix_warning

fix warning

fix warning

(unused parameter)

update deal.II version in documentation and tests

Require the current version of deal.II.

update VERSION

Merge pull request #2150 from tjhei/changes_before_84_branch

update changes and news for release

update changes and news for release

Merge pull request #2152 from tjhei/disable_compiler_warnings

disable gcc warnings

disable gcc warning

In file included from /usr/include/c++/4.8/cassert:43:0,
                 from /ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/narrow_encoding.hpp:6,
                 from /ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/read.hpp:14,
                 from /ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/json_parser.hpp:16,
                 from /ssd/deal-git/source/base/parameter_handler.cc:26:
/ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/narrow_encoding.hpp:
In member function ‘char
boost::property_tree::json_parser::detail::utf8_utf8_encoding::to_internal_trivial(char)
const’:
/ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/narrow_encoding.hpp:71:25:
warning: comparison is always true due to limited range of data type
[-Wtype-limits]
             assert(c <= 0x7f);

Merge pull request #2153 from tjhei/update_trilinos_version

update known good trilinos version

update known good trilinos version

Merge pull request #2131 from srobertp/dof_support_patches

add the get_dof_to_support_patch_map() function

Merge pull request #2149 from asartori86/rand_function

added rand function to FunctionParser

added rand and rand_seed functions to FunctionParser

run indent and add comments to describe test

add test of FE_Q<dim>(2) with dof_to_support_patch_map

Merge pull request #2151 from drwells/matrix-free-broken-link

Join a link that was broken over two lines.

Join a link that was broken over two lines.

This makes the link clickable.

change template parameter to DoFHandlerType and make various changes as recommended in pull request

Merge pull request #2144 from tjhei/wrapcomments

Wrapcomments

Merge pull request #2148 from tjhei/scary_mpi_fixes

fix several scary MPI bugs

fix several scary MPI bugs

I am surprised the code in question used to work at all because we are just
overwriting random memory. I detected those using clang's argument type
warnings and extensible clang type annotation within MPICH.

Merge pull request #2147 from kronbichler/master

Avoid C++11-isms in tests

Avoid C++11-isms in tests

Merge pull request #2146 from tjhei/minor_doc_update

minor rewording

minor rewording

run wrapcomments

this sadly kills some of the manual indentation of @param and other
commands

Merge pull request #2145 from tjhei/update_copyright_years

update copyright years

Merge pull request #2143 from tjhei/documentation_updates

Documentation updates

update copyright years

fix astyle

wrapcomments.py: numbered list support

update update_copyright script

-i is only valid if you process a file

fix block formulas

doxygen doesn't like numbered lists

more manual formatting

improve wrapcomments.py

manual formatting fixes for wrapcomments.py

formatting: release step 0b

various documentation fixes

Merge pull request #2142 from tjhei/msvc_bigobj_fix

fix MSVC compilation by adding /bigobj

fix MSVC compilation by adding /bigobj

this fixes "fatal error C1128: number of sections exceeded object file format limit"

run indent again on changes

Merge pull request #2100 from drwells/remove-whitespace-in-get_fe_by_name

Remove whitespace in get fe by name

Merge pull request #2140 from tjhei/fix_tests2

fix tests without cxx11

fix tests without cxx11

Merge pull request #2139 from tjhei/metis_test_output

fix metis tests

fix metis tests

On my machine with 64bit ints and 32bit metis I am getting the 32bit results
and so the tests fail. Fix this by always comparing against all possible
outputs. Also include additional output for metis_04.

Merge pull request #2138 from tjhei/metis_user_include

add metis include dir to USER_INCLUDE_DIRS

add metis include dir to USER_INCLUDE_DIRS

otherwise tests/metis/metis_01a fails with "fatal error: 'metis.h' file not found"

Merge pull request #2137 from tjhei/fix_tests

fix several tests

fix several tests

Merge pull request #2136 from tjhei/fix__parallelepiped_test

fix tests/grid/grid_parallelepiped_05