Clean up CUDA related files

Merge pull request #4785 from jppelteret/tensor_ad_compatibility

SymmetricTensor and Tensor class AD number compatibility

Add more comprehensive test for symmetric tensor operator+= and friends

Add comprehensive test for symmetric tensor constructor and initializer

Update the documentation of some SymmetricTensor operations.

Make the Tensor class more compatible with generic numbers.

All stored number initialisation is explicitly performed, and their
values are set to a safe default. Scalar values are passed by reference
instead of by copy, preventing expensive and unnecessary overhead for AD
numbers due to the creation of a temporary.

Explicitly initialise tensor contraction results to zero.

Added operator== for VectorizedArray

Make the SymmetricTensor class more compatible with generic numbers.

All stored number initialisation is explicitly performed, and their
values are set to a safe default. More operations are templated on a
second number type, adding further compatibility between tensors of
differing number types.

Merge pull request #4854 from davydden/full_mat_docu_minor

minor extension of FullMatrix::cholesky documentation

Merge pull request #4828 from drwells/remove-double-underscores

Remove double underscores from include guards.

minor extension of FullMatrix::cholesky documentation

Merge pull request #4848 from bangerth/improve-error

Improve a couple of error messages that weren't quite clear.

Remove double underscores from include guards.

Symbols with '__' in them are reserved by the standard.

Merge pull request #4847 from luca-heltai/sundials-detection

Sundials detection.

Merge pull request #4849 from bangerth/doc-update

Fix a markup problem.

CMake: Stylistic fixes

Fix a markup problem.

HTML doesn't know that  equals opening quotes. Avoid this.

Improve a couple of error messages that weren't quite clear.

Sundials detection mechanism.

Merge pull request #4833 from masterleinad/avoid_warning

Avoid warnings related to the deprecation of types_are_equal

Merge pull request #4829 from tjhei/mesh_loop_mg

add mesh_loop GMG test

Merge pull request #4794 from luca-heltai/new-find-active-cells-around-points

New find active cells around point.

Merge pull request #4844 from luca-heltai/enable-nanoflann-doc

Add NANOFLANN to doxygen.

Merge pull request #4842 from tjhei/enable_doxygen_for_cuda

enable CUDA in doxygen

Added DEAL_II_WITH_NANOFLANN to doxygen.

enable CUDA in doxygen

Merge pull request #4841 from tamiko/kdtree_fixup

Bugfix: Make library compile with -DWITH_NANOFLANN=ON

Bugfix: Make library compile with -DWITH_NANOFLANN=ON

We were missing a mandatory include in numerics/kdtree.h

New find active cell around point.

Vertex to cells center directions.

Get closest vertex to cell.

Merge pull request #4831 from tamiko/remove_obsolete_check

CMake: Bugfix: Remove SuiteSparse_config PIC test

Merge pull request #4837 from masterleinad/changelog_4834

Changelog entry for #4834

Merge pull request #4821 from bangerth/fix-3

Reverse template arguments to parallel::GridTools::exchange_cell_data_to_ghosts()

Avoid warnings related to deprecation of types_are_equal

Changelog entry for #4834

add mesh_loop GMG test

Merge pull request #4834 from masterleinad/deprecate_constraint_and_return_value

Deprecate constraint_and_return_value in favor of std::enable_if

Merge pull request #4830 from tamiko/guard_nanoflann_tests

Bugfix: Only run kdtree tests if nanoflann is configured

Deprecate constraint_and_return_value in favor of std::enable_if

CMake: Bugfix: Remove SuiteSparse_config PIC test

This is a 5 year old workaround for a very old Debian distribution.
Unfortunately, we run into problems with this PIC test - so simply
remove it.

Only run kdtree tests if nanoflann is configured

Merge pull request #4820 from tamiko/clean_up_logstream-3

LogStream: Remove timestamp machinery and memory_consumption

Merge pull request #4825 from luca-heltai/kdtree

KDTree class.

Removed reference to deal3lkit, fixed KDTree names.

