clarify documentation of subdivided_hyper_rectangle

Merge pull request #3026 from drwells/oned-manifold-fix

Fix get_intermediate_point in 1D.

Merge pull request #3027 from drwells/improve-hp-namespace-doc-links

Fix some links to classes in the hp namespace.

Fix some links to classes in the hp namespace.

Merge pull request #3025 from drwells/remove-coarse-grid-common

Remove tests/mpi/coarse_grid_common.h.

Fix get_intermediate_point in 1D.

Since geometrical entities with spacedim == 1 are line segments, we
should just do a linear combination to find the intermediate
point (there is no need for angle calculations).

Merge pull request #3024 from kronbichler/master

Re-enable and fix matrix free test

Remove tests/mpi/coarse_grid_common.h.

The only functions in this header file that are actually used in this
directory are some extra LogStream::operator<< overloads: those
belong (logically) in the tests.h header file.

Add similar test to matrix_vector_14b for the FE_Q case.

Re-introduce and fix matrix_vector_14b test

Enable computations with different numbers of quadrature points and degrees of freedom per cell.

Cleanup manifolds.

Merge pull request #3023 from dealii/tjhei-styles-readme-format

Format contrib/styles/README.md

Merge pull request #3021 from bangerth/remove-unused-declaration

Remove a declaration that is no longer needed.

Format contrib/styles/README.md

Merge pull request #3022 from bangerth/add-assertion

Add an assertion for clearer errors.

Add an assertion for clearer errors.

Specifically, say that we can use GridGenerator::extract_boundary_mesh() for p::d::Triangulation.

Remove a declaration that is no longer needed.

It was used in a function that has been used from namespace GridTools to
namespace GridGenerator, where the structure is now duplicated. It was
only used for MS Visual Studio in any case.

Merge pull request #3009 from tjhei/ide_files

Add IDE format styles

Merge pull request #3016 from bangerth/update-exceptions

Remove further instances of the ExcInvalidConstructorCall exception.

Merge pull request #3012 from gassmoeller/add_visit_time_information

Add time information to .visit files created by DataOut

Remove further instances of the ExcInvalidConstructorCall exception.

Add .visit time information

Merge pull request #2994 from drwells/remove-duplicated-tests-02

Remove duplicated tests 02

Merge pull request #3017 from bangerth/update-exceptions-2

More work on purging exceptions without error text.

Use ++k, not ++k, in a specific test.

This test says that it tests the preincrement version of the operator.

Remove duplicated tests.

This commit continues the work started in b9c64f0dac and removes tests
that are identical up to things the compiler sees (e.g., tests that are
the same aside from commenting or formatting). I did this by deleting
comments with the preprocessor and then running the result through
clang-format.

For the sake of posterity: I compiled this list by executing the python
script

#!/usr/bin/env python
import atexit
import hashlib
import os
import shutil
import subprocess
import sys
import tempfile

def main():
    current_test_file_name = sys.argv[1]
    preprocessed_file_name = "/tmp/unique_file_name.cc"
    subprocess.check_call(
        ["g++",
         "-fpreprocessed", "-dD", "-E",
         current_test_file_name,
         "-o", preprocessed_file_name],
        stderr=sys.stderr)
    atexit.register(lambda name=preprocessed_file_name: os.remove(name))

    # get rid of any line number indicators cpp may have left
    subprocess.check_call(["sed", "-i", "/^# [0-9]/d", preprocessed_file_name],
                          stderr=sys.stderr)
    # reformat source to canonical form
    subprocess.check_call(["clang-format", "-i", preprocessed_file_name])

    md5sum = hashlib.md5()
    with open(preprocessed_file_name, "rb") as preprocessed_file_handle:
        for block in iter(lambda: preprocessed_file_handle.read(65536), b""):
            md5sum.update(block)
    print(md5sum.hexdigest(), current_test_file_name)

if __name__ == '__main__':
    main()

in the shell command

find ./ -name '*.cc' | grep -v all-headers | xargs -I% python formatted_md5.py \
    % | tee preprocessed-md5.txt

and then sorted the results with the shell command

awk '{print $2, $1}' preprocessed-md5.txt | sort --key=2,2 \
    | uniq --all-repeated=separate --skip-fields=1

