changelog entry

Exception message improvements

- keep quotes in the output
- fix formatting/grammar for a couple of exceptions

Merge pull request #3070 from bangerth/improve-error-message

Improve an error message by duplicating text from the input file.

Improve an error message by duplicating text from the input file.

This is motivated by a question on the mailing list. We only printed the internal
number of the cell, edge, or point, but should really be printing the number that
is used in the input file.

Merge pull request #3069 from bangerth/doc-update-74

Update documentation of step-10.

Update documentation of step-10.

We do not need to enclose class names in <code>....</code> any more (doxygen
already does that correctly). Also update the description of MappingQ1.

Merge pull request #3067 from tjhei/doxygen_exception_formatting

doxygen: format exception messages

doxygen: format exception messages

This creates pretty formatting in the doxygen documentation for the
exception texts. We do this by including a javascript function that does
a couple of string replacements. It is difficult to do this
transformation before generating the documentation as detailed in #2571.

Fixes #2571

Merge pull request #3065 from drwells/fix-initfinalize-links

Fix links to Utilities::MPI::MPI_InitFinalize.

Fix links to Utilities::MPI::MPI_InitFinalize.

Merge pull request #3064 from drwells/sparsity-tools-typo

Fix a documentation function link.

Merge pull request #2992 from gassmoeller/reduce_manifold_quadrature_use

Reduce use of Quadrature objects in Manifolds.

Fix a documentation function link.

The other function returns a vector of index sets, which is not what we
want here.

Merge pull request #3062 from jppelteret/read_abaqus_error_msg_2

Fix multiline comments in GridIn::read_abaqus()

Fix multiline comments in GridIn::read_abaqus()

Addresses comment in #3054

Merge pull request #3058 from drwells/ignore-global-indent-options

Set --options=none when indenting .inst.in files.

Set --options=none when indenting .inst.in files.

This works around a problem where, if one has global astyle options
turned on, they will be used to indent all of the .inst.in files when
one calls 'make indent'.

Update some documentation

Reduce use of Quadrature objects in Manifolds.

Merge pull request #3055 from kronbichler/master

Add assertion

Add assertion

Merge pull request #3054 from jppelteret/read_abaqus_error_msg

Improve error message for GridIn::read_abaqus

Improve error message for GridIn::read_abaqus

To assist debugging, where possible the error thrown internally when the
UCD grid is created is now displayed before the terminal error message
is given.

Merge pull request #3053 from tamiko/changes_h_entry

add a news/changes.h entry

Merge pull request #3051 from davydden/unit_test_psTria_subdomain

tiny unit test to check that p::s::Tria::locally_owned_subdomai works…

add a news/changes.h entry

tiny unit test to check that p::s::Tria::locally_owned_subdomai works in 1d

Merge pull request #3050 from davydden/distributed_trias_dim1

remove assert in distributed Tria for dim==1

Merge pull request #3048 from tamiko/update_news

update changes and news for release

remove assert in distributed Tria for dim==1

the assert was copy-pasted from p::d::Tria::locally_owned_subdomain()
to the based class p::Tria. Not sure why it was there for distributed
case, but for shared tria + metis, everything should work ok.

update changes and news for release

Merge pull request #3047 from class4kayaker/remove_update_q_points_tests

Remove deprecated UpdateFlags values from from places other than definitions

Merge pull request #3041 from jperryhouts/another_woraround_for_mpi_error

Workaround for cases where MPI_Finalize is called before MPI_Comm_free

Ensure that MPI_Comm_free is called before MPI_Finalize

Merge pull request #3044 from tamiko/use_correct_fpic

CMake: Use -fPIC instead of -fpic

Fix documentation

Change update_cell_normal_vectors to update_normal_vectors

Change update_second_derivatives to update_hessians

Change update_q_points to update_quadrature_points

add a news/changes.h entry

CMake: Use -fPIC instead of -fpic

This resolves a build failure on architectures that differentiate between
-fpic and -fPIC.

Special thanks to Matthias Klose and Graham Inggs.

Merge pull request #3040 from kronbichler/master

Fix bad complexity in copy of sparsity pattern.

Add test

Fix bad complexity in copy of sparsity pattern.

Merge pull request #3038 from drwells/improve-mapping-manifold-docs

Better describe a limitation of MappingManifold.

