Do not use macros in the cuda matrix-free

Merge pull request #6040 from bangerth/doc-update-3

Improve readability of doxygen-generated pages.

Merge pull request #6031 from bangerth/update-step-14

Don't use SynchronousIterator in step-9, 14

Merge pull request #6036 from luzpaz/misc-typos

Misc. typos

Merge pull request #6028 from kronbichler/improve_hermite_poly

Make Hermite-like polynomials represent constant by (1,1,...1)

Merge pull request #5999 from luca-heltai/coupling

Non-matching sparsity and mass matrix.

Change weight in Hermite-like polynomials to make constant represented by (1,1,1,...1).

Source typos

Found more typos

Revision

Misc. typos

Found via `codespell`

Merge pull request #6032 from bangerth/doc-comm-world

Document the use of MPI_COMM_WORLD in MPI_InitFinalize.

Merge pull request #6041 from masterleinad/allow_valgrind

Add missing file used in #6035

Merge pull request #6038 from bangerth/doc-update-2

Fix doxygen markup.

Merge pull request #6033 from bangerth/doc-update

Document why using MPI_COMM_WORLD is ok in one place.

Merge pull request #5993 from MFraters/add_json_parser_for_input_files

Add json parser for input files

Add missing file used in #6035

Merge pull request #6035 from masterleinad/allow_valgrind

Allow to run the testsuite with valgrind

Fix a couple of places in the documentation of a function.

Improve readability of doxygen-generated pages.

Fix doxygen markup.

Document why using MPI_COMM_WORLD is ok in one place.

Merge pull request #6025 from masterleinad/fix_clang_6_performance

Fix llvm-6 clang-tidy performance findings

Allow to run the testsuite with valgrind

Merge pull request #6034 from bangerth/add-test

Add a test that works on only a subset of MPI processes.

Merge pull request #5998 from bangerth/update-example-output

Update a couple of things on how we generate output in the example steps

Merge pull request #6022 from bangerth/version-string

Provide a function that returns the version string.

Fix llvm-6 clang-tidy performance findings

Add a test that works on only a subset of MPI processes.

The test is intended to verify that we don't have stray references to MPI_COMM_WORLD.

Document the use of MPI_COMM_WORLD in MPI_InitFinalize.

Update a couple of things on how we generate output in the example steps.

Avoid the use of SynchronousIterator in step-9.

While there also mark a solution vector as a reference to avoid copying it.

Avoid the use of SynchronousIterator in step-14.

Point to the only tutorial program that uses this class.

Add a changelog entry.

Provide a function that returns the version string.

Merge pull request #6029 from bangerth/update-step-14

Avoid re-init'ing the same vector twice in step-14.

Avoid re-init'ing the same vector twice in step-14.

Merge pull request #6027 from bangerth/doc-update

Minor doc update to step-35.

Merge pull request #6003 from masterleinad/relaxation_block_set_kernel

Allow for setting the size of the kernel instead of a threshold in RelaxationBlock

Minor doc update to step-35.

Merge pull request #6024 from kronbichler/remove_mpi_comm_world

Do not use MPI_COMM_WORLD in MG Transfer

Remove use of MPI_COMM_WORLD in serial Trilinos vector.

Do not use MPI_COMM_WORLD.

Merge pull request #6020 from bangerth/doc-update

Improve documentation of FETools::compute_projection_matrices().

Merge pull request #6014 from kronbichler/improve_hermite_like_interp

Extend Hermite-like interpolation to case degree=2

Merge pull request #6021 from tjhei/cuda_documentation_fixes

CUDA: doxygen fixes

CUDA: doxygen fixes

- disable DEAL_II_ALWAYS_INLINE and __device__ in doxygen documentation
- avoid @ingroup for member functions because they will be moved not
copied to the group

Improve documentation of FETools::compute_projection_matrices().

Merge pull request #6012 from tjhei/cuda_warnings

CUDA: fix cmake 3.10 and remove warning

Merge pull request #6005 from jppelteret/fix_vector_from_trilinos_vector

Fix Vector::operator=(TrilinosWrappers::MPI::Vector)

Extend Hermite-like interpolation to case degree=2.

