Clean up GridIn::read_vtk() in several ways.

Rename some variables. Also note that we always had
  vertex_indices[i] = i
  quad_indices[i] = i
  line_indices[i] = i
and so can get rid of these maps. They are a left-over from apparently copy-pasting
the initial version of this function from the UNV reader where this did not
have to be the case.

The function has many other problems, but I'm an incrementalist and I choose progress
over waiting for the perfect to happen :-).

Merge pull request #3591 from bangerth/fix-off-by-one-error

Fix an off-by-one error in GridIn::read_vtk().

Merge pull request #3593 from masterleinad/fix_mapping_test

Fix mapping_q_manifold_01

Merge pull request #3587 from bangerth/add-copy-operator

Fix Trilinos SparsityPattern iterators.

Fix mapping_q_manifold_01

Add a testcase.

Add a changelog entry.

Fix an off-by-one error in GridIn::read_vtk.

Add a changelog entry.

Add tests.

Fix the (entirely broken) function Accessor::visit_present_row().

Remove the copy constryctor of TrilinosWrappers::SparsityPatternIterators::Accessor.

It is the default copy constructor, and by removing it, we need not
worry about the fact that we have no copy assignment operator in this class.

Merge pull request #3589 from bangerth/fix-wrong-mapping-clone

Fix a rather insidious bug in MappingQ.

Add a changelog entry.

Add testcases.

Merge pull request #3588 from bangerth/update-some-comments

Update some comments that were not quite accurate any more.

Ensure that cloning a mapping also copies all internal variables.

MappingQ has a member variable 'use_mapping_q_on_all_cells', but this variable is not
replicated when calling MappingQ::clone(). Fix this.

Update some comments that were not quite accurate any more.

Also just minor cleanups. No functional changes.

Merge pull request #3585 from kalj/mg-fix

Fix array lenghts

Merge pull request #3582 from bangerth/add-comment

Add a reference to step-33.

Merge pull request #3584 from bangerth/improve-error

Improve an error message.

Fix array lenghts

Improve an error message.

Merge pull request #3579 from bangerth/initialize-members-2

Initialize the 'matrix' and 'vector' members in the PETSc wrappers.

Add a reference to step-33.

Merge pull request #3581 from bangerth/make-comment-more-readable

Make comment more readable.

Make comment more readable.

Initialize the 'matrix' and 'vector' members in the PETSc wrappers.

These members are of type 'Mat' and 'Vec', which are typedefed to pointers to otherwise
opaque types. Initialize these members to 'NULL'.

Merge pull request #3575 from bangerth/initialize-member-variable-2

Initialize member variables.

Merge pull request #3577 from masterleinad/initialize_quick_tests

Initialize all variables in quick_tests/step

Initialize all variables in quick_tests/step

Merge pull request #3572 from davydden/pvs/parpack

parpack: initialize member variables

Merge pull request #3574 from bangerth/initialize-member-variable

Initialize a member variable.

Initialize member variables.

Initialize a member variable.

Merge pull request #3573 from drwells/petsc-matrix-accessor-copy-operator

Petsc matrix accessor copy operator

Add a test for copying PETSc matrix iterators.

Remove an unnecessary copy constructor.

PVS studio rightfully complains that we should define operator= whenever
we explicitly define a copy constructor. However, since our copy
constructor does nothing special it is in fact equivalent to the default
copy constructor, so we can just get get rid of it and let the compiler
generate the correct copying code.

Merge pull request #3570 from bangerth/fix-typo

Fix comment style.

Merge pull request #3528 from masterleinad/update_postprocess

Update DataPostprocessor in examples

Update DataPostprocessor in examples

Fix comment style.

parpack: initialize member variables

Merge pull request #3571 from bangerth/rename-variables

Rename a local variable.

Rename a local variable.

Do not name it the same as a member variable in the base class.
Fixes #3547.

Merge pull request #3524 from bangerth/fix-memory-leak

Fix a memory leak in step-39.

Merge pull request #3526 from kronbichler/fix_test_shapes_q_bubbles

Increase accuracy of test output

Merge pull request #3527 from kronbichler/provide_additional_test_output

Provide additional test output.

Fix a memory leak in step-39.

Also avoid some obscure old-style C functions.

Provide additional test output.

Increase accuracy of test output

Merge pull request #3525 from davydden/fix_warning

fix unused variable warning

fix unused variable warning

Merge pull request #3523 from bangerth/fix-memory-leak-3

Fix a memory leak in de-serializing a SparsityPattern object.

