Fix cuda-9+ && cmake-3.12+

Merge pull request #7371 from drwells/update-step-27

Update step 27

Merge pull request #7364 from tjhei/mpi_type_fixes

use correct MPI types

Merge pull request #7361 from StefanoDominici89/TensorProductManifold-bugfix

Tensor product manifold bugfix

step-27: Lower the linear solver tolerance.

This makes the pictures symmetric.

step-27: Update pictures and discussion.

step-27: Improve some algorithm discussion.

This change modernizes the discussion (we use distribute_local_to_global
in step-6 now) and clarifies that we should use a DynamicSparsityPattern.

step-27: Improve typography in the documentation.

1. Fix some minor typographical problems and typos (missing comma,
   missing HTML, etc.)
2. Consistently use spaces instead of tabs and spaces.
3. Format code samples in the same way clang-format does it (i.e., no
   space before function calls)
4. Combine numerators of some fractions to prevent them from running off
   the side of the screen.

Fix an issue with CSS on Firefox.

Newer versions of Firefox do not use grid-column-gap or grid-row-gap,
when either value is a percentage instead of a fixed length, when
computing the size of the element. This is not unreasonable; the size of
the container depends on the spacing, which in turn depends on the
spacing, so defining lengths is difficult.

Get around this by just specifying absolute sizes for margins. Since
most of our pictures are 500x500 px this is still about 5% anyway.

Data members of TensorProductManifold converted to std::unique_ptr<...>

Mimor modifications to:
 - Remove unnecessary parts.

Merge pull request #7366 from masterleinad/use_another_mpi_const_cast

Use DEAL_II_MPI_CONST_CAST in another place

Use DEAL_II_MPI_CONST_CAST in another place

Merge pull request #7362 from davydden/bugfix/skip_indefined_include

fix usage of skip_undefined when reading another file via input statement

use correct MPI types

use correct file name

fix usage of skip_undefined when reading another file via input command

Modified TensorProductManifold class

The data members are copies of the constructor parameters and are stored
in shared_ptr objects. The constructor converts the unique_ptr objects from clone() method called on the constructor arguments into shared_ptr().

Added virtual destructor to classes derived from ChartManifold

PolarManifold, TensorProductManifol, and TorusManifold
were lacking a virtual destructor.

New tensor_product_manifold_03 test

This test exposes the bug and currently fails.

It attempts the assignment of a TensorProductManifold object, to a
Triangulation object, in an inner visibility scope. Once the execution
flows leaves the inner scope, the local manifold objects are destroyed
triggering a subscriptor error.

Merge pull request #7359 from masterleinad/spherical_manifold_tests

Add test for SphericalManifold

Add test for SphericalManifold

Merge pull request #7358 from marcfehling/refactor-feseries

Refactored FESeries to allow spacedim template for FECollection.

Refactored FESeries to allow spacedim template for FECollection.

Merge pull request #7353 from masterleinad/avoid_cuda_aware_in_objects

Avoid DEAL_II_COMPILER_CUDA_AWARE inside objects

Merge pull request #7354 from bangerth/update-comments

Update comments of two functions.

Update comments of two functions.

These functions were not individually documented. Fix this and make
clear what they do.

Merge pull request #7356 from masterleinad/avoid_exception_slicing

Changelong entry for #7063

Changelong entry for #7063

Merge pull request #7351 from bangerth/doc-update-2

Document the various *_accessor typedefs at their source.

Document the various *_accessor typedefs at their source.

Avoid DEAL_II_COMPILER_CUDA_AWARE inside objects

Merge pull request #7350 from bangerth/doc-update

Improve wording of a doc string.

Improve wording of a doc string.

Merge pull request #7330 from BenBrands/ScaLAPACK_doc

ScaLAPACKMatrix: improve documentation

Merge pull request #7327 from JonMatthewsFCAS/proj_div_conform_distributed_fix

Added cell->is_locally_owned() in project_boundary_values_div_conforming

Merge pull request #7346 from masterleinad/fix_sacado_tests

Fix failing Sacado tests

Fix failing Sacado tests

Add ad_helpers.h to unifying header

Merge pull request #7347 from masterleinad/replce_constraintmatrix_in_tests

Replace ConstraintMatrix by AffineConstraints in tests

Merge pull request #7349 from masterleinad/restrict_non_matching_coupling_07

Restrict non_matching/coupling_07

Merge pull request #7348 from masterleinad/avoid_warninigs_ad_drivers

Avoid warnings in ad_drivers.h

Restrict non_matching/coupling_07

Avoid warnings in ad_drivers.h

Replace ConstraintMatrix by AffineConstraints in tests

Merge pull request #7230 from masterleinad/omit_complex_instantiations

Allow omitting std::complex instantiations

Add a changelog entry

Added test for project_boundary_values_div_conforming usage on a distributed triangulation.

added cell->is_locally_owned() in project_boundary_values_div_conforming()

Merge pull request #7338 from jppelteret/ad-helpers-tests_01

Add tests for cell-level ADHelper classes

Merge pull request #7342 from jppelteret/ad-helpers-fixup_01

Americanize the ADHelperResidualLinearization class name

Merge pull request #7343 from bangerth/doc-update-1

Use the infinitive form of verbs in the first sentence of doc strings.

