Update the links to UMFPACK's web site.

Merge pull request #2292 from tjhei/mainline_pr2291

fix makeofflinedoc.sh image downloading

fix makeofflinedoc.sh image downloading

- check Tutorial.html because there is an index.html in other
directories
- also download .svg files

Merge pull request #2288 from tjhei/fix_matrix_tools

take over #2286: Fix matrix tools

Merge pull request #2287 from asartori86/indent

added make (or ninja) indent

added log

added make indent

wrap correctly in namespace

fixes missing apply_boundary_values() implementation error

Conflicts:

source/numerics/matrix_tools_once.cc

remove dead function

Conflicts:

include/deal.II/numerics/matrix_tools.h

Merge pull request #2284 from bangerth/fix-argument-list

Properly indent an argument list.

Properly indent an argument list.

Also make an argument 'const' that is logically an input argument.

Merge pull request #2283 from bangerth/remove-unnecessary-include-2

Remove an unnecessary #include directive.

Remove an unnecessary #include directive.

Found while talking about this stuff with Luca.

Merge pull request #2281 from tjhei/typo

small typo

small typo

Merge pull request #2280 from bangerth/fix-test-6

Adjust the output of a test to recent changes.

Adjust the output of a test to recent changes.

This adjusts a single number, which was previously output as 3.37 and is
now output as 3.38. The correct value is likely 3.375, so will be rounded to
one or the other on the whim of the compiler and the phase of the moon.

The correct approach to fixing this is likely to just output one extra digit
in the .output file. However, this increases the size of the output file by 1.4 MB
and that seems silly, so I will perpetuate the fragile behavior by simply changing
the one number and kicking the can for a proper approach down the road.

Merge pull request #2279 from asartori86/fix-doc

fixed typos

fixed typos

Merge pull request #2276 from bangerth/avoid-warning-2

Avoid a warning about a dangling 'else'.

Avoid a warning about a dangling 'else'.

Merge pull request #2274 from davydden/branch_petscscalar_complex_fixtests

fix a few bugs introduced in the recent complex PETSc related pull-re…

Merge pull request #2275 from tjhei/doc_support_msvc

announce MSVC support

Merge pull request #2273 from tjhei/split_instantiations

Split instantiations of matrix_tools.cc

announce MSVC support

fix a few bugs introduced in the recent complex PETSc related pull-requests

fix indentation

move to a .templates.h

this avoid warnings with clang about undefined functions

Merge pull request #2248 from bangerth/doc-update-48

Update docs in a couple of places.

Merge pull request #2271 from asartori86/mappingmanifold

fix some typos on new documentation of Mapping

split instantiations of matrix_tools.cc

direction vector --> tangent vector

fix some typos [ci skip]

Merge pull request #2263 from drwells/avoid-c-style-casts

Get rid of a C-style cast.

Merge pull request #2260 from bangerth/simplify-function

Simplify the implementation of a function.

Merge pull request #2264 from bangerth/remove-deprecated-functions-15

Remove deprecated functions with names like 'boundary_indicator'.

Merge pull request #2262 from drwells/fix-lapack-bindings-on-bsd

Avoid boost functions that don't work on BSDs.

Rename an internal function to be consistent with the naming scheme elsewhere.

Remove deprecated functions with names like 'boundary_indicator'.

They had previously already been replaced by functions with name 'boundary_id', to
be consistent with the spelling for other attributes such as subdomain_id,
material_id, etc.

Get rid of a C-style cast.

The rest of this file uses static_cast.

Avoid boost functions that don't work on BSDs.

As was noted in issue #2261, the function boost::math::iround cannot be
used on some BSD variants due to the following compilation error:

In file included from /root/workspace/dealii/source/lac/lapack_full_matrix.cc:25:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/round.hpp:15:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/fpclassify.hpp:19:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/math_fwd.hpp:26:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/detail/round_fwd.hpp:12:
/usr/local/include/boost/math/tools/promotion.hpp:141:10: error: static_assert failed
"Sorry, but this platform does not have sufficient long double support for the special functions to be reliably implemented."
         BOOST_STATIC_ASSERT_MSG((0 == ::boost::is_same<type, long
         double>::value),
         "Sorry, but this platform does not have sufficient long double support for the special functions to be reliably implement ed.");
/usr/local/include/boost/static_assert.hpp:31:45: note: expanded from macro 'BOOST_STATIC_ASSERT_MSG'

Since we only use iround for clarity this is not hard to work around.

A note on the implementation: LAPACK functions can usually be run in two
different modes. In the first, they compute the optimal size of the work
array. In the second they actually execute the function. Therefore
all we need to do is make the work arrays one longer and we should still
get the same performance out of LAPACK without needing to worry about
any unforeseen roundoff issues.

Update docs in a couple of places.

Merge pull request #2259 from bangerth/extend-manifolds

Extend manifolds

Provide a default implementation of Manifold::get_tangent_vector().

Augment documentation.

Add tests.

Implement Manifold::get_direction_vector() in FlatManifold.

Add a member function Manifold::get_direction_vector().

Merge pull request #2250 from bangerth/doc-update-49

Extend documentation of the Manifold class.

Simplify the implementation of a function.

In particular, write an assertion with less code. Also remove some
alias variables.

Extend documentation of the Manifold class.

