SparseMIC optimization

It seems like we are computing a mat-vec just to overwrite it a couple
of lines later. Remove it.

Merge pull request #602 from tjhei/sparse_mic_fixes

fix SparseMIC

Merge pull request #601 from tjhei/open_cascade_error

fix error in opencascade assert

fix SparseMIC

We need to initialize the decomposition before we can look at this->m()
and this->n(). Bug got introduced in 27b50d8.

Merge pull request #599 from tjhei/fix_warnings

fix compiler warnings

that got introduced in 61a893a (#197)

fix error in opencascade assert

fix compiler warnings

that got introduced in 61a893a (#197)

Merge pull request #597 from bangerth/add-test-4

Update Utilities::split_string_list

Add another test. Update another.

Clarify some of the corner cases of the split_string_list() function.

Merge pull request #197 from rosskynch/fix_project_bv_curl_conf

Fix project bv curl conf

Merge pull request #595 from mfherbst/master

Use AlignedVector::size_type in all of table.h

Merge pull request #596 from tjhei/petsc_mat_compress

PETSc mat compress

fix a few broken tests

Looks like somebody messed up the VectorOperation in compress() in many
places.

Add a test for a patch by Menno Fraters this morning.

add compress() error checks for PETSc vectors

remove compress without args from all PETSc sparse matrix types

- compress() without arguments was deprecated and now got remove
- replace redundant LastAction enum in by VectorOperation
- add additional compress() check.

Merge branch 'master' of https://github.com/dealii/dealii

Use AlignedVector::size_type in all of table.h

In all classes of table.h the type Use AlignedVector::size_type is now
used for the calculation of indices for the values vector and the
indexing of elements in the values vector.

Note: This commit changes the interface of the n_elements function
in TableBase<N,T>

Merge pull request #594 from MFraters/patch-1

empty string in split_string_list fix

Added project_boundary_values_curl_conforming_l2() to VectorTools for
use with FE_Nedelec elements in 2D & 3D.

This includes a test code included in tests/deal.II to check it works correctly.

This new function uses an L2-projection on edges and
faces (only edges in 2D, both for 3D) to compute
the constaints and factors in the residual from the edge
projection when computing the face constraints. The original
function project_boundary_values_curl_conforming() has
problems with non-rectangular faces, this one does not. The
function assumes that the face orientations are standard (e.g. a
sphere may cause problems due to mismatched face orientations).

The test shows that project_boundary_curl_conforming_l2() works on a
distorted cube (non-rectangular faces) for a simple test case
(polynomial function).

Merge pull request #593 from bangerth/remove-deprecated-functions-13

Remove deprecated function SparseLUDecomposition::decompose.

Changed evaluation order

Update documentation.

Remove the SparseLUDecomposition::decomposed variable.

It is only ever written to, never read.

Use AlignedVector::size_type in Table::operator()

Use AlignedVector<T>::size_type as the integer type to carry out the
calculation of the index in the values AlignedVector object for the
various operator() and el() functions of Table<N,T> and its explicit
specialisations.

empty string in split_string_list fix

When an empty string or a string with only spaces is given to this function, the split_string_list function will ask in line 222 for name[-1], which will result in unpredictable behaviour. I propose to prevent this by adding a condition that the length of the string may not be 0.

Merge pull request #576 from dakshinai/master

modified filtered_matrix tests to work with square matrices only

Remove deprecated function SparseLUDecomposition::decompose.

Merge pull request #591 from tjhei/wrapcomments

wrapcomments

Merge pull request #592 from tjhei/ez_const_fix

add missing const

add missing const

Doxygen was rightfully complaining

sneak in documentation improvements

run wrapcomments

manual edits to doxygen comments

update wrapcomments script

handle many additional doxygen commands correctly

Merge pull request #588 from bangerth/unique_ptr

Add a workaround class for std::unique_ptr that can also be used in the ...

Merge pull request #590 from kronbichler/master

Comment on the behavior of FE_TraceQ as compared to FE_Q.

Merge pull request #589 from mfherbst/master

Use AlignedVector::size_type in TableBase::position

Comment on the behavior of FE_TraceQ as compared to FE_Q.

Merge remote-tracking branch 'upstream/master'

Use AlignedVector::size_type in TableBase::position

Use AlignedVector<T>::size_type as the integer type to carry out the
calculation of the position of the element indicated by the
TableIndices<N> object.

This has the advantage that a potential integer overflow for Tables
with sizes less than max long int in each dimension, but with more than
max long int entries is prevented.

Merge pull request #585 from kronbichler/master

Enable make_hanging_node_constraints with FE_TraceQ.

Add test case for static condensation with FE_TraceQ.

Enable make_hanging_node_constraints with FE_TraceQ.

Patch by Anton Evgrafov.

Add a workaround class for std::unique_ptr that can also be used in the non-C++11 context.

Merge pull request #581 from bangerth/doc-update-8

Better document FESystem.

Merge pull request #587 from bangerth/add-value_type-for-IndexSet

Add a local typedef IndexSet::value_type.

Fix typo.

