Fix undefined reference for PETSc complex scalar type

Merge pull request #6679 from tamiko/fix_indent

Bugfix: Reindent indent and fix find invocation

Merge pull request #6678 from davydden/doc/fix_nedelec_sz

fix unicode characters in fe_nedelec_sz.h

fix missing s

reindent all .inst.in files

Bugfix: Use a different sentinel in indent

We cannot simply replace the escaped closing bracket "\}" by "} //" any
more. clang-format happily fixes the apparent misspelling into

  namespace Foobar
  {
  } // namespace Foobar

Bugfix: Reindent indent and fix find invocation

indentation

use HTML encodings

fix unicode characters in fe_nedelec_sz.h

Merge pull request #6665 from drwells/fix-write-gnuplot

Fix write_gnuplot with Eulerian mappings.

Merge pull request #6669 from bangerth/step-1

Add a reference to a video about debugging to step-1.

Merge pull request #6671 from masterleinad/fix_separators

Fix length of separators

Fix write_gnuplot with Eulerian mappings.

Merge pull request #6662 from masterleinad/fix_complex_petsc

Fix compiling with complex PETSc

Fix typo

Merge pull request #6602 from bangerth/doxygen

Make sure the .inst files are available as inputs for doxygen.

Fix length of separators

Add comment

Fix compiling with complex PETSc

Merge pull request #6667 from masterleinad/use_clang-format

Replace astyle by clang-format

Add a reference to a video about debugging to step-1.

Merge pull request #6668 from bangerth/step-6

Add pictures to the discussion in step-6.

Add figures to the discussion in step-6.

Apply clang-format

Don't break after return types in examples

Changelog entry

Remove astyle

Make the indenting script and CI use clang-format

Merge pull request #6659 from kronbichler/implement_update_ghosts_blocked

Make matrix-free loop aware of block vectors with many blocks

Merge pull request #6656 from masterleinad/fix_failing_clang_format_tests

Fix failing test after applying clang-format

Merge pull request #6648 from bangerth/step-6

More changes to the introduction of step-6.

Merge pull request #6650 from masterleinad/update_clang_format_style_file

Update clang-format style file

Update the .clang-format files with options agreed on

Add missing header in petsc_complex/assemble_01

Include tests.h instead

Make sure to  be in namepace dealii in tests/test_grids.h

Remove petscerror.h

Fix base/slice_vector

Changelog.

Add test for the new feature.

Minor.

Do call plain update_ghost_values()/compress() for block vector with many blocks.

Make LA::d::BlockVector::communication_block_size public.

Merge pull request #6632 from drwells/gnuplot-compression-1

Gnuplot compression 1

Merge pull request #6657 from bangerth/step-47

Remove the never finished step-47.

Remove the never finished step-47.

We started this program in 2012, but it was never finished and there is no plan to
ever do so. A paper on the topic using deal.II has also been published in the
meantime:
    Carraro, Wetterauer: On the implementation of the eXtended Finite Element Method (XFEM) for interface problems
    Archive of Numerical Software, vol. 4, no. 2.

Merge pull request #6654 from masterleinad/avoid_1d_arrays

Avoid using one-dimensional arrays in place of multi-dimensional ones

Avoid using one-dimensional arrays in place of multi-dimensional ones

Merge pull request #6651 from masterleinad/remove_petsc_include

Remove unnecessary PETSc include file

Merge pull request #6653 from masterleinad/restrict_progress_bar

Only use progress bar in wget if available

Merge pull request #6652 from masterleinad/unused_variables_cxx17

Fix warning for unused variables in CXX17 mode

Only use progress bar in wget if available

Merge pull request #6645 from bangerth/step-2

No longer mark the finite element as 'static' in step-2.

Fix warning for unused variables in CXX17 mode

Remove unnecessary PETSc include file

Merge pull request #6106 from alexrobomind/petsc_multigrid

Support for PETSc in MGTransferPrebuilt (multigrid)

Merge pull request #6649 from bangerth/step-4

Fix more wonky indentation (this time in step-4).

