Update basic Manifold usage in the examples.

Merge pull request #6276 from bangerth/fix-test-2

Fix a test by increasing the precision of output.

Merge pull request #6275 from bangerth/fix-test

Fix test for GCC 4.8.4 by doing a conversion explicitly.

Merge pull request #6279 from tjhei/file_permissions

fix a file permission

fix a file permission

Fix a test by increasing the precision of output.

The test outputs 6 digits, so if there is a difference in the 7th digit that
leads to different 6-digit-rounding, then that produces a difference that is
exactly at the numdiff threshold and the test fails.

Fix this by outputting 7 digits. The difference between the current output
and the stored output is then at most one half of the numdiff tolerance,
and the test succeeds.

Fix test for GCC 4.8.4 by doing a conversion explicitly.

Merge pull request #6233 from luca-heltai/disentangle-manifold-and-boundary

Separate manifold_id from boundary_id

Merge pull request #6273 from bangerth/doc-update

Clarify the documentation of DoFTools::extract_dofs().

Clarify the documentation of DoFTools::extract_dofs().

Merge pull request #6267 from adamqc/hp-dh-default-constructor

Add default constructor for hp::DoFHandler.

Add changelog.

Merge pull request #6271 from bangerth/doc-update

Further clarify something about p::d::Triangulation and attached data.

Also change the naming of function arguments in the implementation.

Further clarify something about p::d::Triangulation and attached data.

Previously, we said that a particular value is an offset, but this is not
important to a user -- it's just a way to exchange data from one place
to another, but the user does not need to know what this information
corresponds to. Say this, and remove the description of what the data
actually means.

Merge pull request #6268 from kronbichler/fix_task_info_warning

Fix compiler warning in task info scheme detection

Add default constructor for hp::DoFHandler.

Fix two minor bugs in thread graph computation that were accidentally not tested.

Fix warning in task info scheme detection.

Merge pull request #6261 from kronbichler/shape_info_hermite_test

Slightly relax Hermite detection in MatrixFree::ShapeInfo

Merge pull request #6266 from bangerth/doc-update

Clarify documentation of p::d::Tria::notify_ready_to_unpack().

Minor improvements to some code in p::d::Triangulation.

Clarify documentation of p::d::Tria::notify_ready_to_unpack().

Merge pull request #6264 from bangerth/doc-update-79

Update documentation of class Householder.

Merge pull request #6246 from marcfehling/pack-append

Allow Utilities::pack to append data to existing buffer.

Merge pull request #6234 from kronbichler/mf_shape_info_improve

Slightly relax condition for even-odd tensor product value path

Merge pull request #6262 from masterleinad/fix_unused_zoltan

Avoid warning regarding unused parameter

Update documentation of class Householder.

Remove useless space change.

Merge pull request #6218 from kkormann/issue_5667_task_info

Rework task info. Enables tasks for DG.

Avoid warning regarding unused parameter

Slightly relax Hermite detection; add a test for Hermite type.

Merge pull request #6258 from kronbichler/add_gather_evaluate

Add FEEvaluation::gather_evaluate and integrate_scatter

Merge pull request #6253 from jppelteret/metis-cell_weighting

Pass cell weighting to Metis partitioner

Add FEEvaluation::gather_evaluate and integrate_scatter.

Fix a test by using two new manifold descriptions.

Since we shift the location of the inner circle we need to use a new
inner boundary manifold description and no manifold descriptions can be
easily extended into the volume.

Modify a test to use the original output.

The original version of this test relied on there not being a set
manifold on the interior. Since the point of this test is to check for a
particular crash its okay to ignore the curved geometry part.

Modify a test to use the original output.

Allow Utilities::pack to append data to existing buffer.

Allow Utitilities::unpack to read from iterator range. Add test utilities_pack_unpack_05.

Fix a failing test.

This test gives the wrong results on master since, in that case, the
exterior boundary is curved. This verifies that we really have removed
this piece of Boundary-Manifold compatibility.

Rework task info.

Merge pull request #6256 from bangerth/doc-update

Clarify a comment for Utilities::generate_normal_random_number().

Pass cell weighting to Metis partitioner

Merge pull request #6257 from drwells/gitignore-examples

Ignore files generated by the example programs.

Ignore files generated by the example programs.

Clarify a comment for Utilities::generate_normal_random_number().

Merge pull request #6251 from GivAlz/DistributedCpt2

Change GridTools::distributed_compute_ptloc to use global description

Changelog.

