Remove unnecessary PETSc include file

Merge pull request #6649 from bangerth/step-4

Fix more wonky indentation (this time in step-4).

Merge pull request #6630 from gassmoeller/fix_mapping_q_eulerian_parallel_vertices

Fix `extract_used_vertices` for calls with distributed MappingQEulerian

Fix more wonky indentation (this time in step-4).

Merge pull request #6428 from marcfehling/pack_compression_choice

Introduce option to force no compression in pack/unpack.

Merge pull request #6639 from masterleinad/restrict_c++17_check

Restrict C++17 check

Fix a grammar mistaks.

Merge pull request #6636 from adamqc/fix-step-16

Fix step-16.

Merge pull request #6644 from drwells/more-freedoms-to-freedom

Fix a few more instances of 'freedoms'

Merge pull request #6643 from bangerth/doc-update-7

Fix a typo (twice) live in front of 60 students.

Fix a few more instances of 'freedoms'

Since 'degrees' is already plural 'freedom' should not be.

Fix a typo (twice) live in front of 60 students.

Merge pull request #6641 from bangerth/step-6

Add some background material about AMR to step-6.

Merge pull request #6642 from bangerth/step-51

Satsfy my OCD.

Add some background material about AMR to step-6.

Satsfy my OCD.

Update documentation

Merge pull request #6640 from bangerth/step-45

Make clear in the program that we omit significant parts of step-45.

Make clear in the program that we omit significant parts of step-45.

Restrict C++17 check

Fix step-16.

Merge pull request #6635 from bangerth/use-wget

Use wget instead of curl.

Merge pull request #6631 from masterleinad/fix_hp_flux_sparsity

Fix make_flux_sparsity_pattern for hp::DoFHandler

Simplify DoFTools::make_flux_sparsity_pattern and test more cases

Merge pull request #6619 from bangerth/doc-update-6

Better document the introduction of step-45.

Use wget instead of curl.

Also show a progress bar for the download, but be otherwise quiet.

Merge pull request #6614 from tamiko/add-clang-format

Contrib: Add a scripts to compile/download clang-format

update hash

Add test case and changelog entry

Work around using shallow-since if not available

fix typos

Contrib: compile_clang_format - fix compilation on darwin

Contrib: Add tarball for darwin

Contrib: Add a script to download a static clang-format

Contrib: Add a script to compile clang-format

Merge pull request #6616 from masterleinad/use_mpi_comm_create

Use Utilities::MPI::create_group instead of MPI_Comm_create

Better document the introduction of step-45.

Fix make_flux_sparsity_pattern for hp::DoFHandler

Ignore artificial cells, update test

Add failing test

Merge pull request #6628 from kronbichler/fix_mf_glibc_debug

Fix invalid access uncovered GLIBCXX_DEBUG in MatrixFree

Merge pull request #6624 from tamiko/fix_offline_doc

Contrib: Update make_offlinedoc.sh

Clarify which MPI_Comm is referred to in a comment

further improve download script

Add changelog.

Do not set bound for next loop round at last item.

Fix out-of-range access with GLIBCXX_DEBUG.

Merge pull request #6626 from masterleinad/fix_mf_taskinfo

Avoid accessing uninitialized memory in TaskInfo

Avoid accessing uninitialized memory in TaskInfo

Contrib: Update make_offlinedoc.sh

 - actually download all (online) portions of the documentation
 - improve sed command

Merge pull request #6623 from masterleinad/fix_debug_glibcxx_test

Fix ambiguous call in mappings/mapping_real_to_unit_q1_singular_02

Merge pull request #6621 from drwells/glibc-debug-fixes-1

Glibc debug fixes 1

Fix ambiguous call in mappings/mapping_real_to_unit_q1_singular_02

Exit a function early if there are no DoFs.

The debug mode of glibc complains that, with FE_Nothing, we end up doing
an invalid array access below. Avoid that by returning early if there is
nothing to do anyway.

Change some dereferences to pointer arithmetic.

This avoids dereferencing (and then calculating the address of) an entry
one past the end.

Use Utilities::MPI::create_group instead of MPI_Comm_create

Merge pull request #6620 from bangerth/doc-update-4

Use American English spelling.

Use American English spelling.

Merge pull request #6583 from drwells/rename-opencascade-manifolds

Rename the opencascade Manifold classes.

Merge pull request #6605 from bangerth/doc-update-4

Properly mark up formulas in the FE_NedelecSZ class documentation.

Merge pull request #6611 from masterleinad/fix_mg_distributed_dofs

Check that level dofs are initialized when calling DoFHandler::locally_owned_mg_dofs

Merge pull request #6615 from masterleinad/set_default_mpi

Make sure to set default values for MPI_VERSION_*

Introduce option to force no compression in pack/unpack.

