Default initializing Subscriptor in SparseMatrix move ctor

astyle

Added move constructor to SparseMatrix

Merge pull request #2357 from drwells/la-vector-block-read-assertion

Fix a block read assertion in VectorSpaceVector.

Fix a block read assertion in VectorSpaceVector.

Caught by intel 13.

Merge pull request #2355 from drwells/check-number-of-support-points

Check the number of nodes in FE_DGQArbitraryNodes.

Check the number of nodes in FE_DGQArbitraryNodes.

Currently, one can create an FE_DGQArbitraryNodes instance from a
quadrature rule with zero points, which causes segmentation faults (even
in debug mode) when one tries to use the element. This assertion
verifies that this cannot happen, at least in debug mode.

Merge pull request #2230 from davydden/branch_petscscalar_complex_tests

Petsc complex tests

minor cleanup of petsc_complex/vector_02

fix CMAKE_MINIMUM_REQUIRED in petsc_complex and slepc_complex

use AssertThrow instead of Assert in petsc_complex tests

Merge pull request #2352 from drwells/remove-repeated-sentence

Remove unimplemented assignment operators.

Remove unimplemented assignment operators.

These have been commented out since they were added in ce50155aea (March
2010). Since the comment blocks begin with '/**' this caused this
amusing doxygen description for 'operator==':

    Assignment operator. Assignment operator. Assignment
    operator. Compare for equality.

Merge pull request #2344 from bangerth/new-new-thread

Add Threads::new_thread() function for lambdas and std::bind objects.

Merge pull request #2347 from drwells/forward-declaration-warning

Fix a clang warning.

Merge pull request #2348 from drwells/opencascade-warnings

Silence some OpenCascade warnings.

Merge pull request #2349 from drwells/add-opencascade-copyright

Add opencascade copyright

Add copyright notices for some opencascade files.

Remove $Id$ tags.

Silence some OpenCascade warnings.

Fix a clang warning.

The declaration of ConstraintValues uses 'struct', so the forward
declaration should also use 'struct'.

add a note in change.h on PETSc complex unit tests

do not use Trilinos inside petsc_compelx tests

fix petsc_complex/parallel_sparse_matrix_01

update output for petsc_complex/solver_real_01/02

fix petsc_complex test

do not run tests/petsc when complex-valued PETSc is used as most of them fail

add unit tests for complex-valued PETSc and SLEPc

Merge pull request #2343 from davydden/mpi_logical

fixed a bug with MPI_LOGICAL

Merge pull request #2346 from bangerth/fix-doc-3

Fix doxygen markup.

Merge pull request #2345 from bangerth/fix-compilation-3

Remove an unnecessary (and nonexistent) include file.

fix a bug where MPI_LOGICAL fortran type was used

add a simple trilinos test with vec.reinit() which previously
triggered MPI_LOGICAL-related error in IndexSet class.

Fix doxygen markup.

Remove an unnecessary (and nonexistent) include file.

New test.

Add Threads::new_thread() function for lambdas and std::bind objects.

Merge pull request #2342 from drwells/fix-compilation

Fix compilation on clang.

Fix compilation on clang.

I added this header previously in d34f4fc116 to be consistent with the
inclusion of the accessors header in the hp DoFHandler file. However,
this header is not necessary, and including it breaks compilation under
clang for reasons I do not fully understand.

Merge pull request #2341 from bangerth/fix-compilation-2

Fix compilation.

Fix compilation.

Merge pull request #2336 from tamiko/fix_rpath_handling_for_mac

CMake: Fix rpath handling on Mac OSX

CMake: Fix rpath handling on Mac OSX

This forces global paths upon installation to avoid error messages like

dyld: Library not loaded: /lib/libdeal_II.g.8.4.0-rc3.dylib
  Referenced from: /[...]/step-18
  Reason: image not found

In Reference to #1938

Merge pull request #2332 from drwells/remove-unused-forward-declarations

Remove unused forward declarations

Describe forward declarations in the style guide.

Add headers for values returned by methods.

Currently, one could include this header and then write something like

dof_handler.begin_active()->set_active_fe_index(1)

and this will fail to compile with obscure template errors because the
DoFCellAccessor (the value returned by '->') is only forward declared
without this extra header.

Add missing headers.

Include headers for default template parameters.

Update headers in some tests.

Forward declare things where they are used.

Remove some unused headers.

Use headers instead of forward declarations.

We use typedefs inside of these classes so the header is necessary. The
header is currently included anyway through mapping_q1.h.

Move a header into a .templates file.

Explicitly include needed header files.

Improve forward declarations in dof_tools.h.

This commit does two things: it brings in hp/dof_handler.h
explicitly (since details of that class are used) and cleans up the
forward declarations already present.

