Simplify some manifold code.

The previous code precomputed a global flag whether the manifold
is periodic or not, but ultimately had to check each coordinate
direction manually anyway. So do away with the global flag, and
simplify the code structure somewhat.

Merge pull request #2402 from Rombur/fix_c++11

Fix a bug when using boost::shared_ptr

Suppress warning in release mode.

Fix a bug when using boost::shared_ptr

Merge pull request #1901 from Rombur/epetra

Add EpetraWrappers::Vector.

Merge pull request #2396 from ndem0/master

Added colorize option for hyper_L grid

Merge pull request #2398 from tjhei/fix_manifold_compilation

fix manifold_lib compilation

fix manifold_lib compilation

It turns out clang doesn't like the declaration based on constants.

Modified the number of blank space in a test output.

Do not require C++11

Fix an ownership problem with shared_ptr.

Make tests work again.

Add import function to LinearAlgebra::TrilinosWrappers::Vector.

Make some functions const and use covariant return types. Add ComputationPattern
class.

Add EpetraWrappers::Vector.

Remove auto as typename, added comment for dimensional problem

Remove auto as typename, added comment for dimensional problem

Clean

Added small description to colorize option in hyper_L

Merge pull request #2394 from tjhei/add_changelog_torus

add changelog entry for #2385

Merge pull request #2391 from bangerth/fix-warnings-5

Avoid warnings about unused function arguments.

add changelog entry

Merge pull request #2385 from tjhei/torus_3d

Implement torus volume mesh

Added colorize flag (2dim)

Avoid warnings about unused function arguments.

Merge pull request #2389 from bangerth/track-dependencies

Properly track the dependencies for steps.pl.

Properly track the dependencies for steps.pl.

This finally correctly tracks all of the files steps.pl (the file that
generates tutorial.h) opens and reads for both the tutorial programs
and the code gallery.

address comments

Merge pull request #2388 from bangerth/fix-segfault

Fix a segmentation fault in DoFHandler::locally_owned_dofs().

Merge pull request #2331 from bangerth/sort-includes

Sort and remove some includes.

Fix a segmentation fault in DoFHandler::locally_owned_dofs().

This was caused by an incorrect size computation inside DoFTools::locally_owned_dofs_per_subdomain().

Merge pull request #2386 from tjhei/fix_doxygen_defines

fix macros appearing in doxygen documentation

fix macros appearing in doxygen documentation

See
https://www.dealii.org/developer/doxygen/deal.II/classFunctionParser.html#a39c99186f03fa9c4ab7288f166a6ac5a
for an example

add push_forward_gradient

Merge pull request #2375 from tjhei/rotate_3d

add GridTools::rotate in 3d

Merge pull request #2376 from luca-heltai/tangent-vector-function-manifold

Added tangent vector for FunctionManifold

add volume torus and TorusManifold

Addressed comments by @wolfgang

Added tangent vector for FunctionManifold

Merge pull request #2377 from bangerth/doc-update-51

Rewrite the documentation of the BlockIndices class.

Rewrite the documentation of the BlockIndices class.

The existing documentation described mostly *how* things are done, but not
what the class actually *represents*.

Merge pull request #2378 from bangerth/doc-update-52

Fix documentation in VectorTools.

Fix documentation in VectorTools.

Specifically, this addresses some documentation issues that have resulted from
paragraphs moving from VectorTools::compute_no_normal_flux_constraints to
VectorTools::compute_nonzero_normal_flux_constraints.

Merge pull request #2383 from kalj/fix-unused-parameter-warnings

Use trick to hide warnings about unused parameters

Merge pull request #2384 from kalj/fix-tbb-errors

make tbb work with c++11 and nvcc

make tbb work with c++11 and nvcc

Use trick to hide warnings about unused parameters

Merge pull request #2380 from kalj/fix-nvcc-warnings

Fix nvcc warnings

suppress some warnings by explicit casting

removing unreachable code

Merge pull request #2379 from guidokanschat/https_tutorials

Use https to access images in tutorials

Use https to access images in tutorials

Merge pull request #2362 from tjhei/ide_files

add examples and tests to project for IDEs

Merge pull request #2368 from tamiko/cmake_cleanup

CMake: Minor cleanup

CMake: Use DEAL_II_FEATURES in config/CMakeLists.txt

This commit also rearranges the logic such that variables belonging to a
certain features are grouped together again.

