Use manifold instead of boundary

Merge pull request #4180 from tjhei/add_doi_for_step_57

add step-57 DOI

add step-57 DOI

Merge pull request #4173 from tjhei/mathjax_new_cdn

change MathJax CDN

Merge pull request #4174 from jppelteret/step-44-doc_update_01

Add DOI citation to step-44

Add DOI citation to step-44

Merge pull request #4139 from kronbichler/cleanup_shape_info

Proper tolerance scaling for gradients and Hessians at high degrees

Merge pull request #4145 from tjhei/doi_citing

add @dealiiTutorialDOI{} macro for tutorial programs

add @dealiiTutorialDOI{} macro for tutorial programs

change MathJax CDN

https://cdn.mathjax.org is shutting down, so switch to the recommended alternative CDN.

Fixes #4169

Merge pull request #4172 from drwells/point-value-history-resize

Resize a vector instead of repeatedly calling push_back.

Merge pull request #4155 from tcclevenger/fix_shared_tria_multigrid_artifical

Fixed setting artificial bug in shared tria, added test

Resize a vector instead of repeatedly calling push_back.

std::vector<double>(0) creates an empty vector, so we can save some time by just
resizing the vector of vectors instead.

Merge pull request #4168 from drwells/add-nonexistent-line-check

Check an index in ConstraintMatrix::add_entry.

Check an index in ConstraintMatrix::add_entry.

Without this check one can get segmentation faults in debug mode if the
current line is not present.

Merge pull request #4141 from kronbichler/fe_evaluation_cleanup

FEEvaluation: Tidy up selection of templated evaluation calls

Merge pull request #4158 from tamiko/fix_sequential_petsc_on_fedora

CMake: Workaround: Ensure "mpiuni/mpi.h" is reachable

Merge pull request #4165 from masterleinad/restrict_parallel_petsc_dev

Restrict tests requiring a parallel PETSc

Restrict tests requiring a parallel PETSc

CMake: Workaround: Ensure "mpiuni/mpi.h" is reachable

In case of a sequential build without mpi support and sequential petsc a
dummy mpi.h file installed by petsc must be reachable in from our final
set of include directories.

Normally this is not an issue - petsc exports such information in the
file "petscvariables" that we parse. But some distributions have chosen
to not install this file...

Closes #4157

Merge pull request #4156 from tjhei/cmake_find_mpi_version

fix cmake regex for finding MPI version

Merge pull request #4163 from davydden/changelog_matrixfree

a changelog for deprecated mpi_communicator in MatrixFree::Additional…

a changelog for deprecated mpi_communicator in MatrixFree::AdditionalData

Merge pull request #4160 from tamiko/fix_step_dependency

Examples: Require MPI for step-18

Merge pull request #4152 from tjhei/fix_step_44_petsc

fix step-55

Examples: Require MPI for step-18

fix cmake regex for finding MPI version

cmake regex is greedy, which means that the old regex
MPI_VERSION.*([0-9]+)
would only put the last digit of the version into the group \1 because
.* consumes the others. Fix this.

typo

fix shared tria artificial cells bug

Merge pull request #4143 from tjhei/test_prm_map

add test for parsing Map pattern in ParameterHandler

fix step-55

This causes crashes with PETSc and solver convergence issues with
Trilinos with more than one rank.

Merge pull request #4149 from tamiko/require_cmake_2.8.12

CMake: Raise minimal required version to 2.8.12

CMake: Raise minimal required version to 2.8.12

Almost all distributions with a recent enough compiler come with at
least CMake 2.8.12 which was released November 2013. Let's simply
require this version.

add test for parsing Map pattern in ParameterHandler

I think this makes for a nice usage example.

Merge pull request #4140 from kronbichler/fix_gl_evaluation

FEEvaluation: Fix collocation evaluation path

Merge pull request #4138 from kronbichler/fe_eval_doc_update

Update documentation of FEEvaluation

Merge pull request #4142 from kronbichler/fix_compilation_64_bit

Fix compilation with 64 bit indices.

Fix compilation with 64 bit indices.

FEEvaluation: Tidy up selection of templated evaluation calls.