Remove unused forward declarations.

Merge pull request #2329 from bangerth/provide-cmake-message

Let the 'indent' custom target print a better message.

Don't generate status output.

Also provide an error if we couldn't find the right version of
astyle. This didn't matter much before because the tool was always
called on the command line, but is important now that it can be called
by 'make indent'.

Merge pull request #2330 from bangerth/fix-compilation

Fix compilation.

Perform the same modifications for new_thread() as well.

Fix compilation.

GCC 4.6.3 does support C++11 but apparently runs into
trouble with the recent addition of the new Threads::new_task()
function. This patch ensures that the right overload is found
by not specifying a template argument explicitly, but explicitly
casting the argument to the type of the argument of the function
we want to call. This cast would have to be performed also when
specifying the template argument explicitly.

Let the 'indent' custom target print a better message.

The existing message displays the command that is being executed. Instead
say what it *does*.

Merge pull request #2324 from ESeNonFossiIo/NURBSPatchManifold

Nurbs patch manifold

documentation

test for ../tests/opencascade/nurbs_patches_manifold_00

NURBSPatchManifold

Merge pull request #2326 from bangerth/new-new-task

Implement a C++11 conforming way to pass lambdas etc to new_task().

Add another note.

Add another test.

Add tests.

Implement a C++11 conforming way to pass lambdas etc to new_task().

Merge pull request #2323 from nicola-giuliani/interpolate_codim_one

instantiation codim

Merge pull request #2322 from appiazzolla/master

Remove only one block warning.

typo

instantiation codim

Eliminating lines instead of commenting them out

Remove only one block warning. I find it not that useful and very annoying in a matrix free setup when this class is called frequently

Merge pull request #2308 from luca-heltai/tangent-spherical

Implemented get_tangent_vector for SphericalManifold.

Merge pull request #2294 from drwells/sparsity-tools-dg-coupling-1d

[WIP] Sparsity tools DG coupling 1D

Merge pull request #2318 from bangerth/fix-compilation-2

Provide necessary #include file and properly qualify name.

Minor cleanups.

Provide necessary #include file and properly qualify name.

Added tangent vector to SphericalManifold.

Merge pull request #2315 from bangerth/minor-cleanup3-5

Minor cleanups.

Merge pull request #2303 from bangerth/address-style-issues

Address minor style issues.

Address minor style issues.

Minor cleanups.

Merge pull request #2314 from davydden/branch_petscscalar_complex_symm_hermit

add missing Asserts in is_symmetric() and is_hermitian()

add missing Asserts in is_symmetric() and is_hermitian()

Update the tests to run in 1D.

I verified these by both inspecting a few sparsity patterns graphically
and by switching off the 'continue' statement optimizations.

Fix a typo.

Redo the logic in make_flux_sparsity_pattern.

As was reported on the mailing list, this function did not work in 1D
because it relied on setting the user flag on a face. This is not
possible because a 'face' in 1D ultimately resolves to the class
TriaAccessor<0, 1, 1>, which does not support user flags.

Improve spacing and indentation.

Prefer 'face (face_n)' to 'face(face)'.

The former is easier to read.

Fix a wrong comment.

Merge pull request #2313 from drwells/remove-repeated-tests

Remove repeated tests.

Remove repeated tests.

Since CompressedSparsityPattern and CompressedSetSparsityPattern are now
just typedefs for DynamicSparsityPattern, the only difference between
these (deleted) tests and the versions without '_x's in their names is
a small change in how we loop across the sparsity pattern: the diff
between the version with the '_x' and the version without was always, up
to different classes for the sparsity pattern, either

<       for (CompressedSetSparsityPattern::iterator
<            c = sp.begin(line); c!=sp.end(line); ++c)
<         deallog << c->column() << " ";
---
>       for (unsigned int c=0; c<sp.row_length(line); ++c)
>         deallog << sp.column_number(line,c) << " ";

or

<           for (CompressedSetSparsityPattern::iterator
<                c = sp.block(block_row.first,col).begin(block_row.second);
<                c!=sp.block(block_row.first,col).end(block_row.second); ++c)
<             deallog << c->column()
---
>           for (unsigned int c=0;
>                c<sp.block(block_row.first,col).row_length(block_row.second);
>                ++c)
>             deallog << sp.block(block_row.first,col).column_number(block_row.second,c)

and the outputs were identical.

Merge pull request #2309 from drwells/sparsity-to-sparsitypatterntype

Prefer SparsityPatternType to Sparsity.

Prefer SparsityPatternType to Sparsity.

Merge pull request #2310 from drwells/fix-failing-indent

Fix the failing indentation.

Fix the failing indentation.