fix step-50

Commit 6370be0 (use mg::Matrix instead of MGMatrix) didn't compile for
me. Also remove usage of deprecated get_refinement_edge_indices() and
leave a note.

Merge pull request #516 from guidokanschat/step-50-mgmatrix

change deprecated MGMatrix

Closes #411

change deprecated MGMatrix

Merge pull request #510 from tamiko/default_reldirs

CMake: Reintroduce old installation behavior

Merge pull request #513 from bangerth/tutorial-updates

Tutorial updates and some more deprecations

Merge pull request #514 from bangerth/fix-tests-post-bdm-merge

Update tests after the BDM patches that were committed today (pull request #464).

Update tests after the BDM patches that were committed today (pull request #464).

Add #include <iostream> to a few tutorial programs.

These are the tutorial programs that use std::cout or std::endl, which we need to
get from <iostream> but don't currently. Presumably because we include it transitively,
but for the sake of learning deal.II and C++, this is one more and unnecessary step
to understand. It turns out it also makes Eclipse happier if we do the explicit
#include, as it shows fewer source errors.

Update a couple of formulas that gave Lei a fit (because, admittedly, they were not particularly clear).

Deprecate a function that should have been deprecated a long time ago.

Update documentation in a couple of places.

Remove references to AVS Explorer.

CMake: Reintroduce old installation behavior

Merge pull request #508 from dakshinai/filtered_matrix

deprecated apply_constraints method in filtered_matrix

Merge pull request #464 from alistairbntl/bdm_documentation_fixes

BDM Documentation and sign change to match usual definition of the vector curl of a scalar function

Merge pull request #509 from guidokanschat/fix_step_dealii_path

Add new relative path for new directory structure

Add new relative path for new directory structure

Merge pull request #505 from bangerth/further-point-vs-tensor-cleanups

Further point vs tensor cleanups

deprecated apply_constraints method in filtered_matrix

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Eradicate implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim>.

Merge pull request #503 from bangerth/point-vs-tensor-2

Make the difference between two points a tensor, rather than a point.

In essence, it just clarifies the documentation about what points and tensors are, and makes the types of operator-() conform to the description.

Make the difference between two points a tensor, rather than a
point. Clarify the use of these two classes in the documentation.

Merge pull request #501 from bangerth/point-vs-tensor-cleanups

Point vs tensor cleanups

Merge pull request #502 from tjhei/documentation

minor documentation update

update documentation

Use the Tensor member function norm_square() instead of the Point function square() for objects that are logically points.

Change uses of Point to Tensor where appropriate.

Better fix for grid_tools.

Merge pull request #497 from masterleinad/Fix_Trilinos_Empty_Local

Fix decision about same/different Map for Trilinos Vectors

Add test for sadd with partly empty Trilinos vectors

Merge pull request #498 from bangerth/fix-typos

Fix typos.

Use the appropriate syntax to add points (the difference of points yields a Tensor<1,dim>).

Fix typos.

The proper spelling of the word is 'Euclidean', not 'Euclidian'.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Reindent.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Minor text cleanup.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up a place where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Use Tensor<1,dim> instead of Point<dim> to denote directions.

Use Tensor<1,dim> instead of Point<dim> to denote directions.

Fix up a place where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up one place where we use Point<dim> for normals when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix decision about same/different Map for Trilinos Vectors

Merge pull request #495 from bangerth/remove-deprecated-functions-9

Remove deprecated function SparseILU::decompose.

Remove deprecated function SparseILU::decompose.

Merge pull request #494 from bangerth/remove-deprecated-functions-8

Remove deprecated function SparseMatrix::global_entry()

Merge pull request #476 from koecher/dataout-issue-step-34

step-34: fixes a runtime error in step-34

Remove deprecated function SparseMatrix::global_entry().

Merge pull request #493 from bangerth/remove-deprecated-functions-7

Remove deprecated function SparseMIC::decompose.

Fix a typo.

Merge pull request #492 from bangerth/davydden-tensor_updates

Davydden tensor updates

Address Martin K's comments in review of this patch.

step-34: fixes a runtime error in step-34
In the function output_results, around line 1017, two vectors (phi and alpha)
are added to a DataOut object.
A runtime error occured, because the type of the vector could not
determined automatically.

On branch dataout-issue-step-34
  Changes to be committed:
        modified:   examples/step-34/step-34.cc

Remove deprecated function SparseMIC::decompose.

Extend test. Reindent it.

Add missing copy constructors for the specializations of class Tensor.

Also add a changelog entry.

added a failing test

Introduced non-default copy constructor and operator= for Tensor class

Merge pull request #489 from bangerth/remove-deprecated-functions-6

Remove deprecated functions 6

Move an entry to the appropriate place.

Merge pull request #490 from bangerth/fix-missing-include

Add a missing set of include files.

This fixes a recent regression in one of our tests (bits/serialize_hp_dof_handler) that tries
to serialize an object but that requires to know the actual type of one of the members to
be serialized to compile without error.

Remove deprecated function Table::data.

Remove deprecated function PETScWrappers::VectorBase::update_ghost_values.

Add a missing set of include files.

This fixes a recent regression in one of our tests (bits/serialize_hp_dof_handler) that tries
to serialize an object but that requires to know the actual type of one of the members to
be serialized to compile without error.

Merge pull request #488 from bangerth/improve-docs

Improve documentation of TriaAccessor::neighbor.

Improve documentation of TriaAccessor::neighbor.

Remove deprecated function SparseMatrix::raw_entry.

Remove deprecated variable MultithreadInfo::n_default_threads.

Sort changelog entries for deprecated functions.

Remove deprecated constructors for SparseMatrix iterators and accessors.

Remove a few deprecated constructors and functions of PETSc parallel vectors.

Merge pull request #485 from bangerth/add-changelog-entry

Add a missing changelog entry.

Add a changelog entry for a patch by Lukas Korous.

Merge pull request #479 from l-korous/master

Add hp::DoFHandler::save, ::load and copy constructor.

Merge pull request #484 from bangerth/drwells-update-autotools-references

Remove outdated LAPACK interface pieces. Remove references to ./configure.

Removed references to autoconf.
Also updated documentation about UMFPACK, as it is now built unless
explicitly disabled.

Add hp::DoFHandler::save and ::load.

Merge pull request #483 from tamiko/revert_parpack_merge

Revert parpack merge

Revert parpack merge

This commit reverts:
  a75f23180d6ec4b24fcf7b714d5b763dcb017efb
  616a403d8f799a21b7d306ecf38f3c73d0857524
  9367c1fa0371a260438dd93db74882a7e7ebe542
  6ed3174c7ecb1fb61d263e7a768deb6325bca7d3
  9a03bc439277d85502accef56d8f9048558ae925