Give the codim > 0 VectorTools::project functions their own file.

Since these functions don't go into the MatrixFree code we can split them off
with a very small amount of overhead for the additional parallelization. This
lowers the required memory for the last projection instantiation by about a
gigabyte.

Before:
                                    File name Memory, MB    Time, s
      source/numerics/vector_tools_project.cc       2775         79
source/numerics/vector_tools_project_inst2.cc       2882         92
source/numerics/vector_tools_project_inst3.cc       3948        102

After:
                                    File name Memory, MB    Time, s
source/numerics/vector_tools_project_codim.cc       1843         28
      source/numerics/vector_tools_project.cc       2774         76
source/numerics/vector_tools_project_inst2.cc       2829         81
source/numerics/vector_tools_project_inst3.cc       2823         86

Merge pull request #3829 from drwells/project-hp-separate-file

Give the hp version of VectorTools::project its own file.

Give the hp version of VectorTools::project its own file.

This new file takes about 17 seconds to compile and improves the performance of
the non-hp (i.e., the matrix free) projections a little bit.

before splitting out the hp files:
                                    File name Memory, MB    Time, s
      source/numerics/vector_tools_project.cc       2860         81
source/numerics/vector_tools_project_inst2.cc       2970        100
source/numerics/vector_tools_project_inst3.cc       3956        114

After:
                                    File name Memory, MB    Time, s
      source/numerics/vector_tools_project.cc       2775         79
source/numerics/vector_tools_project_inst2.cc       2882         92
source/numerics/vector_tools_project_inst3.cc       3948        102

These numbers come from setting the C++ compiler as a shell script containing

    /usr/bin/time -v g++ ${1+"$@"}

and then parsing the output.

Merge pull request #3826 from bangerth/fix-trilinos-vector-reference

Fix the return type of Trilinos's VectorReference::operator=.

Add test.

Fix the return type of Trilinos's VectorReference::operator=.

This was non-intuitive, though it did not make a difference given the particular
semantics of vector references. Fix it anyway.

Merge pull request #1783 from jppelteret/fix_trilinos_lin_ops

Fix Trilinos preconditioners and solvers for use in LinearOperator functions

Merge pull request #3808 from bangerth/be-more-concise-with-update-flags

Better track which UpdateFlags are required for which operation.

Add a changelog entry.

Merge pull request #3813 from bangerth/doc-update-81

Better document FE_PolyTensor.

Better document FE_PolyTensor.

Extensions for Trilinos support in LinearOperators.

Trilinos sparse matrices and preconditions can now we wrapped as
LinearOperators, and can be used (nearly) as naturally as the deal.II
linear algebra classes could. This means that they can be used as a
transpose_operator(), inverse_operator() and within the
schur_complement().

The core support for block operations is also there, but has not been
thoroughly tested.

Merge pull request #3823 from bangerth/extend-signaling-nans

Implement numbers::signaling_nan() also for Point<dim>.

Merge pull request #3824 from tjhei/fix_3820

fix PR 3820

fix PR 3820

Add changelog entry.

Add a test.

Implement numbers::signaling_nan() also for Point<dim>.

Merge pull request #3819 from danshapero/full_matrix_move

move operations for FullMatrix

Merge pull request #3822 from bangerth/minor-cleanups

Minor cleanups to the implementation of FETools::compute_node_matrix().

Minor cleanups to the implementation of FETools::compute_node_matrix().

Merge pull request #3820 from tjhei/split_instantiations

split instantiations

Test for FullMatrix move operations

split instantiations

This splits some large files to compile with <2.5GB RAM with gcc again.

gcc 4.8.4 and using ulimit -v 2500000 except for the linking step.

Merge pull request #3116 from vastronzl/step-57

Introduce step-57: Navier Stokes with nonlinear solver

address some left-over comments

Introduce step-57

Merge pull request #3814 from bangerth/return-matrix

Let FETools::compute_node_matrix() return its result, rather than take it by reference

Merge pull request #3818 from tjhei/doxygen_fixes

doxygen fixes

doxygen fixes

Merge pull request #3816 from stmcgovern/typo_fix

step-40 typos

step-40 typos

Make Trilinos Solver classes compatible with LinearOperators.

This patch adds some core functionality to the Trilinos Solver that is
later necessary for them to be compatible with LinearOperators.
Specifically, this is two additional solve() functions that accept
Trilinos EpetraOperators as the input Matrix (with one accomodating
wrapped Trilinos preconditioners, and the other another EpetraOperator
as a preconditioner.).

Make Trilinos Preconditioner classes compatible with LinearOperators.

This patch adds some core functionality to the Trilinos Preconditioner
that is later necessary for them to be compatible with LinearOperators.

LinearOperators now derive from an arbitrary Payload class.

This allows their functionality to be extended to support algebra class
other than deal.II's native classes.

Eliminating unnecessary copy operations from FullMatrix

The copy constructor and copy assignment operator for FullMatrix are
unnecessary, since FullMatrix inherits from Table<2>.

Re-add the old function signature, mark as deprecated.

Add a changelog entry.

Let FETools::compute_node_matrix() return its result, rather than take it by reference.

Merge pull request #3811 from drwells/symmetric-tensor-default-methods

Make SymmetricTensor trivially copyable.

Merge pull request #3809 from bangerth/document_FETools_compute_node_matrix

Document FETools::compute_node_matrix.

Document FETools::compute_node_matrix.

Make SymmetricTensor trivially copyable.

This is a follow up to 0004f1cbcd2 which made Tensors trivially copyable.

Better track which UpdateFlags are required for which operation.