FEEvaluation: Fix collocation evaluation path

Add test

Add proper scaling for gradients and Hessians at high degrees

Update documentation of FEEvaluation

Merge pull request #4111 from kronbichler/fe_evaluation_gather_and_optimization

Two optimizations to FEEvaluation

Improve documentation, make names of data structures uniform

Merge pull request #4067 from tcclevenger/shared_tria_partition

Various partitioning method for parallel::shared::Triangulation

fixed some typos/added settings explanation

Merge pull request #4134 from kronbichler/fix_test_abf

Fix test on some platforms

Disable scatter as long as the indices are not fixed

Avoid overly cautious assertions in scatter

Fix test on some platforms

Merge pull request #4131 from drwells/fix-quick-tests

Remove tests.h dependency from the quick tests.

Remove tests.h dependency from the quick tests.

The release candidates ship without this file.

Merge pull request #4127 from kronbichler/fix_matrix_free_degree_9

Fix bug in matrix-free evaluation kernel for degree 9 in 2D

Make the stack size selection a single parameter

Merge pull request #4126 from simonsticko/fe_nothing_interpolation_matrix

Implement get_interpolation_matrix on FE_Nothing.

Put new code into separate function.
Do not use function pointers.

Add changelog

Use vectorized gather operation if available.

Use simpler code path for quadratic operator evaluation path.

Fix bug in matrix-free evaluation kernel for degree 9 in 2D

Merge pull request #4125 from simonsticko/doc_astyle_move

Update documentation on location of astyle.rc.

Implement get_interpolation_matrix on FE_Nothing.

Update documentation on location of astyle.rc.

Merge pull request #4117 from davydden/matrix_free_remove_depricated

matrix-free: remove deprecated mpi_communicator

Merge pull request #4122 from tjhei/multigrid_warnings

Avoid multiple deprecation warnings in steps

matrix-free: remove EXTRA_DIAGNOSTICS

fix step-41 warning

Avoid multigrid deprecation warnings in step-16/39

Merge pull request #4120 from tjhei/fix_doxygen_errors

fix doxygen errors

fix doxygen errors

fix matrix-free unit tests

matrix-free: remove depreicated mpi_communicator

Merge pull request #4114 from masterleinad/fix_fe_abm

Fix FE_ABF::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values

Fix FE_ABF::convert_generalized_support_point_values_to_nodal_values

Merge pull request #4108 from kronbichler/fix_mg_transfer_reinit

Make sure to clean all data before filling MG transfer data fields

Make sure to clean all data before filling MG transfer data fields

Merge pull request #4107 from bangerth/doc-update

Update the documentation of DoFHandler::n_dofs().

Update the documentation of DoFHandler::n_dofs().

Merge pull request #4105 from tjhei/post-8.5-test-versions

post-8.5-version-numbers

post-8.5-version-numbers

update VERSION

Merge pull request #4099 from tjhei/doxygen_fixes

8.5 task: doxygen formatting fixes

Merge pull request #4100 from tjhei/tag_filename

8.5 task: update TAG file URL

address comment

Merge pull request #4098 from bangerth/update-changes-file

Replace individual files by one changelog for the whole release.

Adjust for the upcoming release.

Remove now obsolete files.

Update the changelog file for the release.

Merge pull request #4101 from bangerth/update-copyright

Update copyright years.

Update copyright years.

8.5 task: update TAG file URL

Merge pull request #4097 from masterleinad/check_cell_loop

Check array access in MatrixFree::cell_loop

doxygen formatting fixes

- wrong indentation
- code blocks not marked correctly
- some @ref fixes

Check array access in MatrixFree::cell_loop

Merge pull request #4096 from kronbichler/fix_clang_warning_mapping

Fix warning with clang compiler

Merge pull request #4064 from bangerth/replace-FE_interpolate

Replace FE::interpolate() by FE::convert_support_point_values_to_nodal_values().

Add warning with clang compiler

Merge pull request #3886 from kronbichler/master

Fix support points on quad for MappingQGeneric and StraightBoundary.

Merge pull request #4094 from masterleinad/fix_indexset_asc_etc

Refactor and fix IndexSet::is_ascending_and_one_to_one