Allow using ConstraintMatrix::shift if initialized with IndexSet

Merge pull request #3758 from Rombur/reinit

Do not use deprecated reinit function.

Merge pull request #3760 from masterleinad/fix_filename

Rename misnamed file

Rename misnamed file

Do not use deprecated reinit function.

Merge pull request #3752 from bangerth/fix-abf-in-3d

Fix PolynomialsABF::compute_n_pols() in 3d.

Merge pull request #3749 from jppelteret/fix_tests_01

Redo output for physics/step-44* tests

Merge pull request #3735 from guidokanschat/tangential_laplace

tangential jumps for Laplacian

Merge pull request #3753 from bangerth/make-var-const

Make a member variable 'const'.

be a bit more explicit

Merge pull request #3691 from drwells/constraint-petsc-vector-fast-path

Add a faster code path for PETSc vectors.

Make a member variable 'const'.

We can do so because it is initialized in the constructor.

Add changelog entry.

Bulk write vector values in distribute_local_to_global.

This patch lowers the total number of calls to VecSetValues in
ConstraintMatrix::distribute_local_to_global by writing new vector values to a
temporary array before sending them off to PETSc. There are no notable
performance improvements for the other vector classes (though this certainly
should not hurt).

I used step-40 to check that the performance improved. Here is the (filtered)
output with this patch:

[drwells@archway step-40]$ make run | grep assembly
| assembly                        |         1 |   0.00966s |       8.7% |
| assembly                        |         1 |    0.0122s |       6.4% |
| assembly                        |         1 |    0.0217s |       5.9% |
| assembly                        |         1 |    0.0431s |       5.6% |
| assembly                        |         1 |    0.0848s |       5.6% |
| assembly                        |         1 |     0.173s |       5.6% |
| assembly                        |         1 |     0.351s |       5.5% |
| assembly                        |         1 |     0.729s |       5.5% |

and on master:

[drwells@archway step-40]$ make run | grep assembly
| assembly                        |         1 |   0.00672s |       8.9% |
| assembly                        |         1 |    0.0133s |       7.2% |
| assembly                        |         1 |    0.0258s |       6.9% |
| assembly                        |         1 |    0.0513s |       6.8% |
| assembly                        |         1 |     0.101s |       6.6% |
| assembly                        |         1 |     0.203s |       6.5% |
| assembly                        |         1 |     0.414s |       6.4% |
| assembly                        |         1 |      0.93s |       6.9% |

so it appears that the whole assembly process takes about 10% less time.

Add an 'add' method to the native parallel vectors.

This is necessary for an upcoming patch that uses the method inside
ConstraintMatrix::distribute_local_to_global.

Merge pull request #3750 from masterleinad/matrix_free_comm

Automatically set MPI_Comm in MatrixFree

Automatically set MPI_Comm in MatrixFree

Merge pull request #3740 from davydden/doc/debug_Og

add a note on -Og and -O0 debug flags

Merge pull request #3748 from Rombur/vector_operations

Encapsulate functions in VectorOperations namespace

Merge pull request #3745 from tamiko/fix_spaces_testsuite

Bugfix: Fix up a previous attempt to quote correctly

Fix the computation of the number of polynomials the ABF element has.

Bugfix: Quote in a posix compliant manner

Bugfix: Fix up previous attempt to quote correctly

In reference to #3742

Redo output for physics/step-44* tests

Instead of checking the convergence rates for each Newton iteration
against some benchmark result that is machine specific, we now monitor
the solution at a fixed point. This should remain unchanged if the
problem converges correctly for each timestep. The nonlinear solver
output is now send to the file "stdout".

Fixes #3747

Encapsulate functions from vector_operations_internal in VectorOperations namespace.

Merge pull request #3739 from bangerth/fix-hp-indices-compression

Fix and enable compression of hp DoF indices.

Merge pull request #3746 from drwells/add-higher-mapping-test

Add a test checking ChartManifold/MappingQ convergence rates.

Add a test checking ChartManifold/MappingQ convergence rates.

Merge pull request #3738 from drwells/more-precise-cell-similarity

More precise cell similarity

Do not reuse CellSimilarity for higher order MappingQGeneric maps.

This commit fixes bug where two cells, both alike in vertices (but varying in
curvature) would sometimes be treated as translations of each-other by
MappingQGeneric. This lead to an artificial limit of second order convergence
since Jacobian weights (and other values) were not correctly updated.

Add a changelog entry.

Fix and enable compression of hp DoF indices.

A previous patch, a long time ago, implemented a scheme to compress the data structure
that stores the DoF indices in the hp case. For reasons no longer clear, the functions
that do the compression and decompression just returned immediately, without actually
doing anything. Maybe not surprisingly, the algorithm -- not executed after all -- did
not work.

This patch fixes the algorithm at various locations and enables the compression.

Merge pull request #3742 from tamiko/fix_spaces_testsuite

Bugfix: Quote paths in run_test.sh

Merge pull request #3744 from drwells/add-parallel-block-vector-file

Add another output file for a test.

Add more output files for a test.

This test checks memory consumption so it is reasonable to have a few of these.

tangential jumps for Laplacian

minor edit

add changelog entry

Bugfix: Quote paths in run_test.sh

This fixes a long outstanding regression with the testsuite in
combination with paths containing spaces.

