Fix definition of syev method. Correct ifdef guard.

This avoids compiler errors with clang 3.5.

Merge pull request #385 from tamiko/guard_have_macros

Replace HAVE_* by DEAL_II_HAVE_*

Merge pull request #394 from tjhei/simplify_cast

simplify cast

simplify cast

Merge pull request #390 from bangerth/fix-missing-instantiations-2

Add changes.h entry

Merge pull request #395 from tjhei/wrap_comments_improvements

wrapcomments paren handling

wrapcomments paren handling

Correctly handle an opening parenthesis directly in front of @ref and
fix the one place we use it.

Fix missing instantiations.

fix a comment

Add an entry to changes.h

Guard HAVE_* variables and definitions with DEALI_II prefix

This commits renames every HAVE_* definitions to DEAL_II_HAVE_*. This is
done to avoid name clashes with external projects also exporting HAVE_*
definitions.

Merge pull request #388 from bangerth/fix-missing-instantiations

Fix missing instantiations.

Fix missing instantiations.

Merge pull request #386 from tamiko/cmake_fixes

Small cmake configuration and documentation fixes

add changes.h entry

Update documentation of DEAL_II_WITH_* lists, and testsuite configuration

remove obsolete functionparser definitions

Add an additional hint for opencascade

Merge pull request #383 from tamiko/fix_error_message

step-34: Also adjust error message

step-34: Also adjust error message

Merge pull request #382 from tamiko/restructure_file

CMake: Restructure configuration file

CMake: Restructure configuration file

Merge pull request #381 from tjhei/wrapcomments_part_two

wrapcomments.py @ref handling

wrapcomments on all files

manually reformat some files

fix typo in step-52

better @ref handling

Correctly handle @ref in the wrapcomments.py script. We need to keep the
description in quotes in one line and move everything else to the next line
except immediate punctuation.

Merge pull request #378 from luca-heltai/another-fix-to-cpack

Now also cached variables for cpack config have CPACK prefix.

Merge pull request #379 from tjhei/doxygen_wrapcomments_fixes

Doxygen wrapcomments fixes

fixup files

more fixup

format everything

fix warpcomments.py

fix up more files

fix more files

force @ref in separate line

put @ref in separate line

remove stray comment

update wrapcomments.py

now handle @image tags correctly

fix doxygen formatting

reformat a couple of places in the doxygen comments manually (broken
@image lines etc.). This is mostly to make wrapcomments.py happy.

Now also cached variables have CPACK prefix.

Merge pull request #377 from tjhei/solution_transfer_msg

improve SolutionTransfer exception

Merge pull request #376 from tjhei/export_ignores

add .gitattributes

improve SolutionTransfer exception

parallel::distributed::SolutionTransfer only works with parallel::distributed::Triangulation. This is now checked in the constructor.

add .gitattributes

we ignore the testsuite and some other files when creating a tarball
with git archive. This is also used by github for 'releases'.

Merge pull request #374 from tamiko/update_normalize_script

update normalize script

update normalize script

Merge pull request #372 from tamiko/fix_step34

fix configuration for step-34

fix configuration for step-34

Merge pull request #370 from tamiko/fix_opencascade

fix compilation against opencascade on linux targets

fix compilation against opencascade on linux targets

Merge pull request #367 from tamiko/fix_documentation

Update documentation

Merge pull request #368 from tjhei/missing_image_step_49

fix link to step-49 gmsh_picture.png

fix link to step-49 gmsh_picture.png

Merge pull request #366 from kronbichler/master

Fix undefined symbols on Mac.

put license.html directly on the homepage

clenaup toc, remove stale information

Fix undefined symbols on Mac.

Deactivate ShapeInfo::reinit on MSVC target as proposed in c2021e2.

Documentation: remove stale html files

Remove news.html and publications/indexl.html stubs - they are not
referenced any more.

Documentation: Remove all references to external resources

We already link to this  external resources on the homepage - there is no
point in doing it here (nobody will find it and it has the bad tendency of
being out of date).

Documentation: Remove svn.html from offline documentation

The new development guidelines for git should be prominently on the
homepage, not buried in the offlinedocumentaiton. So just remove the old
cruft.