Addressed comments, renamed classes, externalized implementation

Merge pull request #4827 from drwells/skip-arrayview-test-old-boost

Skip a type checking test on older boost versions.

Merge pull request #4826 from masterleinad/fix_trilinos_prec

Make trilinos/precondition more robust

Make trilinos/precondition more robust

Merge pull request #4824 from tjhei/mesh_loop_test

Add mesh_loop parallel test and improve MPILogInitAll

Skip a type checking test on older boost versions.

Boost 1.57 does not correctly implement static_vector::const_iterator,
but newer versions of boost fix this problem.

Fixed indentation.

Changed output arguments and added 3 tests.

Add KDTreeDistance implementation

Merge pull request #4819 from drwells/deprecate-types-are-equal

Deprecate types_are_equal.

Merge pull request #4812 from davydden/test_fix

fix parpack unit test

Merge pull request #4816 from masterleinad/revert_4762

Document the default argument for the coefficient in the create_* functions

Document the default argument for the coefficient

Merge pull request #4822 from bangerth/fix-4

Better document what the ghost DoF index exchange does.

Merge pull request #4823 from tjhei/mesh_loop_test_fix

fix tests/meshworker/mesh_loop_*

fix tests/meshworker/mesh_loop_

add parallel mesh_loop test

Reverse template arguments to parallel::GridTools::exchange_cell_data_to_ghosts().

Update changelog

tests: Update to latest changes

LogStream: Do not default to std::cerr, but std::cout

allow MPILogInitAll to be used more than once

Merge pull request #4775 from luca-heltai/meshloop

Mesh Loop.

remove backticks

reset the CopyData object

address comments

Better document what the ghost DoF index exchange does.

While there, also tighten up the logic of what user flags we set, clear, and
when.

LogStream: Remove timestamp machinery and memory_consumption

Deprecate types_are_equal.

C++11 provides std::is_same, which has the same functionality.

Merge pull request #4813 from tamiko/clean_up_logstream-2

LogStream: Remove log_cerr

Merge pull request #4817 from bangerth/fix

Make DoFAccessor::set_active_fe_index() a 'const' function.

Make DoFAccessor::set_active_fe_index() a 'const' function.

We are not being very consistent in marking which DoFAccessor functions are 'const'
because it's difficult to actually define what 'const' would mean: does it change
the accessor, or does it change the DoFHandler it points to. As a consequence,
the TriaAccessor member functions are *all* const, but the DoFAccessor functions
are more or less random.

Rather than attacking this problem altogether, I'm making the minimal change that
solves the problem I currently have.

Merge pull request #4815 from jppelteret/move_sacado_header_tests

Moved Sacado product type header and moved Sacado tests

Moved Sacado product type header and moved Sacado tests

fix parpack unit test

Augment news entry

fix a test

LogStream: Remove log_cerr

update documentation

cleanup assemble flags, fix logic, add asserts, adjust tests

Revert "Allow the create_* functions to be called with nullptr coefficients"

This reverts commit 7bd1893bd9084308c2fb9e51aef8cfa2641617e7.

Merge pull request #4769 from tamiko/clean_up_logstream

LogStream: Remove testing mode and float manipulation

tests: Update test output

tests: Update affected tests

add a news entry

LogStream: Remove testing mode and float manipulation

For reproducible tests we nowadays use numdiff to compare for small
numerical differences. Thus, remove the old functionality in LogStream.

tests: numdiff: add "[](){}^' as separators

Merge pull request #4807 from tjhei/p4est_iterate_cleanup_2

clean up p4est::iterate

Merge pull request #4814 from tamiko/improve_readme_md

README.md: Make a lot of relative paths clickable.

make links https

README.md: Make a lot of relative paths clickable.

Merge pull request #4783 from jppelteret/cmake_adolc_detection

CMake Adol-C detection

Add stand-alone tests for Adol-C

Merge pull request #4806 from bangerth/active-fe-index-4

Limit setting active_fe_indices to locally owned cells