Merge pull request #6630 from gassmoeller/fix_mapping_q_eulerian_parallel_vertices

Fix `extract_used_vertices` for calls with distributed MappingQEulerian

Fix more wonky indentation (this time in step-4).

More changes to the introduction of step-6.

No longer mark the finite element as 'static' in step-2.

This is not necessary any more since the DoFHandler copies the FE instead of storing
a reference to it. This also allows to remove a good deal of commentary that is
completely obscure to anyone not familiar with C++.

Merge pull request #6428 from marcfehling/pack_compression_choice

Introduce option to force no compression in pack/unpack.

Merge pull request #6639 from masterleinad/restrict_c++17_check

Restrict C++17 check

Fix a grammar mistaks.

Merge pull request #6636 from adamqc/fix-step-16

Fix step-16.

Merge pull request #6644 from drwells/more-freedoms-to-freedom

Fix a few more instances of 'freedoms'

Merge pull request #6643 from bangerth/doc-update-7

Fix a typo (twice) live in front of 60 students.

Fix a few more instances of 'freedoms'

Since 'degrees' is already plural 'freedom' should not be.

Fix a typo (twice) live in front of 60 students.

Merge pull request #6641 from bangerth/step-6

Add some background material about AMR to step-6.

Merge pull request #6642 from bangerth/step-51

Satsfy my OCD.

Add some background material about AMR to step-6.

Satsfy my OCD.

Update documentation

Added support for PETSc in MGTransferPrebuilt, internal::MatrixSelector (mg_transfer.h), Removed local_columns.n_elements() > 0 assertion in PETScWrappers::MPI::SparseMatrix

Merge pull request #6640 from bangerth/step-45

Make clear in the program that we omit significant parts of step-45.

Make clear in the program that we omit significant parts of step-45.

Restrict C++17 check

Fix step-16.

Add another GNUPLOT test.

Fix some bugs with codim = 1 GNUPLOT output.

Update tests to reflect the compression algorithm.

Avoid writing colinear points in GridOut::write_gnuplot.

GridOut::write_gnuplot has an option where, for plotting curved grids, it can
plot multiple line segments per face to give the illusion of a cell with curved
faces. This procedure creates massive output files since every face of every
corresponds to many individual line segments.

This commit implements a compression scheme where we do not output intermediate
points that are colinear. This lowers the number of points in a polar grid
output file by about 50% (i.e., the radial cell faces are not curved and can be
plotted with two points instead of perhaps five or six; same for the interior
cell faces).

Merge pull request #6635 from bangerth/use-wget

Use wget instead of curl.

Merge pull request #6631 from masterleinad/fix_hp_flux_sparsity

Fix make_flux_sparsity_pattern for hp::DoFHandler

Simplify DoFTools::make_flux_sparsity_pattern and test more cases

Merge pull request #6619 from bangerth/doc-update-6

Better document the introduction of step-45.

Use wget instead of curl.

Also show a progress bar for the download, but be otherwise quiet.

Merge pull request #6614 from tamiko/add-clang-format

Contrib: Add a scripts to compile/download clang-format

update hash

Add test case and changelog entry

Update the GNUPlot flags.

This commit fixes two intertwined issues with the current set of flags:
1. The variable names and descriptions are written in a way that implies
only boundary lines can be curved (which is no longer true). This commit
renames n_boundary_face_points to n_curved_line_points to make this
clearer.
2. write_gnuplot currently writes a lot of extra lines for boundary
faces in 3D and there is no way to turn this off. I would like to use
this function to generate wireframes of meshes, so I do not want this
extra output. I added a boolean (defaults to true) that controls whether
or not these extra lines are plotted.

Work around using shallow-since if not available

fix typos

Contrib: compile_clang_format - fix compilation on darwin

Contrib: Add tarball for darwin

Contrib: Add a script to download a static clang-format

Contrib: Add a script to compile clang-format

Merge pull request #6616 from masterleinad/use_mpi_comm_create

Use Utilities::MPI::create_group instead of MPI_Comm_create