Rename some variables.

There are variables of the same name in the base class. Avoid the
confusion of having similarly named variables in the local scope.

Merge pull request #3448 from davydden/matrix_free_Laplace_GMG_unit_test

add another matrix-free laplace GMG unit test

Merge pull request #3449 from drwells/pvs-timer-initialization

Add some missing initializations to Timer.

Merge pull request #3452 from bangerth/initialize-variables

Initialize member variables.

Initialize member variables.

do not require Trilinos for matrix_free tests which do not use it

add another matrix-free laplace GMG unit test

Add some missing initializations to Timer.

Some of these were caught by PVS studio.

Merge pull request #3445 from bangerth/dont-duplicate-variable

Let DataOut::build_one_patch use a member variable.

Merge pull request #3444 from class4kayaker/static_fix

Fix FE_QHier static analysis warning

Merge pull request #3434 from bangerth/initialize-member-variable

Initialize a member variable.

Merge pull request #3435 from bangerth/initialize-member-variable-2

Initialize member variables to invalid values.

Let DataOut::build_one_patch use a member variable.

Currently, it takes a reference to a variable as argument, but this variable
is a member variable of the class to which it has access. That's duplicative.
To make things even more confusing, the local variable and the member
are named the same.

Fix this by just not taking the reference as argument, and directly
accessing the member of the class.

Merge pull request #3439 from bangerth/simplify-computation

Simplify an initialization.

Merge pull request #3437 from bangerth/be-careful-with-streams

Be more careful with streams.

Merge pull request #3436 from bangerth/avoid-pointless-condition

Avoid a pointless comparison.

Fix FE_QHier static analysis warning

Fix to #3406

Merge pull request #3442 from Rombur/add-assertthrow

Add a forgotten assert.

Add a forgotten assert.

Merge pull request #3441 from bangerth/initialize-variables-2

Initialize a member variable to invalid values.

Merge pull request #3431 from bangerth/make-variable-names-uniform

Make variable names uniform.

Merge pull request #3432 from bangerth/fix-blockvectorbase-memory_consumption

Fix BlockVectorBase::memory_consumption.

Initialize a member variable to invalid values.

Simplify an initialization.

Be more careful with streams.

In particular, stop also if in.fail() is true, not just if in.eof() is true.
I suspect that it matters little in practice, but who knows.

Avoid a pointless comparison.

The function works in 3d, so checking for 'dim>1' makes no difference.

Initialize member variables to invalid values.

Initialize a member variable.

Merge pull request #3433 from bangerth/fix-DataOut-memory_consumption

Update memory consumption output.

Merge pull request #3394 from drwells/pvs-function-lib-warnings

Silence a PVS studio warning about repeated code.

Merge pull request #3395 from drwells/pvs-timestep-uninitialized-warning

Fix an member initialization PVS studio warning.

Update memory consumption output.

Apparently, #3333 adds 96 bytes to the memory required by DataOut.

Fix BlockVectorBase::memory_consumption.

The existing implementation forgot to add the memory required for
the std::vector of blocks, it only added the memory required for
the blocks themselves. It turns out that fixing this also allows
to simplify the code significantly.

Make variable names uniform.

Specifically, in DataPostprocessor-derived classes in the tutorial programs,
use the names of function arguments that we also use in DataPostprocessor.

Merge pull request #3430 from bangerth/rename-local-variables

Rename local variables.

Rename local variables.

Instead of uh, duh, dduh, use standard names for variables.

Merge pull request #3393 from davydden/mf_mass_n_q_points_1d

add n_q_points_1d template argument to MatrixFreeOperators::MassOperator

Merge pull request #3391 from davydden/mf_base_diag_fixes

fix matrix-free unit tests due to a change to DiagonalMatrix in Base …

Merge pull request #3428 from bangerth/remove-accidental-files

Remove accidentally added files.

Remove accidentally added files.

Fix an member initialization PVS studio warning.

The variable is now initialized with the same logic used in the
'restart' function.

use fe_degree+2 quadrature points in matrix_free/mass_operator_0x

Silence a PVS studio warning about repeated code.

What we had is correct, but this patch should fix the warning (and make
a little less work for the optimizer).

add n_q_points_1d template argument to MatrixFreeOperators::MassOperator

the rationale is support different usage cases. Say, when projecting
a function one would use fe_degree+2. However when projecting the
MatrixFree quadrature data given by Table<>, most often this data
corresponds to fe_degree+1. So while being given a MatrixFree data
object, we use it even though the mass matrix could be slightly
under-integrated.

fix matrix-free unit tests due to a change to DiagonalMatrix in Base class

while here, also use LaplaceOperator and add a few missing typedefs.

Merge pull request #3387 from bangerth/rename-variables

Rename local variables.

Merge pull request #3385 from bangerth/initialize-variable-2

Initialize a member variable.

Merge pull request #3384 from bangerth/initialize-variable

Initialize a member variable.

Merge pull request #3390 from bangerth/fix-invalid-sizeof

Fix a nonsensical use of sizeof().

