Set OMP_NUM_THREADS=2 in the test suite.

Merge pull request #4378 from class4kayaker/fix_initlog

Fix initlog

Merge pull request #4499 from kronbichler/fix_print_formatted

Fix FullMatrix::print_formatted for NaN entries.

Fix FullMatrix::print_formatted for NaN entries.

Merge pull request #4497 from tjhei/fix_abort_in_assert_parallel

try to break in gdb when Assert fails

Fix MPI torus test

try to break in gdb when Assert fails

addresses #4490 (as good as we can do it), improves #4413

Merge pull request #4493 from bangerth/doc-update-2

Extend the discussion in our exception module.

Better link to the exception module.

Extend the discussion in our exception module.

Merge pull request #4483 from masterleinad/fix_cylindrical_manifold

Derive CylindricalManifold from ChartManifold

Merge pull request #4482 from masterleinad/initialiaze_all_members_trilinos

Initialize all member variables in TrilinosWrappers::MPI::Vector

Merge pull request #4492 from bangerth/doc-update

Better explain the concept of material_ids.

Merge pull request #4491 from Rombur/documentation

Update error message.

Better explain the concept of material_ids.

Update error message.

Merge pull request #4489 from tjhei/document_fp_functions

document function parser functions

Ensure that all member variables are swapped

document function parser functions

Merge pull request #4487 from masterleinad/fixup_the_the

Fix up 'the the ' in the documentation

Move computation of normal vector into anonymous namespace

Fix up 'the the ' in the documentation

Initialize all member variables in TrilinosWrappers::MPI::Vector

Derive CylindricalManifold from ChartManifold

Merge pull request #4450 from kronbichler/mapping_transform_R2U_performance

Performance improvement for MappingQ::transform_real_to_unit_cell

Add changelog

Add test

Adjust output on test.

The change in the algorithm resulted in picking another cell for points exactly on the interface between two (or more) cell.s

Fix bug in eulerian mapping regarding preservation of vertex locations

Use cheap guess in transfinite manifold

Simplify initial guess for Newton iteration of transform_real_to_unit_cell

Introduce function real_to_unit_cell_affine_approximation.

Merge pull request #4484 from drwells/fix-petsc-bool

Remove usages of the deprecated PetscBooleanType.

Merge pull request #4485 from bangerth/grammar-fix

Fix grammar in cmake error messages.

Fix grammar in cmake error messages.

Remove usages of the deprecated PetscBooleanType.

Followup to db66997e97: we should avoid using deprecated types in the library
and public headers.

Merge pull request #4477 from bangerth/deprecate-prm-handler

Deprecate ParameterHandler::print_parameters_section().

Merge pull request #4480 from kronbichler/add_mapping_test

Add test where inversion in real_to_unit_cell fails

Merge pull request #4481 from drwells/remove-old-petsc-compatibility

Remove support for versions of PETSc before 3.3.0.

Remove support for versions of PETSc before 3.3.0.

Merge pull request #4479 from drwells/fix-absolute-links

Make some documentation links relative.

Add test where inversion in real_to_unit_cell fails

Merge pull request #4454 from masterleinad/remove_trilinos_vector_base

Remove TrilinosWrappers::VectorBase

Make some documentation links relative.

The other tutorial programs use relative links in these cases.

Fix up trilinos_precondition.h

Fix up blank spaces after 'operator'

Remove TrilinosWrappers::VectorBase

Merge pull request #4469 from bangerth/update-prm-handler

Minor cleanups in ParameterHandler.

Merge pull request #4466 from bangerth/fe-clone

Let FE::clone() return a std::unique_ptr.

Add a changelog entry.

Wrap comments in ParameterHandler::print_parameters_section().

Deprecate ParameterHandler::print_parameters_section().

Merge pull request #4475 from bangerth/fix-test

Add secondary output for one test.

Add secondary output for one test.

The test takes one more or less iteration, depending on the system.
So add a secondary output.

Merge pull request #4472 from kronbichler/fix_grid_tools_regularize_test

Fix GridTools::regularize_mesh test output

Fix GridTools::regularize_mesh test output

Merge pull request #4470 from bangerth/indent

Change some indentation oddities.

Change some indentation oddities.

The majority of these are related to space before comma. I did all of
this by first running astyle 3.0.1 to see what it changes, and then
running astyle 2.04 as usual again. 3.0.1 fixes up a few oddities
that 2.04 doesn't undo, and most of these are probably worthwhile
keeping.

There are some corner cases where we had purposefully aligned commas
with leading spaces, and one could consider not making this change,
or updating it by hand. But I don't feel strongly enough about
this to really go to lengths here.

Remove more outdated comments.

Simplify control flow a bit.

Remove an outdated comment.

Add changelog entry.

Merge pull request #4467 from kronbichler/fix_refinement_listeners

Adjust test to clear signal at tria destructor

Adjust refinement listener to raising the clear signal at tria destructor

Merge pull request #4356 from masterleinad/remove_deprecated_serial_trilinos_vectors

Remove deprecated serial TrilinosWrappers vectors

Merge pull request #4463 from masterleinad/fix-explicit-instantiation-warning

Allow using VectorTools::subtract_mean_value for all distributed vector classes

Merge pull request #4464 from kronbichler/master

Fix bug introduced in rebase of transfinite manifold commit

Let FE::clone() return a std::unique_ptr.

Allow using VectorTools::subtract_mean_value for all distributed vector classes

Merge pull request #4465 from bangerth/document-minmaxavg

Better document Utilities::MPI::MinMaxAvg.

Fix documentation TrilinosWrappers::SparseMatrix

Merge pull request #4447 from bangerth/cone-normal

Add ConeBoundary::normal_vector().

Fix one more typo in documentation.

Better document Utilities::MPI::MinMaxAvg.

Fix bug introduced by transfinite manifold commit.

Fix doxygen problem. Improve documentation.

Don't use TrilinosWrappers::VectorBase anymore

Fix comments in the tests to reference TrilinosWrappers::MPI::Vector

Add changelog entry

Remove deprecated serial Trilinos vectors from examples

Remove deprecated serial Trilinos vectors from test suite

Remove deprecated serial Trilinos vectors

Merge pull request #4459 from kronbichler/fix_tria_signals

Also clear triangulation signals on destruction

Also clear triangulation signals on destruction

Merge pull request #4460 from masterleinad/fix_indent_template-arguments

Fix indentation in template-arguments.in

Merge pull request #4461 from kronbichler/master

Move changelog entry to major

Move changelog entry to major

Merge pull request #4456 from tamiko/fix_timer_test

Testsuite: fix base/timer

Testsuite: fix typo

Fix indentation in template-arguments.in

Merge pull request #4404 from kronbichler/transfinite_manifold

Transfinite interpolation manifold implementation

Avoid division by zero.

Add changelog

Transfinite interpolation manifold.

Added tests.
Adjusted division by zero in MappingQGeneric.
Disable using additional points on TransfiniteInterpolationManifold

Merge pull request #4449 from tamiko/fix_timer_03_test

Tests: Make base/timer_03 test more robust

Add a testcase.

Testsuite: fix base/timer

 - comparing concurrent timer runs on SMP machines with overclocking is
   useless

 - test the whole timer interface for consistency instead

Testsuite: Reindent base/timer_03 to make astyle happy

Merge pull request #4452 from bangerth/fix-typo

Fix a grammar error.

Fix a grammar error.