Add a local typedef IndexSet::value_type.

Merge pull request #584 from drwells/add-data-filter-to-hdf5-test

Add data filter to hdf5 test

Merge pull request #586 from tjhei/doc_updates

documentation updates

improve TrilinosWrappers::PreconditionILU documentation

document SparsityPattern::bandwidth

Improved the style.
I ran astyle (deleted trailing whitespace) and removed some
commented-out code.

Removed deprecated call to `write_hdf5_parallel`.
This function has been superceded by one with the same name that
requires an additional parameter.

Use correct doxygen tag for video lectures.

Add a testcase.

Figure out and document a way to call the FESystem constructor with multiple base elements.

This is non-trivial in C++ before C++11 and in particular if one wants to
avoid memory leaks.

Reference video lectures.

Update a few comments.

Merge pull request #520 from Rombur/threads_init

Add set_thread_limit in step-9.

Add set_thread_limit in step-9.

Merge pull request #580 from bangerth/step-7-update

Update the documentation of step-7.

In particular, name the Method of Manufactured Solutions in the documentation.

Update the documentation of step-7.

In particular, name the Method of Manufactured Solutions in the documentation.

Merge pull request #575 from kronbichler/master

Improve documentation of VectorMemory in Solver

Merge pull request #578 from tamiko/fix_bundled_umfpack

CMake: Bugfix: Also install bundled Umfpack headers

CMake: Bugfix: Also install bundled Umfpack headers

With "sparse_direct.h" directly including "umfpack.h" we also have to make
sure to install the bundled header files...

Merge pull request #577 from tjhei/mpi_file_fixes

fix status parameter in MPI_File_write

fix status parameter in MPI_File_write

Reported by Thomas Geenen. Setting the MPI_Status* parameter to NULL is
not correct and fails with intel MPI. The correct argument to pass is
MPI_STATUS_IGNORE.

Improve documentation

Merge pull request #574 from bangerth/doc-update-7

Improve error messages.

Improve error messages.

Using bare exceptions without any explanatory text in so many places was a bad idea right from the beginning, though nobody seems to have noticed for a long time. This replaces a bare exception with an ExcMessage in a couple of places.

Merge pull request #572 from kronbichler/cleanup_mapping

Remove a few 1D specializations for mapping.

Remove a few 1D specializations for mapping.

The old implementation of MappingQEulerian only moved the vertices
in 1D, not interior points for higher order mappings. While it might
be debatable how useful non-linear mappings are in 1D, this was not
documented and lead to surprising behavior. By making the class more
general we can actually make our code base simpler because we can remove
a few template specialization and use the same code as in higher
dimensions.

Merge pull request #566 from kronbichler/fix_vector_memory

Put implementation (Growing)VectorMemory into .templates.h file

Merge pull request #571 from kronbichler/tensor_vs_point_fix

More Point vs Tensor fixes

More Point vs Tensor fixes

modified filtered_matrix tests to work with square matrices only

modified filtered_matrix tests to work with square matrices only

Put implementation (Growing)VectorMemory into .templates.h file

This enables users to provide instantiations of the class for non-deal.II
vector types and their use in Solver classes.

Reported by Karl Ljungkvist.

Merge pull request #568 from bangerth/further-tensor-fixes

More Point vs Tensor fixes.

Merge pull request #567 from tamiko/export_umfpack_include_dir

CMake: Bugfix: Also export suitesparse include directories in project config

More Point vs Tensor fixes.

CMake: Bugfix: Also export suitesparse include directories in project config

With 053bb82 a direct include of "umfpack.h" was introduced in
"sparse_direct.h" which makes it necessary for the user to have the umfpack
include directory location available

Closes #564

Merge pull request #565 from bangerth/more-tensor-fixes

More changes hoping to make the compiler happy with OpenCascade interfaces again

More changes hoping to make the compiler happy with OpenCascade interfaces again.

Merge pull request #562 from bangerth/tensor-fixes

Tensor fixes

Further fixes to accommodate new Point vs Tensor distinction.

Merge pull request #563 from bangerth/doc-updates-5

Doc updates for build_patches().

Doc updates for build_patches().

Remove a partial specialization that creates trouble due to ambiguity
and that looks wrong anyway.

Hopefully fix a few build regressions with opencascade (can't test here
since no opencascade installation locally available).

Merge pull request #560 from tjhei/multithread_deprecation

more multithread_info fixes

- initialize static members correctly when THREADS=OFF
- update documentation
- do not use deprecated multithread_info instance
- use n_cores() instead of n_cpus

fix multithread_info when THREADS=OFF

static members have to be initialized even if deal.II is configured
without multithreading.

more multithread_info deprecation fixes

Merge pull request #559 from guidokanschat/fix_multithreading_issues

Fix issues with multithreading off and remove deprecated usage

Fix issues with multithreading off

Merge pull request #558 from bangerth/update-product-type

Provide specializations for ProductType<T,T>. Add a test.

Provide specializations for ProductType<T,T>. Add a test.

Merge pull request #555 from bangerth/doc-fixes-12

Fix a number of doxygen issues.