AD Helpers: Introduce base class for AD helper classes

Merge pull request #7118 from jppelteret/ad-drivers_02

Enhancements to AD drivers header

Enhancements to AD drivers header

- Spelling / grammar corrections
- Move special numbers into their own namespace
- Rename some functions
- Reorder some function arguments

Merge pull request #7115 from davydden/fix/fe_enriched_coverty

fix uninitialized variable in FE_Enriched Helper class

Merge pull request #7114 from dkumorAtGitHub/bugfix_issue_#7101

Fixed bug in member function AffineConstraints<number>::add_entries

Fixed compiling error due to misapplication of variable names and types

Former ConstraintLine pointer (line_ptr) is now a ConstraintLine reference (line)

replace num_colors by n_colors

Added carriage return at the end of changelog file

fix uninitialized variable in FE_Enriched Helper class

Corrected spelling error in changelog file

Corrected push_back-command argument and added a changelog file

Fixed bug in member function AffineConstraints<number>::add_entries

Although it is stated in the code comments that already existing entries
are skipped they are added nevertheless and thus lead to duplicates in
the constraint matrix. This bug was fixed by introducing a bool variable
indicating the currently treated column-value-pair to be added or not.

Merge pull request #7108 from drwells/remove-erf-include

Remove some unused boost erf includes.

Merge pull request #7110 from bangerth/ex-10-11

Avoid loop increment operations with side effects.

Merge pull request #7112 from bangerth/avoid-assertion

Simplify two functions.

Merge pull request #7111 from drwells/remove-fe-interpolate-reference

Remove a reference to FiniteElement::interpolate().

Simplify two functions.

These functions threw an exception in 1d, but this is not
the right place to check that condition: the assertion is currently
thrown because some other class does not implement a function. In
particular, this is about TriaAccessor<0,1>::operator++(), but that
already has the correct assertion that, if ever lifted, would
make the place that currently *also* checks the condition work
automatically.

Remove a reference to FiniteElement::interpolate().

This function was removed in 2fe0c3c7a7f.

Avoid loop increment operations with side effects.

Just because it can be done does not mean that it *should* be done.

Merge pull request #7104 from masterleinad/const_correctness_vol

Const-correctness in lac/vector_operations_internal.h

Remove some unused boost erf includes.

Merge pull request #7106 from masterleinad/replace_math_std

Don't use math functions not preceded with std::

Merge pull request #7105 from masterleinad/deltete_wrong_configuration

Delete wrong configuration test for fe_enriched_color_07

Don't use math functions not preceded with std::

Delete wrong configuration test for fe_enriched_color_07

Const-correctness in lac/vector_operations_internal.h

Merge pull request #7067 from Rombur/new_cuda_mpi

CUDA support for LA::d:Vector

Merge pull request #7075 from masterleinad/fix_remaining_iterative_solvers_cuda

Fix using the remaining iterative solvers with CUDAWrappers::Vector

Changelog entry

SolverFGMRES, SolverBiCGStab, SolverRichardson, SolverRelaxation

SolverQMRS

SolverMinRes

SolverFIRE

Implement CUDAWrappers::Vector::norm_sqr

Add changelog entry

Add tests

Add support for CUDA memory space in LA::distributed::Vector

Add support for CUDA memory space to LinearAlgebra::distributed::Vector by
adding a new template parameter with a default value of Host.

Merge pull request #7089 from drwells/add-Table-iterators

Add table iterators

Add matrix iterators to Table (and FullMatrix).

This generalizes the work done in b4b71dc9f60 by adding more template parameters
to the iterator and accessor classes for TransposeTable: the new version is now
used in Table (and thus FullMatrix).

The old FullMatrix::const_iterator has been completely removed (since the new
version provides both const and non-const iterators).

Merge pull request #7097 from bangerth/conditional

Use std::conditional instead of a switch class.

Use std::conditional instead of a switch class.

Merge pull request #7094 from masterleinad/cudawrappers_sparse_matrix_unique

Use unique_ptr in CUDAWrappers::SparseMatrix

Merge pull request #7096 from davydden/feature/asserts_mpi_partitioner

add asserts and comments in MPI::Partitioner

simplify the zero fix

add a note why we have zeros in first_index

add asserts and comments in MPI::Partitioner

Merge pull request #7081 from drwells/affineconstraints-modernization

AffineConstraints modernization

Merge pull request #7090 from AlexanderBlank/add_parameter_handler_get_with_path

ParameterHandler get from subsection

Merge pull request #7087 from bangerth/doc-update

Add some discussion about extractors.

