Fix the output of the deprecation script.

Some tags (e.g., 'rebase_here') may not be version numbers so we should not drop
the first letter.

Merge pull request #4390 from masterleinad/fix_chunk_sparsity_pattern_12

Fix chunk_sparsity_pattern_12

Fix chunk_sparsity_pattern_12

Merge pull request #4389 from masterleinad/remove_system_j_s_m

Remove Utilities::System::job_supports_mpi()

Remove Utilities::System::job_supports_mpi()

Merge pull request #4388 from bangerth/avoid-warning-2

Avoid a warning about an unused constructor argument.

Avoid a warning about an unused constructor argument.

Annoyingly, my compiler warns about =default constructors whenever we name constructor
arguments. It says they are unused -- which is patently wrong: the argument is used
just fine, we just never explicitly reference the *name* of the argument. Either way,
work around this.

Merge pull request #4387 from drwells/add-missing-indexset-instantiations

Add missing FEValues IndexSet instantiations.

Add missing FEValues IndexSet instantiations.

Merge pull request #4386 from masterleinad/fix_point_constructor

Add user-defined constructor for Point<dim> back in

Merge pull request #4385 from drwells/fix-clang-compilation

Fix clang compilation

Add user-defined constructor for Point<dim> back in

Remove an unused private variable.

Use a Tensor for a direction vector.

The old version works since Point<3> inherits from Tensor<1, 3> and this is only
implemented for the spacedim == 3 case.

Merge pull request #4381 from masterleinad/use_valid_arguments

Use valid arguments in ChunkSparsityPattern constructor

Merge pull request #4375 from masterleinad/use_override_consistently

Use override consistently

Use valid arguments in ChunkSparsityPattern constructor

Merge pull request #4379 from davydden/change_assert

change assert in p::d::Tria::load()

Use override consistently

Merge pull request #4377 from drwells/default-constructor

Use '= default' for some constructors.

change assert in p::d::Tria::load()

Merge pull request #4367 from drwells/add-oned-manifold

Add get_manifold() to 1D vertex iterators.

Merge pull request #4374 from davydden/mf_gmg_tests_fix

MF GMG tests (fix one and add another failing)

add another MF GMG test which was failing prior to cb5c93d

enable threads in MF GMG test, add additional output

Merge pull request #4376 from kronbichler/fix_matrix_free_with_threads

Fix bug in matrix free thread graph creation.

Use '= default' for some constructors.

Add get_manifold() to 1D vertex iterators.

Merge pull request #4371 from davydden/trial_load_assert

add an assert in p::d::Tria::load() that the file exists

Fix bug in matrix free thread graph creation.

add an assert in p::d::Tria::load() that the file exists

Merge pull request #4368 from kostyfisik/disc-nt

add note on discontinuous coefficient

add note on discontinuous coefficient

Merge pull request #4365 from danshapero/constraints-move

Added default move operations to ConstraintMatrix

Merge pull request #4360 from masterleinad/fix_tests_after_trilinos_functions

Fix tests after removal of deprecated functions in TrilinosWrappers vectors

Merge pull request #4364 from drwells/remove-custom-sort

Get rid of a custom sort implementation.

Added default move operations to ConstraintMatrix

Get rid of a custom sort implementation.

This sorting function is about 10% faster for very large grids (O(10^7)
cell error indicators) but otherwise has the same performance as
std::sort. This patch replaces this with std::sort and a custom
comparator. To see the performance change, try running:

#include <algorithm>
#include <chrono>
#include <iostream>
#include <random>
#include <vector>

template <typename T>
void qsort_index (const std::vector<T>     &a,
                  std::vector<std::size_t> &ind,
                  std::size_t               l,
                  std::size_t               r)
{
  std::size_t i,j;
  T v;

  if (r<=l)
    return;

  v = a[ind[r]];
  i = l-1;
  j = r;
  do
    {
      do
        {
          ++i;
        }
      while ((a[ind[i]]>v) && (i<r));
      do
        {
          --j;
        }
      while ((a[ind[j]]<v) && (j>0));

      if (i<j)
        std::swap (ind[i], ind[j]);
      else
        std::swap (ind[i], ind[r]);
    }
  while (i<j);
  if (i > 0)
    {
      qsort_index(a,ind,l,i-1);
    }
  qsort_index(a,ind,i+1,r);
}

int main()
{
  // switch to length = 10000000 to see timing information
  constexpr std::size_t length = 20;
  std::vector<std::size_t> indices(length);
  std::iota(indices.begin(), indices.end(), std::size_t(0));

  std::uniform_int_distribution<std::size_t> unif(0, length);
  std::default_random_engine re;

  std::vector<std::size_t> values;

  for (std::size_t index = 0; index < indices.size(); ++index)
    {
      values.push_back(unif(re));
    }

  // for (std::size_t index = 0; index < length; ++index)
  //   {
  //     std::cout << index << ": "
  //               << indices[index] << ": "
  //               << values[indices[index]] << '\n';
  //   }

  {
    auto v = values;
    auto i = indices;

    const auto t0 = std::chrono::high_resolution_clock::now();
    qsort_index(v, i, 0, length - 1);
    const auto t1 = std::chrono::high_resolution_clock::now();
    std::cout << "milliseconds:"
              << std::chrono::duration_cast<std::chrono::milliseconds>(t1 - t0).count()
              << std::endl;

    std::cout << "\nafter qsort_index:\n";
    // for (std::size_t index = 0; index < length; ++index)
    //   {
    //     std::cout << index << ": "
    //               << i[index] << ": "
    //               << v[i[index]] << '\n';
    //   }
  }

  {
    auto v = values;
    auto i = indices;

    const auto t0 = std::chrono::high_resolution_clock::now();
    std::sort(i.begin(), i.end(), [&](const std::size_t left,
                                      const std::size_t right)
              {
                return v[left] >= v[right];
              });
    const auto t1 = std::chrono::high_resolution_clock::now();
    std::cout << "milliseconds:"
              << std::chrono::duration_cast<std::chrono::milliseconds>(t1 - t0).count()
              << std::endl;

    std::cout << "\nafter std::sort:\n";
    // for (std::size_t index = 0; index < length; ++index)
    //   {
    //     std::cout << index << ": "
    //               << i[index] << ": "
    //               << v[i[index]] << '\n';
    //   }
  }
}

Merge pull request #4362 from Rombur/all_zero

Add all_zero to VectorSpaceVector

add tests.

