Automatic transfer of active fe indices during refinement and serialization.

Merge pull request #7697 from tjhei/ci_jenkins_marker

[CI]: add Jenkins marking

Merge pull request #7700 from Rombur/complex

Do not use I in header files due to conflict with <complex.h>

Merge pull request #7678 from masterleinad/fix_tests_p4est

Fix p4est test

Merge pull request #7679 from masterleinad/fix_tbb_nvcc_wrapper

Fix building TBB with nvcc_wrapper

Do not use I in header files due to conflict with <complex.h>

The C version of <complex.h> defines the macro I. So when a third-party
library such as lapacke include <complex.h> is included before the
header the variable I is expanded which trips the compiler.

Merge pull request #7699 from davydden/feature/block_indices_global_to_local

use binary search in BlockIndices::global_to_local()

Merge pull request #7680 from masterleinad/document_MPI_minimal

Document the minimal supported MPI version

use binary search in BlockIndices::global_to_local()

Merge pull request #7687 from stefanmeggendorfer/mappingqgenericfix

MappingQGeneric: use of MatrixFree only for higher order elements

Merge pull request #7688 from masterleinad/more_output_matrix_free_dof_info

More output files for  matrix_free/dof_info_01/2

set agent

[CI]: add Jenkins.mark

Add a separate Jenkins pipeline that runs in a few seconds to set the
commit status to pending. This is needed as Jenkins only starts setting
a commit status when the normal jobs start running and not when they are
in the queue. This can lead to a) accidental merges before we test
things and b) repeated /rebuild triggers.

Merge pull request #7683 from drwells/cleanup-vector-thread-partitioner

Cleanup the Vector::thread_loop_partitioner logic.

Merge pull request #7691 from gassmoeller/fix_xdmf_entry_serialization

Fix serialization of XDMFEntry class

Merge pull request #7686 from bangerth/doc-update-99

Update documentation of some VectorTools functions.

Update documentation of some VectorTools functions.

Cleanup the Vector::thread_loop_partitioner logic.

It was previously possible to, in one function call, either set up the
partitioner multiple times or for inappropriately small vectors. This
commit cleans up the way we handle the partitioner in multiple places so
that, when possible, vectors share partitioners and do not set up
partitioners if they are too small.

Fix serialization of XDMFEntry class

Merge pull request #7689 from tamiko/fix_example_step_4

example/step-4: Return the correct return value

example/step-4: Return the correct return value

This commit reverts a stray change that should have probably never made
it into 0e12f6f87a0b84fadd8df629f55da42a8494ce8f

More output files for  matrix_free/dof_info_01/2

Merge pull request #7681 from tamiko/fix_openmp_simd_detection

CMake: Bugfix: Guard DEAL_II_HAVE_OPENMP_SIMD test

MappingQGeneric: use of MatrixFree only for higher order elements

Merge pull request #7677 from drwells/avoid-deprecated-mpi

Avoid calling a deprecated MPI function.

Fix MPI support for older versions

CMake: Bugfix: Guard DEAL_II_HAVE_OPENMP_SIMD test

We also have to guard the DEAL_II_HAVE_OPENMP_SIMD test with
DEAL_II_ALLOW_PLATFORM_INTROSPECTION. If the latter is set to false our
cmake configuration does not attempt to determine any specifics of the
unerlying CPU or architecture (and instead relies on the user specifying
everything by hand). This is necessary for scenarios where deal.II gets
compiled on a different machine than the one it will be run on
eventually.

In reference to #7663.

Merge pull request #7641 from davydden/feature/fe_eval_dofs

add internal::MatrixFreeFunctions::DoFInfo::get_dof_indices()

Remove unused variables

Fix building TBB with nvcc_wrapper

Merge pull request #7674 from bangerth/simplify

Simplify some code.

Document the minimal supported MPI version

Merge pull request #7675 from dangars/unused_variable_warning

Remove unused variable warning

Fix p4est test

Simplify some code.

Avoid calling a deprecated MPI function.

This was deprecated a long time ago (1996) and is not present in the
latest version of openMPI (4.0): see

https://www.open-mpi.org/faq/?category=mpi-removed

Credit goes to Pratik Nayak for finding this issue.

