document function parser functions

Merge pull request #4481 from drwells/remove-old-petsc-compatibility

Remove support for versions of PETSc before 3.3.0.

Remove support for versions of PETSc before 3.3.0.

Merge pull request #4479 from drwells/fix-absolute-links

Make some documentation links relative.

Merge pull request #4454 from masterleinad/remove_trilinos_vector_base

Remove TrilinosWrappers::VectorBase

Make some documentation links relative.

The other tutorial programs use relative links in these cases.

Fix up trilinos_precondition.h

Fix up blank spaces after 'operator'

Remove TrilinosWrappers::VectorBase

Merge pull request #4469 from bangerth/update-prm-handler

Minor cleanups in ParameterHandler.

Merge pull request #4466 from bangerth/fe-clone

Let FE::clone() return a std::unique_ptr.

Merge pull request #4475 from bangerth/fix-test

Add secondary output for one test.

Add secondary output for one test.

The test takes one more or less iteration, depending on the system.
So add a secondary output.

Merge pull request #4472 from kronbichler/fix_grid_tools_regularize_test

Fix GridTools::regularize_mesh test output

Fix GridTools::regularize_mesh test output

Merge pull request #4470 from bangerth/indent

Change some indentation oddities.

Change some indentation oddities.

The majority of these are related to space before comma. I did all of
this by first running astyle 3.0.1 to see what it changes, and then
running astyle 2.04 as usual again. 3.0.1 fixes up a few oddities
that 2.04 doesn't undo, and most of these are probably worthwhile
keeping.

There are some corner cases where we had purposefully aligned commas
with leading spaces, and one could consider not making this change,
or updating it by hand. But I don't feel strongly enough about
this to really go to lengths here.

Remove more outdated comments.

Simplify control flow a bit.

Remove an outdated comment.

Add changelog entry.

Merge pull request #4467 from kronbichler/fix_refinement_listeners

Adjust test to clear signal at tria destructor

Adjust refinement listener to raising the clear signal at tria destructor

Merge pull request #4356 from masterleinad/remove_deprecated_serial_trilinos_vectors

Remove deprecated serial TrilinosWrappers vectors

Merge pull request #4463 from masterleinad/fix-explicit-instantiation-warning

Allow using VectorTools::subtract_mean_value for all distributed vector classes

Merge pull request #4464 from kronbichler/master

Fix bug introduced in rebase of transfinite manifold commit

Let FE::clone() return a std::unique_ptr.

Allow using VectorTools::subtract_mean_value for all distributed vector classes

Merge pull request #4465 from bangerth/document-minmaxavg

Better document Utilities::MPI::MinMaxAvg.

Fix documentation TrilinosWrappers::SparseMatrix

Merge pull request #4447 from bangerth/cone-normal

Add ConeBoundary::normal_vector().

Fix one more typo in documentation.

Better document Utilities::MPI::MinMaxAvg.

Fix bug introduced by transfinite manifold commit.

Fix doxygen problem. Improve documentation.

Don't use TrilinosWrappers::VectorBase anymore

Fix comments in the tests to reference TrilinosWrappers::MPI::Vector

Add changelog entry

Remove deprecated serial Trilinos vectors from examples

Remove deprecated serial Trilinos vectors from test suite

Remove deprecated serial Trilinos vectors

Merge pull request #4459 from kronbichler/fix_tria_signals

Also clear triangulation signals on destruction

Also clear triangulation signals on destruction

Merge pull request #4460 from masterleinad/fix_indent_template-arguments

Fix indentation in template-arguments.in

Merge pull request #4461 from kronbichler/master

Move changelog entry to major

Move changelog entry to major

Merge pull request #4456 from tamiko/fix_timer_test

Testsuite: fix base/timer

Testsuite: fix typo

Fix indentation in template-arguments.in

Merge pull request #4404 from kronbichler/transfinite_manifold

Transfinite interpolation manifold implementation

Avoid division by zero.

Add changelog

Transfinite interpolation manifold.

Added tests.
Adjusted division by zero in MappingQGeneric.
Disable using additional points on TransfiniteInterpolationManifold

Merge pull request #4449 from tamiko/fix_timer_03_test

Tests: Make base/timer_03 test more robust

Add a testcase.

