convert for loops

[CI] introduce clang-tidy check

- remove -fix
- allow bundled/ by including two .clang-tidy files
- add jenkins script

Merge pull request #7656 from masterleinad/add_cuda_header

Add missing headers in CUDA header file

Merge pull request #7633 from drwells/vector-use-aligned-vector

Use AlignedVector in Vector.

Add missing headers in CUDA header file

Merge pull request #7652 from drwells/inline-subscriptor-ctors

Mark a few Subscriptor functions as inline.

Update the .gdbinit script.

Use AlignedVector to manage Vector's memory.

Vector already requires that the underlying buffer be aligned and uses
exactly the same function (posix_memalign) as AlignedVector to do it: we
can simplify the implementation of Vector a lot by just using an
AlignedVector to manage the data instead.

Merge pull request #7583 from GivAlz/TriangulationCovering

Add "covering rtree" to GridTools::Cache

Merge pull request #7653 from masterleinad/more_clang_tidy_fixes_2

Fix more clang-tidy findings

Added covering rtree and flag to GridTools::Cache

performance-unnecessary-value-param

modernize-use-nullptr

modernize-use-equals-default

modernize-return-braced-init-list

Merge pull request #7648 from tjhei/jenkins_osx

[CI] test on OSX

Mark a few Subscriptor functions as inline.

These are simple enough that they should live in the header. This will
allow classes inheriting from Subscriptor to potentially inline some
more constructors too.

[CI] test on OSX

- add a separate Jenkinsfile for OSX
- compile deal.II using clang on OSX

Merge pull request #7650 from masterleinad/n_array_elemnts_outside

Declare VectorizedArray::n_array_elements outside the class in the general case

Merge pull request #7647 from drwells/test-use-zoltan

Explicitly use Zoltan in two tests.

Declare VectorizedArray::n_array_elemnts outside the class in the general case

Merge pull request #7643 from masterleinad/fix_trilinoswrappers_precondition_muelu

Fix TrilinosWrappers::PreconditionMueLu

Explicitly use Zoltan in two tests.

This doesn't matter in 05 (since that test only uses one processor) but
the output file states that we use Zoltan, so we should be
consistent.

This is needed in 07 since the default third argument to
partition_triangulation is metis, but the output file states that we use
Zoltan.

Merge pull request #7644 from masterleinad/avoid_builtin_expect

Don't use __builtin_expect in Utilities::pow

Use default destructor and avoid constructor to be defaulted

Don't use __builtin_expect in Utilities::pow

Fix TrilinosWrappers::PreconditionMueLu

Merge pull request #7639 from tamiko/fix_step_1

examples/step-1: Remove explicit reset_manifold

Merge pull request #7222 from davydden/feature/qr

QR classes for solvers

examples/step-1: Remove explicit reset_manifold

We have restructured our internal manifold handling and the explicit
call to reset_manifold is not necessary any more. (Indeed the
description why this reset is necessary is now factually wrong.) Let's
not confuse the unsuspecting user and remove this part.

Thanks to Mateusz Marciniak for pointing this out.

Merge pull request #7634 from masterleinad/fix_nvcc_wrapper

Use Trilinos functions and types for preconditioners

Merge pull request #7630 from bangerth/doc-update-87

Document semantics of Triangulation::begin/end_*().

Merge pull request #7487 from davydden/bugfix/pbc_constraints

Sort equality constraints for periodic bc, add two tests for make_periodicity_constraints

Merge pull request #7635 from tamiko/fix_typo

Fix a typo

fix a typo

Merge pull request #7632 from bangerth/private

Make the internals of class Vector 'private:'.

Merge pull request #7589 from masterleinad/improve_hdf5

Improve HDF5 files

Use MueLU::CreateEpetraPreconditioner

Use Teuchos::RCP for Trilinos preconditioner type

Remove a duplicate 'private:' marker and move a function declaration.

Merge pull request #7631 from bangerth/duplicate

Remove a duplicate 'public:' specifier.

Merge pull request #7587 from bangerth/doc-update

Update the documentation of VectorTools::project.

Fix test output

Improve HDF5 files

Make the internals of class Vector 'private:'.

Merge pull request #7537 from marcfehling/cell-data-transfer

Introduced p::d::CellDataTransfer.

Merge pull request #7603 from masterleinad/more_clang-tidy

Enable more clang-tidy checks

Remove a duplicate 'public:' specifier.

Update the documentation of VectorTools::project.