Add all_zero() to VectorSpaceVector.

Fix failing tests after removal of deprecated TrilinosWrappers vector functions

Add get_mpi_communicator(), locally_owned_range_indices() and locally_owned_domain_indices ()

Restore an accidentally deleted definition

Merge pull request #4354 from drwells/fix-petsc-copy

Fix petsc copy

Note the PETSc vector removal in the changelog.

Fix some bugs in PETSc-deal.II vector copy code.

This new, correct implementation is based on the original, working
implementation present before commit 3aa64f983d4 in the (now removed)
PETSc serial vector class.

Merge pull request #4345 from masterleinad/remove_deprecated_trilinos_vectors

Remove deprecated functions in TrilinosWrappers vectors

Merge pull request #4357 from bangerth/minor-cleanups

Some text cleanups.

Some text cleanups.

No functionality changes.

Merge pull request #4344 from drwells/add-deprecation-script

Add a script that finds deprecated items.

Add a script that finds deprecated items.

Merge pull request #4355 from kronbichler/fix_test_cm

Fix constraint matrix test in 64 bit mode

Fix constraint matrix test in 64 bit mode

Merge pull request #4352 from bangerth/remove-deprecated-functions-5

Remove deprecated function Manifold::get_new_point(Quadrature).

Merge pull request #4353 from bangerth/remove-deprecated-functions-6

Remove the deprecated constructor of MappingQEulerian.

Merge pull request #4343 from kronbichler/extend_constraint_matrix_tltg

Generalize CM::distribute_local_to_global for rectangular case.

Update changelog entry.

Remove the deprecated constructor of MappingQEulerian.

No longer use the deprecated constructor of MappingQEulerian.

Add changelog entry.

Remove deprecated function Manifold::get_new_point(Quadrature).

Changelog entry

Remove deprecated functions in TrilinosWrappers vectors

Clean testsuite from deprecated Trilinos vector functions

Merge pull request #4351 from bangerth/adjust-tests

Avoid using deprecated functions in the testsuite.

Merge pull request #4346 from bangerth/remove-deprecated-functions-1

Remove deprecated function FEValuesBase::transform().

Merge pull request #4347 from bangerth/remove-deprecated-functions-2

Remove the deprecated constructor of MappingQEulerian.

Merge pull request #4348 from bangerth/remove-deprecated-functions-3

Remove deprecated version of GridTools::get_face_connectivity_of_cells().

Merge pull request #4349 from bangerth/remove-deprecated-functions-4

Remove a deprecated typedef.

Generalize CM::distribute_local_to_global for rectangular case.

Add changelog entry.

Remove a deprecated typedef.

Add changelog entry.

Remove deprecated version of GridTools::get_face_connectivity_of_cells().

Add changelog entry.

Remove the deprecated constructor of MappingQEulerian.

Add changelog entry.

Remove deprecated function FEValuesBase::transform().

Avoid using deprecated functions in the testsuite.

Merge pull request #4341 from drwells/deprecate-non-sp-petsc-matrix-reinit

Deprecate PETSc matrix constructors without sparsity patterns.

Merge pull request #4342 from drwells/remove-backup-file

Remove an editor backup file.

Remove an editor backup file.

Deprecate PETSc matrix constructors without sparsity patterns.

These are known to have efficiency problems since the underlying matrix does not
allocate the correct amount of memory.

Users can still allocate memory the old way if they wish to by calling
MatCreateAIJ themselves since the base class provides a conversion operator back
to a PETSc object (Mat).

Merge pull request #4279 from drwells/remove-deprecated-petsc

Remove deprecated PETSc vector classes.

Add a conceptual note on usage of PETScWrappers::VectorBase.

Fix (serial) PETSc vector documentation.

This commit fixes up some old text which implied that we had to use either
serial PETSc vectors or PETSc vectors for computations: since we support more
than just PETSc these days we can generalize a bit.

Consistently capitalize PETSc.

Refer to all parallel vectors instead of just the PETSc class.

Remove deprecated PETSc vector classes.

Get rid of PETScWrappers::Vector in the PETSc matrix classes.

We can simply use PETScWrappers::VectorBase instead. In addition, get rid of
some methods in the derived class that are identical to those in MatrixBase.

Make the PETSc to deal.II vector copy generic.

We may as well allow copying instances of the base class: the operations are the
same.

Overhaul the PETSc MatrixFree vmult.

Make PETScWrappers::apply_boundary_values more generic.

Merge pull request #4340 from masterleinad/fix_petsc_complex_tests

Fix petsc_complex tests

Fix petsc_complex tests

Merge pull request #4338 from davydden/fix_compute_active_cell_layer_within_distance

remove unused template argument

remove unused template argument

Merge pull request #4337 from bangerth/fix-test

Fix a test that requires MPI.

Fix a test that requires MPI.