fix step-43

MPI_InitFinalize now needs 3 args.

Merge pull request #423 from tjhei/bug_tril_copy_mat

[WIP] test copying Trilinos SparseMatrix

changelog

fix test

update documentation

handle self-assignment in reinit() and copy_from()

also include a test

add test for reinit() and copy_from()

disable TrilinosWrappers::SparseMatrix copy constructor and operator=

implement PETScWrappers::MPI::SparseMatrix::reinit

test copying Trilinos SparseMatrix

It looks like Trilinos is overwriting a matrix even though I am making a
copy. Test currently fails.

Merge pull request #420 from tamiko/clean_up_config_h

[RFC] Reorganize config.h.in, remove obsolete definitions

Merge pull request #422 from luca-heltai/transition-to-manifold

Added set_all_manifold_ids* functions to tria.

Fixed value instead of reference.

Added set_all_* functions to tria.

Merge pull request #419 from kronbichler/master

Bugfix in state 'has_ghost_elements' of parallel vector.

When assigning a non-ghosted vector from another non-ghosted vector,
the state of the vector should be non-ghosted also when the partitioners
of the vectors are different.

add a changes.h entry

Reorganize config.h, remove obsolete definitions

Bugfix in state 'has_ghost_elements' of parallel vector.

When assigning a non-ghosted vector from another non-ghosted vector,
the state of the vector should be non-ghosted also when the partitioners
of the vectors are different.

Merge pull request #418 from bangerth/improve-error-message

Use complete sentences in error messages.

Use complete sentences in error messages.

Merge pull request #417 from tamiko/remove_direct_mumps_interface

Remove SparseDirectMUMPS interface

Update documentation add news entry for mumps removal

Remove SparseDirectMUMPS

Testsuite: Remove mumps related tests

CMake: Remove mumps configuration

Merge pull request #416 from bangerth/remove-deprecated-functions-3

Remove deprecated functions 3

Merge pull request #413 from luca-heltai/boundaryid-to-manifoldid

Added functions to copy boundary and material ids  to manifold ids.

Fixed comments, made second arguments const.

Update changelog.

Remove deprecated function TrilinosWrappers::*Vector*::compress with Epetra_CombineMode argument.

Remove deprecated function Vector::scale.

Remove deprecated functions with names that contain cell_normal.

Remove deprecated functions with names that contain functions_grads.

Added copy_material_to_manifold

Added copy boundary to manifold id function.

Merge pull request #412 from bangerth/fix_initialization_of_mpi

Fix two mistakes with MPI initialization.

For programs that use Trilinos, we need to initialize the MPI system even if the program does not in fact use MPI.

No need to initialize MPI for a program that neither uses MPI nor Trilinos.

Add changelog entry.

Remove deprecated functions with names that contain 2nd_derivative.

Merge pull request #414 from bangerth/minor-cleanup

Fix one typo.

Fix one typo.

Also improve readability slightly by aligning commands.

Merge pull request #407 from bangerth/remove-deprecated-functions-2

Remove deprecated functions 2

Update changelog after rebasing to master.

Simplify control flow.

Remove a member variable that is never set to anything other than 'true'.

Reintegrate do_init into constructor of MPI_InitFinalize.

This is possible now that we have only one constructor left.

Fix a typo.

Remove deprecated function *Vector*::compress() without argument.

Address and document issues with compress() in these testcases.

Remove deprecated constructor of SparseMIC.

Remove deprecated function SparseILU::apply_decomposition.

Remove deprecated constructor of SparseILU.

Remove deprecated function Triangulation::clear_user_pointers.

Remove deprecated function Triangulation::distort_random.

Remove namespace deal_II_numbers and various outdated in namespace types.

Remove deprecated MPI support functions in namespace Utilities and Utilities::System.

These functions have been available in namespace Utilities::MPI for a while already.

Remove deprecated constructor of MPI_InitFinalize.

Remove the deprecated RefinementListener approach in the Triangulation class.

This method has been supplanted by the far more versatile signals approach.

Merge pull request #408 from bangerth/augment-int_to_string-patch

Augment int to string patch

Add changelog entry.

Add a testcase for a recent patch.

Merge pull request #406 from drwells/int-to-string-with-boost

Fixed an issue with Utilities::int_to_string.

Fixed an issue with Utilities::int_to_string.
It cannot handle more than ten digits in its current form, so I wrote a
simple wrapper around boost::lexical_cast.

Merge pull request #402 from bangerth/remove-deprecated-functions

Remove deprecated functions after 8.2 release

Merge pull request #405 from tamiko/port_to_cmake_3.1

This series of commits resolve a bunch of issues with CMake 3.1 along with

Add an entry to changes.h

CMake: Build up library name directly

The LOCATION property is deprecated starting with CMake 3.0. Further it
leads to an astonishing bug if used in CMake 3.1 [1]. Thus, we have to
build up the library name by hand.

[1] http://public.kitware.com/Bug/view.php?id=15338

CMake: Use a global property to store object targets

CMake: Explicitly set all policies to new behavior

We support all CMake policies up to version 3.1.0 . Thus, set them to new
behavior.

Merge pull request #400 from tamiko/add_revision_information

Query git branch and commit during configure

Merge pull request #404 from bangerth/update-step-43

Fix two oversights in the step-43 code.

Remove some left-over debug statement.

This program does not use MPI. Don't pretend that we do.

Update changelog.

Remove deprecated function MGConstrainedDoFs::at_refinement_edge_boundary.

Remove deprecated function MGConstrainedDoFs::non_refinement_edge_index.

Remove deprecated class BlockList.

Remove deprecated GridOutFlags::XFig::level_color.

Remove deprecated variant of DoFTools::make_sparsity_pattern with a vector-of-vector mask.

Remove deprecated variant of DoFTools::count_dofs_per_component.

Remove deprecated function DoFRenumbering::downstream_dg.

Remove deprecated function DataOutBase::write_hdf5_parallel.

Remove deprecated function Algorithms::ThetaTimestepping::initialize.

Remove deprecated functions FunctionParser::initialize().

Remove deprecated function Newton::initialize().

Remove deprecated function ThetaTimestepping::operator().

Remove deprecated function DataOutBase::create_xdmf_entry.

Remove deprecated function GridGenerator::parallelogram with a rank-2 tensor for the corners.

Remove deprecated function GridGenerator::laplace_transformation. Move the implementation to its new home in GridTools.

Remove deprecated classes Threads::ThreadCondition and Threads::ThreadMutex.

Remove deprecated functions Threads::new_thread.

Remove deprecated functions MeshWorker::loop and MeshWorker::integration_loop.

Now that we no longer take a VectorMemory object as argument, simplify the functioning of the MGSmoother class and its derivatives.

Remove deprecated constructors of MGSmoother* classes that take VectorMemory objects as arguments.

Add changelog entries for each deprecated function.

Remove deprecated function DataPostprocessor::compute_derived_quantities_*.

Reindent a few lines.

Remove deprecated function PointValueHistory::mark_locations().

Remove deprecated function TimeDependent::end_sweep with an argument.