Added tests and support for non-mpi to GridTools::build_global_tree

Merge pull request #7303 from masterleinad/cuda_aware_mpi

Allow using CUDA-aware MPI

Merge pull request #7001 from GivAlz/GlobalTree

Adding global tree of bounding boxes

Adding global tree of bounding boxes

Merge pull request #7562 from masterleinad/fix_nvcc_warnings

Fix nvcc warnings

Fix nvcc warnings

Changelog entry

Make gather kernel more general

This make the index type a template parameter so that gather
can be used export_to_ghosted_array_start when using 64 bit indices.

Optimization of export_to_ghosted_array_start()

When use CUDA-aware MPI, the sets of local indices that are ghost on other
processors are expanded in arrays. This allows for a sharp reduction in the
number of kernel launches in export_to_ghosted_array_start().

Add gather cuda kernel

Let ArrayView have a MemorySpace template parameter

Update Partitioner::(import|export)_to_ghosted_array_(start|finish)

Use CUDA-aware MPI in Vector::compress*

Change position of template argument in CUDAWrappers::kernel

Let Partitioner have a MemorySpace template parameter

Use MemorySpace for import_data

 Introduce a configuration variable DEAL_II_WITH_CUDA_AWARE_MPI

Merge pull request #7558 from masterleinad/restrict_test

Restrict vector_tools/interpolate_with_material_id_02

Merge pull request #7555 from masterleinad/fix_distributed_compute_point_locations_02

Fix distributed_compute_point_locations_02

Merge pull request #7561 from bangerth/cleanup

Clean up some functions in FEFieldFunction.

Merge pull request #7560 from drwells/trilinos-c-casts

Clean up Trilinos casts.

Clean up some functions in FEFieldFunction.

Merge pull request #7559 from davydden/feature/apply_givens_rotation

add functions to apply Givens rotation

add functions to apply Givens rotation

Clean up some casts in the Trilinos wrappers.

Many of the const_casts and integral downcasts are not necessary.

Remove some unnecessary downcasts to int.

This value is always used as an array index so we can keep it as std::ptrdiff_t
instead of downcasting to int.

Note that the line

    if (diag_find && std::fabs(...) == 0.0 ...)

checked the wrong thing: diag_find would have, if we did not find the value, be
set to col_indices + num_entries, not NULL.

Merge pull request #7550 from davydden/feature/bfgs

add BFGS minimizer

Restrict vector_tools/interpolate_with_material_id_02

Merge pull request #7557 from masterleinad/test_enumerator_deprecate

Also test enumerators in deprecation compiler checks

Also test enumerators in deprecation compiler checks

add BFGS minimizer

Merge pull request #7554 from drwells/add-missing-deprecated

Add a few missing DEAL_II_DEPRECATED attributes.

Merge pull request #7527 from bangerth/fix-interpolate

Ensure that DoFs not touched by VectorTools::interpolate don't get set.

Add a few missing DEAL_II_DEPRECATED attributes.

Merge pull request #7556 from drwells/doxygen-fixes

Fix some minor doxygen issues.

Fix some minor doxygen issues.

This commit adds missing text and improves some HTML.

Fix grid/distributed_compute_point_locations_02

Improve documentation of GridTools::find_closest_vertex

Add test.

Add one test.

Ensure that DoFs not touched by VectorTools::interpolate don't get set.

Merge pull request #7553 from masterleinad/fix_typo

Fix a typo in matrix_free/fe_evaluation.h

Fix a typo

Merge pull request #7552 from bangerth/cmake

Clear the previously determined TBB version if we need to revert to the bundled one.

Clear the previously determined TBB version if we need to revert to the bundled one.

Merge pull request #7544 from masterleinad/replace_trilinos_vector_partitioner

Replace TrilinosWrappers::MPI:Vector::vector_partitioner

Merge pull request #7539 from jodlbauer/master

Reinit blockvector only if required in matrix-free copy_to_mg

Extend changelog entry

Changelog entry

Replace vector_partitioner with thrilinos_partitioner

Merge pull request #7538 from masterleinad/trilinos_clang_tidy

Fix more Trilinos-related clang-tidy complains

Merge pull request #7549 from marcfehling/intel19-blockvector

Added empty destructor to la::p::BlockVector.

Added default destructor to la::p::BlockVector.

