Prefer SparsityPatternType to Sparsity.

Merge pull request #2310 from drwells/fix-failing-indent

Fix the failing indentation.

Fix the failing indentation.

Merge pull request #2302 from bangerth/fix-grammar

Fix grammar.

Merge pull request #2305 from bangerth/implement-tangent-for-chart-manifold

Implement the tangent vector for the ChartManifold class.

Merge pull request #2304 from bangerth/add-tests-2

Add tests for ChartManifold.

Merge pull request #2306 from tamiko/cmake_export_package_configuration

CMake: Also export package configuration to dealIIConfig.cmake

CMake: Also export package configuration to dealIIConfig.cmake

This is a quick workaround to also allow to export package configuration
variables of the form

  DEAL_II_<FEATURE>_WITH_<...>

to be exported to deal.IIConfig.cmake

Merge pull request #2301 from davydden/kelly_hK_factor

add the common h_K factor to Kelly estimator

add the common h_K factor to Kelly estimator

Add non-trivial tests for the tangent vector on a cylinder surface.

Add a bunch of tests for ChartManifold.

These test tangent directions for the simple case that the pull back
and push forward operations are the identity, or the identity on a
subspace (i.e., a projection).

Implement the tangent vector for the ChartManifold class.

Once one writes the formula down, it is quite clear what needs to happen and
how the code has to look like. The only slight difficulty is to treat periodicity
correctly.

Add tests for ChartManifold.

These tests implement a ChartManifold with an identity pull-back/push-forward,
thereby creating a flat manifold. The pre-image that the pull-back projects
onto has a higher dimension, however, adding a tiny wrinkle to the system.

Add tests for ChartManifold.

These tests implement a ChartManifold with an identity pull-back/push-forward,
thereby creating a flat manifold.

Fix grammar.

Merge pull request #2224 from Rombur/filtered_iterators

[RFC] Allow FilteredIterators to use 2 predicates

Add entry in changes.h

Do not required C++14.

Filter range given an arbitrary number of IteratorFilters.

Add test for IteratorFilter::AtBoundary.

Add a new IteratorFilters AtBoundary.

Merge pull request #2285 from ESeNonFossiIo/opencascade

openCASCADE changes orientation according to the flag

write changes in change.h

small doc

change orientation

Merge pull request #2297 from bangerth/minor-cleanups-4

Minor cleanups.

Minor cleanups.

Mainly just adjusting empty lines to our usual style.

Merge pull request #2296 from drwells/update-umfpack-links

Update the links to UMFPACK's web site.

Update the links to UMFPACK's web site.

Merge pull request #2292 from tjhei/mainline_pr2291

fix makeofflinedoc.sh image downloading

fix makeofflinedoc.sh image downloading

- check Tutorial.html because there is an index.html in other
directories
- also download .svg files

Merge pull request #2288 from tjhei/fix_matrix_tools

take over #2286: Fix matrix tools

Merge pull request #2287 from asartori86/indent

added make (or ninja) indent

added log

added make indent

wrap correctly in namespace

fixes missing apply_boundary_values() implementation error

Conflicts:

source/numerics/matrix_tools_once.cc

remove dead function

Conflicts:

include/deal.II/numerics/matrix_tools.h

Merge pull request #2284 from bangerth/fix-argument-list

Properly indent an argument list.

Properly indent an argument list.

Also make an argument 'const' that is logically an input argument.

Merge pull request #2283 from bangerth/remove-unnecessary-include-2

Remove an unnecessary #include directive.

Remove an unnecessary #include directive.

Found while talking about this stuff with Luca.

Merge pull request #2281 from tjhei/typo

small typo

small typo

Merge pull request #2280 from bangerth/fix-test-6

Adjust the output of a test to recent changes.

Adjust the output of a test to recent changes.

This adjusts a single number, which was previously output as 3.37 and is
now output as 3.38. The correct value is likely 3.375, so will be rounded to
one or the other on the whim of the compiler and the phase of the moon.

The correct approach to fixing this is likely to just output one extra digit
in the .output file. However, this increases the size of the output file by 1.4 MB
and that seems silly, so I will perpetuate the fragile behavior by simply changing
the one number and kicking the can for a proper approach down the road.

Merge pull request #2279 from asartori86/fix-doc

fixed typos

fixed typos

Merge pull request #2276 from bangerth/avoid-warning-2

Avoid a warning about a dangling 'else'.

Avoid a warning about a dangling 'else'.

Merge pull request #2274 from davydden/branch_petscscalar_complex_fixtests

fix a few bugs introduced in the recent complex PETSc related pull-re…

Merge pull request #2275 from tjhei/doc_support_msvc

announce MSVC support

Merge pull request #2273 from tjhei/split_instantiations

Split instantiations of matrix_tools.cc

announce MSVC support

fix a few bugs introduced in the recent complex PETSc related pull-requests

fix indentation

move to a .templates.h

this avoid warnings with clang about undefined functions

Merge pull request #2248 from bangerth/doc-update-48

Update docs in a couple of places.