CMake: Use DEAL_II_COMPONENTS in setup_write_config.cmake

... and get rid of a variable introspection.

CMake: Use DEAL_II_FEATURES in setup_write_config.cmake

This is a first step to avoid the variables introspection done in this
setup file.

CMake: Refactor feature setup

 - DEAL_II_FEATURES is now used to hold the short name of all configurable
   features

Merge pull request #2374 from davydden/test_bundled_headers

skip all-headers/bundled to avoid issues with testing an already inst…

Fix erroneous character.

skip all-headers/bundled to avoid issues with testing an already installed library

add GridTools::rotate in 3d

add examples and tests to project for IDEs

This adds the example and test source and header files to the cmake
project with a dummy target that is not built. IDEs like qtcreator will
then include the files inside the project.

Merge pull request #2373 from kronbichler/master

Fix two more slow parts of parallel MG.

Fix two more slow parts of parallel MG.

Merge pull request #2370 from bangerth/doc-update-50

Update description of a couple of exceptions.

Merge pull request #2371 from bangerth/make-variable-const

Make a variable 'const'.

Make a variable 'const'.

Update description of a couple of exceptions.

Merge pull request #2367 from tamiko/cmake_remove_legacy_make_global_options

Cmake remove legacy make global options

Sort and remove some includes.

The mapping_*.h files did not all #include config.h as first
argument, as they should. They also include all sorts of files
they don't actually need. Remove these. Add them again in other
files that do need them but previously got them via mapping.h.

add a changes.h entry

Update documentation

CMake: remove legacy Make.global_options

Merge pull request #2366 from guidokanschat/https

change images to https

change images to https

Merge pull request #2365 from luca-heltai/change-pack-name

Fixed naming of Mac Package.

Merge pull request #2338 from luca-heltai/relocate-libs

Relocate libraries.

Fixed naming of Mac Package.

Merge pull request #2364 from Rombur/fix_typename

Remove typename from instantiation file.

Remove typename from instantiation file.

Merge pull request #2363 from davydden/deal_solver_02_mkl_fix

adjust petsc/deal_solver_02 test to pass on Ubuntu 14.04 + GNU compil…

Merge pull request #2359 from drwells/remove-intel-workaround

Remove a workaround for an old intel compiler.

fix arpack/step-36_ar test to run on Ubuntu 14.04 + GNU compilers + MKL

adjust petsc/deal_solver_02 test to pass on Ubuntu 14.04 + GNU compilers + MKL

Merge pull request #2361 from kronbichler/master

Performance improvements: Triangulation::end(level) can be expensive

Performance improvements: Triangulation::end(level) can be expensive

Merge pull request #2312 from jgedicke/Meshworker_InhomConstraints

Inhomogeneous constraints in Meshworker

corrected language spelling in comments

Merge pull request #2358 from drwells/fix-assignment-assertion

Fix an assertion in read_tecplot to not use '='.

Remove a workaround for an old intel compiler.

This was added in April 2005 in commit 0a58949ace and is no longer
necessary.

Fix an assertion in read_tecplot to not use '='.

Merge pull request #2354 from guidokanschat/additional_elasticity

Add weak tangential boundary condition for elasticity

Merge pull request #2357 from drwells/la-vector-block-read-assertion

Fix a block read assertion in VectorSpaceVector.

Fix a block read assertion in VectorSpaceVector.

Caught by intel 13.

Merge pull request #2355 from drwells/check-number-of-support-points

Check the number of nodes in FE_DGQArbitraryNodes.

Check the number of nodes in FE_DGQArbitraryNodes.

Currently, one can create an FE_DGQArbitraryNodes instance from a
quadrature rule with zero points, which causes segmentation faults (even
in debug mode) when one tries to use the element. This assertion
verifies that this cannot happen, at least in debug mode.

add weak tangential boundary condition for elasticity

Merge pull request #2230 from davydden/branch_petscscalar_complex_tests

Petsc complex tests

minor cleanup of petsc_complex/vector_02