Add changelog.

Make SynchronousIterators::iterators private.

This is a member that should have been private all along, but wasn't. It
is now possible to access it via operator*.

Merge pull request #4527 from tcclevenger/periodicity_for_MG_transfer

add periodicity to MGTransfer matrix free and prebuilt

Merge pull request #4595 from bangerth/reduce-code-duplication

Reduce code duplication.

Add changelog entry.

Add tests.

Reduce code duplication.

The (hp::)DoFHandler::n_boundary_dofs() functions were specialized for
the 1d case back in the day when faces in 1d were not usable the same
way faces in 2d/3d were accessible via iterators. Because C++ doesn't
allow partial specialization of member functions, the code was also
replicated three times for the <1,1>, <1,2>, and <1,3> cases.

Fix this: We can now always use the generic approach since the necessary
iterators were added several years ago. This also fixes a bug: in <1,2>
and <1,3>, we allow triangulations to have more than 2 end points,
which the existing code was not equipped to deal with.

Merge pull request #4594 from drwells/nedelec-umfpack-tests

Require UMFPACK explicitly in some Nedelec element tests.

Require UMFPACK explicitly in some Nedelec element tests.

Merge pull request #4591 from drwells/mappingmanifold-1d

Change MappingManifold<1, spacedim> to use face manifolds.

Merge pull request #4590 from drwells/detemplatize-copy-from

de-templatize SparsityPattern::copy_from.

Merge pull request #4588 from bangerth/simplify-declaration

Simplify the template signature of DoFRenumbering::compute_component_wise().

Change MappingManifold<1, spacedim> to use face manifolds.

As of db5ea0f52db we support get_manifold on 1D manifolds, so we can look up the
manifold on a 1D face in a dimension-independent way. This is a slight change
from the current behavior, but using Manifolds in 1D is a very obscure use case.

de-templatize SparsityPattern::copy_from.

This template is instantiated for only SparsityPattern and is overloaded for
DynamicSparsityPattern, so it is a bit simpler to just overload a non-template
method.

Merge pull request #4578 from bangerth/dofhandler-cleanup

Move distributing DoF indices from hp::DoFHandler to the policy class.

Merge pull request #4589 from bangerth/doc-update

Minor update to a glossary entry.

Minor update to a glossary entry.

Add a changelog entry.

Simplify the template signature of DoFRenumbering::compute_component_wise().

We previously had two template arguments because the types of, for example,
DoFHandler::begin_active() and DoFHandler::end() are different. But this makes
no sense. Just cast the end iterator to the same type as the begin iterator.

add periodicity to MGTransfer matrix free and prebuilt

Merge pull request #4586 from bangerth/add-test

Add a shared::tria test where one processor has no cells.

Merge pull request #4585 from bangerth/unify-function

Unify the implementation of two functions.

Merge pull request #4584 from bangerth/update-tests

Update a couple of tests.

Merge pull request #4583 from drwells/generalize-fallthrough-attribute

Add a more general fallthrough attribute.

Add a shared::tria test where one processor has no cells.

Add a changelog entry.

Unify the implementation of two functions.

Remove unnecessary #include files.

Remove outdated svn version markers.

Add a more general fallthrough attribute.

GCC7 raises implicit fallthrough warnings in a lot of places when we
compile without C++17 support. This patch adds a second check for the
GCC extension `__attribute__((fallthrough))` that works in C++11 and
C++14 and fixes these warnings.

Merge pull request #4582 from masterleinad/fix_serialize_hp

Fix serialize_hp_dof_handler

Fix serialize_hp_dof_handler

Merge pull request #4580 from jppelteret/fix_missing_header_01

Add missing header to tests/physics/step-44*

Add missing header to tests/physics/step-44*

Rewrap all comments in this file.

This saves ~200 lines of code.

Run some operations in parallel.

Let some functions return data, rather than fill a reference argument.

Also change the data structure that is being filled.

Also move identifying DoFs into the policy classes.

Restrict work on vertices to those that are actually used.

Move the main part of distributing hp DoFs to the policy.

Simplify code a bit.

Merge pull request #4568 from tamiko/remove_iterative_inverse

Remove IterativeInverse class

Merge pull request #4576 from tjhei/remove_warning

remove a compiler warning

Merge pull request #4575 from tjhei/disable_petsc_handler

Disable PETSc exception handling

remove a compiler warning

Disable PETSc exception handling

Disable PETSc exception handling. This just prints a large wall
of text that is not particularly helpful for what we do.

Merge pull request #4571 from bangerth/doc-update

Better document VectorTools::create_point_source_vector().

Better document VectorTools::create_point_source_vector().

Merge pull request #4570 from jppelteret/fullmatrix_left_right_invert_01

Fix FullMatrix left/right inversion

Fix FullMatrix left_ and right_invert for square matrices

Add determinant calculation for FullMatrix and LAPACKMatrix

Merge pull request #4566 from bangerth/dofhandler-cleanup

Move hp::DoFHandler::renumber_dofs() functionality to the policy class.

Merge pull request #4573 from tjhei/trilinos_block_jacobi_no_rows

Fix TrilinosWrappers::PreconditionBlock* with no local rows

Fix TrilinosWrappers::PreconditionBlock* with no local rows

work around the ifpack error by pretending to use a point smoother on
processors without any local rows.

