Update the .clang-format files with options agreed on

Merge pull request #6632 from drwells/gnuplot-compression-1

Gnuplot compression 1

Merge pull request #6657 from bangerth/step-47

Remove the never finished step-47.

Remove the never finished step-47.

We started this program in 2012, but it was never finished and there is no plan to
ever do so. A paper on the topic using deal.II has also been published in the
meantime:
    Carraro, Wetterauer: On the implementation of the eXtended Finite Element Method (XFEM) for interface problems
    Archive of Numerical Software, vol. 4, no. 2.

Merge pull request #6654 from masterleinad/avoid_1d_arrays

Avoid using one-dimensional arrays in place of multi-dimensional ones

Avoid using one-dimensional arrays in place of multi-dimensional ones

Merge pull request #6651 from masterleinad/remove_petsc_include

Remove unnecessary PETSc include file

Merge pull request #6653 from masterleinad/restrict_progress_bar

Only use progress bar in wget if available

Merge pull request #6652 from masterleinad/unused_variables_cxx17

Fix warning for unused variables in CXX17 mode

Only use progress bar in wget if available

Merge pull request #6645 from bangerth/step-2

No longer mark the finite element as 'static' in step-2.

Fix warning for unused variables in CXX17 mode

Remove unnecessary PETSc include file

Merge pull request #6106 from alexrobomind/petsc_multigrid

Support for PETSc in MGTransferPrebuilt (multigrid)

Merge pull request #6649 from bangerth/step-4

Fix more wonky indentation (this time in step-4).

Merge pull request #6630 from gassmoeller/fix_mapping_q_eulerian_parallel_vertices

Fix `extract_used_vertices` for calls with distributed MappingQEulerian

Fix more wonky indentation (this time in step-4).

No longer mark the finite element as 'static' in step-2.

This is not necessary any more since the DoFHandler copies the FE instead of storing
a reference to it. This also allows to remove a good deal of commentary that is
completely obscure to anyone not familiar with C++.

Merge pull request #6428 from marcfehling/pack_compression_choice

Introduce option to force no compression in pack/unpack.

Merge pull request #6639 from masterleinad/restrict_c++17_check

Restrict C++17 check

Fix a grammar mistaks.

Merge pull request #6636 from adamqc/fix-step-16

Fix step-16.

Merge pull request #6644 from drwells/more-freedoms-to-freedom

Fix a few more instances of 'freedoms'

Merge pull request #6643 from bangerth/doc-update-7

Fix a typo (twice) live in front of 60 students.

Fix a few more instances of 'freedoms'

Since 'degrees' is already plural 'freedom' should not be.

Fix a typo (twice) live in front of 60 students.

Merge pull request #6641 from bangerth/step-6

Add some background material about AMR to step-6.

Merge pull request #6642 from bangerth/step-51

Satsfy my OCD.

Add some background material about AMR to step-6.

Satsfy my OCD.

Update documentation

Added support for PETSc in MGTransferPrebuilt, internal::MatrixSelector (mg_transfer.h), Removed local_columns.n_elements() > 0 assertion in PETScWrappers::MPI::SparseMatrix

Merge pull request #6640 from bangerth/step-45

Make clear in the program that we omit significant parts of step-45.

Make clear in the program that we omit significant parts of step-45.

Restrict C++17 check

Fix step-16.

Add another GNUPLOT test.

Fix some bugs with codim = 1 GNUPLOT output.

Update tests to reflect the compression algorithm.

Avoid writing colinear points in GridOut::write_gnuplot.

GridOut::write_gnuplot has an option where, for plotting curved grids, it can
plot multiple line segments per face to give the illusion of a cell with curved
faces. This procedure creates massive output files since every face of every
corresponds to many individual line segments.

This commit implements a compression scheme where we do not output intermediate
points that are colinear. This lowers the number of points in a polar grid
output file by about 50% (i.e., the radial cell faces are not curved and can be
plotted with two points instead of perhaps five or six; same for the interior
cell faces).

Merge pull request #6635 from bangerth/use-wget

Use wget instead of curl.

Merge pull request #6631 from masterleinad/fix_hp_flux_sparsity

Fix make_flux_sparsity_pattern for hp::DoFHandler

Simplify DoFTools::make_flux_sparsity_pattern and test more cases

Merge pull request #6619 from bangerth/doc-update-6

Better document the introduction of step-45.

Use wget instead of curl.

Also show a progress bar for the download, but be otherwise quiet.

Merge pull request #6614 from tamiko/add-clang-format

Contrib: Add a scripts to compile/download clang-format

update hash

Add test case and changelog entry

Update the GNUPlot flags.