Testsuite: fix base/timer

 - comparing concurrent timer runs on SMP machines with overclocking is
   useless

 - test the whole timer interface for consistency instead

Testsuite: Reindent base/timer_03 to make astyle happy

Merge pull request #4452 from bangerth/fix-typo

Fix a grammar error.

Fix a grammar error.

Merge pull request #4448 from bangerth/set-flags

Fix DataOutInterface::set_flags() for GnuplotFlags.

Tests: Make base/timer_03 test more robust

Closes #4439

Merge pull request #4446 from tamiko/fix_feature_config

CMake: Fix path to deal.IIFeatureConfig.cmake

Add a test.

Add a changelog entry.

Fix DataOutInterface::set_flags() for GnuplotFlags.

Add ConeBoundary::normal_vector().

CMake: Fix path to deal.IIFeatureConfig.cmake

Merge pull request #4444 from davydden/gmg_clear

add mg::Matrix::reset() and MGCoarseGridApplySmoother::clear()

add mg::Matrix::reset() and MGCoarseGridApplySmoother::clear()

Merge pull request #4437 from davydden/feature_info

add deal.IIFeatureConfig.cmake which contains detailed info about con…

newlines

add deal.IIFeatureConfig.cmake which contains detailed info about configured features

Merge pull request #4438 from kronbichler/reduce_size_trilinos_test

Reduce size of Trilinos preconditioner test

Merge pull request #4435 from kronbichler/augment_documentation_fe_evaluation_2

Finalize FEEvaluation documentation update from #4431

Reduce size of Trilinos preconditioner test

Merge pull request #4436 from jppelteret/update_tests_4427

Reduce computation time of step-18 based tests

Finalize FEEvaluation documentation update from #4431

Reduce computation time of step-18 based tests

Merge pull request #4422 from drwells/add-trilinos-index-access

Move Trilinos index functions into a new header file.

Merge pull request #4433 from drwells/fix-task_09-2

Clean up task_09 a bit.

Move Trilinos index functions into a new header file.

Merge pull request #4428 from tamiko/remove_build_tests

Tests: Remove build_tests/ category

Documentation: fix

Merge pull request #4432 from kronbichler/shorten_mf_gmg_tests

Shorten matrix-free multigrid tests

CMake: Update description

Doc: Update documentation to latest "build tests" changes

add a changes entry

Tests: Force building examples in run_buildtest.cmake

Tests: Remove build_tests/ category

The build_tests/ category had been an ugly hack for compiling all
configurable example steps.

But nowadays we already compile all (configurable) example steps as part
of the main build process - so this is redundant. Further, selectively
running a subset of example steps (as was done) is ugly and useless
(output is never compared).

Thus, let's simply remove the category and custom cmake script files.

Clean up task_09 a bit.

This commit applies some small cleanups to this test (e.g., preferring C++11
functionality to POSIX) and, in addition, makes the following changes:
1. The OK message won't be set to deallog until after tasks is destroyed (i.e.,
   all threads must join).
2. If on a POSIX platform, unset the thread environment variable so that we
   really can run the 'right' number of threads.

Merge pull request #4431 from kronbichler/augment_documentation_fe_evaluation

Document FEEvaluation behavior for partially filled SIMD lanes

Document FEEvaluation behavior for partially filled SIMD lanes

Shorten matrix-free multigrid tests

Merge pull request #4430 from davydden/pum_test

make fe_enriched_step-36 do less refinements and thereby faster

make fe_enriched_step-36 do less refinements and thereby faster

Merge pull request #4429 from drwells/fix-task_09

Fix tests/base/task_09.cc.

Fix tests/base/task_09.cc.

The current implementation of the Task class will call join() on the created
thread in its destructor. Hence, the tasks in the loop run in sequence instead
of in parallel since they immediately go out of scope after each loop iteration,
which is not the point of the test.

Merge pull request #4424 from tamiko/fix_tag_feature

CMake: Bugfix: run get_latest_tag only if git is recent enough

Merge pull request #4423 from drwells/remove-petsc-vector-references

Remove remaining references to PETScWrappers::Vector.

CMake: Bugfix: run get_latest_tag only if git is recent enough

Fixes #4420