Simplify GridOut::Gnuplot

Merge pull request #6700 from masterleinad/adjust_cxx_check_flag

Modify pushed flags for CLANGAUTODEBUG_BUG

Strip the offending flags instead

Merge pull request #6709 from masterleinad/fix_warnings_in_tests

Remove some more references to astyle

Remove some more references to astyle

Merge pull request #6702 from Zonni/fix-sundials-documentation

Fix sundials documentation

Bug fixed if output_step function is not defined. Now example in the documentation works.

Fixed sundials/ida.h example of use.

Merge pull request #6699 from masterleinad/fix_warnings_in_tests

Fix warnings in tests

Alternative solution to mpi/collective_02_dealii_vector

Fix warnings in tests, gcc-8

Fix warnings in tests, clang-6

Modify pushed flags for CLANG_AUTODEBUGBUG

Merge pull request #6670 from bangerth/step-6

Next step in the step-6 introduction.

Merge pull request #6697 from masterleinad/avoid_sleep

Avoid using unistd.h and sleep

Avoid using unistd.h and sleep

Merge pull request #6692 from davydden/feature/timer_output_width

extend TimerOutput to have dynamic Section width

use initlog()

extend TimerOutput to have dynamic Section width

Merge pull request #6689 from masterleinad/fix_multigrid_transfer_04b

Fix multigrid/transfer_04b

Fix multigrid/transfer_04b

Merge pull request #6674 from drwells/add-merge-tria-tolerance

Add a tolerance for merge_triangulations.

Merge pull request #6680 from bangerth/step-3

A few updates to the introduction of step-3.

A few updates to the introduction of step-3.

Add a tolerance for merge_triangulations.

The default setting is not robust with respect to roundoff errors (or
other minor numerical errors).

Merge pull request #6677 from bangerth/step-2

Update some of the introduction of step-2.

Merge pull request #6685 from bangerth/doc-update

Document arguments in 'contrib/utilities/indent'.

Document arguments in 'contrib/utilities/indent'.

Uniformly use capital letters at the top of comments.

Address David Wells' comments.

Update some of the introduction of step-2.

Merge pull request #6682 from masterleinad/fix_complex_petsc

Fix undefined reference for PETSc complex scalar type

Fix undefined reference for PETSc complex scalar type

Merge pull request #6658 from tamiko/fix_openmp_detection

CMake: Fix openmp detection for Clang

Merge pull request #6679 from tamiko/fix_indent

Bugfix: Reindent indent and fix find invocation

Merge pull request #6678 from davydden/doc/fix_nedelec_sz

fix unicode characters in fe_nedelec_sz.h

fix missing s

reindent all .inst.in files

Bugfix: Use a different sentinel in indent

We cannot simply replace the escaped closing bracket "\}" by "} //" any
more. clang-format happily fixes the apparent misspelling into

  namespace Foobar
  {
  } // namespace Foobar

Bugfix: Reindent indent and fix find invocation

indentation

use HTML encodings

fix unicode characters in fe_nedelec_sz.h

Merge pull request #6665 from drwells/fix-write-gnuplot

Fix write_gnuplot with Eulerian mappings.

Merge pull request #6669 from bangerth/step-1

Add a reference to a video about debugging to step-1.

Merge pull request #6671 from masterleinad/fix_separators

Fix length of separators

Fix write_gnuplot with Eulerian mappings.

Merge pull request #6662 from masterleinad/fix_complex_petsc

Fix compiling with complex PETSc

Fix typo

Merge pull request #6602 from bangerth/doxygen

Make sure the .inst files are available as inputs for doxygen.

Fix length of separators

Add a changelog entry.

Document the remaining pieces of step-6.

Add comment

Fix compiling with complex PETSc

Merge pull request #6667 from masterleinad/use_clang-format

Replace astyle by clang-format

Next step in the step-6 introduction.

Add a reference to a video about debugging to step-1.

Merge pull request #6668 from bangerth/step-6

Add pictures to the discussion in step-6.

Add figures to the discussion in step-6.

Apply clang-format

Don't break after return types in examples

Changelog entry

Remove astyle

Make the indenting script and CI use clang-format

Merge pull request #6659 from kronbichler/implement_update_ghosts_blocked

Make matrix-free loop aware of block vectors with many blocks

Merge pull request #6656 from masterleinad/fix_failing_clang_format_tests

Fix failing test after applying clang-format

Merge pull request #6648 from bangerth/step-6

More changes to the introduction of step-6.

Merge pull request #6650 from masterleinad/update_clang_format_style_file

Update clang-format style file

Update the .clang-format files with options agreed on

CMake: Fix openmpi detection for Clang

Well, now that Clang has reached the version range of XCode, this cludge
obviously doesn't work any more. (Remember both compiler call themselves
"clang", but Apple insists on a different versioning scheme *sigh*).

Simply remove the version constaints for Clang. If someone hits an issue
with XCode. Well update your compiler to any version younger than 2
years, thanks.

Add missing header in petsc_complex/assemble_01

Include tests.h instead

Make sure to  be in namepace dealii in tests/test_grids.h

Remove petscerror.h

Fix base/slice_vector

Changelog.

Add test for the new feature.

Minor.

Do call plain update_ghost_values()/compress() for block vector with many blocks.

Make LA::d::BlockVector::communication_block_size public.

Merge pull request #6632 from drwells/gnuplot-compression-1

Gnuplot compression 1

Merge pull request #6657 from bangerth/step-47

Remove the never finished step-47.

Remove the never finished step-47.

We started this program in 2012, but it was never finished and there is no plan to
ever do so. A paper on the topic using deal.II has also been published in the
meantime:
    Carraro, Wetterauer: On the implementation of the eXtended Finite Element Method (XFEM) for interface problems
    Archive of Numerical Software, vol. 4, no. 2.

Merge pull request #6654 from masterleinad/avoid_1d_arrays

Avoid using one-dimensional arrays in place of multi-dimensional ones

Avoid using one-dimensional arrays in place of multi-dimensional ones

Merge pull request #6651 from masterleinad/remove_petsc_include

Remove unnecessary PETSc include file

Merge pull request #6653 from masterleinad/restrict_progress_bar

Only use progress bar in wget if available

Merge pull request #6652 from masterleinad/unused_variables_cxx17

Fix warning for unused variables in CXX17 mode

Only use progress bar in wget if available

Merge pull request #6645 from bangerth/step-2

No longer mark the finite element as 'static' in step-2.

Fix warning for unused variables in CXX17 mode

Remove unnecessary PETSc include file

Merge pull request #6106 from alexrobomind/petsc_multigrid

Support for PETSc in MGTransferPrebuilt (multigrid)

Merge pull request #6649 from bangerth/step-4

Fix more wonky indentation (this time in step-4).

Merge pull request #6630 from gassmoeller/fix_mapping_q_eulerian_parallel_vertices

Fix `extract_used_vertices` for calls with distributed MappingQEulerian

Fix more wonky indentation (this time in step-4).

More changes to the introduction of step-6.

No longer mark the finite element as 'static' in step-2.

This is not necessary any more since the DoFHandler copies the FE instead of storing
a reference to it. This also allows to remove a good deal of commentary that is
completely obscure to anyone not familiar with C++.

Merge pull request #6428 from marcfehling/pack_compression_choice

Introduce option to force no compression in pack/unpack.