Fix comments in @code blocks in matrix_free headers

Merge pull request #6815 from masterleinad/fix_formatting_data_out_base

Improve formatting in base/data_out_base.cc

Merge pull request #6812 from tamiko/switch-default-indent

contrib/utilities: rename to indent and indent-all

Improve formatting in base/data_out_base.cc

Merge pull request #6813 from davydden/minor/range_loop_in_write_vtu_main

range loop in write vtu main

add shortcuts for elements of the tupls

use range loop in write_vtu_main

Merge pull request #6809 from masterleinad/fix_msvc_compile

Define FE_NedelecSZ with a spacedim argument.

Merge pull request #6811 from davydden/doc/reflow_incode

reflow incode comments

update build system and documentation

fixup

contrib: update auxiliary scripts

contrib/utilities: rename to indent and indent-all

reflow incode comments more

reflow incode comments

Merge pull request #6810 from masterleinad/fix_macos_indent

Fix macOS indenting

Fix macOS indenting

Define FE_NedelecSZ with a spacedim argument.

Merge pull request #6805 from tamiko/remove_volatile

remove DEAL_VOLATILE

remove DEAL_VOLATILE

Deprecated in 9.0.0. Good to go (and volatile is terminally broken for
threats anyway).

Merge pull request #6695 from drwells/generate-lapack-bindings

Generate lapack bindings

Merge pull request #6798 from masterleinad/remove_redundant_namespace

Remove redundant namespace identifier

Merge pull request #6795 from bangerth/tolerance

Allow refine_fraction+coarsen_fraction to be slightly larger than 1.0.

Remove redundant namespace identifier

Merge pull request #6725 from jthano/trilinos_v_reinit_linear

TrilinosWrappers::MPI::Vector::reinit check parallel_partitioner is_ascending_and_one_to_one

Add a changelog entry.

Add tests.

Allow refine_fraction+coarsen_fraction to be slightly larger than 1.0.

This allows using 0.6 and 0.4, for example, when refining and coarsening meshes.

Modified reinit function to check if parallel_partitioner is_ascending_and_one_to_one and then pass this result to make_trilinos_map. The reason for this check is that if the check returns true, then make_trilinos_map may be able to create a linear epetra map.

added draft test

Added test. Test passes

Modified reinit function to check if parallel_partitioner is_ascending_and_one_to_one and then pass this result to make_trilinos_map. The reason for this check is that if the check returns true, then make_trilinos_map may be able to create a linear epetra map. Also added test and test output.

Fixed issues related to test and added change log

Renamed test files so that mpi test will happen. Also made minor edits to test file

Merge pull request #6789 from masterleinad/no_cuda_deprecated

Don't use __attribute__((deprecated)) with CUDA

Don't use __attribute__((deprecated)) with CUDA

Merge pull request #6786 from masterleinad/avoid_constraint_matrix_headers_h

Avoid constraint matrix headers h

Merge pull request #6787 from masterleinad/reintroduce_function_map_h

Reinsert dofs/function_map.h includes

Merge pull request #6771 from tamiko/affine_constraints_tests

AffineConstraints Cleanup #1: Switch all tests to AffineConstraints<double>

Merge pull request #6769 from masterleinad/fix_intel_compiling

Fix compiling with older Intel compilers

Avoid including constraint_matrix.h in examples

Avoid constraint_matrix.h in include/deal.II

Reinsert dofs/function_map.h includes

Merge pull request #6698 from masterleinad/clang_format_git_hook

Add clang-format git pre-commit hook

Merge pull request #6783 from bangerth/remove-unused-variables

Remove unused variables.

Move preprocessor check and add comments

Merge pull request #6776 from tamiko/remove_verbose_handler

Exceptions: Do not set verbose terminate handler

Merge pull request #6772 from tamiko/affine_constraints_deprecation

AffineConstraints Cleanup #2: Add file deprecation and add a note

Merge pull request #6768 from masterleinad/modernize-deprectated-headers

Use clang-tidy's modernize-deprecated-headers

Remove $ signs to indicate a prompt

reword comment

update documentation

Rephrase comment and update copyright year

Add clang-format git hook

indent_common.sh: Add a REPORT_ONLY mode

If REPORT_ONLY is set to true, indent and indent-branch only report
errors without actually modifying any files.

Remove unused variables.

Merge pull request #6775 from tamiko/update-step-1

examples/step-1: Update indenting

Merge pull request #6773 from tamiko/affine_constraints_documentation

AffineConstraints Cleanup #3: Update glossary entries

Exceptions: Do not set verbose terminate handler

All of this is entirely redundant nowadays. libstdc++ defaults to
setting the verbose terminate handler since (almost) forever. So all we
end up doing is setting something that is already the default.

