Do not use a timer in a test.

This test tried to ensure that an algorithm ran in linear time by taking runtime
measurements: this tends to fail intermittently so remove these checks.

The test is still useful since it will time out if we regress to the old
quadratic time algorithm.

Merge pull request #4035 from kronbichler/fix_nonmpi_tests

Enable tests to run without MPI

Enable tests to run without MPI.

Merge pull request #4032 from kronbichler/fix_mpi_tests

Fix multigrid/mpi tests

Merge pull request #4029 from kronbichler/fix_test_output_with_fma

Add output variants for builds with FMA

Merge pull request #4033 from masterleinad/fix_unused_var

Handle more unused variables and parameters

Handle more unused variables and parameters

Fix multigrid mpi tests by better output

Merge pull request #4031 from kronbichler/remove_unused_variables

Remove unused variables

Remove unused variables

Merge pull request #4022 from masterleinad/add_operators_blockbase

Add MatrixFreeOperators::BlockBase

changelog entry and a test for a Stokes operator using MatrixFreeOperatorsBase

Add support for BlockVectors and block operators to MatrixFreeOperators::Base

Merge pull request #4030 from drwells/more-cppcheck

Run cppcheck again.

Merge pull request #4028 from kronbichler/fix_tests_02

Extend test suite for non-threaded build

Mark a function as static.

This was caught by cppcheck.

Remove some unused non-public functions.

These were found by cppcheck.

Mark some header-defined functions as inline.

Reduce the scope of some variables.

This was caught by cppcheck.

Remove some empty destructors.

The compiler can generate these for us.

Add second file output for builds with FMA

Add second binary output for builds with FMA

Adjust test output on Intel CPUs with FMA enabled.

Add additional output for memory consumption test (without threads).

Relax tolerance a for float zero slightly

Avoid superfluous include file

Run test with threads only

Merge pull request #4027 from drwells/remove-extra-typename

Remove some unnecessary typenames.

Remove some unnecessary typenames.

These types are fully qualified so we do not need to prefix them with
'typename'.

Merge pull request #4026 from tjhei/msvc_mat_free_fix

fix matrix free compilation

fix matrix free compilation

MSVC complains

Merge pull request #4025 from kronbichler/fix_missing_include_nothreads

Add missing include file when compiling without threads.

Add missing include file when compiling without threads.

Merge pull request #4024 from kronbichler/avoid_compiler_warning

Avoid compiler warning without threads

Merge pull request #4023 from kronbichler/fix_static_build

Mark functions inline to fix mpi/renumber_cuthill_mckee in static build

Avoid compiler warning without threads

Mark functions inline to fix tests mpi/renumber_cuthill_mckee in static build

Merge branch pull request #4008 from loylick/buildsystem

Merges #4008. Closes #4008.

corrected cmake scripts so that they are capable of finding existing PETSC and SLEPC installations.

Signed-off-by: Matthias Maier <tamiko@43-1.org>

Merge pull request #4021 from MathiasMen/VectorizationElasticityKinematics

Vectorization Physics::Elasticity::Kinematics

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Merge pull request #4018 from kronbichler/separate_file_tensor_product_kernels

Move tensor product kernels from fe_evaluation.h into separate file

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Added support for vectorization in Physics::Elasticity::Kinematics

Merge pull request #4020 from bangerth/fix-changelog-2

Fix the name of a function referenced in a changelog entry.

Fix the name of a function referenced in a changelog entry.

Merge pull request #4019 from bangerth/fix-changelog

Fix a changelog entry.

Fix a changelog entry.

Move tensor product kernels from fe_evaluation.h into separate file

Merge pull request #4017 from drwells/add-stream-flag-restorations

Restore stream flags after use.

Merge pull request #4014 from masterleinad/fix_coverity

Fix some issues reported by Coverity

Restore stream flags after use.

This was caught by Coverity.

Merge pull request #4007 from drwells/add-diff-execution-check

Check that numdiff and diff can run with very simple input.

Add a simple numdiff relative tolerance test.