What follows is a brief description of why each test was removed:

bits/block_sparse_matrix_iterator_03.cc
Same as bits/block_sparse_matrix_iterator_02.cc (up to a comment)

bits/sparse_matrix_01a.cc
Identical (up to a comment) to bits/sparse_matrix_01.cc

bits/step-16b.cc
Identical (up to a comment) to bits/step-16.cc

bits/vector_25.cc
Identical (up to a comment) to bits/vector_24.cc

The tests
dofs/dof_constraints_06_x.cc
dofs/dof_constraints_10_x.cc
dofs/sparsity_pattern_x.cc
dofs/sparsity_pattern_01_x.cc

were all duplicates (up to comments) of tests without '_x's in their
names. This was a result of deleting CompressedSparsityPattern et al.

fe/fe_support_points_q_qg0.cc
Identical (up to a blank line) to fe/fe_support_points_q_dg0.cc

fe/fe_values_view_10_single_04.cc
Identical (up to some code formatting and a comment) to
fe/fe_values_view_08.cc

The tests
full_matrix/complex_complex_full_matrix_05.cc
full_matrix/complex_complex_full_matrix_09.cc

were duplicates of the corresponding 'complex_real_full_matrix_*.cc'
test. Since the full matrices were real valued I kept the other ones.

grid/have_same_coarse_mesh_04.cc
Completely identical to grid/have_same_coarse_mesh_02.cc

matrix_free/matrix_vector_14b.cc
This test claims it uses more quadrature points than
matrix_free/matrix_vector_14.cc, but does not (and changing the number
of quadrature points is nontrivial for this test)

petsc/25.cc
Identical (up to a comment) to petsc/24.cc

trilinos/25.cc
Identical (up to a comment) to trilinos/24.cc

Provide more explanation for a number of exceptions.

Equip an error message with an error text.

Remove an exception that is apparently no longer used.

Merge pull request #3015 from bangerth/update-exceptions

Get rid of the confusing ExcInvalidConstructorCall exception.

Get rid of the confusing ExcInvalidConstructorCall exception.

This exception did not print any useful error message, and it was used in a significant
number of places that just happened to check obscure conditions, without really
explaining in the error message what concretely they were doing. Replace all of these
with ExcMessage and provide explanations what exactly it is that's going wrong.

Make two tests unique.

These tests were previously identical to
full_matrix/complex_real_full_matrix_19.cc and
full_matrix/complex_real_full_matrix_42.cc, respectively.

Merge pull request #3010 from bangerth/exception-update

Provide better error messages.

Add IDE format styles and rearrange dirs

Provide better error messages.

Merge pull request #3008 from bangerth/doc-update

Update documentation of VectorMemory::Pointer.

Update documentation of VectorMemory::Pointer.

Merge pull request #3007 from bangerth/improve-exception

Equip one exception with an error text.

Equip one exception with an error text.

Remove a second exception class that was unused.

Merge pull request #3006 from bangerth/fix-another-test

Make sure a test that wants to test complex numbers actually does so.

Make sure a test that wants to test complex numbers actually does so.

Merge pull request #3004 from tjhei/msvc_fixes

MSVC fixes

remove unnecessary include

disable LA [block]vector instantiations for MSVC

bump boost msvc detection

Merge pull request #2995 from bangerth/doc-update-73

Minor doc update for DataOut with curved cells.

Minor doc update for DataOut with curved cells.

Merge pull request #2999 from bangerth/up-minimal-boost-version

Increase minimal BOOST version to 1.56.

Require boost 1.56.

Merge pull request #2998 from gassmoeller/make_internaldata_polydegree_const

Make MappingQGeneric::InternalData::polynomial_degree const

Merge pull request #3000 from bangerth/fix-tests

Fix tests

Merge pull request #3001 from bangerth/avoid-warning

Avoid a warning about unused variables.

Avoid a warning about unused variables.

Do the test the comment at the top of the file actually suggests.