Make sure to set default values for MPI_VERSION_*

Switch a few OC tests to use new manifold names.

The old versions of these classes are implemented by inheriting from
their replacements, so if tests pass with old names then they should
pass with new names. To be sure, though, convert a few of the tests to
use the new names.

Add a new test that checks manifold clones.

We want to be sure that we can clone all of the renamed opencascade
manifolds and end up with an object that really has the original type:
put another way, we want to be sure that these are not implemented as
aliases but as their own classes.

Rename the opencascade Manifold classes.

Manifolds have names ending in 'Manifold': now that Boundary is gone these names
do not make sense.

For backwards compatibility, the old classes now simply inherit from the
correctly-named Manifold versions. This requires marking some things that were
private now as protected.

Merge pull request #6613 from tamiko/rename_scripts

Contrib: rename download_codecov_bash.sh to download_codecov

Contrib: Rename download_codecov_bash.sh to download_codecov

add an entry to .gitignore

Merge pull request #6582 from drwells/remove-boundary

Remove all remaining usages of Boundary.

Check that level dofs are initialized when calling DoFHandler<dim, spacedim>::locally_owned_mg_dofs

Merge pull request #6606 from bangerth/doc-update-5

Predefine the MPI and P4EST versions for doxygen.

Predefine the MPI and P4EST versions for doxygen.

Merge pull request #6598 from bangerth/indent

Make some formatting more consistent.

Merge pull request #6604 from bangerth/doc-update-3

Use appropriate latex packages for doxygen formulas.

Merge pull request #6603 from bangerth/doc-update-2

Fix wrong doxygen markup.

Properly mark up formulas in the FE_NedelecSZ class documentation.

Use appropriate latex packages for doxygen formulas.

Fix wrong doxygen markup.

Merge pull request #6585 from davydden/feature/accessor_global_index

add Accessor::global_index()

Merge pull request #6596 from bangerth/minor-cleanup

Avoid using std::make_pair and just use a brace-enclosed list.

Make some formatting more consistent.

test Accessor::global_index()

Avoid using std::make_pair and just use a brace-enclosed list.

update documentation

Merge pull request #6472 from marcfehling/handles

Triangulation manages offsets. Data attaching classes take handles.

Merge pull request #6590 from davydden/bugfix/quicktest_scalapack

quick-test: do not use lapack/create_matrix.h in scalapack test

quick-test: do not use lapack/create_matrix.h in scalapack test

Merge pull request #6578 from masterleinad/fix_cuda_solver_02

Fix CUDA test cuda/solver_02

Remove an obsolete test.

The purpose of this test was to check the old 'use boundary_ids as manifold_ids'
code path: if the Boundary classes are completely removed then this test is
nearly identical to extract_boundary_mesh_11 and extract_boundary_mesh_12, so it
can be removed.

Convert '%Boundary' to 'Boundary'.

Since this class is gone we no longer need to escape it when generating
documentation.

Remove all remaining usages of the Boundary class.

Requiescat in pace

March 4, 1998 (commit 8: 184639502b4) - May 12, 2018 (41,058 commits and
counting).

Manifold has not gone too far from that original design: in the beginning we had
the in_between function:

template <int dim>
class Boundary {
  public:
     /**
      *  Typedef an array of the needed number
      *  of old points.
      */
    typedef const Point<dim>* PointArray[1<<(dim-1)];

     /**
      *  This function calculates the position
      *  of the new vertex.
      */
    virtual Point<dim> in_between (const PointArray &neighbors) const = 0;
};

/**
    Specialisation of \Ref{Boundary}<dim>, which places the new point right
    into the middle of the given points. The middle is defined as the
    arithmetic mean of the points.
    */
template <int dim>
class StraightBoundary : public Boundary<dim> {
  public:
     /**
      *  This function calculates the position
      *  of the new vertex.
      */
    virtual Point<dim> in_between (const PointArray &neighbors) const {
      Point<dim> p;
      for (int i=0; i<(1<<(dim-1)); ++i)
p += *neighbors[i];
      p /= (1<<(dim-1))*1.0;
      return p;
    };
};

which is essentially Manifold::get_intermediate_point without the weight.

Merge pull request #6587 from tamiko/fix_gitattributes

Fix .gitattributes

Fix .gitattributes

add Accessor::global_index()

Merge pull request #6584 from masterleinad/remove_deprecated_header

Remove deprecated header files and typedefs

Remove deprecated header file

Fix CUDA test

Merge pull request #6567 from luca-heltai/fix-tutorial-doxygen-generation

Make sure program2doxygen does not change code blocks