Merge pull request #3741 from bangerth/fix-tests

Increase the precision with which we output data in two tests.

add a note on -Og and -O0 debug flags

Increase the precision with which we output data in two tests.

Merge pull request #3736 from masterleinad/workaround_openmpi

Work around OpenMPI problem in mpi_exceptions

Workaround OpenMPI problem in mpi_exceptions

Merge pull request #3732 from masterleinad/fix_symmetric_tensor_36

Get rid of typeid in symmetric_tensor_36

Get rid off typeid in symmetric_tensor_36

Merge pull request #3731 from drwells/cppcheck-2

Cppcheck 2

Clarify comparison order in a ternary operator.

This was caught by cppcheck.

Remove variables that only appear in assertions.

This was caught by cppcheck.

Prefer logical OR to boolean OR.

This was caught by cppcheck.

Get rid of a null pointer dereference.

This was caught by cppcheck.

Remove an (unused) default constructor.

This was caught by cppcheck. Since this class already has a non-default
constructor (and a reference member, so it is not default constructible
anyway) it does not have an implicitly defined default constructor, so
we can get rid of this.

Remove a redefinition of a static variable.

This was caught by cppcheck. The base class also defines dimension in
the same way.

Merge pull request #3730 from masterleinad/fix_index_set_tests

Fix types in failing IndexSet tests

Fix types in failing IndexSet tests

Merge pull request #3725 from kronbichler/improve_polynomial_eval

Switch Legendre polynomials to stable evaluation via root representation

Merge pull request #3727 from davydden/la_parallel_vector/ghost_assertion

make an Assert in LA::distributed::Vector::compress_finish() less rigid

Merge pull request #3729 from drwells/cppcheck-1

cppcheck results 1

Mark some functions as const.

This was caught by cppcheck.

initialize some pointers to NULL.

This was caught by cppcheck.

Pass some function arguments by reference.

This was caught by cppcheck.

Avoid 'std::string::find' for performance reasons.

This was caught by cppcheck.

Move some variables into the initialization list.

This was caught by cppcheck.

Reduce the scope of some variables.

This was caught by cppcheck.

Mark some functions as static.

This was caught by cppcheck: these methods don't depend on state and may
as well be static.

Switch Legendre polynomials to stable evaluation via root representation

Merge pull request #3720 from drwells/sort-DoFTools-functions

Sort DoFTools functions

Merge pull request #3723 from masterleinad/update_memory_consumption

Update memory_consumption_01

make an Assert in LA::distributed::Vector::compress_finish() less rigid

Otherwise p::d::SolutionTransfer::interpolate() could trigger the
Assert due to round-off errors in certain scenarious.

Merge pull request #3724 from tjhei/document_cylinder_shell

update GridGenerator:cylinder_shell documentation

update GridGenerator:cylinder_shell documentation

Update memory_consumption_01

Merge pull request #3721 from drwells/silence-unused-typedef-warnings

Silence unused typedef warnings

Silence unused typedef warnings in release mode.

There are many places in the library where we use a typedef in just
debug mode, so disable the warning in release mode.

Remove some typdefs that are only used once.

Note that, since Assert is a macro, any arguments to Assert that contain
commas must be surrounded by parentheses.

Combine the remaining DoFTools functions.

Add a doxygen category for DoFTools exceptions.

Group the DoF mapping functions together.

Group DoFTools coupling functions together.

Merge pull request #3717 from kalj/call-static-method-correctly

use conventional way of calling static method to please nvcc

Merge pull request #3719 from masterleinad/fix_nonmpi_petsc_compile

Fix compiling with non-MPI PETSc

Fix compiling with non-MPI PETSc

Merge pull request #3718 from masterleinad/fix_complex_petsc_compile

Fix compiling with complex-valued PETSc

Fix compiling with complex-valued PETSc

use conventional way of calling static method to please nvcc

Merge pull request #3716 from kalj/fix-typos

fix typos in file name

fix typos in file name

Merge pull request #3715 from drwells/fix-null-reference-warnings

Fix some null reference warnings.

Put DoFTools functions in correct sections.

Credit for these fixes goes to Jean-Paul Pelteret.

Fix some null reference warnings.

An equivalent way to do this is to use a SmartPointer instead of a
reference: this lets us initialize with something that is not undefined
behavior.

Merge pull request #3714 from bangerth/fix-tests

Fix undefined order of evaluation.

Fix undefined order of evaluation.

Within a sequence such as
  deallog << is1.n_elements() << ", " << is1.pop_front() << std::endl;
the order of calls to 'n_elements()' and 'pop_front()' is undefined. Consequently,
there are two possible correct output files.

Fix this by splitting the line into two complete statements, separated by
a semicolon (which implies a sequence point).

Merge pull request #3700 from davydden/index_set_index_within_set

add alternative IndexSet::index_within_set() which does not throw an …

extend IndexSet::index_within_set()

to return numbers::invalid_dof_index
if the global index is not a member of the index set

Merge pull request #3713 from tamiko/disable_a_clang_warning

CMake: Disable -Wundefined-var-template for clang

CMake: Disable -Wundefined-var-template for clang

This warning leads to a lot of false positives. Simply disable the
diagnostic.

Fixes #3705

Merge pull request #3689 from bangerth/make-cell-available-in-postprocessor

Make cell available in postprocessor

Add a changelog entry.

Provide the cell via DataOutRotation. Add tests.

Provide the cell via DataOutFaces. Add tests.