Tests: Add an output variant for gla/block_mat_03

Tests: rename output variant

All of these output variants are for complex number, thus call the file
"output.complex-output" instead of "output.2".

Tests: Remove unnecessary with_trilinos=true guard

This subdirectory is only every parsed if Trilinos, PETSc and MPI
support is enabled.

Merge pull request #6098 from tamiko/add_rpath

CMake: Add rpath to example steps

CMake: Add rpath to example steps

Quoting from the documentation [1]
  """
  CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH is an interesting and very useful
  option. When building a target with RPATH, CMake determines the RPATH
  by using the directories of all libraries to which this target links.
  Some of these libraries may be located in the same build tree, e.g.
  libbar.so, these directories are also added to the RPATH. If this
  option is enabled, all these directories except those which are also
  in the build tree will be added to the install RPATH automatically.
  The only directories which may then still be missing from the RPATH
  are the directories where the libraries from the same project (i.e.
  libbar.so) are installed to. If the install directory for the
  libraries is not one of the systems default library directories, you
  have to add this directory yourself to the install RPATH by setting
  CMAKE_INSTALL_RPATH accordingly.
  """

Well, let's simply add the missing rpath to the install location for our
example binaries then. We guard this with
CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH in case augment the INSTALL_RPATH
so that CMake doesn't populate any rpath in case the user doesn't want
that.

[1] https://cmake.org/Wiki/CMake_RPATH_handling

Fixes #6096

Merge pull request #6081 from bangerth/fix-copy_from

Fix quadratic behavior of SparsityPattern::copy_from().

Merge pull request #6094 from masterleinad/fix_cone_04

Fix cone_04

Merge pull request #6092 from tamiko/fix_a_test_10

Tests: Provide output variants for clang-6 and libc++

Fix cone_04

Merge pull request #5959 from drwells/transpose-table-iterator

Transpose table iterator

Merge pull request #6091 from tamiko/fix_check

CMake: Also propagate compiler and linker flags to the boost check

Merge pull request #6093 from tamiko/fix_a_test_11

Tests: Do not print memory consumptions in fe/fe_move_0? tests

Tests: Do not print memory consumptions in fe/fe_move_0? tests

The memory consumption is simply not stable with respect to architecture
and standard library.

The test remains useful - the actual contents of the moved elements is
still printed and compared in a unique (and stable) manner.

Further, remove output variants for clang9_darwin - I checked that the
output is now the same.

Tests: Provide output variant for clang-6 and libc++

The renumbering in dofs/dof_renumbering_02 changes slightly when libc++
is used. Let's add an output variant.

Implement a random-access iterator for TransposeTable.

CMake: Also propagate compiler and linker flags to the boost check

Add a new header for implementing random-access iterators.

Add another test.

Ensure we get no segmentation faults for empty matrices.

Relax a couple of assertions for empty matrices.

Merge pull request #6071 from tamiko/fix_a_test_4

tests: sundials/harmonic_oscillator_04 increase precision

Merge pull request #6078 from tamiko/fix_a_test_7

tests: lac/*vector_add_and_dot*

Merge pull request #6079 from tamiko/fix_a_test_8

VectorTools: Increase max iterations in project_matrix_free

Merge pull request #6083 from bangerth/fix-step-35

Do not make a variable in step-35 static.

Add a changelog entry.

Do not make a variable in step-35 static.

Static variables are only initialized once at the beginning of the run. Here,
we have a vector that is marked as 'static' but this really only works because
we never do mesh refinement in this program and consequently (i) the originally
set size continues to be correct, and (ii) the code below sets every vector
element, rather than add to it.

Merge pull request #6082 from bangerth/fix-typo

Fix a grammar error.

Fix a grammar error.

Add a test.

Fix quadratic behavior of SparsityPattern::copy_from().

tests: sundials/harmonic_oscillator_04 increase precision

VectorTools: Increase max iterations in project_matrix_free

Here is a funny one. Running the test
  numerics/project_q_hierarchical_2
with DEAL_II_NUM_THREADS=2 OMP_NUM_THREADS=2 (as done on the tester)
worsens the reduction rate enough to run into the maximal iteration
limit. Solve this issue by slightly increasing the maximal allowed
number of iterations.

tests: lac/*vector_add_and_dot*

These three tests change output slightly (but unfortunately just above
our numdiff rounding threshold) depending on whether DEAL_II_MAX_THREADS
is set (and to what value).

So let's add another output variant for those three tests.

Merge pull request #6077 from masterleinad/fix_docu_mpi_minmaxavg

Fix documentation of Utilities::MPI::MinMaxAvg

Merge pull request #5899 from davydden/lapack_doc

doc: use LaTeX in LAPACKFullMatrix

Merge pull request #5994 from masterleinad/avoid_clash_class_namespace

Avoid clashes of class names and namespace names

Merge pull request #6064 from masterleinad/avoid_std_iterator

Avoid deriving from std::iterator

Merge pull request #6075 from kronbichler/tensor_inline_functions

Mark more basic Tensor operations as always_inline

Fix documentation of Utilities::MPI::MinMaxAvg

Merge pull request #6049 from davydden/feature/sparse_matrix_mpi_summ

 make Utilities::MPI::sum() support SparseMatrix

minor

Merge pull request #6068 from tamiko/fix_a_test_1

tests: Increase output precision for fe/rt_bubbles_(14|15)

Merge pull request #6063 from BenBrands/update_property_state

ScaLAPACKMatrix: change setting of state variable at various places

Merge pull request #6072 from tamiko/fix_a_test_5

tests: lac/*vector_add_and_dot_complex increase output precision

Mark more basic Tensor operations as always_inline.