Add missing header to step-44

Merge pull request #4572 from bangerth/remove-todo

Remove a TODO.

Remove a TODO.

The TODO isn't really addressed, but previous to #4560, the functions
in question simply did the wrong thing, whereas since #4560, we at
least get an ExcNotImplemented().

Bugfix: Remove unnecessary "iterative_inverse.h" include

Remove obsolete "iterative_inverse.h" includes from all tests and
example steps.

make broken astyle-2.04 happy

Tests: Remove unused solver_control_lin

doc: Update news/changes placeholder

port arpack/tep-36_parpack_trilinos to inverse_operator

Port arpack/parpack_advection_diffusion_trilinos to use inverse_operator

Port arpack/step-36_parpack_mf to use inverse_operator

Bugfix: Add ReinitHelper for LinearAlgebra::distributed::Vector

Add a ReinitHelper that correctly initializes a
LinearAlgebra::distributed::Vector from available partition information
of a Matrix object.

testsuite: remove iterative_inverse from a test

doc: Remove and update references to IterativeInverse

lac: Remove deprecated IterativeInverse

This class is superseded by the LinearOperator framework.

Merge pull request #4569 from tamiko/deprecate_parpack_shift

Deprecate ParpackSolver::Shift

add a news/changes entry

Deprecate ParpackSolver::Shift

Simplify two exceptions.

Move the DoF renumbering functionality.

Specifically, move it out of the DoFHandler class and into the policy class
where it can use shared infrastructure.

Make a class a friend.

Provide the hp::DoFHandler class with a policy object.

Merge pull request #4560 from bangerth/more-dofhandler-work

More DoFHandler work

Merge pull request #4564 from bangerth/improve-mg-vertex-dof-storage

Improve the storage of MG vertex dofs.

Use a smart pointer instead of a raw pointer.

Note that std::unique_ptr<T[]> automatically calls operator delete[]
upon destruction.

Improve the storage of MG vertex dofs.

The DoF indices for a vertex are stored in an array where we just
collate the indices for each level. There is currently another
array that stors the offset within this array where the DoFs
for a given level start. This array is dynamically allocated,
but it is altogether unnecessary because the offsets are computable:
they are simply the number of the multigrid level times
dofs_per_vertex.

Consequently, get rid of the array and replace it by storing dofs_per_vertex.
We can then easily compute the starting offset wherever necessary, rather than
having to look it up.

Merge pull request #4561 from bangerth/simplify-code

Simplify a function.

Simplify a function.

The hp DoF renumbering function for the <3,3> case was unnecessarily
convoluted because it tried to look just like the functions that
deal with faces of higher dimensional cells. But we know that in <3,3>,
a hex is a cell, and so there can only be one finite element associated
with the cell. This allows simplifying a fair share of code.

Merge pull request #4562 from bangerth/improve-error

Improve an error message.

Update fe_values.cc

Merge pull request #4563 from bangerth/fix-grammar

Fix the grammar of a comment.

Fix the grammar of a comment.

Improve an error message.

Let DoFHandler mg renumbering call the policy.

Currently, the code is duplicated between the DoFHandler and the policy
class. This makes no sense, and indeed the policy class code is more
evolved, so let the former call the latter following exposing the
interface in the previous patch.

The existing code in DoFHandler looks like it did not actually support
parallel triangulations (either shared or distributed). This was
probably a bug, and consequently the implementation of the functionality
in the ParallelDistributed policy class now just throws an error.
This relates to the discussion in #4559.

Expose the ability to renumber MG dofs in the DoFHandlerPolicy interface.

Refactor DoFHandlerPolicy::Implementation::renumber_mg_dofs().

This works in exactly the same way as the commit two up in the chain for
the renumber_dofs() function.

While there, also parallelize the function the same way as done for
renumber_dofs().

Parallelize some operations.

The previous refactoring allows parallelizing renumbering for vertices,
cells, and faces, since these all work on mutually independent data
structures.

Refactor DoFHandlerPolicy::Implementation::renumber_dofs().

The 1d, 2d, and 3d implementations of these functions had most of their code
duplicated. This can be done more elegantly by instead splitting the code into
vertices, cells, and faces. The main function then becomes dimension independent,
as are the functions dealing with vertices and cells, and only the face function
requires dimensional specialization.

Merge pull request #4558 from tamiko/cmake_fixes

CMake: Two small cosmetic bugfixes

CMake: Also remove ninja file during "make distclean" (autopilot macro)

CMake: Concatenate subsequent compiler flag strings with a space

Otherwise compilation of a target that already has compile flags and is
set up with DEAL_II_SETUP_TARGET will fail.

Merge pull request #4549 from masterleinad/fix_timer

Fix inconsistent Timer interface

Merge pull request #4557 from masterleinad/fix_documentation

Fix generating doxygen output from changes.h

Fix generating doxygen output from changes.h

Make the sequential policy class compile for hp::DoFHandler.

Do so by making some code generic, and providing stubs for functions
that will be moved from the hp::DoFHandler class properly.

Make the DoFHandler a template type of the Sequential policy.

Also adjust all of the places where the class is used.

This change by itself is not useful, but will become useful when also
using the policy class from hp::DoFHandler. Similar changes will at a
later time be made for the ParallelShared and ParallelDistributed
policies.

Fix documentation