Fix tests.

Co-authored-by: David Wells <drwells@vt.edu>
Co-authored-by: Jean-Paul Pelteret <jppelteret@gmail.com>
Co-authored-by: Daniel Arndt <daniel.arndt@iwr.uni-heidelberg.de>

Have all GridGenerator functions attach curved manifolds.

Co-authored-by: David Wells <drwells@vt.edu>

Disentagle Manifold and Boundary ids.

Co-authored-by: Jean-Paul Pelteret <jppelteret@gmail.com>

Merge pull request #6225 from bangerth/doc-update-87

Provide better documentation to p::d::Triangulation::register_data_attach().

Adjust to common coding styles.

Better document p::d::Triangulation::attach_mesh_data().

Minor cleanup and documentation of code.

Provide better documentation to p::d::Triangulation::register_data_attach().

Changed GridTools::distributed_compute_ptloc to use global description of the mesh instead of local one

Merge pull request #6245 from Rombur/memory

Instantiate GrowingVectorMemory for CUDAWrappers::Vector

Instantiate GrowingVectorMemory for CUDAWrappers::Vector

Merge pull request #6168 from tjhei/test_master

Improve changelog entry for #6129

modify changelog

Merge pull request #6206 from drwells/improve-assertions

Improve assertions

Merge pull request #6249 from masterleinad/fix_compiling_clang_6

Fix compiling with clang-6

Merge pull request #6242 from luca-heltai/map-boundary-to-manifold-ids

Added map_boundary_to_manifold_ids.

Fix compiling with clang-6

Add another test for GridTools::map_boundary_to_manifold_ids

Touchup documentation

Merge pull request #6232 from jppelteret/ad-fixes_04

Update SymmetricTensor class for AD numbers

Merge pull request #6248 from luca-heltai/reset-manifolds

Deprecate set_manifold(id), moved to reset_manifold(id)

Fixed JPs comments.

Fixed JPs comments.

Docentry.

Replace set_manifold by reset_manifold

Deprecated set_manifold. Added reset_all_manifolds.

Merge pull request #6236 from GivAlz/DocumentationFe

Corrected documentation for FEFieldFunction

Corrected documentation about FEFieldFunction and distributed triangulation: exception is triggered only for artificial cells

Merge pull request #6231 from jppelteret/ad-fixes_03

Update Tensor class for AD numbers

Merge pull request #6244 from tjhei/document_hyper_l

documentation fixes for hyper_L

Merge pull request #6243 from GivAlz/EraseDouble

Removed double include in grid_tools.h

documentation fixes for hyper_L

Removed double include in grid_tools.h

Added map_boundary_to_manifold_ids.

Merge pull request #6239 from jppelteret/muparser_werror

Add default cases to switches in muParser

Merge pull request #6235 from BenBrands/MRRR_bug

ScaLAPACKMatrix: remedy for exceptions from within p_syevr/_syevr

Merge pull request #6224 from davydden/feature/extractor_tensor

add gradient of Tensor extractor

Merge pull request #6220 from Rombur/cuda_solver

[RFC] Add CG test using cuda

remedy for exceptions from within p_syevr/_syevr

Merge pull request #6211 from tcclevenger/stokes_comp_test

add test stokes computation

Add default cases to switches in muParser

Fixes #6238

Instantiate SymmetricTensor class for auto-differentiable numbers

Fix issue with AD SymmetricTensor eigenvalue/vector calculations.

For auto-differentiable numbers, when the input tensor was diagonal the
sensitivities of the eigenvalues/vector with respect to one another were
deduced. This means that although the correct results were being
returned, their derivatives were incorrect. This patch attempts to
correct this by perturbing a diagonal input tensor (of AD number type)
and computing an approximation to the eigenvalues/vectors.

more fixes of whitespaces and incode comments

update tests and add a changelog

Instantiate Tensor class for auto-differentiable numbers

Fix Tensor::invert() for auto-differentiable numbers

Merge pull request #6230 from jppelteret/ad-fixes_02

Various updates and fixes for AD numbers

Slightly relax condition for even-odd tensor product value path.

implement gradient of FEValuesViews::Tensor

Also change meaning of divergence so that
Grad(T) : I = Div(T).

cleanup incode comments in fe_values.h

Merge pull request #6215 from kronbichler/reduce_number_of_threads

Reduce number of threads in tests