Fix a nonsensical use of sizeof().

Merge pull request #3386 from bangerth/initialize-variable-3

Initialize a member variable.

Rename local variables.

The variables in question have the same name as a function argument, and
are only used in a local block. They may as well be renamed.

Initialize a member variable.

Also add a piece to the documentation of a member function.

Initialize a member variable.

Initialize a member variable.

Merge pull request #3383 from bangerth/remove-unused-variable

Remove SolverCG::res2.

Merge pull request #3381 from bangerth/remove-duplicate-variable

Remove a duplicate variable.

Merge pull request #3333 from bangerth/update-DataPostprocessor-inputs

Update the way DataPostprocessor receives its input.

Add changelog entry.

Add a bunch of tests.

Update the way DataPostprocessor receives its input.

In the past, the two functions we use to postprocess data got lists of arguments
for the solution, its derivatives, the evaluation points, and normal vectors.
This is not flexible enough: We can not easily add other information that
we have needed in the past or that users have requested, such as a pointer
to the cell we're currently on, or the material-id of the cell.

Rather than adding each possible argument anyone may want to use
individually to the list of the postprocessor function arguments, we use
a technique here that has proven useful in ASPECT: the functions simply
take a reference to a structure that contains these individual pieces
of information. We can extend the members of these structures without
backward compatibility issues because the functions still get a
reference to the same structure, we just grow the structure
itself. Functions that never used the new members of the structure
will continue to work as they always did.

Remove SolverCG::res2.

This variable was only used inside the SolverCG::criterion() function that was
supposed to let derived classes overload when the solver terminates. But the
criterion() function was never called anywhere, so there is no point in
keeping it. Furthermore, the res2 variable it returns was never set. So
remove the whole shebang.

Merge pull request #3382 from bangerth/initialize-member-variable

Initialize all member variables in a copy constructor.

Initialize all member variables in a copy constructor.

Remove a duplicate variable.

The variable already exists in the base class Function. We don't need to
duplicate it in the class FEFieldFunction.

Merge pull request #3341 from davydden/diagonal_matrix

instantiate ConstraintMatrix::distribute_local_to_global() for Diagon…

Merge pull request #3337 from kalj/cuda-default-off

Don't load cuda unless explicitly enabled

instantiate ConstraintMatrix::distribute_local_to_global() for DiagonalMatrix

To that end, add a few missing functions to DiagonalMatrix and update
documentation.

Merge pull request #3340 from davydden/mf_base_updates

use DiagonalMatrix in MatrixFreeOperators

use DiagonalMatrix in MatrixFreeOperators::Base

To that end add a few missing function to DiagonalMatrix and also
switch to Jacobi preconditioner in VectorTools::project() from
quadrature points.

don't load cuda unless explicitly enabled

Merge pull request #3339 from Rombur/exception

Add an include file necessary when not using multithreading.

Add an include file necessary when not using multithreading.

Merge pull request #3322 from davydden/mf_parpack

Laplace operator and PArpack

Merge pull request #3336 from masterleinad/fix_matrix_free_dg

Fix ShapeInfo for DG elements in 1d

add PArpackSolver::reinit(const VectorType &)

add MatrixFreeOperators::LaplaceOperator

fix documentation of MassOperator constructor

add MatrixFreeOperators::set_constrained_entries_to_one() and make clear() virtual

Fix ShapeInfo for DG elements in 1d

Merge pull request #3335 from masterleinad/fix_tests_for_g++

Fix tests for g++ 4.8.4

Fix tests for g++ 4.8.4

Merge pull request #3328 from Rombur/cuda_mean_value

Add mean_value to cuda_vector.

Add mean_value to cuda_vector.

Merge pull request #3326 from kronbichler/master

Improve documentation of matrix dimensions.

Merge pull request #3325 from jppelteret/doc_fix_2

Specify options for names in SolverSelector, PreconditionSelector

Improve documentation of matrix dimensions.

Specify options for names in SolverSelector, PreconditionSelector

Fixes #3324

Merge pull request #3320 from kronbichler/master

Fix compilation with gcc-5.3

Fix compilation with gcc-5.3

Merge pull request #3321 from drwells/fix-digraph

Fix a digraph problem.

Fix a digraph problem.

The C++03 standard interprets '<:' as '['.

Merge pull request #3290 from davydden/project_parallel

VectorTools::project for p::d::Triangulations (quadrature data)

Merge pull request #3294 from kronbichler/master

Add general preconditioner for Chebyshev

Merge pull request #3318 from l-korous/master-for-fix

Small fixes.

Small fixes.

add VectorTools::project() for scalar-valued quadrature data

Merge pull request #3317 from sairajat/pvd-bug

Added name in changes.h and Fixed a typo in changes.h

Merge pull request #3315 from drwells/boost-system-warning

Redo boost/system commit 241f69c55e.

Merge pull request #3316 from jppelteret/tut_fix_01

Fix namespace name for step-55.