Use the infinitive form of verbs in the first sentence of doc strings.

Add tests for ADHelperResidualLinearization

Add tests for ADHelperEnergyFunctional

Merge pull request #7339 from jppelteret/ad-registered_tape_query

Refactor check for registered tapes

Americanize the ADHelperResidualLinearization class name

Merge pull request #7340 from jppelteret/ad-helpers-tests_02

Add tests to check compilation of functions / classes with AD numbers

Merge pull request #6978 from jppelteret/ad-helpers_04

AD Helpers: Add helper for residual linearisation (cell-level)

Add tests to check compilation with AD numbers: Physics NS (part 3)

Physics::Transformations

Add tests to check compilation with AD numbers: Physics NS (part 2)

Physics::Elasticity::StandardTensors class

Add tests to check compilation with AD numbers: Physics NS (part 1)

Physics::Elasticity::Kinematics

Add tests to check compilation with AD numbers: SymmetricTensor class

Add tests to check compilation with AD numbers: Tensor class

Refactor check for registered tapes

Improve documentation for ADHelperEnergyFunctional

Improve documentation for ADHelperCellLevelBase

Improve an in-code comment

AD Helpers: Add helper for residual linearisation (cell-level)

Merge pull request #7336 from masterleinad/fix_step-16

Fix step-16

ScaLAPACKMatrix: improve documentation

Fix step-16

Merge pull request #7329 from BenBrands/ScaLAPACK_use_string

use std::string instead of char *

Merge pull request #7283 from jppelteret/refactor_ad_drivers_helper_base_01

Refactor AD drivers helper base 01

Move special AD numbers related to taping from namespaces to structs.

Refer to #7117

Change an exception.

This commit corrects the spelling of an exception that refers to ADOL-C
(capitalised).

Rework implementation of taping within ADHelperBase.

This commit abstracts the notion of taping almost completely away from
the ADHelperBase class. The specifics of the taping process are now
fully contained within the driver classes (at the expense of having to
have some non-static interfaces to the driver classes). However, this
should better enable further extension to use other taped AD
implementations in the future.

Merge pull request #7334 from tamiko/update_changes_master

Update the changelog file for the release.

Update the changelog file for the release.

Merge pull request #7332 from tamiko/fix_changes

add a missing changes entry

add a missing changes entry

Merge pull request #7325 from bangerth/doc-update

Minor doc update to class parallel::CellWeights.

Minor doc update to class parallel::CellWeights.

use std::string instead of char *

Merge pull request #7301 from BenBrands/new_constructor_ScaLAPACK

add constructor for ScaLAPACKMatrix

Merge pull request #7320 from dsambit/fixAltivecCompilation

Fixes compilation issues when using altivec vectorization.

Merge pull request #7277 from bangerth/hp-test

Add a test for the parallel hp implementation.

Merge pull request #7284 from marcfehling/merge-domination

Introduced FECollection::find_most_face_dominating_fe_in_subset().

Merge pull request #7310 from davydden/feature/tmmult_pattern

add DynamicSparsityPattern::compute_Tmmult_pattern() by moving existi…

Merge pull request #7295 from luca-heltai/boost-rtree-wrapper

Boost rtree wrapper

add DynamicSparsityPattern::compute_Tmmult_pattern() by moving existing code

Merge pull request #7305 from marcfehling/cell-weights-shared

Make 'CellWeights' available for any 'p::Triangulation'.

Merge pull request #7322 from tamiko/fix_a_test_5

Tests: Fix race condition between mpi and non-mpi variants

Fixes compilation issue when using altivec vectorization.

Merge pull request #7311 from masterleinad/restrict_functionparser

Restrict examples that require a working FunctionParser class

Tests: hp/solution_transfer_14: add mpirun=1 to test variant

Tests: hp/solution_transfer_15: add mpirun=1 to test variant

Tests: mpi/solution_transfer_02 add mpirun=1 to test variant

Merge pull request #7316 from tamiko/fix_a_test_2

Tests: base/reference.cc - avoid "use after scope"

Merge pull request #7317 from tamiko/fix_a_test_3

Tests: fe/fe_enriched_color_07 - use a better preconditioner

Make 'CellWeights' available for any 'p::Triangulation'.