This test ensures that we can use numdiff to check differences with a relative
tolerance (i.e., that numdiff is not a symlink to diff).

Merge pull request #3995 from davydden/mf_operator_vectortype

change MatrixFreeOperators from Number to VectorType template

Merge pull request #4016 from kronbichler/fix_transfer_tests_no_mpi

Recent MG transfer tests do not use MPI -> remove mpi_initlog

Merge pull request #4002 from kronbichler/msvc_fix_large_offset

Fix FEEvaluation path with degree -1 for MSVC compiler

Merge pull request #4015 from davydden/parallel_for_start_end

extend internal::VectorOperations::parallel_for() to [start,end)

Recent MG transfer tests do not use MPI -> remove mpi_initlog

Fix issues reported by Coverity

extend internal::VectorOperations::parallel_for() to [start,end)

Additional tests without the template

Fix FEEvaluation path with degree -1 for MSVC compiler

Furthermore, clean up the code path for degree -1 in FE_DGP and FE_QDG0.

Merge pull request #4013 from davydden/bugfix/index_within_set

fix IndexSet::index_within_set() for an empty index set

fix IndexSet::index_within_set() for an empty index set

Merge pull request #4003 from bangerth/fix-formatting

Improve formatting of figures.

Merge pull request #4010 from masterleinad/fix_intel_tests

Suppress warnings for pointless comparison

Suppress warnings for pointless comparison

Merge pull request #4009 from masterleinad/fix_intel_tests

Fix tests failing due to round-off inconsistency.

Make hp/create_laplace_matrix tests pass for Intel-17

Make bits/fe_tools pass for Intel-17

Allow to customize the values used in test_mode

Merge pull request #4006 from loylick/mpiupdate

removed requirement of MPI support to compile with SLEPC

reindenting #include

Merge pull request #4005 from loylick/vectorupdate

fix for read_write_vector.templates.h to compile under Windows

adjust unit test

adjust step-37

Check that numdiff and diff can run with very simple input.

This commit adds a check to ensure that calling diff or numdiff does not hang
forever: if it does hang (or cannot be run at all) then we cannot run the test
suite, so bail out.

removed requirement of MPI support to compile with SLEPC

fix for read_write_vector.templates.h to compile under Windows

Merge pull request #4004 from bangerth/declare-specializations

Forward declare two explicit specializations.

Forward declare two explicit specializations.

Improve formatting of figures.

The previous way had the top of the second picture run into the bottom
of the first one. Since both are meshes, it was hard to see what was
going on.

Merge pull request #4001 from masterleinad/rm_explicit_instant

Remove redundant explicit instantiation

Merge pull request #4000 from jppelteret/changelog_01

Add changelog entry for a new code gallery example.

Add changelog entry for a new code gallery example.

This adds a news item for the new code gallery example titled
"Quasi-Static Finite-Strain Quasi-incompressible Visco-elasticity".

Merge pull request #3999 from masterleinad/fix_linear_operator_intel

Fix linear_operator_08 for Intel-17

Remove redundant explicit instantiation

Fix linear_operator_08

Merge pull request #3998 from masterleinad/fix_boost_intel17

Fix bundled boost for Intel-17

Fix bundled boost for Intel-17

change MatrixFreeOperators from Number to VectorType template

Merge pull request #3994 from kronbichler/documentation_matrix_free_tutorial

Improve description of matrix-free tutorials

Improve description of matrix-free tutorials

Merge pull request #3984 from davydden/laplace_transform_incremental

make GridTools::laplace_transform() to actually solve for displacement field

make GridTools::laplace_transform() internally solve for displacement by default

while there, adjust grid_transform_02 to produce a better
looking mesh.

Merge pull request #3993 from kronbichler/fix_aligned_vector_push_back

Fix AlignedVector::push_back for types without default constructor.

Fix AlignedVector::push_back for types without default constructor.

Merge pull request #3992 from kronbichler/fix_transfer_matrix_free

Make sure to clear all variables in MGTransferMatrixFree.