Check all MPI calls.

This commit adds AssertThrowMPI checks to the return code of every MPI
call in deal.II.

Add a specific exception for MPI failures.

Merge pull request #3524 from bangerth/fix-memory-leak

Fix a memory leak in step-39.

Merge pull request #3526 from kronbichler/fix_test_shapes_q_bubbles

Increase accuracy of test output

Merge pull request #3527 from kronbichler/provide_additional_test_output

Provide additional test output.

Fix a memory leak in step-39.

Also avoid some obscure old-style C functions.

Provide additional test output.

Increase accuracy of test output

Merge pull request #3525 from davydden/fix_warning

fix unused variable warning

fix unused variable warning

Merge pull request #3523 from bangerth/fix-memory-leak-3

Fix a memory leak in de-serializing a SparsityPattern object.

Merge pull request #3522 from bangerth/fix-memory-leaks

Fix several more memory leaks in tests.

Fix a memory leak in de-serializing a SparsityPattern object.

Fix memory leaks tests.

Merge pull request #3521 from bangerth/fix-memory-leaks

Fix a variety of memory leaks in the testsuite.

Merge pull request #3519 from bangerth/fix-memory-leak

Avoid a memory leak.

Fix a variety of memory leaks in the testsuite.

Merge pull request #3518 from drwells/fix-hessian-typos

Fix two typos related to the Hessians.

Avoid a memory leak.

In fact, the test really tries very hard to create a memory leak, and
even verifies that it happens. But this then leads to downstream heartbreak
if you run a memory checker because you get pulled over for it.

Fix the issue by cleaning up the memory leak after we have verified that
the code that ran before really did leak the memory, by keeping a pointer
to the leaked object after all, and deleting it at the end of it all.

Fix two typos related to the Hessians.

Merge pull request #3508 from bangerth/fix-test

Reduce the number of steps for high order mappings.

Merge pull request #3509 from bangerth/fix-test-2

Increase accuracy of output in one test.

Merge pull request #3510 from bangerth/fix-slepc-test

Be more lenient with the exact number of iterations.

Merge pull request #3505 from davydden/split_compilation_of_project_qp

split instantiation of VectorTools::project() for quadrature points data

split instantiation of VectorTools::project() for quadrature points data

Be more lenient with the exact number of iterations.

Increase accuracy of output in one test.

This test outputs numbers such as 1/8=0.125 with just two digits after the decimal
point. Consequently, it depends on round-off and optimization flags if we get 0.12
or 0.13. Because the difference is so large, numdiff reports this as a failure.

Fix this by increasing the accuracy to 3 digits.

Reduce the number of steps for high order mappings.

For high order mappings, we too quickly get close to round-off errors, with
tests failing depending on what optimization flags are used. Consequently,
don't use too fine meshes for high order mappings.

Merge pull request #3392 from kalj/cuda-dir

Introduce configuration variable CUDA_DIR to select CUDA installation

Merge pull request #3507 from bangerth/add-changelog-entry

Add a changelog entry for all of the static analysis work.

Merge pull request #3506 from drwells/add-missing-instantiation

Add a missing template instantiation.

Add a changelog entry for all of the static analysis work.

Add a missing template instantiation.

Merge pull request #3504 from bangerth/remove-dead-code

Remove some dead code.

Remove some dead code.

As the assertion at the top of the patch shows, 'starting_indices' must only have values
between 0 and N (=sparsity.n_rows()). Consequently, the loop that replaces out-of-bounds
values with numbers::invalid_size_type should never trigger. Further, the 'remove_if'
will also never do anything, and the fact that we accidentally not actually do anything
with its return value (as one should for 'remove_if') doesn't matter.

Merge pull request #3498 from bangerth/initialize-members-8

Initialize member variables.

Merge pull request #3503 from bangerth/fix-memory-test

Adjust memory consumption output.

Merge pull request #3502 from kronbichler/master

Fix Chebyshev preconditioner

Better initial guess for Chebyshev vector

Adjust memory consumption output.

Add missing include file

Merge pull request #3499 from kronbichler/remove_memory_consumption_test

Remove alternative for memory consumption

Remove alternative for memory consumption that does not seem necessary any more

Merge pull request #3493 from bangerth/provide-copy-op

Provide a copy operator.

Merge pull request #3483 from masterleinad/ignore_subdomain

Ignore subdomain_id in MatrixFree::resolve_cell

Initialize member variables.

Also rename one to match current coding practices. Add to the
variable's documentation.

Merge pull request #3489 from kronbichler/remove_warning_parallel_block_vector

Correct LinearAlgebra::distributed::BlockVector::memory_consumption()

Add test

Correct LinearAlgebra::distributed::BlockVector::memory_consumption()

Merge pull request #3492 from bangerth/initialize-members-6

Initialize all member variables.