Documentation: Remove bogus indentation.html file

Well, we already have a detailed doxygen file about indentation. So it is
better to add the three relevant lines about astyle there and remove this
additional documentation page completely

Documentation: Remove references to svn

Remove references to svn's $Id$ in the headers and replace references to
the old subversion repository in various html files

Fix link in step-52

Merge pull request #365 from tjhei/muparser_version_parsing

fix cmake muparser version string parsing

fix cmake muparser version string parsing

Turns out there are muparser versions out there that don't have a
subminor version which made our cmake code barf.

Merge pull request #363 from luca-heltai/fixcpack

Fixed typo in setup_cpack.

Merge pull request #361 from tamiko/improve_test_stability

Improve test stability

port other tests to new macro

Test umfpack/umfpack_04: Avoid printing exact number of iterations

This commit introduces a new macro for tests to test an iterative solve to
convergence within a given number of iteration steps. Due to roundoff
errors the exact number doesn't have to be stable...

Test bits/step-51: Improve output

This allows numdiff to catch small roundoff errors.

Merge pull request #360 from kronbichler/master

Fix constructor of SchurMatrix for 64 bit indices.

Fix constructor of SchurMatrix for 64 bit indices.

Merge pull request #359 from kronbichler/master

Fix bug in Trilinos SparseMatrix::add/copy_from

Fix bug in Trilinos SparseMatrix::add/copy_from

We assume that the pointers to a Trilinos sparse matrix remain valid when a matrix
is copied from another one or added and the two matrices share the same sparsity pattern.
This is used in step-32. However, the fix introduced in 8d64256 could not ensure this
(while fixing a few other cases). The check if the two sparsity patterns point to the same
memory is not good (we can have the same sparsity pattern memory but different addresses).

Therefore, the add and copy_from methods need to be more careful to not set up a new
matrix structure when this is not necessary. In particular, the two methods now check
whether the column indices are the same in any case but without requiring calling
methods that change the memory layout.

Merge pull request #357 from bangerth/fix-1d327fd1

Fix previous commit 1d327fd1dcd34023a3d5bb2c0ee7524593d44015.

Fix previous commit 1d327fd1dcd34023a3d5bb2c0ee7524593d44015.

Commit 1d327fd1dcd34023a3d5bb2c0ee7524593d44015 moved a function from the .cc
file into the .h file and made it inline. Subtly, it also snuck in a small
change in the code: it changed
  if (!something)
   {
     ...
   }

  if (something)
into
  if (!something)
    {
      ...
    }
  else

The problem is that the first code block in rare circumstances changed the
value of the variable something. It is remarkable that this only triggered
in a single test in the testsuite -- an indication that the testsuite is
after all reasonably good at finding even obscure problems, but also an
indication that the anisotropic refinement stuff is not particularly well
tested.

Merge pull request #350 from felgru/doxygen

Fix copyright years in doc/users/doxygen.html

Merge pull request #352 from Rombur/fix_step_52

Add instantations for class RungeKutta.

Add instantations for class RungeKutta.

Fix copyright years in doc/users/doxygen.html

The year 2013 is already included in the range 2012 - 2014.

Merge pull request #348 from tjhei/doxygen_fixes

fix doxygen warnings

fix doxygen warnings

Merge pull request #346 from tamiko/fix_arpack_test_v2

try to get the arpack test a bit more stable

Merge pull request #347 from tamiko/update_normalize

Update normalize.pl to also substitute 8.2.pre version

Update normalize.pl to also substitute 8.2.pre version

try to get the arpack test a bit more stable

Well, it turns out that depending on arpack version and CPU the result for
the first 5 eigenvalues differs. Try to make this a bit more stable by
computing 8 eigenvalues and only print the first 5.

Merge pull request #345 from tamiko/update_examples

Require the current version of deal.II.

Require the current version of deal.II.

update VERSION

Merge pull request #344 from tamiko/fix_some_tests

Fix a bunch of tests for simserv

Merge pull request #343 from tamiko/changes_and_doc_update

Release steps 0e 1 1a

Merge pull request #342 from tamiko/doxygen_fixups_and_reindent

Release steps 0a 0b 0c 0d

normalize parameter_handler_write_json.output for different boost versions

Update codim_01.mpirun=3.debug.output

sort output of arpack/step-36_ar

update changes.h and tags for release

Update blurbb for petsc and trilinos

Bugfix: Fix typo so that our step-graph gets build again...