indent

remove unused doxygen filter for exceptions

move exception outsequence from signature into a note

fix doxygen include path and expand DeclExceptionMsg

Merge pull request #2568 from kronbichler/master

Fix test without MPI

Fix test without MPI

Merge pull request #2566 from drwells/cmake-quick-test-error

Return a nonzero value if the quick tests fail.

Make the quick test error message more accurate.

Errors occured, so this should be labeled as an error with the same
style used elsewhere in the CMake configuration.

Return a nonzero value if the quick tests fail.

Previously 'make test' would return 0 regardless of whether or not any
quick tests failed.

Merge pull request #2565 from bangerth/doc-update-59

Improve an error message.

Merge pull request #2557 from davydden/function_spline

Functions::CSpline via GSL

Improve an error message.

Merge pull request #2564 from bangerth/doc-update-58

Add a note about evaluating point values/gradients.

Add a note about evaluating point values/gradients.

Specifically, say that this is likely going to lead to heartbreak
if done close to a cell boundary.

Merge pull request #2325 from drwells/flux-sparsity-pattern-parallel

Fix a distributed sparsity bug.

Merge pull request #2563 from kronbichler/master

Fix test of exception in FE_Q at degree 0

Fix test of exception in FE_Q at degree 0

Merge pull request #2562 from tcclevenger/changelog_typo

fixed typo in changes.h

fixed typo in changes.h

Merge pull request #2519 from tcclevenger/write_parallel_vtu

add GridOut::write_mesh_per_processor_as_vtu

add a GSL entry to changes.h

Add GSL compilation instructions and mention it among other external libraries to which deal.ii has an interface

fixed order of changes.h entry

add GridOut::write_mesh_per_processor_as_vtu

Writes vtu with values "level", "subdomain", "lvl_subdomain", and "proc_writing". Also combines these into a .pvtu file. The motivation for this function is to visually debug geometric multigrid for parallel computations.

Added entry in changes.h

minor cleanup of Functions::CSpline class

Merge pull request #2561 from kronbichler/master

Bugfixes without MPI

Fix tests without MPI

Fix compilation without MPI

Fix make_flux_sparsity_pattern on parallel meshes.

This fixes my erroneous work in 9b037871bb. The function previously
skipped faces based on the total ordering: however, we will not revisit
the face if it is between a locally owned and ghost cell, so the
resulting sparsity pattern is rather weird (and wrong). Instead, only
skip the face if we meet the previous ordering condition and both cells
are locally owned.

Merge pull request #2559 from luca-heltai/fix-manifold-04

Try to fix a failing test.

Try to fix test.

Merge pull request #2558 from luca-heltai/manifold-assert

Added some Asserts to Manifold.

use with_gsl=on in CSpline's filename

Added asserts to Manifold::get_normals_at_vertices

add and use DEAL_II_WITH_GSL

add Functions::CSpline

Merge pull request #2542 from davydden/cmake_user_projects

extend documentation to show how to use only native CMake commands

add GSL library as an optional dependency

Merge pull request #2556 from kronbichler/master

Use consistent exception name for FE_Q of degree 0.

Use consistent exception name for FE_Q of degree 0.

Merge pull request #2554 from kronbichler/master

Remove long double instantiations.

Add changelog entry

Remove long double instantiations.

Merge pull request #2553 from drwells/trilinos-elide-zeros-early-exit

Exit early if there are no matrix entries to add.

Add a test for zero elision in Trilinos matrices.

This test fails (in debug mode) on commits before ba14c79afa. See the
long note at the top of the test for more information.

Exit early if there are no matrix entries to add.

This gets around an issue where, if one is using a sparsity pattern
created by make_flux_sparsity_pattern and the 'nonzero' coupling option,
one may end up trying to add zeros to entries that do not exist in the
sparsity pattern on the current processor. This problem shows up when
adding fluxes between locally owned and ghost cells.

This commit sidesteps the issue by exiting early if there is
nothing (i.e., the only thing to do is add zero) to do.

