minor extension of FullMatrix::cholesky documentation

Merge pull request #4769 from tamiko/clean_up_logstream

LogStream: Remove testing mode and float manipulation

tests: Update test output

tests: Update affected tests

add a news entry

LogStream: Remove testing mode and float manipulation

For reproducible tests we nowadays use numdiff to compare for small
numerical differences. Thus, remove the old functionality in LogStream.

tests: numdiff: add "[](){}^' as separators

Merge pull request #4807 from tjhei/p4est_iterate_cleanup_2

clean up p4est::iterate

Merge pull request #4814 from tamiko/improve_readme_md

README.md: Make a lot of relative paths clickable.

make links https

README.md: Make a lot of relative paths clickable.

Merge pull request #4783 from jppelteret/cmake_adolc_detection

CMake Adol-C detection

Add stand-alone tests for Adol-C

Merge pull request #4806 from bangerth/active-fe-index-4

Limit setting active_fe_indices to locally owned cells

Update documentation.

Update config.h to include Adol-C related settings

CMake: Add a check for ADOL-C compatibility

Add CMake detection for Adol-C

clean up p4est::iterate

Merge pull request #4810 from tamiko/fix_an_assert

Fix an assert: It should read "nullptr", not "null_ptr"

Fix an assert: It should read "nullptr", not "null_ptr"

Merge pull request #4801 from drwells/remove-have-isfinite

Remove DEAL_II_HAVE_ISFINITE.

Merge pull request #4805 from bangerth/fix

Minor test cleanups.

Merge pull request #4808 from tjhei/compile_without_mpi

make compile without MPI

make compile without MPI

Limit setting and getting active_fe_indices to cells where we can do that.

Do not set active_fe_indices on non-locally owned cells.

Do not set active_fe_indices on non-locally owned cells.

On the other hand, this piece of code tries to do exactly this: after ghost
exchange, we try to set the active_fe_index on a ghost cell to the value
we received from the proper owner of that cell. We work around this by
avoiding cell->set_active_fe_index() on such cells, and manipulate the
underlying data structure directly.

Because these data structures are private, we can no longer do this in a
segregated function in an anonymous namespace, but need to do this in a
function that lives in the 'Implementation' struct.

Minor test cleanups.

Merge pull request #4803 from masterleinad/initialize_tensor_product

Initialize tensor_product_quadrature in constructor

Initialize tensor_product_quadrature in constructor

Remove DEAL_II_HAVE_ISFINITE.

This function is now part of the C++11 standard.

Merge pull request #4797 from tjhei/fix_compilation

fix compilation

fix compilation

Merge pull request #4788 from tjhei/exchange_ghost_cell_data

introduce GridTools::exchange_cell_data_to_ghosts

Merge pull request #4771 from masterleinad/remove_2type

Remove int2type and bool2type

changelog

add shared tria test

Merge pull request #4795 from Rombur/fix_cuda

Fix a bug in cuda matrix-free.

address comments

add assert

Fix a bug in cuda matrix-free.

introduce GridTools::exchange_cell_data_to_ghosts

Merge pull request #4787 from tamiko/old_compiler_fixes

CMake: In case of C++14 support, check whether std::max/min support constexpr

Merge pull request #4781 from masterleinad/avoid_bundled_warnings

Avoid warnings in bundled muparser and boost

Describe the suppressed warning

Avoid warnings in bundled muparser and boost

Merge pull request #4742 from luca-heltai/add-number-to-extractors

FEValuesViews::get_function_values_from_local_dof_values

Merge pull request #4793 from bangerth/fix-2

Avoid warning in 64-bit mode.

Merge pull request #4792 from bangerth/fix

Use correct data type also in 64-bit mode.

CMake: In case of C++14 support, check whether std::max/min support constexpr

Avoid warning in 64-bit mode.

#4778 also forgot to fix an initializer. This patch fixes this.

Merge pull request #4790 from bangerth/fix-include-guard

Fix #include guard name.

Use correct data type also in 64-bit mode.

Fix #include guard name.

Added changelog entry

Add tests for FEValuesViews::get_function_*_from_local_dof_values

Added Tensor::get_function_divergences_from_local_dof_values

Added Tensor::get_function_values_from_local_dof_values

Added SymmetricTensor::get_function_divergences_from_local_dof_values

Added SymmetricTensor::get_function_values_from_local_dof_values

Added Vector::get_function_third_derivatives_from_local_dof_values

Added Vector::get_function_laplacians_from_local_dof_values

Added Vector::get_function_hessians_from_local_dof_values

Added Vector::get_function_curls_from_local_dof_values

Added Vector::get_function_divergences_from_local_dof_values

Added Vector::get_function_symmetric_gradients_from_local_dof_values

Added Vector::get_function_gradients_from_local_dof_values

Added Vector::get_function_values_from_local_dof_values

Added Scalar::get_function_third_derivatives_from_local_dof_values

Added Scalar::get_function_laplacians_from_local_dof_values

Added Scalar::get_function_hessians_from_local_dof_values

Added Scalar::get_function_gradients_from_local_dof_values

Added Scalar::get_function_values_from_local_dof_values

Merge pull request #4784 from tamiko/fix_tests

lac/(consraints_c1_02|schur_complement): Modernize tests

Fix up signature of compress_*_block

run astyle

lac/schur_complement_03: Replace std::flush by std::endl

lac/constraints_c1_02: Modernize test

lac/schur_complement_03: Modernize test

Merge pull request #4778 from bangerth/active-fe-index-4

Fix a data type

Merge pull request #4782 from tamiko/fix_a_test_7

base/anisotropic_1: Update forgotten test output

Use the appropriate data type for hp::DoFHandler::vertex_dof_offsets.

The array stores offsets into another array -- using 'unsigned int' is enough,
we don't need to use 'types::global_dof_index' for this.

While there, also rename the variable to get singular/plural right.

Merge pull request #4780 from tamiko/test_cleanup

tests: remove unnecessary includes

Merge pull request #4773 from bangerth/active-fe-index-2

Be careful for which cells and objects we allocate hp DoF indices.

base/anisotropic_1: Update forgotten test output

Merge pull request #4776 from drwells/remove-std-isnan-check

Remove checks for various isnan functions.

tests: Fix up a couple of tests that didn't take the last commit lightly

tests: remove unnecessary includes

Merge pull request #4779 from tjhei/trilinos_include_and_warnings

trilinos as system includes, guard warnings

trilinos as system includes, guard warnings

Merge pull request #4762 from masterleinad/nullptr_coeffs

Allow the create_* functions to be called with nullptr coefficients

Merge pull request #4777 from drwells/fill-in-invalid-iterator

Add additional functions to InvalidAccessor.

Add additional functions to InvalidAccessor.

This was originally written by Luca Heltai and is necessary for the
patch removing the Boundary classes.

Merge pull request #4774 from masterleinad/fix_warning_geometryinfo

Fix clang warning in grid/grid_in.cc

Use a clearer way to empty arrays.

Test for inequality instead.

Remove checks for various isnan functions.

This PR removes

DEAL_II_HAVE_ISNAN
DEAL_II_HAVE_STD_ISNAN
DEAL_II_HAVE_UNDERSCORE_ISNAN

in favor of using std::isnan, which is a C++11 function, instead.

Merge pull request #4761 from tamiko/do_not_set_precision

DataOutBase: Do not modify precision of ostream

Merge pull request #4760 from tamiko/fix_a_test_6

base/anisotropic_?: make tests more robust