Add some discussion about extractors.

Rename functions allocating and deleting

Merge pull request #7042 from masterleinad/serial_periodic_refinement

Consider periodic neighbors during grid refinement in serial

Use unique_ptr in CUDAWrappers::SparseMatrix

Merge pull request #7082 from masterleinad/improve_cudawrappers_smartmatrix

Some improvements for CUDAWrappers::SparseMatrix

Simplify some logic in Triangulation::prepare_coarsening_and_refinement

Added overloads for ParameterHandler getters to accept a subsection path so that data from a subsection below the current one can be retrieved while keeping the ParameterHandler const. Also added tests and documentation of this feature., minor text changes.

Merge pull request #7072 from masterleinad/fix_cuda_wrappers_copy_assignment

Fix CUDAWrappers::Vector copy assignment

Use line_n for line number in AffineConstraints.

'line' is presently used for both ConstraintLine objects and the index
of ConstraintLine objects: this commit makes things clearer by always
refering to the index as 'line_n'.

Convert an internal function into a lambda.

Merge pull request #6863 from drwells/add-cylinder-grid

Add a grid for the flow past a cylinder benchmark.

Merge pull request #7086 from masterleinad/replace_fixed_int_power

Replace Utilities::fixed_int_power by Utilities::pow

Add tests

Update a comment about which FEValues extractors are available.

Changelog entry

Add a move assignment operator for CUDAWrappers::SparseMatrix

Implement CUDAWrappers::SparseMatrix::print*

Merge pull request #7083 from masterleinad/cuda_assert_nothrow

AssertNothrowCUDA and AssertNothrowCusparse

Replace Utilities::fixed_int_power by Utilities::pow

Merge pull request #7085 from kronbichler/avoid_deprecated_pow

Avoid deprecated fixed_int_power

Avoid deprecated fixed_int_power

Merge pull request #7078 from drwells/fix-sign-warnings

Fix some sign comparison warnings.

Merge pull request #7032 from kronbichler/matrix_free_interleaved_dof_storage

Add interleaved dof storage for DG to MatrixFree

Remove extra table.h inclusions.

Changelog entry

Use AssertNothrowCuda

Add Nothrow variants to CUDA and CUSPARSE assert

Change CUDAWrappers::size_type to int

Merge pull request #7079 from drwells/duplicated-branch-warnings

Fix some duplicated branch warnings.

Merge pull request #7080 from drwells/mapping-manifold-initlog

Ensure initlog() is used in tests/manifold and tests/mappings.

Convert some loops in AffineConstraints to range-for loops.

Use references instead of pointers.

There is no null pointer check later on, so its a bit cleaner to just check
indices and then get a reference.

Ensure initlog() is used in tests/manifold and tests/mappings.

Fix some duplicated branch warnings.

Fix some sign comparison warnings.

Use Utilities::CUDA functions and use variable names consistently

Add documentation.

Merge pull request #7063 from masterleinad/avoid_exception_slicing

Avoid slicing when throwing in Assert

Merge pull request #7076 from bangerth/glossary

Reference the 'coarse mesh' glossary entry.

Merge pull request #7073 from bangerth/trilinos

Fix links to the trilinos website.

Reference the 'coarse mesh' glossary entry.

Fix links to pages that no longer exist.

Also use valid HTML.

Consistently use const std::shared_ptr & for the import functions

Move global deal_II_exceptions variables into the internals namespace

Merge pull request #7070 from bangerth/muparser

Document a problem with the FunctionParser class.

Merge pull request #7062 from bangerth/glossary

Add a glossary entry for the term 'coarse mesh'.

Fix links to the trilinos website.

Add a glossary entry for the term 'coarse mesh'.

Merge pull request #7068 from masterleinad/introduce_compiler_cuda_aware

Fix CUDAWrappers group documentation

Merge pull request #7061 from marcfehling/vardata-soltrans

Enable 'hp::DofHandler' for 'p::d::SolutionTransfer'.

Make some cudaError_t variables const