step-40: output ranks and what linear algebra we use

Merge pull request #3237 from spco/add_flux_test

Add unit test for make_flux_sparsity_pattern() with periodicity.

Merge pull request #3234 from bangerth/fix-compilation

Remove a wrong 'typename'.

Add unit test for make_flux_sparsity_pattern with periodicity.

Remove a wrong 'typename'.

Merge pull request #3236 from gassmoeller/remove_unhelpful_assert

Remove asserts that are no longer useful

Remove asserts

Merge pull request #3224 from bangerth/generalize-edge-adjacent-data-structures

Generalize the data structure used to represent an edge set.

Merge pull request #3231 from davydden/more_quick_tests

add more quick tests

Merge pull request #3138 from gassmoeller/improve_tensor_product_polynomials

Reorder loop over tensor polynomials.

add Assert's to some quick tests

Provide paths for static and dynamic memory.

Merge pull request #3232 from spco/fix_flux_sparsity_pattern

Ask neighbor, rather than cell_face, about children.

Ask neighbor, rather than cell_face, about children.

add a quick test for Arpack

add a quick test for GSL

add a quick test for umfpack

add a quick test for LAPACK

add a quick test for metis

add a quick test for trilinos

Merge pull request #3184 from davydden/feature/PreconditionJacobi_MGSmootherPrecondition

make PreconditionJacobi work with MGSmootherPrecondition by defining …

Merge pull request #3225 from drwells/fix-old-doc-links

Remove removed features from the documentation.

make PreconditionJacobi work with MGSmootherPrecondition by adding a typedef for AdditionalData

Improve the step-11 quadrature order explanation.

This little commit fixes three little issues with this paragraph:
1. A Gauss quadrature rule has order 2 r - 1 for r points, not 2 r + 1
2. p and p + 1 should be surrounded by $s
3. @>= should be replaced by the TeX command \geq

Generalize the data structure used to represent an edge set.

Specifically, the class is used to represent the set of edges by which the parallel
set can grow in each iteration. In 2d, this set can only have zero, one, or two
elements, and we can use a corresponding, O(1) data structure to store them.

In 3d, the set can be of arbitrary size and we represent it as a std::set.

Creating generic data structures also allows to write the algorithm that uses it
in a more concise way using iterators.

Remove MGMatrix doc references.

This class was removed in commit 0e6f496cdf (January 2015).

Remove SparseLUDecomposition::decompose reference.

This function was removed in commit 27b50d8b58d (February 2015).

Remove collect_periodic_face_pairs() references.

This function was removed in commit a99f9a70d2 (September 2013) in favor
of collect_periodic_faces.

Remove face_to_equivalent_cell_index references.

This function was removed in 73e27d0d14b (August 2013) in favor of
face_to_cell_index.

Remove QGauss2 doc references.

This QGauss2, QGauss3, etc. were removed in commit
07e24b9065b (September 2010) in favor of QGauss.

Remove a ProblemBase doc reference.

ProblemBase was removed a long time ago (commit 57dc4ec4a3, March
2001), so point the user towards the current functions.

Remove MGDoFHandler doc references.

This class was removed in commit c3b628b913.

Remove MGConstraints doc references.

This class only existed in preliminary versions of the MG part of the
library and has since been replaced by MGConstrainedDoFs.

Remove FiniteElementBase doc references.

FiniteElementBase was removed in commit 6cc25d0964 (August 2005) and the
relevant functionality moved to FiniteElement or the namespace
FiniteElementDomination.

Merge pull request #3220 from bangerth/generalize-edge-adjacent-data-structures

Generalize the data structures for the cells adjacent to an edge.

Rename a function; also make it run faster.

The new name is dimension independent. The speed is gained because we do not need
to search a list from the top every time, but it is enough to start searching where
we left off previously.

Generalize the data structures for the cells adjacent to an edge.

In 2d, only two cells can be adjacent to an edge, and the current data structures in the
mesh reorientation algorithm reflect this: each edge had 2 slots for adjacent cells, of which
zero, one, or two could be used at any given time.

On the other hand, in 3d, an arbitrary number of cells may be adjacent to an edge. I eventually
want to extend the algorithm re-written in #3166 to the 3d case as well. This patch generalizes
the data structure representing the cells adjacent to an edge by making it generic. The patch
only implements the 2d case, but the 3d case will be easy to add later on, and it makes the 'Edge'
data structure generic.

Merge pull request #3219 from kostyfisik/update-step-1

step-1 update intro

Update intro.dox

udate from Bangerth

remove new line

step-1 update intro

Merge pull request #3217 from bangerth/fix-test-2

Do not use typename outside templates.

Merge pull request #3216 from bangerth/fix-test

Fix test output.

Do not use typename outside templates.

Fix test output.

Merge pull request #3215 from masterleinad/fix_sign_in_step-15

Fix sign in documentation of step-15

Fix sign in documentation of step-15

Merge pull request #3212 from bangerth/workaround-initializer-lists

Do not use initializer lists in delegating constructors.