Merge pull request #2271 from asartori86/mappingmanifold

fix some typos on new documentation of Mapping

split instantiations of matrix_tools.cc

direction vector --> tangent vector

fix some typos [ci skip]

Merge pull request #2263 from drwells/avoid-c-style-casts

Get rid of a C-style cast.

Merge pull request #2260 from bangerth/simplify-function

Simplify the implementation of a function.

Merge pull request #2264 from bangerth/remove-deprecated-functions-15

Remove deprecated functions with names like 'boundary_indicator'.

Merge pull request #2262 from drwells/fix-lapack-bindings-on-bsd

Avoid boost functions that don't work on BSDs.

Rename an internal function to be consistent with the naming scheme elsewhere.

Remove deprecated functions with names like 'boundary_indicator'.

They had previously already been replaced by functions with name 'boundary_id', to
be consistent with the spelling for other attributes such as subdomain_id,
material_id, etc.

Get rid of a C-style cast.

The rest of this file uses static_cast.

Avoid boost functions that don't work on BSDs.

As was noted in issue #2261, the function boost::math::iround cannot be
used on some BSD variants due to the following compilation error:

In file included from /root/workspace/dealii/source/lac/lapack_full_matrix.cc:25:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/round.hpp:15:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/fpclassify.hpp:19:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/math_fwd.hpp:26:
In file included from /usr/local/include/boost/math/special_functions/detail/round_fwd.hpp:12:
/usr/local/include/boost/math/tools/promotion.hpp:141:10: error: static_assert failed
"Sorry, but this platform does not have sufficient long double support for the special functions to be reliably implemented."
         BOOST_STATIC_ASSERT_MSG((0 == ::boost::is_same<type, long
         double>::value),
         "Sorry, but this platform does not have sufficient long double support for the special functions to be reliably implement ed.");
/usr/local/include/boost/static_assert.hpp:31:45: note: expanded from macro 'BOOST_STATIC_ASSERT_MSG'

Since we only use iround for clarity this is not hard to work around.

A note on the implementation: LAPACK functions can usually be run in two
different modes. In the first, they compute the optimal size of the work
array. In the second they actually execute the function. Therefore
all we need to do is make the work arrays one longer and we should still
get the same performance out of LAPACK without needing to worry about
any unforeseen roundoff issues.

Update docs in a couple of places.

Merge pull request #2259 from bangerth/extend-manifolds

Extend manifolds

Provide a default implementation of Manifold::get_tangent_vector().

Augment documentation.

Add tests.

Implement Manifold::get_direction_vector() in FlatManifold.

Add a member function Manifold::get_direction_vector().

Merge pull request #2250 from bangerth/doc-update-49

Extend documentation of the Manifold class.

Simplify the implementation of a function.

In particular, write an assertion with less code. Also remove some
alias variables.

Extend documentation of the Manifold class.

Merge pull request #2257 from davydden/branch_petscscalar_complex_bits_3

add a message why one should not use GridRefinement functions with co…

add a message why one should not use GridRefinement functions with complex-valued PETSc

Merge pull request #2258 from appiazzolla/master

Make AdditionalData available from PreconditionBlockJacobi

Make AdditionalData available from PreconditionBlockJacobi

Merge pull request #2254 from davydden/branch_petscscalar_complex_bits_2

some bits towards complex-valued PETSc (part 2)

extend MatrixTools::create_boundary_mass_matrix() for complex algebra

Most of the modifications are change of the multiplication order from
double * std::complex<scalar> to std::complex<scalar> * double.
Instantiate create_mass_matrix() and create_boundary_mass_matrix()
for complex case.

adjust functions in ConstraintMatrix to compile with complex algebra

modified condense(), set_matrix_digonals() and resolve_vector_entry()
by swapping the order of multiplications.
Instantiate distribute_local_to_global() and condense() for complex
algebra.

instantiate DoFTools::make_boundary_sparsity_pattern() for complex scalars

Merge pull request #2249 from davydden/branch_petscscalar_complex_bits_1

some bits towards complex-valued PETSc

Merge pull request #2251 from drwells/update-triangulation-comment-style

Update triangulation comment style

minor fixes of auxiliary function in vector tools

Skip misleading links in tria.h.

Reformat example code in tria.h.

minor extension of  mass_assembler() in matrix tools for complex numbers

extend MatrixTools::apply_boundary_values() to complex numbers

move instantiation of MatrixTools::apply_boundary_values() to inst.in file

instantiate n_boundary_dofs() for COMPLEX_SCALARS

extend do_project() for complex numbers with ExcNotImplemented() for solver

extend do_project_boundary_values() to complex numbers with ExcNotImplemented for solver

fix apply_boundary_values() for PETSc