Remove unused variable warning

Merge pull request #7666 from gassmoeller/ensure_particle_property_initialization

Ensure particle property initialization

Ensure particle property initialization

Merge pull request #7672 from masterleinad/fix_msvc

Fix compiling with MSVC

Merge pull request #7667 from gassmoeller/fix_serialization_of_variable_data

Fix serialization of variable data attachements

Fix compiling with MSVC

Merge pull request #7669 from masterleinad/fix_old_clang

 Be explicit about initialization of static const Tensor variables

Merge pull request #7651 from tjhei/clang_tidy_rework

[CI] introduce clang-tidy check

Be explicit about initialization of static const Tensor variables

Fix serialization of variable data attachements

convert for loops

[CI] introduce clang-tidy check

- remove -fix
- allow bundled/ by including two .clang-tidy files
- add jenkins script

Merge pull request #7637 from masterleinad/fix_gmsh_bid

 Parse boundary_ids in GMSH-4 format  correctly

Merge pull request #7661 from gassmoeller/fix_particle_property_serialization_bug

Fix invalid memory access in particle properties after transfer

Merge pull request #7368 from ginkgo-project/ginkgo-wrapper

Ginkgo wrapper for deal.ii

Merge pull request #7654 from GivAlz/GeneralCell

Generalizing GridGenerator::general_cell to tria<dim,spacedim>

Fix invalid memory access in particle properties after transfer

Merge pull request #7509 from jppelteret/ad-drivers_03

 Refactor the AD drivers classes

Merge pull request #7655 from masterleinad/fix_cuda_vectorization

Disable SIMD vectorization in CUDA device code

Add internal::MatrixFreeFunctions::DoFInfo::get_dof_indices_on_cell_batch()

Add changelog entry and fix a typo.

Improve documentation of some functions

Merge pull request #7656 from masterleinad/add_cuda_header

Add missing headers in CUDA header file

Add the ginkgo source and include files.

Add initial tests for ginkgo

Add documentation to readme.html and ginkgo.html files

Detect Ginkgo and compile the ginkgo files: CMake.

Generalizing GridGenerator::general_cell to tria<dim,spacedim>

Merge pull request #7633 from drwells/vector-use-aligned-vector

Use AlignedVector in Vector.

Add missing headers in CUDA header file

Disable SIMD vectorization in CUDA device code

Merge pull request #7652 from drwells/inline-subscriptor-ctors

Mark a few Subscriptor functions as inline.

Update the .gdbinit script.

Use AlignedVector to manage Vector's memory.

Vector already requires that the underlying buffer be aligned and uses
exactly the same function (posix_memalign) as AlignedVector to do it: we
can simplify the implementation of Vector a lot by just using an
AlignedVector to manage the data instead.

Merge pull request #7583 from GivAlz/TriangulationCovering

Add "covering rtree" to GridTools::Cache

Merge pull request #7653 from masterleinad/more_clang_tidy_fixes_2

Fix more clang-tidy findings

Added covering rtree and flag to GridTools::Cache

performance-unnecessary-value-param

modernize-use-nullptr

modernize-use-equals-default

modernize-return-braced-init-list

Merge pull request #7648 from tjhei/jenkins_osx

[CI] test on OSX

Move some declarations around and document tag_maps

Mark a few Subscriptor functions as inline.

These are simple enough that they should live in the header. This will
allow classes inheriting from Subscriptor to potentially inline some
more constructors too.

[CI] test on OSX

- add a separate Jenkinsfile for OSX
- compile deal.II using clang on OSX

Merge pull request #7650 from masterleinad/n_array_elemnts_outside

Declare VectorizedArray::n_array_elements outside the class in the general case

Merge pull request #7647 from drwells/test-use-zoltan

Explicitly use Zoltan in two tests.

Declare VectorizedArray::n_array_elemnts outside the class in the general case

Merge pull request #7643 from masterleinad/fix_trilinoswrappers_precondition_muelu

Fix TrilinosWrappers::PreconditionMueLu

Explicitly use Zoltan in two tests.

This doesn't matter in 05 (since that test only uses one processor) but
the output file states that we use Zoltan, so we should be
consistent.

This is needed in 07 since the default third argument to
partition_triangulation is metis, but the output file states that we use
Zoltan.

Merge pull request #7644 from masterleinad/avoid_builtin_expect

Don't use __builtin_expect in Utilities::pow

Add more comments

Use default destructor and avoid constructor to be defaulted

Rename variables using snake_case style

Don't use __builtin_expect in Utilities::pow

Fix TrilinosWrappers::PreconditionMueLu

Merge pull request #7639 from tamiko/fix_step_1

examples/step-1: Remove explicit reset_manifold

Merge pull request #7222 from davydden/feature/qr

QR classes for solvers

examples/step-1: Remove explicit reset_manifold

We have restructured our internal manifold handling and the explicit
call to reset_manifold is not necessary any more. (Indeed the
description why this reset is necessary is now factually wrong.) Let's
not confuse the unsuspecting user and remove this part.

Thanks to Mateusz Marciniak for pointing this out.

Add GMSH-4 tests

Parse boundary_ids in GMSH-4 format

Merge pull request #7634 from masterleinad/fix_nvcc_wrapper

Use Trilinos functions and types for preconditioners

Merge pull request #7630 from bangerth/doc-update-87

Document semantics of Triangulation::begin/end_*().

Merge pull request #7487 from davydden/bugfix/pbc_constraints

Sort equality constraints for periodic bc, add two tests for make_periodicity_constraints