Use one statement per line in python files

Merge pull request #7523 from masterleinad/fix_python

Don't use semicolons at end of lines in python files

Merge pull request #7520 from masterleinad/fix_msvc

Fix various MSVC issues

Don't use semicolons at end of lines in python files

Merge pull request #7442 from StefanoDominici89/EllipticalManifold-newfeature

New EllipticalManifold in manifold_lib

Fix boost for MSVC as in https://github.com/boostorg/graph/pull/84

Avoid linker errors in step-16 for MSVC

Avoid MSVC ICE

Avoid MSVC warnings

Modified implementation in favor of a constant eccentricity manifold
Unit tests, comments, and pictures were modified accordingly.

Minor modifications

 - Adjusted style.
 - Used `std_cxx14` instead of `std` for `make_unique()`.
 - Added guard in `pull_back()` to prevent NaNs in `std::acos()`. This
 may happen due to numerical errors: when the argument of acos() falls
 outside the range [-1,1].

Included a special case for pull_back()

If the first coordinate is exactly 0, the center of the manifold is
returned.

Changelog entry added as minor/20181130StefanoDominici.
Minor modifications:
 * Formatted code to add three spaces after each function.
 * Extended the documentation in test elliptical_manifold_01.cc.
 * Added @copydoc to function declarations that were not showing up in
 the class documentation.
 * Fixed grammar.

Added EllipticalManifold to manifold_lib and tests

A new type of manifold was added to the manifold library.
An EllipticalManifold object, valid for <dim=2,spacedim=2>.

Two unit tests were added: elliptical_manifold_01.cc and
elliptical_manifold_02.cc.

Improved documentation and fixed minor bugs.

The pull_back() function has documented code in its body.
Moreover, the content of the function was modified to improve clarity
and fix minor bugs.

Improved documentation and restructured test 01

Test in elliptical_manifold_01.cc generates an hyper_shell triangulation
that is included in the class documentation in .png format.

Adjusted style and improved comments in tests

Used explicit template instantiation in manifold_lib.cc for pull_back()
and push_forward() functions.

Removed string constructors from class constructor

Added comment to get_periodicity() function.

Merge pull request #7517 from masterleinad/no_bundled_float_conversion

Don't use float-conversion in bundled `UMFPACK`

Merge pull request #7518 from masterleinad/fix_scalapack

Fix failing SCALAPCK tests

Change structure of two Asserts

Fix failing SCALAPCK tests

Don't use float-conversion in bundled packages

Merge pull request #7489 from masterleinad/hp_cell_weights_alternative

Provide alternative output for mpi/hp_cell_weights_03

Merge pull request #7491 from masterleinad/avoid_c_style_cast_8

Avoid C-style cast in lac (excluding Trilinos)

Merge pull request #7510 from masterleinad/fix_conversion_warnings

Fix warnings due to conversion from floats to integers in tests

Merge pull request #7502 from davydden/feature/lapack_transpose

add LAPACKFullMatrix::transpose()

Merge pull request #7492 from drwells/macro-cleanup

Add a header that undefines macros.

Merge pull request #7514 from masterleinad/fix_icc_19_tests

Fix a few tests failing for ICC-19

Fix a few tests failing for ICC-19

Add a header that undefines macros.

Some other projects, notably gtest, also define a macro named
Assert. This new header allows for one to use gtest with deal.II by
undefining all deal.II macros.

Restrict Wfloat-conversion to clang

Merge pull request #7511 from masterleinad/fix_default_parameter_facap

Replace default function parameter in find_active_cell_around_point

Replace casts in parpack_solver.h

Avoid C-style cast in lac (excluding Trilinos)

Replace default function parameter in find_active_cell_around_point

Fix warnings due to conversion from floats to integers in tests

move new blas extension template functions into a separate header

Merge pull request #7506 from masterleinad/libc++_dof_renumbering

Provide alternative output files for dof_renumbering_0(4|5) and libc++

Merge pull request #7499 from masterleinad/fix_wfloat_conversion

Fix all Wfloat-conversion warnings

Merge pull request #7505 from luca-heltai/rtree-to-find-active-cell-around-point

find_active_cell_around_point now takes also an rtree of vertices.

Find active cell around point now takes also an rtree of vertices.

Merge pull request #7504 from masterleinad/fix_warnings_bundled_boost

Fix a few warnings from the bundled boost package

Merge pull request #7503 from marcfehling/fe-series-calculate

FESeries::calculate accepts different VectorType for local dof values.

make LAPACKFullMatrix::transpose() do conjugate transpose for complex data types

Add LAPACKFullMatrix::transpose() to perform out-of-place transposition.

