Switch a few OC tests to use new manifold names.

The old versions of these classes are implemented by inheriting from
their replacements, so if tests pass with old names then they should
pass with new names. To be sure, though, convert a few of the tests to
use the new names.

Add a new test that checks manifold clones.

We want to be sure that we can clone all of the renamed opencascade
manifolds and end up with an object that really has the original type:
put another way, we want to be sure that these are not implemented as
aliases but as their own classes.

Rename the opencascade Manifold classes.

Manifolds have names ending in 'Manifold': now that Boundary is gone these names
do not make sense.

For backwards compatibility, the old classes now simply inherit from the
correctly-named Manifold versions. This requires marking some things that were
private now as protected.

Merge pull request #6567 from luca-heltai/fix-tutorial-doxygen-generation

Make sure program2doxygen does not change code blocks

Merge pull request #6577 from kronbichler/fix_matrix_vector_faces_05

Disable a test of a functionality that is currently experimental

Merge pull request #6576 from masterleinad/fix_docu_htl

Fix reference to FETools::hierarchic_to_lexicographic_numbering

Disable a test of a functionality that is currently experimental.

Fix reference to FETools::hierarchic_to_lexicographic_numbering

Fixed perl regex.

Merge pull request #6574 from drwells/update-porting

Update the porting document.

Update the porting document.

Merge pull request #6573 from drwells/update-navbar

Update some navbar links.

Update some navbar links.

Fixed WB comment. Removed temporaryly the random new style.

Merge pull request #6566 from bangerth/semicolon

semicolon

Added div around inlined code.

Merge pull request #6568 from tamiko/make_aspect_happy

CMake: Do not set -Wsuggest-override in the project configuration

Merge pull request #6569 from luca-heltai/doc-fixes

Doc fixes

Don't use tables in results.dox (copied from step 18)

CMake: Do not set -Wsuggest-override in the project configuration

Make sure program2doxygen does not change code blocks

semicolon

Fixed some issues with step-60 doc.

Merge pull request #6564 from jppelteret/doc_fix_03

Small doc fixes to the AD module

Small doc fixes to the AD module

Merge pull request #6550 from bangerth/array

Simplify a function that returns an array.

Merge pull request #6562 from masterleinad/avoid_std_bind1st

Avoid using std::bind1st in FE_Nedelec_SZ

Merge pull request #6542 from jppelteret/ad-documentation

Add documentation for AD module

Aboid using std::bind1st in FE_Nedelec_SZ

Merge pull request #6559 from masterleinad/fix_override

 Make sure to use override where appropriate

Add compiler flag -Wsuggest-override

Use override in the bundled boost where possible

Make sure to use override where appropriate

Fix DA's comments

Merge pull request #6556 from masterleinad/fix_nedelec_sz_non_rect_2d

Fix fe/fe_nedelec_sz_non_rect_2d

Merge pull request #6554 from bangerth/patch-1

Obtain the correct size for an output vector from the source, rather than from an output array.

Fix FE_Nedelec_SZ

Fix DD's comments; other documentation improvements

Merge pull request #6553 from kronbichler/improve_gmres_eigenvalues

Improve test lac/gmres_eigenvalues

Fix fe/fe_nedelec_sz_non_rect_2d

Double-brace an initializer list, as required by some compilers.

Merge pull request #6555 from jppelteret/doc-step-18

Fix results image table for step 18

Correct whitespace in doxygen code section

Reformat table of images in step-18 results section

Add CSS environment for three column layout

Merge pull request #2240 from rosskynch/NedelecSZ

New Nedelec finite element: FE_NedelecSZ

Obtain the correct size for an output vector from the source, rather than from an output array.

Merge pull request #6546 from masterleinad/fix_mpi_tag

Use MPI_TAGs that are guaranteed to be valid

Merge pull request #6529 from bangerth/patch-5

Utilize the C++11 constructors of std::[io]stream taking a std::string.

Merge pull request #6530 from bangerth/patch-4

Do not convert a std::string to char* just to convert it back.

Merge pull request #6526 from bangerth/patch-7

Simplify a resize statement.

Merge pull request #6527 from bangerth/patch-8

Align function arguments as we usually do.

Merge pull request #6528 from bangerth/patch-3

Use the appropriate type to state a zero.

Improve test lac/gmres_eigenvalues.

Add a changelog entry.

Simplify a function that returns an array.

Previously, it used a reference to an array as an output argument. Now, we can just
return a std::array<...,dim>.

Merge pull request #6531 from bangerth/patch-2

Use the appropriate type to state a constant.

Merge pull request #6545 from bangerth/doc-update

Leave a note in the documentation of class ArrayView.

Merge pull request #6544 from bangerth/doc-update-81

Further clarify readme.html

Merge pull request #6543 from bangerth/doc-update-80

Update the Gmsh entry in readme.html.

Merge pull request #6537 from drwells/attach-torus-manifold

Attach a TorusManifold to a Torus.

Merge pull request #6539 from tjhei/doxygen_add_bdm_to_fe

add FE_BDM to doxygen FE group

Leave a note in the documentation of class ArrayView.

Use MPI_TAGs that are guaranteed to be valid

Clarify some text.

Remove a repetitive piece of text that doesn't add information.

Update the Gmsh entry in readme.html.

Merge pull request #6541 from davydden/doc/gmsh_info

doc: say what we need from Gmsh

Add documentation for AD module

Fixes #6172

doc: say what we need from Gmsh

Merge pull request #6532 from bangerth/patch-1

Break a statement in a way that is easier to read.

Attach a TorusManifold to a Torus.

Merge pull request #6540 from drwells/step-60-typos

Step 60 typos

Add the step-60 builds-on file.

Remove trailing whitespace.

Create another doxygen link.

Fix some markdown mishandling by doxygen.

My copy of doxygen does not correctly bold all statements with double
earmuffs; use HTML instead.

Remove spurious links to Boundary.

add FE_BDM to doxygen FE group

Merge pull request #6535 from masterleinad/increase_tolerance_quadrature_chebyshev

Slighty increase tolerance in base/quadrature_chebyshev

Fix some typos in step-60.

Merge pull request #6538 from drwells/update-gridgenerator-docs

Update gridgenerator docs

Merge pull request #6536 from masterleinad/decrease_tolerance_lac_gmres_eigenvalues

Slightly decrease solver tolerance in lac/gmres_eigenvalues

Remove a static Manifold from an example.

Clarify Manifold attachment in some functions.

Mention Manifold attachment in GridGenerator.

Merge pull request #6533 from luca-heltai/hot-fix-step-60

Make sure that also the output of the embedded value is on the deformed grid

Merge pull request #6523 from bangerth/step-23

Align member variables in step-23.

Slightly decrease solver tolerance in lac/gmres_eigenvalues

Slighty increase tolerance in base/quadrature_chebyshev

Merge pull request #6525 from bangerth/patch-6

Align colons in the query_testsuite script

Make sure that also the output of the embedded value is on the deformed grid.

Align function arguments as we usually do.

Simplify a resize statement.

In particular, it is not necessary to actually copy the data of the
template vector here -- we really only care about its size.

Align colons.

Utilize the C++11 constructors of std::[io]stream taking a std::string.

Previously, we had widely used the constructors that take a char* and for that needed
to call the '.c_str()' function of std::string. This is now no longer necessary in C++11.

Do not convert a std::string to char* just to convert it back.

Use the appropriate type to state a zero.

Specifically, make sure that a statement also compiles if we are working with
complex-valued data.

Use the appropriate type to state a constant.

Specifically, make sure that a statement also compiles if we are working with
complex-valued data.

Break a statement in a way that is easier to read.