Merge pull request #6013 from tjhei/lapack_warnings

remove LAPACK warning about uninitialized info variable

remove LAPACK warning about uninitialized info variable

CUDA: fix cmake 3.10 and remove warning

Merge pull request #6009 from bangerth/doc-update-13

Better document one place.

Merge pull request #6008 from bangerth/cleanup-2

Better document a piece of code.

Merge pull request #6007 from bangerth/cleanup

Simplify code.

Merge pull request #6011 from tamiko/add-gitignore

Add a .gitignore file

Add a .gitignore file

Let's ignore the "code-gallery" directory and all directories starting
with "build*".

Add test for the read json parameter handler.

add json parser for input files.

Better document one place.

Better document a piece of code.

Simplify code.

The existing code seemed to suggest that something different had to happen if n_levels()>0.
But it was really that there was nothing to do if the triangulation is empty. Reflect this
in both the code and a comment.

Merge pull request #6006 from tjhei/cuda_doc

create CUDA doxygen module

Moved some header files to .cc

Allow for setting the size of the kernel instead of a threshold

cuda doxygen

Fix Vector::operator=(TrilinosWrappers::MPI::Vector)

Data was being copied to the local vector directly from the distributed
vector (as opposed to its localised equivalent). This lead to only a
partial copy of data, and all of the data was offset incorrectly in the
returned vector (giving each process a different view of the localised
vector).

Merge pull request #6004 from masterleinad/avoid_warnings_spherical

Avoid compiler warnings for Function::Spherical

Merge pull request #5995 from bangerth/doc-update

Expand on the discussion in the introduction to step-14.

Avoid compiler warnings for Function::Spherical

Merge pull request #5732 from Jie-Cheng/petsc_mmult_follow_up

Follow-up of #5655: add mmult and Tmmult to petsc sparse matrix and petsc parallel sparse matrix

Follow-up of #5655: add PETScWrappers::SparseMatrix::mmult and PETScWrappers::MPI::SparseMatrix::mmult

Split coupling.h into coupling.cc and coupling.inst

Added SPARSE_MATRICES to explicit instantiations.

Merge pull request #6000 from masterleinad/changelog_5997

Changelog entry for #5997

Changelog.

Changelog entry for #5997

Non matching sparsity and mass matrix.

Merge pull request #5997 from masterleinad/fix_distort_random

Fix up GridTools::distort_random for p::s::Triangulation

Merge pull request #5957 from masterleinad/move_support_qgausslobatto

Fix undefined functions in template instantiations

Merge pull request #5996 from masterleinad/fix_scalapack_hdf5

Guard HDF5 specific ScaLAPACK implementation

Fix up GridTools::distort_random for p::s::Triangulation

Expand on the discussion in the introduction to step-14.

Guard HDF5 specific ScaLAPACK implementation

make mangle an internal function of ParameterHandler.

Merge pull request #5941 from BenBrands/save_state_property

save/load state and property of ScaLAPACKMatrix

Merge pull request #5988 from bangerth/update-step-12

Merge the two places where we compute beta in step-12 into one function.

Merge pull request #5991 from tjhei/detailed-log-vectorization

cmake: print vectorization level in detailed.log

cmake: print vectorization level in detailed.log

Merge the two places where we compute beta in step-12 into one function.

Merge pull request #5987 from drwells/fix-qcollection-doc

Fix a wrong link in the documentation.

Fix a wrong link in the documentation.

Merge pull request #5983 from bangerth/update-step-12

Update some code in step-12.

Merge pull request #5980 from masterleinad/fix_without_zlib

Provide output file for DEAL_II_WITH_ZLIB=OFF

Merge pull request #5984 from bangerth/update-step-12-2

Simplify the creation of filenames in step-12.

Simplify the creation of filenames in step-12.

Update some code in step-12.

Specifically:
* Write the bilinear form with direction (-beta) obtained through integration
  by parts, rather than using beta and then doing -= on the matrix.
* Use the names for FE*Values objects that we use everywhere else.
* Some other minor cleanups.