Merge pull request #2550 from kronbichler/fix_instantiations

Add missing instantiations

Add missing instantiations

Merge pull request #2548 from kronbichler/fix_mmult_test

Fix memory leak in Trilinos vector

Merge pull request #2549 from kronbichler/master

Fix warning without threads

Fix warning without threads

Fix memory leak in Trilinos vector

Merge pull request #2543 from tamiko/cmake_support_target_interface

CMake: Export a number of INTERFACE target information

Merge pull request #2547 from kronbichler/fix_mmult_test

Fix test in 64 bit mode

Fix test in 64 bit mode

Merge pull request #2538 from tjhei/readme_trilinos_explicit_inst

advertise explicit instantiation setting for Trilinos

extend documentation to show how to use only native CMake commands

Merge pull request #2546 from tamiko/fix_multiple_parameter_loop

Bugfix: Update MultipleParameterLoop::read_input to cb72c13

Bugfix: Update MultipleParameterLoop::read_input to cb72c13

Fix a regression introduced by cb72c13 that changed the signature of
ParameterHandler::read_input.

In reference to #2526
Fixes #2545

Merge pull request #2544 from Rombur/cubit

Update documentation.

Update documentation.

CMake: Also put LINKER_FLAGS into COMPILE_OPTIONS target definition

CMake: Export a number of INTERFACE target information

Merge pull request #2539 from Rombur/fix_64_bit

Fix a bug when using 64 bit indices.

Fix a bug when using 64 bit indices.

Merge pull request #2536 from kronbichler/master

Fix Trilinos mat-mat multiplication

advertise explicit instantiation setting for Trilinos

also see #1643

Fix Trilinos mat-mat multiplication

Merge pull request #2537 from pesser/newton_debug

Newton debug

add test for newton debug vector sizes and astyle

initialize Du to correct size

Merge pull request #2529 from bangerth/fix-warnings-8

Comment out argument names for move constructors/operators.

Merge pull request #2528 from bangerth/fix-warnings-6

Remove unused variable.

Merge pull request #2526 from davydden/parameter_handler_eof

add an extra string parameter to terminate the parsing of a file by P…

add a unit test to check that last_line works in ParameterHandler

Comment out argument names for move constructors/operators.

This avoids warnings by gcc 4.6 which takes a '=default' declaration to be a
function definition in which it doesn't use the name of the argument. It then
proceeds to issue a warning about an unused argument :-(

This patch avoids this.

Remove unused variable.

Thereby also fix a warning.

add an extra string parameter to terminate the parsing of a file by ParameterHandler

Merge pull request #2523 from ESeNonFossiIo/PETScLinearOperator

fix PETSc ReinitHelper for LinearOperator and MPI vectors

Fix ReinitHelper for PETSc and test vmult for PETScSparseMatrix

Merge pull request #2524 from bangerth/minor-fix

Reset object to native state in IndexSet::clear().

Reset object to native state in IndexSet::clear().

IndexSet stores an index into an array. Upon construction, this index is set
to an invalid value (because the array is empty), whereas after IndexSet::clear()
the index was set to zero -- a perfectly reasonable, and consequently objectionable
index. This patch sets the index to an invalid value instead, as is also
done in the constructor.

Merge pull request #2513 from danshapero/index-set-move

Added move constructor to IndexSet

Added move constructor to IndexSet

Merge pull request #2518 from masterleinad/periodicetc

Use neighbor_or_periodic_neighbor at suitable places

Fix minor issues in PR2518

Merge pull request #2517 from kronbichler/master

Use the same affinity for inner products as for vector updates

Merge pull request #2520 from ESeNonFossiIo/PETSc_nullptr

Remove nullptr

Remove nullptr

Document magic constants

Increment index at the position where we do the summation

Use the same affinity for inner products as for vector updates

Merge pull request #2512 from andreamola/min_max_curvatures_in_point_proj_on_surface

closest_point_and_differential_forms changed to return min and max curvatures

Entry in changes.h

Test for periodic boundary conditions using DG and MeshWorker, update other tests

Fixup periodic_neighbor_is_coarser for refined cells

periodic_neighbor in MeshWorker

periodic_neighbor in MGTools::make_flux_sparsity_pattern

periodic_neighbor in DoFTools::make_sparsity_pattern

Merge pull request #2514 from jgedicke/mg_assemble_up_fix

fix call of assemble_up in MGMatrixSimple