Do the test the comment at the top of the file actually suggests.

Merge pull request #2997 from gassmoeller/precompute_line_support_points

Precompute line support points

Move an entry to the correct place.

Increase minimal BOOST version to 1.56.

This is necessary because the previous minimum, 1.54, did not support
serializing std::unique_ptr for those users who have this old a BOOST
version but want to use C++11 anyway. (It does support serializing
the boost::scoped_ptr class that we use as a fall-back in non-C++11 mode
when using std_cxx11::unique_ptr.)

Make MappingQGeneric::InternalData::polynomial_degree const

Precompute line support points

Merge pull request #2996 from gassmoeller/optimize_intermediate_point

Slight optimization of SphericalManifold

Slight optimization

Merge pull request #2993 from drwells/improve-increment-order

Prefer ++iterator to iterator++ in loops.

Prefer ++iterator to iterator++ in loops.

These were caught by cppcheck.

Merge pull request #2987 from bangerth/update-CellId

Update the CellId class.

Merge pull request #2989 from gassmoeller/optimize_qsorted_constructor

Improve QSorted constructor

Address comments

Merge pull request #2991 from bangerth/more-video-lectures

Link in 6 more, recently posted video lectures.

Link in 6 more, recently posted video lectures.

Better document what happens when in/outputting CellId objects.

Rename a member variable.

Update the CellId class.

This basically just applies the style we use everywhere else to this class,
i.e., make the documentation more uniform, make some arguments 'const' or
a reference, move function definitions out of line, etc.

Merge pull request #2988 from bangerth/update-indentation-script

Do not use 'xargs' with locally defined functions.

Pass by const reference. Different sort approach.

Do not use 'xargs' with locally defined functions.

This breaks some versions of 'bash'. Rather, just run the function on each
individual file -- they are not too many anyway, and should indent rather
quickly.

Merge pull request #2986 from bangerth/remove-unnecessary-typename

Remove unnecessary 'typename'.

Remove unnecessary 'typename'.

This also avoids a resulting error with older versions of GCC.

Merge pull request #2981 from gassmoeller/get_cell_iterator_from_cellid

Add a way to get a cell_iterator from a CellId

Merge pull request #2982 from drwells/remove-effect-free-statements

Remove some statements that don't do anything.

Correctly increment a step counter.

This was caught by cppcheck.

These were caught by cppcheck.

Add entry to changes.h

Add a way to get a cell_iterator from a CellId

Merge pull request #2980 from drwells/add-ParameterHandler-xml-file-assert

Assert input stream validity when reading XML.

Assert input stream validity when reading XML.

As was discovered in 2bc6f8c810, every other ParameterHandler method
that takes an input stream argument and reads from it throws an
exception if the input stream is not in a valid state.

Merge pull request #2978 from bangerth/improve-copyright-script

Also include HTML files when updating copyright years.

Merge pull request #2976 from bangerth/change-affiliation

Change the location of video lectures and publications from TAMU to Colorado State.

Merge pull request #2975 from bangerth/grammar-police

Grammar police: Let comments start with the verb infinitive.

Grammar police: Let comments start with the verb infinitive.

Also include HTML files when updating copyright years.

Merge pull request #2974 from drwells/fix-parameter-handler-tests

Load the correct parameter file in some tests.

Change the location of video lectures and publications from TAMU to Colorado State.

Load the correct parameter file in some tests.

Commit bd1b0e5606a performed a mass rename where some of the test files
lost track of their input files.

Merge pull request #2971 from drwells/fix-test-matrix-tests

Move testmatrix.h in the remaining tests.

Move testmatrix.h in the remaining tests.

This commit finishes the work started in bea2270a943, where
tests/lac/testmatrix.h was renamed to tests/testmatrix.h.

Merge pull request #2963 from tjhei/petsc_reinit_prec

Allow PETScWrappers::Precondition* re-init

update

Merge pull request #2967 from tjhei/move_tests_sparsity

move sparsity tests into separate folder

Merge pull request #2968 from tjhei/typo_1

typo fix

typo fix