Add DEAL_II_LAPACK_WITH_MKL macro which will be set if Intel MKL is being used

Provide alternative output files for dof_renumbering_0(4|5) adn libc++

FESeries::calculate accepts different VectorType for local dof values. Minor cleanups.

Fix a few warnings from the bundled boost package

Merge pull request #7498 from luca-heltai/rtree-to-cache

Rtree to cache

Fixed comments.

Use double for istream again

Fix muparse and change a unsigned type

Fix all Wfloat-conversion warnings

Changelog.

Added BoundingBox tree to Cache.

Added rtree of vertices to Cache.

Merge pull request #7497 from masterleinad/top_level_inclusion

Remove dealii using-directives

Remove top-level dealii using-directive

Merge pull request #7494 from masterleinad/cast_assertdimension

Cast variables in AssertDimension

Merge pull request #7493 from marcfehling/fix-7408

Specify partitioning algorithm in p::s::Tria tests.

Specify partitioning algorithm in p::s::Tria tests.

Remove a redefinition of a SuiteSparse type.

Namespace some macros.

Merge pull request #7488 from masterleinad/fix_sundials

Fix compiling with older SUNDIALS

Cast variables in AssertDimension

Merge pull request #7490 from marcfehling/cell-iterator

Use const refs on cell_iterators instead of copies in hp::DoFHandler.

Use const refs on cell_iterators instead of copying them in hp::DoFHandler.

Provide alternative output for mpi/hp_cell_weights_03

Fix compiling with older SUNDIALS

Merge pull request #7408 from marcfehling/hp-feidx-parent

Set the active_fe_index of coarsened cells based on their children.

Merge pull request #7486 from masterleinad/avoid_c_style_cast_7

Avoid C-style cast in fe

Merge pull request #7485 from masterleinad/avoid_c_style_cast_6

Avoid C-style cast in grid

Merge pull request #7482 from masterleinad/avoid_c_style_cast_5

Avoid C-style cast in sundials

Use previous style for checking reference type dynamic_casts

Applied suggestions. To be squashed.

Avoid C-style cast in fe

Readd some static_casts

Merge pull request #7483 from kronbichler/fix_matrixfree_faces_assert

 Fix bug with ghost face detection in MatrixFree

Don't use static_cast<int> in grid_out.cc

Merge pull request #7484 from tjhei/cmake_adolc_werror

cmake: ADOLC and -Werror

Simplify cast to signed boundary_id

Avoid C-style cast in grid

cmake: ADOLC and -Werror

when using -Werror the compile check for adolc fails (the adolc header
produces a couple harmless warnings). Fix this by not giving all deal.II
CXX_FLAGS to the test but only the c++ version info.

Add changelog.

Add test.

Fix bug with ghost face detection in MatrixFree.

Avoid C-style cast in sundials

Merge pull request #7479 from masterleinad/avoid_c_style_cast_4

Avoid C-style cast in dofs

Merge pull request #7480 from masterleinad/clang-tidy-complains

Fix a few clang-tidy complains

Fix a few clang-tidy complains

Avoid C-style cast in dofs

Merge pull request #7475 from masterleinad/avoid_c_style_cast_3

Avoid C-style cast in distributed

Merge pull request #7478 from tjhei/dox_tablehandler

docs: TableHandler fixes

docs: TableHandler fixes

Merge pull request #7471 from masterleinad/non_matching_coupling56

Make non_matching/coupling_0[56] more robust

Merge pull request #7468 from tjhei/gmg_reorder_simplify

simplify logic for multigrid renumbering

Merge pull request #7465 from luca-heltai/nfaces-1d

Fixed counting of faces for 1d.

Merge pull request #7441 from drwells/add-coarse-mesh-description

Add GridTools::get_coarse_mesh_description.

Merge pull request #7477 from masterleinad/make_alloc_and_copy_safer

Make alloc_and_copy safer

Merge pull request #7476 from masterleinad/use_shared_ptr_partitioner_cuda_matrix_free

Use shared_ptr for Partitioner in CUDAWrappers::MatrixFree

Make alloc_and_copy safer

Use shared_ptr for Partitioner in CUDAWrappers::MatrixFree

Merge pull request #7463 from Rombur/cuda_matrix_free

Distributed CUDA matrix-free

Use unsigned types for loop again