Bugfix: Update MultipleParameterLoop::read_input to cb72c13

Fix a regression introduced by cb72c13 that changed the signature of
ParameterHandler::read_input.

In reference to #2526
Fixes #2545

Merge pull request #2544 from Rombur/cubit

Update documentation.

Update documentation.

Merge pull request #2539 from Rombur/fix_64_bit

Fix a bug when using 64 bit indices.

Fix a bug when using 64 bit indices.

Merge pull request #2536 from kronbichler/master

Fix Trilinos mat-mat multiplication

Fix Trilinos mat-mat multiplication

Merge pull request #2537 from pesser/newton_debug

Newton debug

add test for newton debug vector sizes and astyle

initialize Du to correct size

Merge pull request #2529 from bangerth/fix-warnings-8

Comment out argument names for move constructors/operators.

Merge pull request #2528 from bangerth/fix-warnings-6

Remove unused variable.

Merge pull request #2526 from davydden/parameter_handler_eof

add an extra string parameter to terminate the parsing of a file by P…

add a unit test to check that last_line works in ParameterHandler

Comment out argument names for move constructors/operators.

This avoids warnings by gcc 4.6 which takes a '=default' declaration to be a
function definition in which it doesn't use the name of the argument. It then
proceeds to issue a warning about an unused argument :-(

This patch avoids this.

Remove unused variable.

Thereby also fix a warning.

add an extra string parameter to terminate the parsing of a file by ParameterHandler

Merge pull request #2523 from ESeNonFossiIo/PETScLinearOperator

fix PETSc ReinitHelper for LinearOperator and MPI vectors

Fix ReinitHelper for PETSc and test vmult for PETScSparseMatrix

Merge pull request #2524 from bangerth/minor-fix

Reset object to native state in IndexSet::clear().

Reset object to native state in IndexSet::clear().

IndexSet stores an index into an array. Upon construction, this index is set
to an invalid value (because the array is empty), whereas after IndexSet::clear()
the index was set to zero -- a perfectly reasonable, and consequently objectionable
index. This patch sets the index to an invalid value instead, as is also
done in the constructor.

Merge pull request #2513 from danshapero/index-set-move

Added move constructor to IndexSet

Added move constructor to IndexSet

Merge pull request #2518 from masterleinad/periodicetc

Use neighbor_or_periodic_neighbor at suitable places

Fix minor issues in PR2518

Merge pull request #2517 from kronbichler/master

Use the same affinity for inner products as for vector updates

Merge pull request #2520 from ESeNonFossiIo/PETSc_nullptr

Remove nullptr

Remove nullptr

Document magic constants

Increment index at the position where we do the summation

Use the same affinity for inner products as for vector updates

Merge pull request #2512 from andreamola/min_max_curvatures_in_point_proj_on_surface

closest_point_and_differential_forms changed to return min and max curvatures

Entry in changes.h

Test for periodic boundary conditions using DG and MeshWorker, update other tests

Fixup periodic_neighbor_is_coarser for refined cells

periodic_neighbor in MeshWorker

periodic_neighbor in MGTools::make_flux_sparsity_pattern

periodic_neighbor in DoFTools::make_sparsity_pattern

Merge pull request #2514 from jgedicke/mg_assemble_up_fix

fix call of assemble_up in MGMatrixSimple

changed normal type in tuple in Tensor<1,3>

closest_point_and_differential_forms and push_forward_and_differential_forms in opencascade/utilities have been changed. they now return both min and max curvature instead of the mean one.