Merge pull request #7547 from masterleinad/fix_intel_warning

Provide a dummy return value to satisfy ICC

Provide a dummy return value to satisfy ICC

Merge pull request #7545 from marcfehling/intel19

Enhanced compatibility with Intel 19.

Enhanced compatibility with Intel 19.

Merge pull request #7541 from drwells/fix-cuda-64bit-arrayview

Fix 64bit compilation with CUDA.

Fix 64bit compilation with CUDA.

The ReinitHelper::constraint_mask_host array should always contain
unsigned integers since it is only used to provide arguments for
HangingNodes::setup_constraints, which expects an unsigned integer.

changelog

set to zero if not reinited

block-transfer: only reinit blockvector if required

Fix more Trilinos-related clang-tidy complains

Merge pull request #7535 from drwells/step-28-reference

Pass by const reference instead of const value.

Pass by const reference instead of const value.

Caught by coverity.

Merge pull request #7533 from masterleinad/workarounf_empty_cmake

Work around empty CMAKE_*_LIBRARY-*FIX

Work around empty CMAKE_*_LIBRARY-*FIX

Merge pull request #7525 from masterleinad/fix_python_one_statement

Use one statement per line in python files

Merge pull request #7519 from Rombur/cuda_coef

Varying coefficient with CUDA matrix-free

Improve documentation of functors and replace functor by Functor

Add changelog entry

Add tests using varying coefficients

Adapt current tests to be able to switch between constant and varying coefficients

Add helper functions to use varying coefficient and matrix-free

Merge pull request #7521 from GivAlz/Step60Change

Changed paragraph order in step-60

Merge pull request #7161 from tjhei/add_jenkins

[WIP] Add jenkins

Merge pull request #7526 from bangerth/doc-update

Update documentation for a function in VectorTools.

Merge pull request #7529 from masterleinad/finalize_avoid_c_style_cast

Replace remaining C-style casts

Merge pull request #7528 from masterleinad/fix_warnings_tests

Avoid some warnings in tests

add Jenkinsfile

Update clang-tidy checks

Avoid C-style casts in some tests

Avoid C-style casts in examples

Avoid some warnings in tests

Avoid C-style casts in cpu/compiler_feature checks

Merge pull request #7496 from masterleinad/avoid_c_style_cast_9

 Avoid C-style cast in Trilinos-related files

Update documentation for a function in VectorTools.

Use one statement per line in python files

Merge pull request #7523 from masterleinad/fix_python

Don't use semicolons at end of lines in python files

Merge pull request #7520 from masterleinad/fix_msvc

Fix various MSVC issues

Changed paragraph order in step-60

Don't use semicolons at end of lines in python files

Merge pull request #7442 from StefanoDominici89/EllipticalManifold-newfeature

New EllipticalManifold in manifold_lib

Fix boost for MSVC as in https://github.com/boostorg/graph/pull/84

Avoid linker errors in step-16 for MSVC

Avoid MSVC ICE

Avoid MSVC warnings

Modified implementation in favor of a constant eccentricity manifold
Unit tests, comments, and pictures were modified accordingly.

Minor modifications

 - Adjusted style.
 - Used `std_cxx14` instead of `std` for `make_unique()`.
 - Added guard in `pull_back()` to prevent NaNs in `std::acos()`. This
 may happen due to numerical errors: when the argument of acos() falls
 outside the range [-1,1].

Included a special case for pull_back()

If the first coordinate is exactly 0, the center of the manifold is
returned.

Changelog entry added as minor/20181130StefanoDominici.
Minor modifications:
 * Formatted code to add three spaces after each function.
 * Extended the documentation in test elliptical_manifold_01.cc.
 * Added @copydoc to function declarations that were not showing up in
 the class documentation.
 * Fixed grammar.

Added EllipticalManifold to manifold_lib and tests

A new type of manifold was added to the manifold library.
An EllipticalManifold object, valid for <dim=2,spacedim=2>.

Two unit tests were added: elliptical_manifold_01.cc and
elliptical_manifold_02.cc.

Improved documentation and fixed minor bugs.

The pull_back() function has documented code in its body.
Moreover, the content of the function was modified to improve clarity
and fix minor bugs.

Improved documentation and restructured test 01

Test in elliptical_manifold_01.cc generates an hyper_shell triangulation
that is included in the class documentation in .png format.

Adjusted style and improved comments in tests

Used explicit template instantiation in manifold_lib.cc for pull_back()
and push_forward() functions.

Removed string constructors from class constructor

Added comment to get_periodicity() function.