Merge pull request #2257 from davydden/branch_petscscalar_complex_bits_3

add a message why one should not use GridRefinement functions with co…

add a message why one should not use GridRefinement functions with complex-valued PETSc

Merge pull request #2258 from appiazzolla/master

Make AdditionalData available from PreconditionBlockJacobi

Make AdditionalData available from PreconditionBlockJacobi

Merge pull request #2254 from davydden/branch_petscscalar_complex_bits_2

some bits towards complex-valued PETSc (part 2)

extend MatrixTools::create_boundary_mass_matrix() for complex algebra

Most of the modifications are change of the multiplication order from
double * std::complex<scalar> to std::complex<scalar> * double.
Instantiate create_mass_matrix() and create_boundary_mass_matrix()
for complex case.

adjust functions in ConstraintMatrix to compile with complex algebra

modified condense(), set_matrix_digonals() and resolve_vector_entry()
by swapping the order of multiplications.
Instantiate distribute_local_to_global() and condense() for complex
algebra.

instantiate DoFTools::make_boundary_sparsity_pattern() for complex scalars

Merge pull request #2249 from davydden/branch_petscscalar_complex_bits_1

some bits towards complex-valued PETSc

Merge pull request #2251 from drwells/update-triangulation-comment-style

Update triangulation comment style

minor fixes of auxiliary function in vector tools

Skip misleading links in tria.h.

Reformat example code in tria.h.

minor extension of  mass_assembler() in matrix tools for complex numbers

extend MatrixTools::apply_boundary_values() to complex numbers

move instantiation of MatrixTools::apply_boundary_values() to inst.in file

instantiate n_boundary_dofs() for COMPLEX_SCALARS

extend do_project() for complex numbers with ExcNotImplemented() for solver

extend do_project_boundary_values() to complex numbers with ExcNotImplemented for solver

fix apply_boundary_values() for PETSc

Merge pull request #2241 from davydden/branch_petscscalar_complex_vectortools2

finish templating VectorTools; introduce templates to MatrixTools and…

add an entry to changes.h

add a few blank lines and use different include to get PetscScalar

consolidate definitions of TrilinosScalar in base/types.h as a typedef

continue templating VectorTools; introduce templates to MatrixTools and DoFTools

(i) drop the typedef FunctionMap from (hp::)DoFHandler and template n_boundary_dofs().
 Fix a few places where it was used.
(ii) template make_boundary_sparsity_pattern(...,FunctionMap,...)
(iii) new templates in MatrixCreator::
  create_mass_matrix(), create_boundary_mass_matrix(),
  apply_boundary_values() and local_apply_boundary_values().
(iv) number templates in VectorTools::
  interpolate_boundary_values(), project_boundary_values(),
(v) instantiate ConstraintMatrix::distribute_local_to_global for SparseMatrix<long double>

Merge pull request #2245 from tjhei/blacklist_intel_1601

blacklist intel 16.0.1

Merge pull request #2243 from tjhei/bug_mpi_allgather_type

fix incorrect MPI_Allgather

blacklist intel 16.0.1

fix incorrect MPI_Allgather

MPI_Allgather in compute_local_to_global_vertex_index_map() was using
the wrong data type, which probably lead to wrong results or at least
illegal memory access.

Merge pull request #2242 from Rombur/trilinos_sparsity_pattern

Fix a bug in make_trilinos_map()

Fix a bug in make_trilinos_map() where different processors would call different Epetra_Map constructor.

Merge pull request #2238 from tjhei/step-22-document-stokes-op

step-22: document symmetric gradient

step-22: document symmetric gradient

Merge pull request #2239 from drwells/fix-step-20-refactoring

Fix step-20 compilation.

Fix step-20 compilation.

76874a2160 did not correctly name a field of a class.

Merge pull request #2235 from davydden/fix_fe_field_function_vector_gradient

fixed a bug in FEFieldFunction::vector_gradient() introduced in 0dc4d47

fixed a bug in FEFieldFunction::vector_gradient() introduced in 0dc4d47

Merge pull request #2234 from davydden/fix_vector_tools_interpolate_mat_id

fixed a bug introduced to VectorTools::interpolate_based_on_material_…

fixed a bug introduced to VectorTools::interpolate_based_on_material_id() in 519d8b9

Merge pull request #2227 from davydden/missing_include_tria_h

add a missing include for std::accumulate()

Merge pull request #2226 from davydden/branch_petscscalar_complex_temporarymasking

temporary masking of few places for complex-valued PETSc

temporary avoid instantiations of PointValueHistory, DerivativeApproximation and DataOut-related classes for complex-valued PETSc

Merge pull request #2229 from davydden/fix_point_value_history

fix PointValueHistory to work with the updated VectorTools::point_val…

fix PointValueHistory to work with the updated VectorTools::point_value()

add a missing include for std::accumulate()

temporary mark max/min element in grid_refinement for complex-valued PETSc as NotImplemented

Merge pull request #2218 from davydden/branch_petscscalar_complex_error

extend error estimator to complex-valued PETSc

Merge pull request #2220 from davydden/branch_petscscalar_complex_fetools

minor change to fe_tools_interpolate to allow complex-valued vectors

Merge pull request #2217 from davydden/branch_petscscalar_complex_vectortools

extend VectorTools to complex-valued PETSc vector