Merge pull request #2516 from ESeNonFossiIo/fix_old_PETSc_versions

Fix a compilation issue of #2502

add guard on PETSc version

more system tests in assembler_simple_mgmatrix_04

modified assembler_simple_mgmatrix_04 to test for FESystem(RT_0,DGP_0)

Merge pull request #2515 from kronbichler/fix_mg_test

Adjust test to fixed adaptive multigrid

Adjust test to fixed adaptive multigrid

fix call of assemble_up in MGMatrixSimple

Merge pull request #2507 from kronbichler/master

Introduce affinity partitioner to Vector

Adjust memory consumption of vector

Avoid setting the partitioner at the place of use

Do not change partitioners in reinit(n), cleanup code

Mention change

Implement affinity partitioner for the deal.II vector class

Merge pull request #2509 from bangerth/doc-update-58

A number of doc updates.

Merge pull request #2502 from ESeNonFossiIo/PETSc_reinit_helper

PETSc ReinitHelper for LinearOperator

Update documentation of MGLevelObject.

Update a comment about the contents of a file.

Merge pull request #2508 from bangerth/doc-update-57

Update a copy-paste error for DoFTools::extract_boundary_dofs().

Update a copy-paste error for DoFTools::extract_boundary_dofs().

There are two functions of the same name with the same documentation, but in one
the argument is a std::vector<bool> and in the other it is an IndexSet. The former's
documentation was copied from the latter's and referred to the wrong data type.

While there, also mark arguments as [in] or [out].

add check on PETSc contiguos memory

changes.g

PETSc ReinitHelper for BlockVector

test for PETSc Vector reinit helper

PETSc Vector reinit helper

add locally_owned_range_indices and locally_owned_domain_indices

add m() and n() methods

Merge pull request #2503 from danshapero/vector-move-ctor

Vector, BlockVector are reset after move

changelog

Added default move ctor/assignment to BlockVector, BlockVectorBase

This makes a moved BlockVector have the right post-condition, i.e.
the state it would have after default construction.

Added move ctor to BlockIndices

Changed the vector move ctor/assignment operator not to use swap

Added move assignment operator to Subscriptor

Merge pull request #2506 from kronbichler/improve_vector_grainsize

Improve grainsize of vectors, unify vector loops

Merge pull request #2466 from tjhei/parmg_missing_neighbors

rework MG DoF distribution

Improve grainsize of vectors, unify vector loops

Merge pull request #2501 from tjhei/tensor_mf_followup

TensorProductManifold followup

changelog

rework MG distribution

Fix a rare case of missing level ghost neighbors for geometric
multigrid.

Add sanity checks to confirm several assumptions made in the code to
detect problems like this in the future.

Rework and simplify the logic of distribute_mg_dofs: don't communicate
ghost neighbors by level but all at once and instead of guessing who
will send data, actually request cells from the ghost neighbors.

Add and updated tests.

changelog

require muparser for manifold test

Merge pull request #2499 from nicolacavallini/matrix_creator_inst

matrix creator instantiation

matrix creator instantiation

restored codimension zero instatiation

deleted blank line

Merge pull request #2416 from tjhei/tensor_mf

[WIP] implement TensorProductManifold

implement TensorProductManifold

Merge pull request #2497 from kronbichler/fix_cuthill_mckee

Fix Cuthill-McKee renumbering on large processor counts

Merge pull request #2498 from andreamola/read_ucd_manifold_ids_option_test

Read ucd manifold ids option test

implemented modifications asked by Luca H. on tests/grid/grid_in_ucd_01.cc

added comment on new read_ucd option in doc/news/changes.h

indent

Added a test for the new read_ucd option that treats identifiers in a ucd file as manifold_ids instead of boundary_ids

Fix Cuthill-McKee renumbering on large processor counts

Merge pull request #2483 from gpitton/new_gmres_signals

Added Hessenberg and Krylov signals to GMRES

Merge pull request #2494 from luca-heltai/entry-mapping-manifold

Add entry in changes.h for MappingManifold

Update a comment for a variable.

Added entry for MappingManifold.

Merge pull request #2411 from luca-heltai/composition-manifold

Composition manifold.

Improved comment on periodicity for SphericalManifold.

Removed old manifold_tools.h

Added comment and entry to changes.h.