This commit fixes two intertwined issues with the current set of flags:
1. The variable names and descriptions are written in a way that implies
only boundary lines can be curved (which is no longer true). This commit
renames n_boundary_face_points to n_curved_line_points to make this
clearer.
2. write_gnuplot currently writes a lot of extra lines for boundary
faces in 3D and there is no way to turn this off. I would like to use
this function to generate wireframes of meshes, so I do not want this
extra output. I added a boolean (defaults to true) that controls whether
or not these extra lines are plotted.

Work around using shallow-since if not available

fix typos

Contrib: compile_clang_format - fix compilation on darwin

Contrib: Add tarball for darwin

Contrib: Add a script to download a static clang-format

Contrib: Add a script to compile clang-format

Merge pull request #6616 from masterleinad/use_mpi_comm_create

Use Utilities::MPI::create_group instead of MPI_Comm_create

Better document the introduction of step-45.

Remove some faulty unicode.

Contributors are generally not cited in source code, so this should be
removed.

Rewrap some comments.

Fix make_flux_sparsity_pattern for hp::DoFHandler

Ignore artificial cells, update test

Add failing test

Merge pull request #6628 from kronbichler/fix_mf_glibc_debug

Fix invalid access uncovered GLIBCXX_DEBUG in MatrixFree

Merge pull request #6624 from tamiko/fix_offline_doc

Contrib: Update make_offlinedoc.sh

Clarify which MPI_Comm is referred to in a comment

further improve download script

Add changelog.

Do not set bound for next loop round at last item.

Fix out-of-range access with GLIBCXX_DEBUG.

Merge pull request #6626 from masterleinad/fix_mf_taskinfo

Avoid accessing uninitialized memory in TaskInfo

Avoid accessing uninitialized memory in TaskInfo

Contrib: Update make_offlinedoc.sh

 - actually download all (online) portions of the documentation
 - improve sed command

Merge pull request #6623 from masterleinad/fix_debug_glibcxx_test

Fix ambiguous call in mappings/mapping_real_to_unit_q1_singular_02

Merge pull request #6621 from drwells/glibc-debug-fixes-1

Glibc debug fixes 1

Fix ambiguous call in mappings/mapping_real_to_unit_q1_singular_02

Exit a function early if there are no DoFs.

The debug mode of glibc complains that, with FE_Nothing, we end up doing
an invalid array access below. Avoid that by returning early if there is
nothing to do anyway.

Change some dereferences to pointer arithmetic.

This avoids dereferencing (and then calculating the address of) an entry
one past the end.

Use Utilities::MPI::create_group instead of MPI_Comm_create

Merge pull request #6620 from bangerth/doc-update-4

Use American English spelling.

Use American English spelling.

Merge pull request #6583 from drwells/rename-opencascade-manifolds

Rename the opencascade Manifold classes.

Merge pull request #6605 from bangerth/doc-update-4

Properly mark up formulas in the FE_NedelecSZ class documentation.

Merge pull request #6611 from masterleinad/fix_mg_distributed_dofs

Check that level dofs are initialized when calling DoFHandler::locally_owned_mg_dofs

Merge pull request #6615 from masterleinad/set_default_mpi

Make sure to set default values for MPI_VERSION_*

Introduce option to force no compression in pack/unpack.

Make sure to set default values for MPI_VERSION_*

Switch a few OC tests to use new manifold names.

The old versions of these classes are implemented by inheriting from
their replacements, so if tests pass with old names then they should
pass with new names. To be sure, though, convert a few of the tests to
use the new names.

Add a new test that checks manifold clones.

We want to be sure that we can clone all of the renamed opencascade
manifolds and end up with an object that really has the original type:
put another way, we want to be sure that these are not implemented as
aliases but as their own classes.

Rename the opencascade Manifold classes.

Manifolds have names ending in 'Manifold': now that Boundary is gone these names
do not make sense.

For backwards compatibility, the old classes now simply inherit from the
correctly-named Manifold versions. This requires marking some things that were
private now as protected.

Merge pull request #6613 from tamiko/rename_scripts

Contrib: rename download_codecov_bash.sh to download_codecov

Contrib: Rename download_codecov_bash.sh to download_codecov

add an entry to .gitignore

Merge pull request #6582 from drwells/remove-boundary

Remove all remaining usages of Boundary.

Check that level dofs are initialized when calling DoFHandler<dim, spacedim>::locally_owned_mg_dofs

Merge pull request #6606 from bangerth/doc-update-5

Predefine the MPI and P4EST versions for doxygen.

Predefine the MPI and P4EST versions for doxygen.

Merge pull request #6598 from bangerth/indent

Make some formatting more consistent.

Merge pull request #6604 from bangerth/doc-update-3

Use appropriate latex packages for doxygen formulas.

Merge pull request #6603 from bangerth/doc-update-2

Fix wrong doxygen markup.

Properly mark up formulas in the FE_NedelecSZ class documentation.