Merge pull request #6067 from tamiko/fix_complex_petsc

Bugfix: Set a value to zero with a floating point literal

Merge pull request #6073 from tamiko/fix_a_test_6

tests: sharedtria/communicate_active_fe_indices_01b add an output variant

Avoid deriving from std::iterator

Merge pull request #6069 from tamiko/fix_a_test_2

tests: make distributed_grids/1d_grid robust

tests: make distributed_grids/1d_grid robust

Merge pull request #6066 from bangerth/doc-update

Update a couple places where we do markup by hand.

tests: sharedtria/communicate_active_fe_indices_01b add an output variant

tests: lac/*vector_add_and_dot_complex increase output precision

Merge pull request #6070 from tamiko/fix_a_test_3

tests: metis/metis_02 add yet another output variant

tests: metis/metis_02 add yet another output variant

tests: Increase output precision for fe/rt_bubbles_(14|15)

Bugfix: Set a value to zero with correct number type

Otherwise deal.II fails to build with complex-valued PETSc scalar:

.../source/non_matching/coupling.cc:241:29: error: ambiguous overload for ‘operator=’
(operand types are ‘dealii::FullMatrix<std::complex<double> >’ and ‘int’)

                 cell_matrix = 0;
                 ~~~~~~~~~~~~^~~

Update a couple places where we do markup by hand.

Merge pull request #6065 from tamiko/silence_a_warning

Remove superfluous ;

Remove superfluous ;

check that size of ArrayView in internal::all_reduce() is the same across the given communicator

Corrections

doc: use LaTeX in LAPACKFullMatrix

change setting of state variable at various places

Merge pull request #6051 from bangerth/minor-update

Minor update to FETools::get_interpolation_difference_matrix().

Merge pull request #6060 from bangerth/use-static-assertion

Convert an Assert into static_assert.

make Utilities::MPI::sum() support SparseMatrix

Merge pull request #6002 from luca-heltai/parameter-acceptor-proxy

Parameter Acceptor Proxy.

Merge pull request #6050 from davydden/extend_gitignore

extend gitignore

Merge pull request #6046 from davydden/feature/lapack_set

lapack: add set(i,j,value)

Add a changelog entry.

Add a test.

Convert an Assert into static_assert.

The TableIndices class had Assert statements in a couple of places
that the number of indices in question is a positive number, not zero.
Proximally, this led to Coverity complaining that a function called in a
noexcept function of Table may in fact throw an exception. The warning
is correct, and is most easily worked around by converting the
assertion into a static_assert -- which has to hold for the entire
class, so that's where I moved it from the affected member functions.

Merge pull request #6057 from luzpaz/misc-typos

Misc. typos fixes

Misc. typos fixes

Found via `codespell`

Minor update to FETools::get_interpolation_difference_matrix().

In particular, (i) update the documentation slightly, and (ii) simplify the logic of
the implementation by using IdentityMatrix. This also fixes the bug that there was an
assumption that the matrix was all zeros beforehand.

ParameterAcceptorProxy

add a test and a channgelog

Merge pull request #6054 from drwells/add-fullmatrix-changelog

Add a changelog entry for commits merged in 913d2a5d62.

Merge pull request #6052 from bangerth/cleanups

Minor cleanups to FETools::get_projection_matrix().

Merge pull request #6053 from bangerth/cleanups-2

Really only two micro-cleanups.

Add a changelog entry for commits merged in 913d2a5d62.

extend gitignore

Really only two micro-cleanups.

Minor cleanups to FETools::get_projection_matrix().

Merge pull request #6048 from drwells/rectangular-full-matrix

Rectangular full matrix

Add some more typedefs to TransposeTable.

Merge pull request #6047 from masterleinad/fix_64bit_dof

Fix 64-bit dof type in test

Update tests with new output.

Since the default test matrix is rectangular, most FullMatrix tests now
have different output.

Update tests with identical output.

The FullMatrix tests now default to using rectangular matrices, but this
does not make sense for every test. This commit modifies tests so that
they use the old (square) test matrix.

Update tests with truncated output.

Use rectangular matrices in FullMatrix tests.

This catches more bugs.

Fix some assertions in FullMatrix.

Fix some (rectangular) FullMatrix methods.

Fix 64-bit dof type in test

lapack: add set(i,j,value)

Merge pull request #6023 from bangerth/parallelize

Parallelize FETools::compute_projection_matrices()

Merge pull request #6044 from luca-heltai/coupling-distributed

Distributed coupling.

Updated documentation for parallel triangulations.

Added distributed test.