Merge pull request #3806 from davydden/pum_reference

fe_enriched: update bibtex reference

fe_enriched: update bibtex reference

Merge pull request #3805 from drwells/tensor-default-methods

Make Tensors trivially copyable.

Make Tensors trivially copyable.

The implicitly defined copy constructors and assignment operators are no
different from the ones implemented prior to this patch, so we can clean things
up a bit by just using the defaults here.

This has the nice effect of making the class "trivially copyable", which means
compilers may optimize things by using memcpy to copy things instead of the copy
constructor.

Merge pull request #3804 from Rombur/fix_shared_ptr

Fix a test.

Fix a test.

Merge pull request #3803 from tamiko/a_default_parameter

Bugfix: Add forgotten default parameter to function

Merge pull request #3801 from drwells/remove-Reference-friendship

Get rid of some unused friendship declarations.

Merge pull request #3799 from kronbichler/master

Cleanup code in vectorization

Bugfix: Add forgotten default parameter to function

One of the overloaded GridGenerator::subdivided_hyper_rectangle variants
has a missing default parameter for the last argument.

In reference to #3802

Get rid of some unused friendship declarations.

Clang warns about the second one with the following:

/home/drwells/Documents/Code/CPP/dealii-dev-clang/include/deal.II/lac/sparse_matrix.h:1645:93: warning:
      dependent nested name specifier 'SparseMatrixIterators::Accessor<number2, false>::' for friend
      class declaration is not supported; turning off access control for 'SparseMatrix'
      [-Wunsupported-friend]
  template <typename number2> friend class SparseMatrixIterators::Accessor<number2, false>::Reference;

Additionally, MSVC runs into errors with this friendship
declaration (and can compile the library without it), so we can get rid
of it.

Merge pull request #3800 from drwells/speed-up-test

Make a test run faster.

Make a test run faster.

This test previously tended to time out on clang in debug mode (it took
about 580 seconds). This commit skips an extra refinement level to get
the computation time down to about 70 seconds.

Cleanup code in vectorization

Merge pull request #3793 from bangerth/simplify-function

Simplify FE_BDM::get_dpo_vector() somewhat.

Simplify FE_BDM::get_dpo_vector() somewhat.

In particular, make it a bit easier to read.

Merge pull request #3797 from bangerth/make-compile

Make things compile again.

Make things compile again.

Merge pull request #3791 from bangerth/fix-abf

Fix the polynomial degree the ABF element reports about itself.

Merge pull request #3796 from bangerth/make-function-safer

Add a few assertions to FETools::compute_node_matrix().

Merge pull request #3795 from bangerth/indent-arguments

Indent function arguments to align them.

Merge pull request #3794 from bangerth/fix-FE_PolyTensor

Guard access to mutable variables with a mutex.

Merge pull request #3790 from kronbichler/cleanup_step-37

Cleanup step-37

Merge pull request #3766 from kronbichler/improve_vectorized_array

Gather and scatter operations in vectorized array

Add a few assertions to FETools::compute_node_matrix().

Indent function arguments to align them.include/deal.II/fe/fe.h

Add changelog entry.

Guard access to mutable variables with a mutex.

Add test.

Add changelog entry.

Fix the polynomial degree the ABF element reports about itself.

As stated in the original paper (http://www-users.math.umn.edu/~arnold/papers/vecquad.pdf),
section 5, and as also stated in our discussion of the PolynomialsABF element, the
ABF space of order 'r' actually contains polynomials of degree 'r+2'. Report this
accurately.

Without this, the computation of embedding matrices fails in 3d because we integrate
the least squares matrix terms with a quadrature formula of too low order.

Merge pull request #3788 from masterleinad/check_add_indices_sizes

Check that add_indices respects index_space_size

Cleanup step-37 regarding shared_ptr usage.

Disable warning about deprecated functionality.

Add additional access method to the underlying shared ptr

Merge pull request #3786 from Rombur/documentation

Augment documentation for Triangulation.

Check that add_indices respects index_space_size

Augment documentation for Triangulation.

Merge pull request #3785 from tamiko/cuda_fixes_3

CMake: Various fixes for the cuda configuration

CMake: Remove obsolete file

Merge pull request #3763 from elddle/Fix-get_ria_vector

Fix a get_ria_vector for FE_BDM

Merge pull request #3761 from jppelteret/symm_tensor_contract_3

Add contract3() function with SymmetricTensor arguments.

remove forgotten dot

add a changes file

CMake: Make sure the cuda wrapper only uses -std=c++11

CMake: Properly propagate all compiler flags to the cuda wrapper

CMake: Rename all object targets to obj_<foo>_(debug|release)

This change is necessary to please the cuda wrapper nvcc that insists on
exporting the target name as preprocessor definition. Unfortunately, a
period "." is an invalid character and we end up with warnings of the
form

  "missing whitespace after the macro name"

Fix this by renaming all object targets to only contain underscores.

CMake: Avoid bogus preprocessor definitions

The macro CUDA_WARP_SRCS expects the target to have a set of
preprocessor definitions that does not contain an empty element.

CMake: Fix a typo

Merge pull request #3764 from Rombur/shared_ptr

Use shared_ptr to store MatrixFree data in MatrixFreeOperators::Base

Merge pull request #3778 from tamiko/add_a_boost_check

CMake: Define BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP for bundled boost if <gcc-4.8

Merge pull request #3777 from jppelteret/step-18-update_results

Update results for step-18

Update results for step-18

fixes #3757

CMake: Refactor macros and augment comment

CMake: Define BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP for bundled boost if <gcc-4.8

Closes #3624.

Merge pull request #3779 from tamiko/cuda_fixes_1

CMake: let *_cuda targets depend on *.inst targets