Better describe a limitation of MappingManifold.

As mentioned in the documentation of SphericalManifold, MappingManifold
cannot be used with SphericalManifold.

Merge pull request #3032 from tjhei/mapping_q_parallel_test

add parallel MappingQEulerian test

Merge pull request #3035 from drwells/remove-optimize-diagonal-remark

Remove a reference to optimize_diagonal.

Remove a reference to optimize_diagonal.

Commit 2dfcd899ad4 (February 2013) deprecated
SparsityPattern::optimize_diagonal() and it has since been removed from
the library.

add parallel MappingQEulerian test

fixes #3014

Merge pull request #3031 from jppelteret/symm_tensor_invariants

Fixed: SymmetricTensor::third_invariant returns Tensor number type

Fixed: SymmetricTensor::third_invariant returns Tensor number type

Merge pull request #3030 from tjhei/doc_1

clarify documentation of subdivided_hyper_rectangle

clarify documentation of subdivided_hyper_rectangle

Merge pull request #3026 from drwells/oned-manifold-fix

Fix get_intermediate_point in 1D.

Merge pull request #3027 from drwells/improve-hp-namespace-doc-links

Fix some links to classes in the hp namespace.

Fix some links to classes in the hp namespace.

Merge pull request #3025 from drwells/remove-coarse-grid-common

Remove tests/mpi/coarse_grid_common.h.

Fix get_intermediate_point in 1D.

Since geometrical entities with spacedim == 1 are line segments, we
should just do a linear combination to find the intermediate
point (there is no need for angle calculations).

Merge pull request #3024 from kronbichler/master

Re-enable and fix matrix free test

Remove tests/mpi/coarse_grid_common.h.

The only functions in this header file that are actually used in this
directory are some extra LogStream::operator<< overloads: those
belong (logically) in the tests.h header file.

Add similar test to matrix_vector_14b for the FE_Q case.

Re-introduce and fix matrix_vector_14b test

Enable computations with different numbers of quadrature points and degrees of freedom per cell.

Cleanup manifolds.

Merge pull request #3023 from dealii/tjhei-styles-readme-format

Format contrib/styles/README.md

Merge pull request #3021 from bangerth/remove-unused-declaration

Remove a declaration that is no longer needed.

Format contrib/styles/README.md

Merge pull request #3022 from bangerth/add-assertion

Add an assertion for clearer errors.

Add an assertion for clearer errors.

Specifically, say that we can use GridGenerator::extract_boundary_mesh() for p::d::Triangulation.

Remove a declaration that is no longer needed.

It was used in a function that has been used from namespace GridTools to
namespace GridGenerator, where the structure is now duplicated. It was
only used for MS Visual Studio in any case.

Merge pull request #3009 from tjhei/ide_files

Add IDE format styles

Merge pull request #3016 from bangerth/update-exceptions

Remove further instances of the ExcInvalidConstructorCall exception.

Merge pull request #3012 from gassmoeller/add_visit_time_information

Add time information to .visit files created by DataOut

Remove further instances of the ExcInvalidConstructorCall exception.

Add .visit time information

Merge pull request #2994 from drwells/remove-duplicated-tests-02

Remove duplicated tests 02

Merge pull request #3017 from bangerth/update-exceptions-2

More work on purging exceptions without error text.

Use ++k, not ++k, in a specific test.

This test says that it tests the preincrement version of the operator.

Remove duplicated tests.

This commit continues the work started in b9c64f0dac and removes tests
that are identical up to things the compiler sees (e.g., tests that are
the same aside from commenting or formatting). I did this by deleting
comments with the preprocessor and then running the result through
clang-format.