Remove it.

Rationale:

 - libstdc++ (gcc) switched to __gnu_cxx::__verbose_terminate_handler a
   long time ago [1].

 - libc++ (clang) has its own verbose terminate handler. And above code
   snippet never worked there [2]:

Example:

```

struct my_exception : public std::runtime_error {
  my_exception() : std::runtime_error("Nope, not with me") {}
};

int main() { throw my_exception(); }
```

libstdc++:
terminate called after throwing an instance of 'my_exception'
  what():  Nope, not with me
zsh: abort (core dumped)  ./a.out

libc++:
terminating with uncaught exception of type my_exception: Nope, not with me

[1] https://gcc.gnu.org/onlinedocs/libstdc++/manual/termination.html

[2] The DEAL_II_HAVE_VERBOSE_TERMINATE check fails for libc++ because
    (of course) no __gnu_cxx:: namespace is available...

step-1: Reflow two paragraphs

doc/glossary: Update glossary on constraints

doc/glossary: Update trivial references to AffineConstraints

AffineConstraints: Improve wording and add a note

add a deprecation notice

Fix accidental renaming

tests: Adjust test output

tests: rename ConstraintMatrix to AffineConstraints

tests: Fix includes

Merge pull request #6777 from masterleinad/fix_includes_boundary

Add missing include files in boundary_*.h

Add missing include files in boundary_*.h

Merge pull request #6767 from masterleinad/fix_gmres_eigenvalue

 Avoid crash for no iteration in GMRES eigenvalue approximation

Merge pull request #6673 from drwells/add-indent-branch-target

Add script that reindents recently changed files.

Merge pull request #6770 from masterleinad/ressurect_tria_boundary_headers

Resurrect grid/tria_boundary_*.h

Merge pull request #6766 from davydden/affine_constraints_instantiations

add a few missing instantiation after the switch to AffineConstraints

Resurrect grid/tria_boundary_*.h

Use clang-tidy's modernize-deprecated-headers

Fix compiling with older Intel compilers

Merge pull request #6764 from masterleinad/fix_unused_variables_debug

Fix unused variables in Debug mode

Avoid crash for no iteration in GMRES eigenvalue approximation

clarify wording

add a few missing instantiation after the switch to AffineConstraints

Merge pull request #6751 from koecher/trilinos-sparse-matrix-dof-renumbering

bugfix for TrilinosWrapper::SparseMatrix ::add and ::copy_from

Merge pull request #6727 from marcfehling/boost-minimum

Require a more recent version of boost (at least 1.64).

Fix unused variables in Debug mode

Merge pull request #6759 from masterleinad/avoid_unnamed_namespaces

Avoid unnamed namespaces

Avoid \0 delimeter

We actually do not need any \0 delimeter because '\n' is an invalid
character in file names. So, simply switch to '\n' delimeted output.
This helps with Mac OS X compatibility because there grep might not have
the -z (--null-data) option and can thus not correctly match null
terminated input...

Add script that reindents recently changed files.

My laptop needs about 30s to run clang-format since the script currently
reindents all files regardless of whether or not they have been
modified. This PR adds a new target indent-branch that only reindents
files that have been modified (or added) since the last commit to
master. This takes less than a second to run (with a few files changed)
on my laptop.

Avoid unnamed namespaces in *.h

Avoid unnamed namespaces in *.templates.h

Cleanup of FindBOOST.cmake

Merge pull request #6762 from tamiko/improve_indent_script

contrib/utilities/indent: Reorganize script

make Mac OSX's sed happy

run indent script

improve error messages

Do not change line ending in output files

Some of the output files are binary files, we shouldn't touch them.

contrib/utilities/indent: Reorganize script

This commit

 - reorganizes the core indenting logic into a indent_common.sh file

 - cleans up find and indenting logic to make everything more readable

 - prepares for more specialized indent versions (see #6673)

Merge pull request #6757 from piyueh/fix#6756

Fix #6756

Merge pull request #6746 from masterleinad/deprecate_function_map

Deprecate FunctionMap

Merge branch 'master' into fix#6756

Merge pull request #6755 from tamiko/clang_format_struck_again

Headline: clang-format struck again

log the changes to doc/news/changes/minor

run indent script to follow the coding format

fix #6756

Examples: Add updated comment pragma regex to examples directory

This isn't really necessary (no indenting changes) but it doesn't hurt.

Fix broken doxygen formatting