Merge pull request #3522 from bangerth/fix-memory-leaks

Fix several more memory leaks in tests.

Fix a memory leak in de-serializing a SparsityPattern object.

Fix memory leaks tests.

Merge pull request #3521 from bangerth/fix-memory-leaks

Fix a variety of memory leaks in the testsuite.

Merge pull request #3519 from bangerth/fix-memory-leak

Avoid a memory leak.

Fix a variety of memory leaks in the testsuite.

Merge pull request #3518 from drwells/fix-hessian-typos

Fix two typos related to the Hessians.

Avoid a memory leak.

In fact, the test really tries very hard to create a memory leak, and
even verifies that it happens. But this then leads to downstream heartbreak
if you run a memory checker because you get pulled over for it.

Fix the issue by cleaning up the memory leak after we have verified that
the code that ran before really did leak the memory, by keeping a pointer
to the leaked object after all, and deleting it at the end of it all.

Fix two typos related to the Hessians.

Merge pull request #3508 from bangerth/fix-test

Reduce the number of steps for high order mappings.

Merge pull request #3509 from bangerth/fix-test-2

Increase accuracy of output in one test.

Merge pull request #3510 from bangerth/fix-slepc-test

Be more lenient with the exact number of iterations.

Merge pull request #3505 from davydden/split_compilation_of_project_qp

split instantiation of VectorTools::project() for quadrature points data

split instantiation of VectorTools::project() for quadrature points data

Be more lenient with the exact number of iterations.

Increase accuracy of output in one test.

This test outputs numbers such as 1/8=0.125 with just two digits after the decimal
point. Consequently, it depends on round-off and optimization flags if we get 0.12
or 0.13. Because the difference is so large, numdiff reports this as a failure.

Fix this by increasing the accuracy to 3 digits.

Reduce the number of steps for high order mappings.

For high order mappings, we too quickly get close to round-off errors, with
tests failing depending on what optimization flags are used. Consequently,
don't use too fine meshes for high order mappings.

Merge pull request #3392 from kalj/cuda-dir

Introduce configuration variable CUDA_DIR to select CUDA installation

Merge pull request #3507 from bangerth/add-changelog-entry

Add a changelog entry for all of the static analysis work.

Merge pull request #3506 from drwells/add-missing-instantiation

Add a missing template instantiation.

Add a changelog entry for all of the static analysis work.

Add a missing template instantiation.

Merge pull request #3504 from bangerth/remove-dead-code

Remove some dead code.

Remove some dead code.

As the assertion at the top of the patch shows, 'starting_indices' must only have values
between 0 and N (=sparsity.n_rows()). Consequently, the loop that replaces out-of-bounds
values with numbers::invalid_size_type should never trigger. Further, the 'remove_if'
will also never do anything, and the fact that we accidentally not actually do anything
with its return value (as one should for 'remove_if') doesn't matter.

Merge pull request #3498 from bangerth/initialize-members-8

Initialize member variables.

Merge pull request #3503 from bangerth/fix-memory-test

Adjust memory consumption output.

Merge pull request #3502 from kronbichler/master

Fix Chebyshev preconditioner

Better initial guess for Chebyshev vector

Adjust memory consumption output.

Add missing include file

Merge pull request #3499 from kronbichler/remove_memory_consumption_test

Remove alternative for memory consumption

Remove alternative for memory consumption that does not seem necessary any more

Merge pull request #3493 from bangerth/provide-copy-op

Provide a copy operator.

Merge pull request #3483 from masterleinad/ignore_subdomain

Ignore subdomain_id in MatrixFree::resolve_cell

Initialize member variables.

Also rename one to match current coding practices. Add to the
variable's documentation.

Merge pull request #3489 from kronbichler/remove_warning_parallel_block_vector

Correct LinearAlgebra::distributed::BlockVector::memory_consumption()

Add test

Correct LinearAlgebra::distributed::BlockVector::memory_consumption()

Merge pull request #3492 from bangerth/initialize-members-6

Initialize all member variables.

Merge pull request #3497 from bangerth/fix-previous-commit

Fix indexing in a previous commit.

Fix indexing in a previous commit.

Merge pull request #3496 from bangerth/initialize-members-7

Initialize member variables in class ExceptionBase.

Initialize member variables in class ExceptionBase.

Merge pull request #3491 from bangerth/initialize-members-5

Initialize all member variables.

Merge pull request #3494 from bangerth/fix-thread_management

Provide copy operator and initialize member variables.

Merge pull request #3495 from bangerth/fix-readme

Add periods in a couple of places in the README.