Merge pull request #7620 from drwells/deprecate-VectorSlice

Deprecate VectorSlice.

Document semantics of Triangulation::begin/end_*().

Check consistency for all mpi/periodicity tests

Ensure mpi/periodicity_06 has consistent output

Merge pull request #7626 from tjhei/doxygen_fixes

fix doxygen errors

DofTools: Use a range-based for loop

tests: Fix mpi/periodicity_07 test

add two tests: one pass and another still broken

update bits/periodicity tests due to ordering of equality constraints

make_periodicity_constraints: sort dofs when adding equality constraints

When we add add equality constraints of the form dof2 = c dof1, we now
ensure that dof2 > dof1. This helps to avoid having inconsistent
equality constraints for different MPI processes.
Unfortunately, we can only do this if both, dof2 and dof1 are not
constrained. Otherwise the order is forced.

Merge pull request #7585 from bangerth/exceptions-2

Fix a number of exceptions in Triangulation::begin/end/last_...().

Fix a number of exceptions in Triangulation::begin/end/last_...().

Merge pull request #7625 from tjhei/doxygen_formula_style

Doxygen formula style

Merge pull request #7624 from tjhei/doxygen_formula_errors

fix doxygen formula errors

fix doxygen errors

Merge pull request #7618 from drwells/use-vector-data-fixes

Avoid the old &vec[0] idiom when possible.

doxygen: add missing newcommand for HTML output

latex formulas in doxygen HTML output without mathjax would not work
because of a missing newcommand. This is now fixed.

fix doxygen formula errors

see #7623

Merge pull request #7621 from masterleinad/fix_release_warnings

Fix warnings in Release mode

Fix warnings in Release mode

Merge pull request #7619 from masterleinad/fix_nvcc_wrapper

Fix compiling with nvcc_wrapper as C++ compiler

Deprecate VectorSlice.

ArrayView offers the same functionality but in a more general way.

This PR reimplements VectorSlice as a class inheriting from ArrayView,
which automatically gives us all of the right conversions.

Modify AssertVectorVectorDimension slightly to satisfy nvcc_wrapper

Avoid boost::container::small_vector::emplace_back

Fix a conversion from SymmetricTensor to Tensor

Disable a test when compiling without complex support

Merge pull request #7614 from tamiko/restructure_set_periodicity

DoFTools: restructure set_periodicity_constraints

Replace &vec[0] with vec.data() or vec.get().

This is more explicit and also works correctly when the array is
nullptr.

address comments

Merge pull request #7507 from masterleinad/clang-7-compress-debug-sections

Use debug flags when checking for compress-debug-sections

Disable modernize checks instead of enabling

modernize-use-equals-delete

modernize-use-equals-default

modernize-redundant-void-arg

Use debug flags when checking for compress-debug-sections

Merge pull request #7617 from masterleinad/fix_clang-4-warnings

Fix clang-4 warnings

Fix clang-4 warnings

Merge pull request #7615 from drwells/add-data-ptrs

Add Vector::data and AlignedVector::data.

Merge pull request #7609 from masterleinad/loop-convert_8

Last modernize-loop-convert changes

Merge pull request #7616 from drwells/fix-script-install-path

Fix the installation path for a script.

Fix the installation path for a script.

CMake rightfully complains that

CMake Error at cmake/scripts/CMakeLists.txt:56 (FILE):
  FILE COPY cannot find
  "/home/drwells/Documents/Code/CPP/dealii-dev/cmake/scripts/../contrib/utilities/indent.py".

doesn't exist: the script is in contrib/utilities, not cmake/contrib/utilities.

Add Vector::data and AlignedVector::data.

This improves compatibility with std::vector.

Merge pull request #7613 from drwells/rename-reserved-identifiers

Avoid reserved identifier names in AlignedVector.

DoFTools: restructure set_periodicity_constraints, part III

The last commit in this series fixes up the remainder of the
set_periodicity_constraints function.

Merge pull request #7611 from masterleinad/fix_vectorization_header

Fix more C-Style casts

Merge pull request #7604 from masterleinad/loop-convert_7

Use range-based for loop in base

Merge pull request #7588 from vishalkenchan/indent_clang_format

Add python indentation script that external projects can use.

Merge pull request #7612 from drwells/remove-semicolons-2

Remove some more unnecessary semicolons.

Merge pull request #7608 from masterleinad/fix_complex_petsc

Fix build warnings and errors for complex PETSc

Use range-based for loop in base/data_out_base.cc

Use range-based for loop in include/base