For the sake of posterity: I compiled this list by executing the python
script

#!/usr/bin/env python
import atexit
import hashlib
import os
import shutil
import subprocess
import sys
import tempfile

def main():
    current_test_file_name = sys.argv[1]
    preprocessed_file_name = "/tmp/unique_file_name.cc"
    subprocess.check_call(
        ["g++",
         "-fpreprocessed", "-dD", "-E",
         current_test_file_name,
         "-o", preprocessed_file_name],
        stderr=sys.stderr)
    atexit.register(lambda name=preprocessed_file_name: os.remove(name))

    # get rid of any line number indicators cpp may have left
    subprocess.check_call(["sed", "-i", "/^# [0-9]/d", preprocessed_file_name],
                          stderr=sys.stderr)
    # reformat source to canonical form
    subprocess.check_call(["clang-format", "-i", preprocessed_file_name])

    md5sum = hashlib.md5()
    with open(preprocessed_file_name, "rb") as preprocessed_file_handle:
        for block in iter(lambda: preprocessed_file_handle.read(65536), b""):
            md5sum.update(block)
    print(md5sum.hexdigest(), current_test_file_name)

if __name__ == '__main__':
    main()

in the shell command

find ./ -name '*.cc' | grep -v all-headers | xargs -I% python formatted_md5.py \
    % | tee preprocessed-md5.txt

and then sorted the results with the shell command

awk '{print $2, $1}' preprocessed-md5.txt | sort --key=2,2 \
    | uniq --all-repeated=separate --skip-fields=1

What follows is a brief description of why each test was removed:

bits/block_sparse_matrix_iterator_03.cc
Same as bits/block_sparse_matrix_iterator_02.cc (up to a comment)

bits/sparse_matrix_01a.cc
Identical (up to a comment) to bits/sparse_matrix_01.cc

bits/step-16b.cc
Identical (up to a comment) to bits/step-16.cc

bits/vector_25.cc
Identical (up to a comment) to bits/vector_24.cc

The tests
dofs/dof_constraints_06_x.cc
dofs/dof_constraints_10_x.cc
dofs/sparsity_pattern_x.cc
dofs/sparsity_pattern_01_x.cc

were all duplicates (up to comments) of tests without '_x's in their
names. This was a result of deleting CompressedSparsityPattern et al.

fe/fe_support_points_q_qg0.cc
Identical (up to a blank line) to fe/fe_support_points_q_dg0.cc

fe/fe_values_view_10_single_04.cc
Identical (up to some code formatting and a comment) to
fe/fe_values_view_08.cc

The tests
full_matrix/complex_complex_full_matrix_05.cc
full_matrix/complex_complex_full_matrix_09.cc

were duplicates of the corresponding 'complex_real_full_matrix_*.cc'
test. Since the full matrices were real valued I kept the other ones.

grid/have_same_coarse_mesh_04.cc
Completely identical to grid/have_same_coarse_mesh_02.cc

matrix_free/matrix_vector_14b.cc
This test claims it uses more quadrature points than
matrix_free/matrix_vector_14.cc, but does not (and changing the number
of quadrature points is nontrivial for this test)

petsc/25.cc
Identical (up to a comment) to petsc/24.cc

trilinos/25.cc
Identical (up to a comment) to trilinos/24.cc

Provide more explanation for a number of exceptions.

Equip an error message with an error text.

Remove an exception that is apparently no longer used.

Merge pull request #3015 from bangerth/update-exceptions

Get rid of the confusing ExcInvalidConstructorCall exception.

Get rid of the confusing ExcInvalidConstructorCall exception.

This exception did not print any useful error message, and it was used in a significant
number of places that just happened to check obscure conditions, without really
explaining in the error message what concretely they were doing. Replace all of these
with ExcMessage and provide explanations what exactly it is that's going wrong.

Make two tests unique.

These tests were previously identical to
full_matrix/complex_real_full_matrix_19.cc and
full_matrix/complex_real_full_matrix_42.cc, respectively.

Merge pull request #3010 from bangerth/exception-update

Provide better error messages.

Add IDE format styles and rearrange dirs

Provide better error messages.

Merge pull request #3008 from bangerth/doc-update

Update documentation of VectorMemory::Pointer.

Update documentation of VectorMemory::Pointer.

Merge pull request #3007 from bangerth/improve-exception

Equip one exception with an error text.

Equip one exception with an error text.

Remove a second exception class that was unused.

Merge pull request #3006 from bangerth/fix-another-test

Make sure a test that wants to test complex numbers actually does so.

Make sure a test that wants to test complex numbers actually does so.

Merge pull request #3004 from tjhei/msvc_fixes

MSVC fixes

remove unnecessary include

disable LA [block]vector instantiations for MSVC

bump boost msvc detection

Merge pull request #2995 from bangerth/doc-update-73

Minor doc update for DataOut with curved cells.

Minor doc update for DataOut with curved cells.