Merge pull request #3497 from bangerth/fix-previous-commit

Fix indexing in a previous commit.

Fix indexing in a previous commit.

Merge pull request #3496 from bangerth/initialize-members-7

Initialize member variables in class ExceptionBase.

Initialize member variables in class ExceptionBase.

Merge pull request #3491 from bangerth/initialize-members-5

Initialize all member variables.

Merge pull request #3494 from bangerth/fix-thread_management

Provide copy operator and initialize member variables.

Merge pull request #3495 from bangerth/fix-readme

Add periods in a couple of places in the README.

Add periods in a couple of places in the README.

Provide copy operator and initialize member variables.

Ignore subdomain_id in MatrixFree::resolve_cell

Provide a copy operator.

Also initialize all member variables.

Initialize all member variables.

Initialize all member variables.

Merge pull request #3487 from kronbichler/remove_warning_matrix_free

Fix warning in MatrixFree

Merge pull request #3488 from kronbichler/remove_warning_shape_info

Initialize all variables in MatrixFreeFunctions::ShapeInfo

Merge pull request #3486 from kronbichler/remove_warning_fe_eval

Avoid warning about missing copy constructor

Initialize all variables in MatrixFreeFunctions::ShapeInfo

Test copy constructor

Avoid warning about missing copy constructor

Fix warning in MatrixFree

Merge pull request #3485 from bangerth/remove-duplicate-variable

Remove the FE_DGPNonparametric::degree variable.

Remove the FE_DGPNonparametric::degree variable.

It shadows the variable of same name in the base class, and always has the
same value.

Merge pull request #3476 from kronbichler/matrix_free_improvements

Matrix-free operator cleanup

Initialize variables

Merge pull request #3481 from drwells/pvs-block-vector-iterator

Clarify the signature of a copy constructor.

Merge pull request #3480 from drwells/pvs-block-matrix-array-entry

Add (private) BlockMatrixArray::Entry::operator=.

Require Trilinos for test

Make DiagonalMatrix member of MFOps::Base a shared_ptr

Let MatrixFreeOperators::Base fix the ghost part of a vector

Avoid warnings about deprecated class

Avoid using deprecated functions in initialization

Insert option for using Chebyshev as solver

Clarify the signature of a copy constructor.

PVS studio claims that we do not implement a copy constructor for this
iterator. It is likely that (unnecessarily) including the template
arguments here confused PVS studio, so remove them.

Add (private) BlockMatrixArray::Entry::operator=.

This class implements a (destructive) copy constructor more or less so
that one can use it with std::vector::push_back, so it should disable
operator=.

This fixes a warning caught by PVS studio.

Merge pull request #3479 from bangerth/clarify-variable-name

Use 'order' instead of 'degree' in FE_RannacherTurek.

Merge pull request #3478 from bangerth/initialize-variables-5

Initialize members of IndexSet::Range.

Merge pull request #3477 from bangerth/add-Exception-copy-constructor

Add a (disabled) copy operator to ExceptionBase.

Use 'order' instead of 'degree' in FE_RannacherTurek.

The existing 'degree' member variable shadows a member of the base class,
but worse it does not have the same semantics: the former pertains to the
order of the element, the latter to the polynomial degree. Fix this.

Initialize members of IndexSet::Range.

Merge pull request #3451 from bangerth/fix-scopes

Fix the scopes of variables.

Add a (disabled) copy operator to ExceptionBase.

Merge pull request #3475 from drwells/gcc4-fix

Fix compilation with some matrix free tests.

Fix the scopes of variables.

The current version has variables in outer scopes that are assigned the addresses
of local variables in inner scopes. These addresses are not actually used in the
outer scope after we leave the inner scope, but it's a bad idea anyway. Move
the declaration of the pointers to the inner scopes where they are actually
used.

Fix compilation with some matrix free tests.

This fixes a compilation error with GCC 4.8:

error: no match for ‘operator=’
(operand types are ‘boost::shared_ptr<dealii::Table<2, dealii::VectorizedArray<double> > >’ and ‘long int’)

      scalar_coefficient = NULL;
                         ^

Merge pull request #3473 from drwells/pvs-precondition-block

Pvs precondition block

Merge pull request #3474 from kronbichler/master

Return vector partitioner by reference

Use different names for function arguments.

PreconditionBlock already has two members named 'permutation' and
'inverse_permutation' so this makes things a bit clearer.

I applied the same naming scheme to a separate function where previously
the variables were called 'p' and 'i'.

Merge pull request #3454 from masterleinad/address_3427

Make casts explicit, initialize all variables

Return vector partitioner by reference

Initialize a member variable of PreconditionBlock.

This is the default value used by the AdditionalData struct.