Merge pull request #3213 from masterleinad/add_flux_test

Add test for make_flux_sparsity_pattern with periodic bc

Merge pull request #3210 from spco/periodic_sp_fix

Add periodic_neighbor_face_no() call.

Merge pull request #3214 from bangerth/doc-update

List FE_Enriched as a class only enabled with C++11.

List FE_Enriched as a class only enabled with C++11.

Add test for make_flux_sparsity_pattern with periodic bc

Merge pull request #3197 from bangerth/fix-tests

Fix several tests.

Do not use initializer lists in delegating constructors.

This apparently confuses compilers that claim that they can do C++11 but
really can't.

Add periodic_neighbor_face_no() call.

Merge pull request #3208 from tjhei/fe_enriched_cxx14

disable FE_Enriched without cxx14

Merge pull request #3206 from masterleinad/fix_extrapolate_complex

Fix ExtrapolateImplementation for arbitrary VectorTypes

Remove more update flags that are not needed.

Merge pull request #3205 from bangerth/fix-error-message-2

Make exception messages more consistent.

Merge pull request #3203 from bangerth/doc-update-9

Add a test.

disable tests without cxx14

disable FE_enriched without cxx14

Merge pull request #3186 from tjhei/no_set_bdry_id_internal

disallow set_boundary_id() on internal faces

Fix ExtrapolateImplementation for arbitrary VectorTypes

Provide shortcut and allocate on stack

Merge pull request #3204 from tjhei/fix_torus_test_output

fix grid/torus_01 test output

Merge pull request #3202 from masterleinad/silence_enriched_warning

Silence warning in FE_Enriched

Silence warning in FE_Enriched

Add a test that verifies that GridReordering fixes edge orientations.

Make exception messages more consistent.

In particular, change the following two things: (i) Say 'Additional information'
instead of 'Additional Information' because the rest of the text is also
capitalized in the common way. (ii) Indent the actual (additional) error text
by four characters, just like the other additional pieces of information.

The result is that errors now look like this:

--------------------------------------------------------
An error occurred in line <710> of file </home/fac/f/bangerth/p/deal.II/1/install/examples/step-6/step-6.cc> in function
    int main()
The violated condition was:
    false
Additional information:
    abcdef

Stacktrace:
-----------
#0  ./step-6: main
--------------------------------------------------------

fix grid/torus_01 test output

disallow set_boundary_id() on internal faces

Merge pull request #3189 from bangerth/fix-error-message

Tighten up error messages.

Merge pull request #3200 from davydden/fe_enriched_tests

add two Asserts in fe_enriched_step-36 unit test

Merge pull request #3195 from bangerth/fix-test-5

Do not use 'typename' outside templates.

minor cleanup of fe_enriched_step-36 unit test

Merge pull request #3198 from bangerth/doc-update

Update the documentation of Manifold::normal_vector().

add two Asserts in fe_enriched_step-36 unit test

Merge pull request #3191 from bangerth/fix-test

Fix output of test.

Merge pull request #3190 from bangerth/fix-dereference

Do not dereference pointers unless we know that they are non-NULL.

Update the documentation of Manifold::normal_vector().

Merge pull request #3196 from masterleinad/mem_64bit

Fix the memory_consumption output for 64bit indices

Merge branches 'fix-test-6', 'fix-test-7' and 'fix-test-8' into fix-tests

Do not use 'typename' outside templates.

Do not use 'typename' outside templates.

Remove unused variables. Do not compute unused data in FEValues.

Do not use 'typename' outside templates.

Do not use 'typename' outside templates.

Fix the test output for 64bit indices as well

Merge pull request #3193 from bangerth/fix-test-3

Do not use 'typename' outside templates.

Merge pull request #3194 from bangerth/fix-test-4

Do not use 'typename' outside templates.

Merge pull request #3192 from bangerth/fix-test-2

Do not use 'typename' outside templates.

Do not use 'typename' outside templates.

Do not use 'typename' outside templates.

Do not use 'typename' outside templates.

Fix output of test.

The memory consumption for Triangulation recently changed with #3163.
I have been seeing the difference for finite elements for longer already,
but don't recall which change broke the test.

Do not dereference pointers unless we know that they are non-NULL.

Tighten up error messages.

It has long annoyed me that when we print exception messages that were created
via ExcMessage, that the information is really duplicative. Example:

--------------------------------------------------------
An error occurred in line <710> of file <.../step-6.cc> in function
    int main()
The violated condition was:
    false
The name and call sequence of the exception was:
    ExcMessage ("abc" "def")
Additional Information:
abcdef

Stacktrace:
-----------
#0  ./step-6: main
--------------------------------------------------------

Here, the text that comes after 'The name and call sequence...'
is duplicative with what comes after 'Additional Information:'.

This is specifically the case for ExcMessage errors because
there *everything* that constructs the 'Additional information'
will actually be also under 'The name and...' part.

This patch cleans this up by omitting the first of these two
parts if the error message was created via ExcMessage.